当时，拉思伯恩少校和林肯在同一个包厢，布斯射杀林肯的瞬间，拉思伯恩少校一跃而起抓住了刺客。但他没能制服布斯，因为布斯拼命用刀砍他，在他胳膊上留下了几道又深又长的伤口。布斯奋力挣脱拉斯伯恩少校的束缚，翻过包厢栏杆，从十二英尺高的地方向舞台上跳去。可是他跳的时候，靴子上的马刺不巧挂住了总统包厢下面的旗子，结果整个人笨拙地跌下去，把左腿小骨摔断了。
一阵疼痛袭遍全身，但他没有丝毫的畏惧或迟疑，他正扮演着生命中最重要的角色：这将是让他名垂千古的一幕。
他很快便恢复了意识，挥动匕首，高声喊着弗吉尼亚州的箴言“永远打倒专制”，冲过舞台，刺伤一个挡路的乐师，击倒一个女演员，然后冲出后门，跳上备好的马匹。他举起手中的左轮手枪，用枪柄把牵马的伙计“花生约翰”击倒在地，然后快马加鞭，发疯似的逃跑了，夜色里，小马的蹄铁敲击着鹅卵石，火花清晰可见。
他马不停蹄地疾驰两英里，穿过了国会区域。等月亮升上树梢时，他到了阿纳卡斯蒂亚桥。这时，联邦军队的哨兵科布中士拿着步枪和刺刀冲出来，喝道：
“你是谁？怎么这么晚了还在外面？你不知道按规定九点之后任何人都不能过桥吗？”
说来也怪，布斯竟然说出了自己的真名实姓，声称自己住在查尔斯县，这次是来城里办事，他一直在等月亮出来好照他回家。
这听起来没什么问题，况且，战争已经结束，何必无事自扰呢？于是，科布中士收起步枪，放他过桥。
几分钟后，布斯的一个同伙戴维·赫罗尔德，也用类似的借口急匆匆地通过了阿纳卡斯蒂亚桥，在约定的地点与布斯会合。接着，两人在马里兰州南部的夜色里一起前行，幻想着一到南部，肯定到处都是对他们疯狂的赞誉和欢呼。
午夜时分，他们在萨拉特维尔一个旅店前停了下来，主人很和善。他们给气喘吁吁的马匹喂足水，要来望远镜、枪支和弹药，这些都是萨拉特太太当天下午留下的。他们还喝了足足一美元的威士忌，然后，一边大谈他们刺杀了林肯，一边消失在夜色中。
他们本打算从这里直接赶往波托马克河，这样，第二天一大早就能抵达，然后再立刻划船进入弗吉尼亚州。这听来很容易，如果按计划来，他们就不会被抓住了。可事与愿违，他们也没预料到布斯的腿会受伤。
那晚，布斯凭借顽强的毅力忍着剧痛在马上疾驰，每颠簸一下，摔断的小腿就如他在日记里所描述的那样“撕心裂肺地疼”。最后，他再也承受不住这种折磨，便跟赫罗尔德调转马头向东而去。第二天是周六，黎明前，他们在一个乡村医生家门口停了下来。这位医生名叫塞缪尔·A.玛德，家住华盛顿东南二十英里的地方。
布斯非常虚弱，疼痛难忍，他甚至无法自己下马，只能呻吟着被人从马鞍上搀下，抬到楼上的卧室。在这个与世隔绝的地方，既没有电报，也没有铁路，因此当地人还没有听说总统遇害的消息，医生也没有起疑心。布斯的腿是如何受伤的呢？他说是骑马摔的。玛德医生像治疗其他骨折病人一样，对布斯的伤口进行了处理，他先把左腿上的靴子割掉，固定住断裂的骨头，然后用帽盒的硬纸板将其绑住。他给布斯做了一个简单的拐杖，还给了他一只鞋。
布斯在玛德医生家睡了一整天，天色向晚时分，他忍着疼痛挪下床。他什么也没吃，刮掉帅气的胡子后，在肩上围了一条灰色长围巾，好让边沿遮住右手上名字的首字母文身，以免暴露身份。接着又弄了一副假胡子以作伪装。他付给医生25美元，之后，跟赫罗尔德骑上马，朝着他们的希望之河疾驰而去。
然而，路对面就是西底加大沼泽，里面长满了浓密的灌木和山茱萸，到处都是泥浆和污浊的水塘——这里是蜥蜴和蛇的乐园。黑暗中，两人走错了路，他们在原地绕了几个小时，之后彻底迷路了。
直到深夜，他们被一个叫奥斯瓦德·斯旺的黑人发现，这才获救。此时，布斯的腿疼得难以忍受，已经骑不了马，于是，他给了斯旺七美元，坐上他的货车。第二天是礼拜天，正值复活节，拂晓时分，斯旺赶着几头白骡子停在了里奇希尔门前——大名鼎鼎的有钱人、考克斯上尉家门口。
至此，布斯的逃亡之路暂告一段落。
布斯告诉了考克斯上尉自己是谁，以及他的所作所为。为了证明自己的身份，他还露出用印度墨水刺在手上的姓名首字母。
他以母亲的名义恳请考克斯上尉不要泄露自己的行踪，他哀求说自己现在很虚弱，脚也残了，疼痛难忍，并信誓旦旦地说自己的所作所为全是为了南部邦联。
现在，布斯哪儿都去不了，不管是骑马还是坐车。于是考克斯上尉将两名逃犯藏到附近的松树林里。这里不只是个树林，简直可以说是丛林了，里面还长满了密密麻麻的月桂和冬青。在接下来的六天五夜里，两人在里面等着布斯的腿伤好转，然后继续赶路。
考克斯上尉有个养兄弟，叫托马斯·A.琼斯。琼斯是个奴隶主，多年来也一直是活跃的邦联政府代理人，在波托马克河偷渡逃犯、走私信件。考克斯上尉叮嘱琼斯照顾好赫罗尔德和布斯，所以，他每天早上都给他们送来一篮子食物。由于树林里每条路上都有人搜寻，间谍无孔不入，所以他挎着篮子时会呼唤他养的猪，假装在喂食。
虽然布斯迫切需要食物，但他更迫切地想得到消息。他不停地请求琼斯告诉他外面的消息，好知道民众是如何称颂他的壮举的。
终于，琼斯给他带来报纸，他迫不及待地打开，寻找梦寐以求的铺天盖地的赞誉，然而却一无所获，他得到的只是幻灭和伤心。
他强忍伤痛，花了三十多个小时，快马加鞭赶往弗吉尼亚。然而，比起精神上的痛苦，这些还是可以忍受的。若说北方陷入狂怒，他是可以理解的，也在他的预料之中。可是，当他从弗吉尼亚的报纸上看到，南部——他的南部——背弃了他，谴责他并与他撇清关系的时候，他几乎疯了，只感到灰心和绝望。他满心幻想自己会被尊为第二个布鲁特斯[1]，被奉为当代的威廉·泰尔，可现在却只落得懦夫、白痴、狗腿子和杀手的骂名。
这些抨击像毒蛇一般咬伤了他，又像死神一般凶猛而无情。
他自责吗？不，恰恰相反，除了自己和上帝，他谴责所有人。他辩解道，自己不过是上帝手里的一颗棋子罢了，他是受了上帝的指示，才刺杀亚伯拉罕·林肯的，而自己唯一的错误就在于，不该为一个“堕落腐化”而不懂感恩的民族卖命。“堕落腐化”，这是他在日记里的表述。
“若世人理解我的良苦用心，”他写道，“那一枪便已成就我的伟大，虽然我并不想成为伟人……以我灵魂的伟大，绝不该如罪人一般死去。”
布斯躺在西底加沼泽地附近潮湿的地面上，身上只盖着鞍褥，全身都在瑟瑟发抖，他用悲情而浮夸的言辞表达了内心的痛楚：
潮湿、冰冷、饥肠辘辘，全世界皆与我对抗，如此绝望，原因何在？只因我弑杀残暴君王，像布鲁斯特一般尊贵，如泰尔一般伟大，且成就更高，动机也更为纯粹，却被视为寻常杀手……我本无所求……自觉无可指摘，我心无悔。
布斯躺在那里写东西的时候，三千名侦探和一万名骑兵正在到处搜捕他，他们搜索马里兰州南部的每一个角落，搜遍了所有的房屋、洞穴和建筑物，甚至把西底加沼泽地每个泥泞的水塘都找了个遍，抱定决心要找到布斯——不管是死是活——来领取奖金。为了捉拿布斯，政府悬赏近十万美元。有时，他能听到正在追捕他的骑兵从距他两百码的道路上飞驰而过。
有时候，他能听到马的嘶鸣声和相互间的呼唤声。要是他和赫罗尔德的马有所回应，他们就可能被捕。于是，当天夜里，赫罗尔德将马牵至西底加沼泽枪杀了。
两天后，天空中竟出现了秃鹰！起先只是星星点点，然后越来越近，最后，在马尸上方的空中不停地盘旋。布斯害怕了，他担心秃鹰会引起追兵的注意，因为他们肯定认识他那匹棕色母马。
除此之外，他决定再找个医生。
第二天，也就是四月二十一日，星期五，距暗杀行动已过去一周。晚上，布斯被人抬着骑上了托马斯·A.琼斯的马，他和赫罗尔德再次启程，前往波托马克河。
那天晚上的天气再合适不过了：周围到处弥漫着浓雾，漆黑的夜里伸手不见五指。
琼斯像狗一样忠诚，把他们从躲藏的地方带往河边。他们悄悄地走过田野，跨过公路，穿过农场。琼斯知道周围到处都是士兵和特工，所以每次都偷偷地走上五十码，停下来，听一下周围的动静，然后低声吹响口哨，布斯和赫罗尔德这才跟上他。
一路上，他们走得很慢，稍有声响都为之一惊，这样走了几个钟头，终于到了一条陡峭又曲折的小路上，从这里可以直接到达下面的波托马克河。大风已经刮了一整天，黑暗里，能听到河水拍打沙滩的声音。
近一周来，联邦士兵沿着波托马克河来回巡视，把马里兰州一侧河岸上的所有船只都毁坏了。但是琼斯棋高一着：他早已安排了黑人亨利·罗兰，白天划船在河里捕鲱鱼，晚上就把船藏到登特家的草地里。
所以，当这两个逃犯晚上来到河边时，一切都已安排妥当。布斯跟琼斯小声道了谢，为小船和一瓶威士忌，给了琼斯十七美元。然后，他们爬上船，向五英里外位于弗吉尼亚州的河岸驶去。
大雾弥漫的漆黑夜里，赫罗尔德划着桨，布斯坐在船尾，靠指南针和蜡烛导航。
可他们还没走多远，就遇到了涨潮，他们处在一个狭窄的通道里，水流很急，潮水把他们往上游推了好几英里，让他们在大雾里迷失了方向。两个人一整夜都在躲避波托马克河上巡逻的联邦炮艇，黎明时分，他们发现自己到了上游十英里的地方，可并不比头天晚上更靠近弗吉尼亚州那侧的河岸一步。
于是，他们在纳杰莫利湾的沼泽地里躲了一天。到第二天晚上，他们费尽千辛万苦终于过了河，两人饥肠辘辘，浑身都湿透了。布斯激动地喊道：“感谢上帝！我终于脱险了，来到了辉煌的老弗吉尼亚！”
布斯急匆匆赶到理查德·斯图尔特医生家。理查德·斯图尔特医生是南部邦联的代理人，也是弗吉尼亚州乔治王郡首富。布斯满怀期待，以为自己会被当做南部的救星一样来欢迎。可是，医生已经因为帮助邦联政府数次被捕，现在战争结束了，他可不想再冒着掉脑袋的危险去帮这个杀害林肯的罪犯。这家伙精明得很，他甚至没让布斯进家门，只是很不情愿地给了两人一点儿吃的，但也是让他们去仓库吃，接着就打发他们去一户黑人家里借宿。
连黑人也不愿接待布斯。他只能恐吓他们放他进去睡觉。
这可是在弗吉尼亚！
他曾信心满满，到了弗吉尼亚，只要提及他的名字，连山谷里都会回**着热烈的欢呼声。
三天之后，末日来临了。布斯没有走远，他在三个从战场归来的邦联骑兵的掩护下，从罗亚尔港坐船渡过拉帕汉诺克河，然后骑着其中一个人的马向南走了三英里，来到一个农场，又在他们的帮助下，欺骗农场主说自己叫博伊德，是李将军的部下，在里士满附近打仗时受了伤。
在接下来的两天里，布斯都住在加勒特家，他忍着疼痛，边躺在草坪上晒着太阳，边研究一张旧地图，并记录着去格兰德河以及墨西哥的路线。
住进加勒特家的第一天晚上，晚饭期间，加勒特的小女儿坐在桌前喋喋不休地谈论着总统遇害的消息，她是刚从邻居那里听来的。她说着说着就开始好奇这到底是谁干的，这个刺客收了多少好处。
“依我看，”布斯突然说道，“他一分钱的好处也没捞到，倒落了一身骂名。”
第二天下午，也就是4月25日，布斯和赫罗尔德正躺在加勒特院子里的槐树下。突然，帮他们过拉帕汉诺克河的拉格尔斯少校跑过来喊道：“当心，北方佬正在过河！”
他们急忙跑进了树林，夜幕降临后，又偷偷回到农场上。
这让加勒特起了疑心，他想立刻把这两位神秘的“访客”打发走。是因为怀疑他们射杀了林肯吗？不，他根本没往那方面想。他只是怀疑他们是盗马贼。晚饭期间，当他们说想买两匹马时，他的疑心更重了。睡觉时，两个逃犯考虑到安全问题，直接没有上楼，坚持要睡在门廊下或仓库里——这下什么都一目了然了。
现在，加勒特万分确信他们就是盗马贼。于是，他让他们住进一个存放着干草和家具的破旧烟草仓库里，然后迅速把门锁死。最后，为保险起见，这个老农民还让他的两个儿子威廉和亨利趁夜深人静的时候，偷偷抱着毛毯睡到了隔壁的玉米仓里，这样就能紧紧盯着，以防夜里马匹被盗。
在那个难忘的夜晚，加勒特一家上床睡觉时，心中存着几分期待，希望发生点激动人心的事情。
结果天还没亮，他们就得偿所愿了。
两天两夜以来，一队联邦士兵夜以继日地追寻布斯和赫罗尔德的行踪，找到的线索一个接一个。他们找到了一个看到他们过了波托马克河的老黑人，还找到了黑人船夫罗林斯，是他用一个平底大驳船把他们送到了拉帕汉诺克河对岸。据船夫交代，他们过河之后，那个用自己的马驮布斯的邦联士兵是威利·杰特上校，还说上校在十二英里外的鲍灵格林有个情人，他可能去了那里。
这听起来希望很大，于是士兵们立刻跨上马，借着月光快速前往鲍灵格林。到的时候已是午夜，他们“轰隆”一声破门而入，将杰特上校一把从**拉下来，用左轮手枪抵着他的肋骨喝道：
“布斯在哪儿？你个畜生，把他藏哪儿了？快说，否则把你的心脏崩出来！”
杰特骑上他那匹小马，带这些北方士兵回到了加勒特农场。
周围漆黑一片，月亮下山了，星星也寥寥无几。在九英里的行程中，马匹飞驰而过，**起阵阵烟尘。杰特左右两边各一名骑兵，马的缰绳被系在骑兵的马鞍上，以防他在黑夜中逃跑。
凌晨三点半，士兵们来到了加勒特家被粉刷成白色的破旧老房子前面。
他们迅速而悄无声息地包围了房子，把枪对准所有窗户和出口。指挥官用手枪枪柄重击了一下门廊，命令打开房门。
不久，理查德·加勒特手里拿着蜡烛，打开了门。农场的狗狂吠不止，晚风吹着睡衣后摆不停地抽打在他颤抖的双腿上。
贝克中尉一把掐住他喉咙，用手枪抵住他的头，命他交出布斯。
老头儿吓得舌头都打结了，他发誓那两个陌生人不在他家，说他们早就跑进了树林。
他撒了谎——听起来也不像实话。于是士兵们把他拖到门外，拿出一根绳子在他面前晃了晃，威胁要立马把他吊死在院子里的槐树上。
正在此时，加勒特的一个在玉米仓睡觉的儿子跑出来讲了实话。听完，士兵们立即包围了烟草仓库。
枪声响起之前还进行了多次谈话。为了让布斯投降，北方军官们和他谈了十五到二十分钟。可他竟然喊话回来说自己是个残废，问他们敢不敢“给跛子一个表演的机会”，并提议大家后退一百码，让他出来跟所有人一一过招。
赫罗尔德完全泄了气，他想投降。这让布斯十分反感。
“你这个该死的懦夫，”他狂怒着喊道，“滚出去，我一点儿也不想看到你。”
于是，赫罗尔德走了出来，双手放在前面，等着被戴上手铐。同时，他还苦苦祈求怜悯，不停地说自己喜欢林肯讲的笑话，发誓说自己并没有参与暗杀行动。
康格上校把他绑到一棵树上，命令他停止那愚蠢的啜泣，否则就堵住他的嘴。
然而布斯不愿投降，他认为自己是在干一番功盖千秋的伟业。他朝追捕他的士兵喊道，他的字典里没有“投降”两个字，并提醒他们“在光辉的旗帜上又添一个污点”时，为他准备一副担架。
康格上校决定用烟把他熏出来，他命令加勒特的儿子在仓库后面堆满干的灌木。布斯看到后开始诅咒他，并要求他住手，否则就朝他开枪。于是他停了下来。但康格上校悄悄溜到仓库后方的一个角落，从裂缝处拽出一束干草，用火柴点燃了。
这个仓库起先是用来存放烟草的，留着四英寸宽的通风口。透过通风口，士兵们看到火势越来越大，布斯搬起桌子，与聚拢的火焰做着斗争——一个演员最后一次站在聚光灯下，一个悲剧演员告别演出的最后一幕。
上面有严格的命令，要活捉布斯。政府不想直接杀了他，而是要重判并绞死他。
如果不是因为一个反应迟钝的中士，他可能真被活捉了。那个中士叫“波士顿”科比特，是个宗教狂。
所有人都接到好几次警告，没有命令不得开枪。后来，科比特声称他接到了命令——上帝给他的命令。
透过燃烧的仓库的缝隙，“波士顿”看到布斯扔掉拐杖，丢下卡宾枪，举起左轮手枪，跳到了门口。
“波士顿”确信布斯会用子弹给自己开路，为自由做最后一搏。
为防止伤及无辜，科比特往前一步，用手臂托住枪，从裂缝处找到目标。在为布斯的灵魂祷告后，他扣动了扳机。
随着“砰”的一声，布斯大喊着，一条腿高高抬起，踉跄了一下，就脸朝下跌在了干草上。这是致命的一枪。
熊熊大火很快吞噬了整个仓库的干草。贝克中尉迫切想把他救出来，以防这个奄奄一息的家伙被大火烤煳。于是，他冲进燃烧的仓库，跳到布斯身上，将他手里紧握的左轮手枪抠了出来。紧接着他把布斯的两条胳膊捆到一侧，以防他是装死。
布斯很快被带到农舍的门廊上，与此同时，一个士兵骑上马，沿尘土飞扬的小路，到三英里外的罗亚尔港去给他找医生。
加勒特太太有个妹妹，姓哈罗威。哈罗威小姐是个教师，寄宿在加勒特家。当她认出，门口这个躺在忍冬花枝蔓下奄奄一息的人，就是浪漫派演员和大情圣约翰·威尔克斯·布斯时，便说一定要好好照顾他。她让人拖出一个床垫给他躺着，还拿出自己的枕头，亲自垫在他头下，甚至把他的头放到腿上喂他喝酒。但是他的喉咙好像已经失去了知觉，不能吞咽。哈罗威小姐便把手帕浸了水，不停地湿润他的嘴唇和舌头，还给他按摩太阳穴和额头。
这个垂死之人痛苦地挣扎了两个半小时。他苦苦哀求给他翻翻身，一会儿脸朝下，一会儿侧身，一会儿平躺。他边咳嗽边要求康格上校用力掐他的脖子，并痛苦地喊道：“杀了我吧，杀了我吧！”
他用微弱的声音一字一顿地说着，并要求把这句告别的话转达他的母亲：
“告诉她……我认为……我所做的……是对的，我是为……我的国家而死。”
咽气之前，他要求抬起他的双手，让他看看它们，但两只手已经完全不听使唤了，他低声咕哝道：
“废物！废物！”
这是他说的最后一句话。
当太阳从加勒特院子里古老的洋槐树顶端升起时，布斯死了。他的“下巴突然拉长，向下方歪去，眼珠转向双脚，并开始鼓胀起来……伴着‘咯’的一声，他双脚一蹬，头仰到了后面。”这就是最后的结局。
当时是早上七点钟，比林肯去世的时间晚了二十二分钟。“波士顿”科比特的子弹击中了布斯的后脑勺，与布斯击中林肯头部的位置相比，伤口要向下一英寸。
医生剪掉布斯的一缕头发，交给了哈罗威小姐。她一直保留着这缕头发和他枕过的沾满血迹的枕套——一直保留着、珍藏着，直到多年以后，她贫困潦倒，才不得不拿出带有血渍的枕套的一半，换了一桶面粉。
[1]古罗马政治家，图谋刺杀恺撒。