布斯还没咽气，侦探们就开始跪下来搜查他。他们找到了一个烟斗、一把猎刀、两把左轮手枪、一本日记、一个沾满了蜡油的指南针、一张加拿大的面值三百美元的银行汇票、一枚钻石胸针，还有五个爱慕他的女人的照片。其中四个是演员：艾菲·格蒙、爱丽丝·格雷、海伦·韦斯顿和“美丽的妖精布朗”。另外一位是华盛顿的上层女性，出于对她后世子孙的尊重，在此隐去她的姓名。
之后，多尔蒂上校从马背上扯下一条鞍褥子，向加勒特太太借来针线，用褥子把尸体裹起来缝好，又给了老黑人内德·弗里曼两美元，让他把尸体运到波托马克河边——那里有条船。
在他的《美国特勤史》一书的第505页，拉斐特·贝克中尉讲述了这段前往波托马克河的路程：
马车开动后，布斯本来已经不怎么滴血的伤口又开始淌血。血液从马车的缝隙中流出来，滴在车轴上，在路面上留下无数圆点。血浸透了褥子和木板……一路上，血不断地从尸体上渗出来，缓慢地滴到路面上。
其间，还发生了一件令人意想不到的事情。据贝克所说，内德·弗里曼的旧马车“很不牢靠”，“马上要散架了”。事实上，它不是“马上要散架了”——由于走得太快，加上路上颠簸，这辆快要散架的破马车真的在半路散架了：一个大螺栓折断后，整个马车断成了两截，前轮被扯掉，前端车厢“砰”的一声砸在地上。布斯的尸体猛地前窜，“好像在做最后的挣扎”。
贝克中尉扔下散架的运尸车，从附近农场上征用了一辆马车，把布斯的尸体扔上去，并快速赶到了河边。尸体被装上政府的“约翰·S.艾德号”拖船后，突突地朝华盛顿驶去。
第二天拂晓时分，布斯被杀的消息传遍了全城。此时，他的尸体正躺在泊于波托马克河的“蒙托克号”炮艇上。
首都沸腾了，成千上万的民众赶到河边，带着严酷而入迷的神情观看那艘运尸船。
下午，特勤处处长贝克上校匆忙赶到斯坦顿面前，说他在“蒙托克号”上抓住了一伙公然闹事的市民，其中一名妇女剪掉了布斯的一缕头发。
斯坦顿大惊失色。“布斯的每一根头发，”他说，“都会被反叛者当作纪念物来珍藏。”
斯坦顿担心它们不仅仅是纪念物，他坚信林肯遇刺是杰弗逊·戴维斯及其他邦联领导人策划并导演的阴谋的一部分。他担心他们会抢走布斯的尸体，并用它点燃南部奴隶主们的热情，让他们重新拿起步枪，再次挑起战争。
他命令尽快将布斯秘密埋葬，且必须把他藏得严严实实，不给南方佬留下任何饰物、衣服或是头发，以防他们用于反叛政府的运动或斗争。
那一晚，太阳沉到了一大团火红的云彩后——在斯坦顿的授意下——贝克上校和他的堂兄弟贝克中尉乘坐一艘小帆船，划向“蒙托克号”。登船后，他们在岸上人群的注视下做了三件事：
首先，他们把装在松木步枪箱子里的布斯尸体从炮艇上放到了下面的帆船上；接着，又放下来一个带着沉重铁链的铁球；最后他们也上了帆船，顺流而下漂走了。
岸上好奇的人群果然如两位探员预想的那样：他们沿河岸快速奔跑，你推我搡，溅起阵阵水花；他们兴奋地交谈着，紧紧盯着运尸船，要看尸体会在哪里被沉入河底。
一连两英里，他们都跟船上的两位探员并驾齐驱。接着，天色暗了下来，云层遮住了月亮和星星，再锐利的眼睛也分辨不出河中央的帆船了。
等到了基斯波因特，这是波托马克河上最荒凉的区域之一，贝克上校确定别人都看不到他们了，就把帆船开进大沼泽地——一个散发着恶臭、长满了灯芯草和野草的地方，这也是军队遗弃死去的马匹和骡子的地方。
在这个诡异的沼泽地里，两位探员等了几个钟头，他们仔细听着周围的动静，看是否被跟踪了，但他们听到的只有牛蛙的叫声和莎草丛中潺潺的水声。
午夜降临了，两人平稳地朝上游划去，他们悄无声息而万分小心地划着船，他们不敢小声说话，甚至害怕船桨的划水声和河水击打船舷的声音。
最后，他们来到那所旧监狱的围墙外，把船划至一个邻水石墙的缺口处。跟那里的军官对上暗号后，他们把盖子上印着“约翰·威尔克斯·布斯”字样的白色松木棺材交给了对方。半个钟头后，它被埋在了一个大型军火库西南角的浅坑里。坟墓顶部被仔细修饰过，看上去跟地面的其他地方无异。
第二天天亮以后，兴奋的人群拿着抓钩，沿波托马克河上下打捞，在基斯波因特后面的大沼泽地里、在骡子的尸体中间不断地搜索、拨弄。
全国上下数以百万计的人都在问布斯的遗体是如何处理的。只有八个人知道答案——他们都立下重誓，绝不泄露秘密。
重重疑云中，谣言四起，报纸则把这些谣言传遍了全国。《波士顿广告报》说布斯的头颅和心脏被放到了华盛顿的陆军医学博物馆，其他报纸则声称尸体被葬在了大海里，还有报纸宣称尸体被火化了。有份周刊还刊出了一份所谓的“目击者”画的草图，表示尸体在午夜被沉到了波托马克河底。
在此起彼伏的矛盾和疑惑中，又生出了新的谣言：士兵们杀错了人，真的布斯逃跑了。
之所以会生出这个谣言，可能是因为死后的布斯和活着时太不同了。1865年4月27日，斯坦顿命人登上“蒙托克号”炮艇，确认尸体的身份，约翰·弗雷德里克·梅伊医生就是其中之一，他是华盛顿著名的医生。梅伊医生说，掀开遗体上的防水布时——
令我震惊的是，映入眼帘的尸体轮廓与我所认识的布斯其人没有半点儿相像。这让我大为惊讶，我立刻告诉巴恩斯将军：“尸体与布斯毫不相像，我相信这不是他的遗体。”……后来，在我的要求下，尸体被摆成坐姿，我站在前面俯视它，才最终大致认出布斯的外表特征。但是，我从未见过一个人发生如此巨大的变化，能从生前健康、充满活力的人变成面前这副枯槁憔悴的尸首。尸体皮肤发黄，没了血色，头发凌乱不堪。由于风吹日晒加上饥饿，整个面部凹陷，颧骨突出。
其他人看到尸体，甚至不能“大致”认出布斯，他们把自己的疑问告诉了城里的其他人，谣言迅速传开了。
另外，政府严密把守尸体，迅速又神秘地把它下葬，斯坦顿拒绝透露任何信息，也不出面否认谣传，这些都加剧了谣言的扩散。
华盛顿的《宪制联邦报》称整件事情就是个骗局。其他报纸也跟着起哄。“我们都知道布斯逃跑了。”《里士满审查报》附和道。《路易斯维尔日报》则公开声称整件事暗藏猫腻，“贝克和他的同伙密谋欺诈美国财政部”。
争论越演越烈：像往常一样，成百上千的“目击者”跳出来，声称他们在加勒特仓库发生枪击事件很久以后还见到了布斯，并和他进行了交谈。人们在各地看到他：逃往了加拿大、跑到了墨西哥、乘船去了南美、去了欧洲、在弗吉尼亚州宣讲、躲到了一个东方小岛上。
这样就形成了美国历史上最著名、最持久、最神秘的谣言。它已经顽强地存在了近四分之三个世纪，时至今日，仍然有成千上万的人相信这个说法——其中不乏具有非凡智力的人。
甚至有大学学者公开表示自己相信谣传。一位全国著名的牧师还走遍各地，向成百上千的听众发表演说，声称布斯逃跑了。在撰写本章的时候，笔者还被一位接受过系统训练的人士庄严告知，布斯逃之夭夭了。
布斯肯定死了，这点毫无疑问。那个在加勒特的烟草仓库里被射杀的人，用尽所有的方法来挽救自己的性命；他拥有非凡的想象力，但是在最绝望的时刻，也没有想到否认自己约翰·威尔克斯·布斯的身份。即使是面临死亡的威胁，这也显得太过荒唐而不切实际。
而为了确认被杀的人就是布斯，尸体运达华盛顿以后，斯坦顿派了十个人去辨认身份。如前文所说，其中一人就是梅伊医生。他曾为布斯的颈部切除 “一个巨大的纤维瘤”，伤口愈合后留下了“一个巨大而丑陋的疤痕”。梅伊医生就是根据这个疤痕确认了布斯的身份，他说：
从士兵们拿出的遗体上，几乎看不出任何与布斯活着时的相似之处。但是，生前手术刀留下的伤痕，死后也无法磨灭，据此可一扫当时所有的疑问以及将来的任何挑剔，也能确定他就是刺杀总统的凶手。
牙医梅里尔医生则通过他最近刚在布斯牙齿中放置的填充物确认了尸体的身份。
布斯曾在国家大酒店停留，酒店职员查尔斯·道森通过布斯右手上的首字母文身“J. W. B.”认出了死者的身份。
华盛顿著名的摄影师加德纳认出了他；布斯的好友亨利·克莱·福特也认出了他。
1869年，2月15日，总统安德鲁·约翰逊下令把布斯尸体挖出来，布斯的朋友们再次确认了他的身份。
然后，尸体被带到巴尔的摩，葬到了布斯家族位于格林蒙特墓园的墓地里；下葬之前，布斯的兄弟和母亲再次确认了他的身份，他们对布斯可谓了如指掌。
不知是否还有人死后会像布斯这样，被如此仔细地确认身份。
然而，谣言依然存在。十九世纪八十年代，很多人相信弗吉尼亚州里士满的牧师阿姆斯特朗就是布斯乔装打扮的，因为阿姆斯特朗也有一双乌黑的眼睛、一条瘸腿，举手投足也引人注目，而且他还留着乌黑的长发，以遮盖后颈上的伤疤——人们都这样说。
除此之外，还有至少二十位不同的“布斯”。
1872年，一个“约翰·威尔克斯·布斯”在田纳西大学的学生面前表演戏剧——他娶了个寡妇，后来厌倦了她——小声地说他才是真正的刺客。他宣称自己是要去新奥尔良取一大笔钱，然后就消失了，而“布斯太太”再没有他半点音讯。
十九世纪七十年代末，得克萨斯州的格兰伯里有一个患哮喘的酒吧老板常常酗酒，他向一位名叫贝茨的年轻律师坦承，自己才是布斯，他展示了后颈上一块丑陋的伤疤，并详细讲述了副总统约翰逊说服他刺杀林肯，并承诺倘若他被捕将被赦免的经过。
又过了四分之一个世纪，1903年1月13日，一个酗酒又吸毒的油漆工大卫·E.乔治在俄克拉荷马州伊尼德的大道酒店服用士的宁自杀身亡。但是，在自杀前，他“坦承”自己才是约翰·威尔克斯·布斯。他声称刺杀林肯后，朋友们把他藏进行李箱，然后弄到了一艘前往欧洲的轮船上，他在那里生活了十年。
那位贝茨律师在报纸上读到这个消息后，就立刻赶往俄克拉荷马州，他查看了尸体，然后宣布，大卫·E.乔治正是二十五年前曾向他坦白的得克萨斯州格兰伯里的那位患有哮喘病的酒吧老板。
贝茨让送葬人把尸体的头发梳成布斯生前的模样，对着遗体哭了一阵，然后对尸体进行防腐处理，带着它回到他位于田纳西州孟菲斯市的家中，放在马厩里保存了二十年。其间，他竭力哄骗政府，以获取悬赏捉拿布斯的巨额奖金——并得到了奖金。
1908年，贝茨写了一本极其荒谬的书，书名叫作《约翰·威尔克斯·布斯的逃亡与自杀，或首次真实讲述林肯遇刺的经过，内含犯罪多年以后布斯的完整自白》。这本耸人听闻的书，平装版卖了七万本之多，引起了巨大的轰动。之后，他以一千美元的价格把“布斯”的干尸交给亨利·福特，并最终遍走南部，在穿插表演的时候展出尸体，看一眼收十美分。
目前，有五个不同的布斯头盖骨在各地展出。