赵构继位没多久，在主和派的建议和支持下，他决定放弃中原，准备南逃。但是，由于李纲等人的强烈反对，他最后只好先护送“隆祐太后”（即哲宗孟皇后）南渡，自己再另找机会南下。建炎元年（1127年）八月，李纲被罢去宰相一职；同年十月，南宋小朝廷便从南京应天府全部逃往扬州。当时，宋廷陆续出现了一批奸佞小人，比如内侍省押班康履等宦官，依仗赵构平日里对他们的宠信，开始骄奢作乱，引起人们的不满。此外，还有一个人也实在招人讨厌。他因为在赵构任天下兵马大元帅时护驾有功，才得到赵构的信任，这个人就是王渊。在赵构的恩宠之下，王渊很快就当上了御营都统制及枢密使；后来，他又与宦官勾结，节节高升。然而，王渊这个人聚敛钱财，总是背着赵构，干一些见不得人的勾当，大肆搜刮民脂民膏。
建炎三年（1129年）二月，金兵进攻时，王渊在慌忙之下，建议从应天府逃到扬州，再到镇江，最后再护送赵构逃到杭州。他还主动提议自己负责断后，表面看来，他似乎是大公无私，在替皇帝做事。其实，他的目的并不那么单纯，他只是想利用战船，来运送自己搜刮的那些财宝。此举致使数万宋兵及战马失陷敌营，实在可恨之极。在行军的过程中，康履等宦官也开始作威作福，强占民宅。他们的所作所为，让随军的苗傅看在眼里，对此愤恨不平。看得出来，在那关键时刻，真心护卫赵构的只有苗傅的军队，韩世忠、张俊、杨沂中、刘光世等都分守其他要害，这就为兵变埋下了伏笔。
按常理，王渊所做的那些离谱的事，本应受到严厉的处罚。但因他与宫中宦官有交情，赵构又十分宠爱这些宦官，为了让彼此下台，只是罢免了王渊枢密使的职位，改任同签书枢密院事，而并没有给予其他严厉的处分。毫无疑问，赵构如此不公平的举动，激起了许多军官及士大夫的不满。同年三月，赵构下令允许王渊再次掌管枢密院事务，并对他开了先例，告诉他不必呈书报奏皇帝。禁卫军司令苗傅自认为其家族功劳很大，实在是看不下去王渊的所作所为，他愤恨地说：“汝辈使天下颠沛至此，犹敢尔耶！”
当时，不满王渊的还有威州刺史刘正彦，虽然他是王渊一手提拔的，却也不满王渊征召他的士兵。于是，两人便在军中散播不满情绪。由于军中大多数是华北人，也十分厌恶那些宦官。所以，他们的反抗情绪也得到了很多人的响应。随后，苗傅与幕僚王世修，还有王钧甫、张逵、马柔吉等人率领的“赤心军”议定，商量先杀王渊，再除去那几位宦官。计划终于开始了，他们告知王渊临安县境有盗贼，希望王渊同意他出动部队。
这时，宦官康履的侍从不知道从哪里得到密报，有一张疑似欲兵变造反的文书，上面还有“统制官田押，统制官金押”的签名字眼，“田”就是“苗”，“金”就是“刘”的代号。康履得到消息后，立即密报赵构。赵构觉得有点不可思议，于是立即召宰相朱胜非进宫，与其一起商议此事。同时，又命康履去通知王渊。康履说，他发现苗傅等人近来总是聚集在天竺寺附近，现在看来他们真的是有所企图。之后，他又把苗、刘拿“郊外有贼”的借口，让士兵出外的事情告知了王渊。当天晚上，王渊就在埋伏了天竺寺外五百精兵，城中一时惊慌，居民都紧闭大门，不敢随便出入。
同年三月二十六，那一天，恰好是神宗赵顼的忌日。按照惯例，文武百官都需要行香祭祀。祭祀完毕之后，文武百官都要进入朝堂。苗傅和刘正彦的计划照常进行，他们先命令王世修在城北桥下埋伏兵士，等王渊退朝之际，他们将其拖下马，然后宣称他勾结宦官谋反。趁乱之际，刘正彦将王渊亲手杀死。随后，他们又包围了康履的住处，开始大肆捕杀宦官，并把王渊的首级悬挂在城外，这才率军进围皇宫，兵临城下。这时候，赵构也得到了苗、刘叛乱的消息，可是已经来不及了。因为把守拱门的中军统制吴湛早已经与叛军私通，为叛军打开了城门，高喊：“苗傅不负国，只为天下除害。”
杭州知州康允之等人见情况危急，便立即请求赵构登上城楼，来稳定军民，否则将无法制止这次叛乱。赵构登上城楼以后，询问苗傅叛变的原因。苗傅见到赵构后，立即下跪行拜。跪拜完毕后，便指责赵构说：“皇上信任宦官，赏罚不公，将士有功却不加赏，而结交宦官的却能得到高位。黄潜善、汪伯彦昏庸误国却并没有被流放，王渊遇到敌军不能有效抵抗，却因为结交康履而获得枢密的高位。但是，臣自皇上登基以来，立功很多，至今还在偏远的地方做团练。现在，臣已经把王渊斩首了，在外面的宦官也一并诛杀了，臣希望皇上能够斩杀康履、蓝珪、曾择三人，以谢三军。”赵构回答说：“内侍有过，当流海岛。卿可与军士们归营。”
本来，赵构希望兵变就此平息，但是看到城下的叛军并没有退去的意思。苗傅说道：“今天的事情都是臣一人所为，与其他人没有关系，希望陛下以天下苍生为重，杀掉那些危害的宦官，如果不杀掉他们，我们绝不回去。”赵构说道：“朕知道将军们忠义，现在就任命苗傅为承宣使及御营都统制，刘正彦为观察使及御营副都统制。其他军士一律无罪。”苗傅还高喊：“如果我们只想升官，只要连络宦官就好了，何必来此？”于是，赵构就询问身边大臣的意见。这时候，浙江安抚司主管时希孟说：“现在宦官之患已经到达了极点，如果不能把宦官全部除去的话，恐怕天下就会大乱了。”军器监叶宗谔也说：“陛下何必珍惜一个康履呢？暂且用他的人头来安抚三军吧。”赵构听完二位大臣的建议后，只好用竹篮将康履垂吊下城，交给了叛军。叛军则一不做二不休，立即腰斩康履，深怕会有变。
紧接着，赵构下令让苗傅等人回营。苗傅等人上前解释说：“皇上本来不该即位，将来如果徽宗和钦宗回来，你该怎么办呢？”赵构察觉出苗傅等人实在难以对付，就派宰相朱胜非下城和叛军谈判，苗傅等人则请求隆祐太后来垂帘听政以及与金国议和。赵构只好答应，当即下诏请隆祐太后垂帘听政。但是，苗、刘二人听诏竟拒绝下拜，并要求赵构退位，册立年仅三岁的皇太子赵旉（赵敷）为帝。张逵说道：“民为贵，社稷次之，君为轻，望陛下今日之事应以社稷百姓为重，况且已有徽宗的先例。”当时群臣议论纷纷，有的支持赵构接受退位的条件，有的则大力斥责叛军。当时天气寒冷，赵构坐在城楼上的没有被褥的竹椅上，派颜岐去请太后时，就楹立一侧而不就坐，百官请他上坐，他则表示“我已经不配坐这个座位了”。
过了一会儿，隆祐太后就出来了，但是她不愿意登到城楼上，希望能够直接出城安抚苗傅等人。百官都认为这样太冒险了，担心叛军会挟持太后，只有朱胜非认为对方必定不敢这样做，并请求自己跟随太后一起出城，并借此看出叛军的企图。苗傅等人在城外见到太后以后，便下拜说：“百姓们是无辜的，现在生灵涂炭，希望太后能出来主持朝政。”太后说：“自徽宗以来，任用蔡京、王黼等奸佞之人，随意更改祖宗法度，才养成了今日之祸，这与当今皇上无关啊。更何况，皇上圣明孝廉，只不过被黄潜善、汪伯彦所误，现在已经把他们流放了，难道你们不知道吗？”苗傅说他们已经商量好了，不能犹豫。太后说：“既然如此，那我就与当今皇帝共同执政。”但是，苗傅却执意要废除赵构，立太子赵旉为皇帝。太后说：“现在皇子才三岁，我一个妇道人家抱着一个幼儿怎么能让天下信服呢？如果一旦让敌国知道了，岂不是更加不把朝廷放在眼里了。”苗傅等人软硬兼施，最后竟然威胁说三军有可能会当场生变。这时候，颜岐前来对太后说，皇上已经同意了苗傅等人的请求，请太后现在就下旨。
隆祐太后回去后，赵构知道此时已经无法挽回了，只好同意禅让君位。于是，他便命令朱胜非向苗傅约定四件事：一是要像对禅位的徽宗一样对待让位的赵构，供奉需丰厚；二是让位之后事情要听太后及即位的幼君处置；三是下诏完毕后就和部队回到营区；四是约束军士，不可抢掠纵火、骚扰百姓。如果遵从约束，赵构当即就下诏让位，并让兵部侍郎李邴起草诏书，说：“朕自即位以来，强敌侵凌，远至淮甸，其意专以朕躬为言。朕恐其兴兵不已，枉害生灵，畏天顺人，退避大位。朕有元子，毓德东宫，可即皇帝位，恭请隆祐太后垂帘同听政事。庶几消弭天变，慰安人心，敌国闻之，息兵讲好。”写好诏书后，赵构便派朱胜非下城去宣读。朱胜非询问苗傅的手下王钧甫，王钧甫说：“苗刘二人忠心有余但是学问不足。”宣诏完毕，叛军立即退去，在喧闹的市集大喊道：“天下太平了！”
第二天，隆祐太后垂帘听政，并大赦天下，尊赵构为“睿圣仁孝皇帝”，并将显忠寺改名为睿圣宫，只保留宦官十五人，其余都编遣解散。苗傅等人还是不肯放心，专门派人前往探查，他们担心赵构会多留内侍。苗傅等人当政以后，想要改元并迁都到金陵。在苗傅等人的逼迫下，隆祐太后只好答应改年号为明受，但是却以金陵靠近江北难以防御金兵为由，婉拒了迁都的要求。
宰相朱胜非知道苗、刘见识短浅、不难对付，便周旋于叛军和太后之间，迷惑苗傅，使自己取得了单独面见太后的权利，又企图策反苗傅的手下王世修、王钧甫等。苗傅掌权后不久，贬宦官曾择、蓝珪到岭南，并派杀手在半路上追而斩杀曾择。又企图以所部士兵代替禁军守卫睿圣宫，甚至想邀赵构游览南方，都被朱胜非技巧性的阻止。
几天后，驻防平江的张浚接到大赦的旨令，知道情势有变，于是便通知驻防吴江的张俊、驻防江宁的吕颐浩等人起兵讨伐。张浚在平江起兵，约刘光世和吕颐浩率兵到此会合，同时派冯轓到杭州规劝苗、刘等人让赵构复位，迷惑叛军。同时，还派人到刘光世和韩世忠的军中宣传起兵的消息。韩世忠和刘光世先后率兵至平江，听候张浚调遣。之后，张浚和刘光世、张俊、韩世忠联名传檄天下“勤王”，从平江大举出发声讨苗、刘。苗、刘闻讯大为惊恐，被迫接受朱胜非和冯轓的提议，率百官奏请赵构复辟。
建炎三年（1129年），“太后下诏还政，皇帝复大位”。赵构还宫后，诏尊太后为隆祐皇太后，并恢复了苗傅策立的幼君赵旉为太子，且故意任命苗傅为淮西制置使，刘正彦为淮西制置副使，将他们引出朝廷，隔天下诏恢复年号建炎。苗、刘二人担心赵构伺机报复，于是提了一个大胆的要求：希望赵构能够赐予他们一张免死“铁券”，赦免并不再追究他们兵变的责任。赵构知道这两个人学识一般，就想糊弄他们一番。于是，他毫不犹豫地在铁券上写了“除大逆外，余皆不论”这样一句话。然而，苗、刘二人并没有察觉到这是赵构的计谋，以为已经安全了。当天，勤王军队到达临平，大破叛军，挺进北关，苗、刘二人率领精锐两千人，并拿着赵构所敕赐“铁券”逃出杭州。没曾想，在去往杭州的路上，他们二人不幸被韩世忠俘获并斩杀。其实，这些事情都是赵构一手安排好了的。
此次兵变，也可以说是南宋抗金斗争的一个转折点。它不仅打击了主张和支持皇帝南逃的主和派势力，同时，也促使南宋朝廷进行整顿吏治，从而缓解了当时的内部矛盾。