张闻天到中科院经济研究所的时候，正是“反右倾、鼓干劲”遭致失败，不得不进行一系列“调整”的时期，张闻天结合国外社会主义建设的经验教训，研究了政治经济学的若干重大理论问题，写了大量“读书笔记”
与论文，并于1962 年到苏、沪、浙、湘三省一市进行经济调查，写成《关于集市贸易等问题的一些意见》，向中央提出了进一步开放集市贸易的正确建议。
然而，就是这篇《意见》的报告，成为张闻天又一次向党进攻的“罪证”。在1962 年9 月召开的八届十中全会上，毛泽东大批“黑暗风”、“单干风”和“翻案风”，决定对彭德怀、张闻天等人进行进一步审查。被实践证明正确的张闻天，从此被取消参加中央一切会议、阅读一切党内文件的权力，并接受专案组审查。
1964年秋“社教”运动开始后， 《关于集市贸易等问题的一些意见》再次成为张闻天的罪证，说它反映了没落阶级的要求，甚至说是张闻天的又一次向党进攻。
1966年6月，史无前例的“**”开始了，8 月9 日，66 岁的张闻天被拉到经济所批斗会上，被戴上硕大的高帽，挂着巨大的黑牌子，站在台上接受批判。当时天气闷热，加上人群拥挤，年高体弱多病的张闻天实在难以支撑，当场昏晕过去，瘫倒在地上。被拖到后台后，造反派气愤地骂他“装死”！
在以后的无数次批斗审讯中，张闻天除了挂牌子戴高帽外，还开始承受坐“喷气式”、示众游街和拳打脚踢的残酷斗争与非人折磨。在1967年1 月到11 月间，张闻天遭审讯、回答问题或写材料等219 次之多。但无论面对怎样的恐吓、辱骂，诱、套、哄、逼，无论外界舆论压力有多大，对于被勒令交代其他老干部的“罪行”，张闻天都一切据实回答，绝不诿过于人。
在所有被勒令交代的问题中，最为严重的是所谓的“61 人案”。林彪、江青反革命集团为达到诬指刘少奇1936 年擅自决定一批干部履行手续出狱组成“叛徒集团”的目的，对张闻天软硬兼施，企图让时在中央负总责的张闻天为此出具伪证。
1968年2月16日，天津南开大学的“抓叛徒战斗队”首先来到经济所，要张闻天交代“61 人出狱”情况。事实上，61 人采用非常手段出狱，是经党中央讨论同意的。张闻天为避免涉及中央，决定由他个人独自承担全部责任。因此在肯定刘少奇为此事请示过中央的同时，张闻天特别强调：“我是当时的中央负责人，是经我签字批准的”，“当时我没有把此事报告毛主席，或提到中央特别讨论。”嗣后凡涉及此案，张闻天始终肯定此事是经他同意的，因此保护了刘少奇和61位同志。
但不久，康生亲自派人到经济所就此事对张闻天进行审讯，两个穿着军装的人训斥张闻天在“61 人出狱”问题上故意把水搅浑，“启发”他重新写材料，并特别指出：
“这个案子是刘少奇背着中央搞的，你张闻天为什么承认是你批准的？
以后再瞎说，后果由你负责！你应该给子孙后代留条出路！”
“要整就整我吧，我不能说假话，陷害人。”张闻天当场拒绝了他们的要求。
此时，张闻天已做好迎接更残酷斗争的思想准备，回到家里，他对夫人刘英说：“我可能会被逮捕。”
果然，5 月16 日深夜，张闻天的寓所———景山后街甲1 号闯进一班武装的军人，他们砸烂保险柜，将里面珍藏的张闻天在庐山会议上的发言稿等重要材料、文稿、十多本厚厚的读书笔记全部抢走，并持枪将张闻天与刘英带到院子里，宣布对他们实行隔离监护。
随后，两人被分别关进两间冬冷夏热的小房子里，各自的屋里除了一张板床一条长凳外，再无他物。窗户被报纸糊严，仅在门上挖一个小方洞，供监护人员窥望监视之用。
张闻天与刘英被囚禁监护后，连听广播、看报纸的权力也被剥夺，更不准同其他任何人来往，甚至不准两人见面。好在他们共用一个盥洗室，因此能够通过盥洗室互通一点信息。每天天不亮他们便分别被吆喝起来干活，张闻天已经年近七旬，每天都要拖地擦桌子。
而刘英身材瘦小，由于浸了水的大拖把很重，拖地非常吃力，因此常常为此挨骂。张闻天从恶狠狠的骂声中听出了眉目，以后就提前将拖把冲洗好，晾在盥洗室。刘英再去盥洗室拿拖把时，拖把已经控干了水，既不重又正好拖地。而张闻天泡在盆里的衣服，刘英也乘去盥洗室之机，悄悄放上洗衣粉，赶紧搓洗几遍。
在被囚禁的同时，张闻天还要接受没完没了的审讯。刘英经常在深夜听到“审讯室”里传来审讯人员拍桌子、砸板凳和恶毒的咒骂声。
这样的日子过了523 天，1969 年10 月20 日，张闻天和刘英被“逐出”
北京，“发配”到广东肇庆，住在肇庆市郊牛岗军分区设在半山腰的一个宿舍区的一处简陋平房里。这里距最近集市有两里路程，没有电话，没有熟人，没有亲属子女在身边，只有部队的“警卫”岗哨。
在这里，张闻天不允许用本名，只好改名为“张普”，意为“普通的劳动者”，并且不准打电话、不准与外人接触、离开宿舍区要经批准，军分区机关放电影要请求同意后才可观看。这样的生活，一过就是6年多。
6年里，张闻天在病魔缠绕下，以0.2 的视力抓紧一切时间读书、学习，先是写下10 多本读书笔记和13 篇文稿合订本。被造反派抄走后，又从头开始，重新读书写卡片，将它们按专题分装在纸袋中。林彪出逃后，张闻天又花费两年半时间写下10 万字的理论文章，批判种种“左”倾错误观点，总结从“大跃进”到“**”的经验教训，探讨在中国建设社会主义的规律。张闻天对外甥说：
“书可焚烧，书可禁读，但禁不住写书人的思想的波涛。不是吗，我过去写的读书笔记，被掠夺一空，今天我又重写了一大沓！”
1974 年初春，张闻天、刘英终于获准恢复党的组织生活和进行社会调查。随即，张闻天走遍肇庆当时的主要工厂，进行参观和实地考察。他还托王震代转他写给毛泽东的一封信，提出回北京居住，接受审查。但中央办公厅的回话是：回北京住不合适，可另选地方。张闻天又要求去上海，仍未获批准。最后，他终于在1975 年6 被准许迁往无锡。
8 月25 日，张闻天夫妇来到无锡，9 月1 日住进汤巷45 号，此时张闻天身体状况已经很差，甚至拿不动一本厚书，为了读书，只好将厚书拆成小薄本。张闻天的外孙女曾建议他写自传，张闻天却说：“一个人的是非忠奸，历史是最公正的。”
深秋江南的气候冷热多变，张闻天的身体适应不了，开始接连生病。11月初，张闻天的冠心病发作，接着又因感冒引起肺水肿，住院20 余天才见好转。出院后，张闻天夫妇移居新生路7 号招待所。
这时，邓小平复出后经整顿形势好转，却突然又开始了评《水浒》，“反击右倾翻案风”，紧接着周总理逝世，天安门事件……愤懑、担忧、无望使张闻天房颤、心绞痛、急性肺水肿等病频频发作，从1976 年2 月起，张闻天的病情益趋严重，4 月23 日、5 月22 日两次出现“急性左心衰竭”、心室停搏等险情。
7 月1 日是中国共产党成立55 周年纪念日，这一天，张闻天心情格外好，身体状况也比平时好些，早上听完新闻广播后，张闻天喝了几口米汤，便静卧休息。下午，张闻天身心轻松，便开始翻阅外文资料，偶然看到一种新式轮椅的介绍，觉得可以方便老弱病人活动，很想能有一张这样的轮椅，并风趣地说：“生命在于运动嘛！”
然而，不到一小时后，张闻天冠心病猝发，竟毫无预兆地离开了人世，卒年76岁。