在说明中，笛卡尔简单介绍了全文各部分的主旨，以下我们也以这样的结构来介绍每部分的主题，并试着阐发主题之外一些“隐藏”[1]的东西。
第一部分：对当时各门学科的看法
这部分开篇提到的是“理智”或“理性”，说这是人间分配得最好的东西。但人人都有不意味着人人都会用，唯有使用得当才能获得好的结果，因而内容自然引到运用理智的“方法”问题上。
笛卡尔借此考察了当时各学问的实用性。但他发现各门学问皆有不足，文学、历史、哲学、法学这些古往今来一直教人向善的学问都非常可疑，充满了修辞和混乱，唯数学所蕴含的一些因素才值得保留。同时，他还根据自己的人生经验表示，既要从经验实践上去“研究世界这本书”，同时还要保持研究自我，即反思。
第二部分：方法的几条准则
通过第一部分可发现，虽然人人都分有理性，但唯有科学地使用它才能发现真理，因而更重要的是如何用科学的方法去运用理性。之前笛卡尔虽质疑了很多学科，但认为数学却有颇为值得借鉴的方法。他由此总结出四条方法准则，可概括为：“分明”“细化”“简易”“整全”。
第三部分：思想与行动的差异
运用上述这些清楚分明的方法，就可以考察一切，发现真理。但笛卡尔声明：这些考察只能是思想上的，行动中万不可做怀疑论者，否则自身无安身之处。所以，他紧接着就制定了三条行为[2]准则：（1）遵守国家法律与习俗；（2）行事果断坚定；（3）反求诸己。他将这些准则提升到了和“信仰之真理”同等的地位，借以应对思想与行动这两方面的各种问题。
第四部分：我思，故我在
本部分伊始，笛卡尔还表示自己犹豫是否告诉大家其安静时的独自思考（或说怀疑），但旋即便全盘托出它们[3]：由于在思想上一切都不可信，所以感官能获得的信息全都可疑。最极端的例子就是做梦：一个人完全可以把全部的所知疑为梦中的情景（包括数学原理），如此，任何东西都不能不被怀疑了。
但转念又会发现，虽然我们可以怀疑一切，但这恰恰肯定了那个正在做梦、正在怀疑的东西不可能不存在。如若没有它，连梦境本身都不会出现。所以，那个想到一切都可怀疑的东西，其自身一定是某种存在的实体。
因而，“我”若去思，那么“我”就是这个在思的东西，即便其他的一切都可以怀疑，但至少，“我思，所以我存在”（je pense, donc je suis），这是无疑的[4]。
在确定了“我思，故我在”这一不可怀疑的前提后，笛卡尔又确定了两件事：（1）“我”即是“思”，“思”即是“我”，也就是说，作为“我”是实体的存在，而它的唯一属性就是“思”，除此之外，任何属性都不能决定“我”的实体性[5]。因此该命题也就可写为“思即在”；（2）“思即在”是“清楚分明”（clair et distinct）的，也是无可怀疑的。由此它便成为一条普遍的规则。这条规则就好似几何学的公理，它是几何学的起点和基础。“清楚分明”这条准则不是逻辑证明的结果，而是论证的前提，正如“我怀疑是不可怀疑的”一样，是直观的呈现。
关于上帝存在的证明，笛卡尔走了另一条完全不同的路线。问题源于：自己作为一个并不完美的有限存在，如何会有一个无限完美的上帝的观念呢？而且这个观念是如此“清楚分明”，所以就必须寻找“上帝”这个观念的源头。
如果把“思即在”作为无可怀疑的底层基础，以此作为证明的起点来看，那么与之相对，上帝存在的证明则是由上向下的推理。也就是说，一种是认识论的、由自己出发的向外认识；另一种则是类似新柏拉图主义流溢说的本体论逻辑：完善生出不完善，低等的完善出于最高的完善。而连接这两个方向的，就是“清楚分明”。从认识上看，它来自“思即在”；从完满性上看，它由上帝这个至高完满的存在来保证。
为了增强说服力，笛卡尔还用“三角形三内角之和为两直角之和”以及“球面任意一点到中心的距离都是相同的”去类比“上帝的观念本身就包含存在”，借以说明，无论世界上是否真的存在三角形或球体，三角形的内角和以及球的半径总符合上述的描述。上帝的存在也是如此，它甚至比我们所知的任何几何学结论更为确定。
当然，如果我们去读一下哲学史特别是康德的分析就会知道，这仍是本体论的证明逻辑。但笛卡尔认为：因为那些怀疑者用想象力去思考问题；而想象本身只适用于物质性的东西。对于上帝的观念，它在感官中并不存在，而只能被理性所领会。并且，理性绝对正确，因为它是“清楚分明”的，就如同“思即在”一样。另一方面，一般靠感官去认识的存在未必是真的存在，感官虽在感觉对象上具有一些观念，但在判断时却常会出错。
这应该就是他作为唯理论者反对经验论的最好例子吧。
第五部分：物理世界与创世神话
在前言中，笛卡尔只提到了本部分是讲述自己曾研究过的一些物理问题，包括心脏与医学，还区分了人与动物的灵魂。但丝毫未提他的创世神话。实际上，创世神话在这部分所占篇幅的比重也十分少，作为点题的“前言”本就应去除旁枝末节，直奔主题。但这不过是通常的理解，是提供给认为“这篇谈话篇幅太长无法一次读完”的读者，与论述相比较，这些人更想知道的是结论。所以，涉嫌渎神的“创世神话”最好一晃而过。
关于自然世界的描述，学者众说纷纭，并未达成统一定论。所以笛卡尔声称自己不得不抛弃这些通常对世界的纷杂描述，给出新的解释：
笛卡尔认可上帝首创世界，但这个世界在初创时却是混沌的，唯有在上帝树立了“自然规律”后，宇宙才开始有序运行[6]。天宇星辰的构造、潮汐的运行、洋流与气流，包括动植物都遵循着这些规律。然而这也意味着，当规律一旦确立，代表上帝的奇迹就不再可能发生。
这段描写只用了短短几行，随后便继之以生物和物理学方面的长论作为本部分的“主题”。但新创世神话的描述绝非可有可无，细心研究就会发现，新神话的结构与整部《谈谈方法》形成了某种对应关系。具体分析如下：
《谈谈方法》第一部分的“怀疑”与本部分开篇放弃学者的争论相对应。在第一部分，笛卡尔讲述了自己的求学经历，这些经历增长的不只是知识，还有“知识”间的冲突所带来的疑惑，它们就像不同民族间的习俗一样，虽自成系统，却难以互相包容。并且，这些“知识”也不是像数学那样推理明确的知识，而只是一些意见和想象。新创世神话的建立也是在类似前提下开始的：学者们未成定论的问题就应先放弃，笛卡尔由此“抛开了”这个当下的世界，假定上帝在想象的空间创造了另一个新世界。
第二部分所确定的四条方法规则也正是新神话中创造世界的方法。因为新世界本身是被上帝创造的，所以人根本不可能知道上帝所创的“自然”是什么样的，但人所认识的“自然”就是当前的模样，它符合几何学的运行规律，并且真理的唯一性与认识的唯一性也确保了两者的一致。
第三部分主要讲思想与行动的关系，也就是说，思想上的纯粹逻辑，并不意味着要在行动方面去彻底贯彻。而第三部分的俗世中关于笛卡尔作品的流言，直接引出了第四部分关于“我思，故我在”，以及关于上帝存在的证明。三、四两部分也与新神话的主题刚好扣合在了一起。
创世之后，物体与动物都遵照着“自然的规律”演化发展。但人的出现却与一般物质不同，在第一部分笛卡尔就曾提到，人与其他生物的根本不同就是理性。理性保证了人之为人的特点和本质，任何人类所创造的机器都不能与之媲美，他不同于这个有朽的物质世界，只能是上帝创造的结果。故推求其存在的证明，也只能依靠上帝，而非几何学的方法。这类同于第四部分关于上帝存在的本体论证明。对比第四部分关于“我”的存在和“上帝”的存在，可以发现，它们分属两条不同的证明路向。在论述“我思，故我在”时，笛卡尔运用认识论的方法，从最不可怀疑的认识基础出发，证明了“我”作为一个在思考的主体必然存在。而关于上帝的证明，笛卡尔却与安瑟尔谟的证明如出一辙，遵循另一条逻辑推论的路向：从“完满的观念”开始——“完满”必然意味着存在（否则就谈不上完满），再到“我”心中有了这个完满的观念（上帝），故而上帝也就必然存在。安瑟尔谟的证明早已被托马斯等人批判过，笛卡尔却仍选择这一老思路，这不得不令人感到困惑，但有一点可以肯定，如此成问题的证明笛卡尔不会不知道，但他不顾后人的批评，仍然选择这种备受争议的方式去证明上帝的存在，必然是有意而为之。
反观第五部分的新神话可以发现，神话伊始也提到，上帝创造了世界，但这个世界并非秩序井然，它给予世界的形式只是一团混沌。随后上帝建立了自然规律，向世界提供了一套数学样式的秩序。各种物质性的东西便如同附有了亚里士多德的“形式”一般，逐渐变成了现在世界的样子。这个世界不再是一次定型，而是以几何学规律的方式逐渐形成。所以，在《谈谈方法》第四部分提到的“我思”存在的证明与上帝存在的证明之间的区分，就被笛卡尔在新神话的建构中化解了。虽然世界从逻辑上看由上帝创造，但一旦世界遵从了自然规律——也就是证明“我在”的清楚明晰的数学方式——那么世界的存在就可以从上帝手中重回自然；而笛卡尔却声称“这跟创世奇迹并不冲突”。在《沉思集》中，可看到这一思路得到了更激进的发展，他甚至从自我的证明得出“只要我想到了我将是一个东西，他（上帝）就不能使我什么都不是”的结论。
在讲述完神话之后，笛卡尔论述了心脏的运作机能，并提出了生物活动的原因：生命气息。虽然这个术语看上去比较抽象和神秘，似乎与精髓、本质相关，类似于形而上学的范畴。但实际上，笛卡尔将其归为血液的一种：它们是那种最灵活、最敏锐的血液分子。按照机械学的规律，它们向着大脑运动，最好的把次好的挤掉，之后由于血液的流动，行动成为可能。通觉连接了灵魂与肉体，从而使人成其为人，与动物区分开来。从这里可以看出，虽然灵魂与肉体不同，但笛卡尔一直试图用几何学的方法去解释上帝和灵魂。可以发现，虽然笛卡尔的理性已经成为苏格拉底所说的“理智”层面的工具理性，但在其所设定的最完善的上帝方面，他又力图保持这一最高的维度。然而在证明上帝存在的路线上，笛卡尔又回到了基础确定性的科学证明，这种上下不同的思路导致了一种不彻底性，也正是在处理此不彻底性的问题上，后世抛弃了上帝的存在与理性证明的紧张关系，更多地走向了明晰的科学路向，用科学精神取代了上帝。
第六部分：修辞和语言
这是文章的最后一部分，笛卡尔说明了写作的原因。通常认为，笛卡尔是在宗教外衣下阐述科学精神。因为在当时的环境中，宗教仍旧是主导意识形态，科学只流传在少数学者之间，《谈谈方法》是一部用通俗语言写给公众的书，无论公众还是学者都可以阅读，因而在写作时就必须注意不同读者并讲究恰当的写作方法。同样，作为读者也必须考虑到这一点，才能更好地明白作者的用意。