纵观哲宗一朝，无论是高滔滔垂帘听政的元祐时期，还是哲宗赵煦亲政以后，其中最活跃的当属朝中的大臣们。由于变法革新与守旧祖法之间矛盾的延续，以及赵煦与高滔滔之间的冲突，使得当时革新派与守旧派都无可避免地卷入了党争之中，成为党争的主角。在高滔滔执政的八年时间里，守旧派控制了整个朝廷，对革新派的打击也从来没有放松过。这样，在哲宗早期，朝廷里便出现了著名的“蜀洛朔党争”。
元祐元年（1086年），王安石与司马光相继病逝，守旧派内部失去了协调和融合不同政见的领袖人物，保守派的成员就逐渐以地域为主，划分为蜀、洛、朔三党。其中，蜀学以苏轼为首，主要成员有苏辙和侍御史吕陶等人；洛学以理学派的创始人程颖为首，主要成员有朱光庭、贾易等人；以御史台官员结为朔党的人数是最多的，主要成员是刘挚、王岩叟、刘安世等人。三党的名称，由其领袖籍贯而来。
最先爆发冲突的是程颖和苏轼。程颖在司马光、吕公著二人的大力推荐下，被进为崇政殿说书，为11岁的哲宗皇帝讲经学。说到程颖这个人不仅为人迂腐刻板，还不懂得处理人际关系。他在给赵煦讲经学期间，对赵煦严加管教，甚至还大胆进谏：要求皇帝左右的宫人、内臣都要选择45岁以上厚重谨慎之人，伺候皇帝的日常起居；皇帝的任何动静都要让讲经的官员知道，都不允许有任何隐瞒作假。因为程颖以老师为名，对赵煦正色训诫，再加上他主张一切用古礼，此举引得中书舍人苏轼的强烈反感，认为他的做法十分不近人情，于是总是借机讥讽程颖。这样，程颖和苏轼之间就结下了矛盾。
据说，当时还发生了一件很巧的事情。司马光病逝那天，恰巧是皇上颁布大赦诏令的日子，朝中大臣纷纷前来举行朝贺。很多官员准备在庆礼结束之后，再去司马光家吊唁。但是，程颖却又一次以道学自居，认为不可以去，并且引经据典地说：“经学中是这样说的，孔子在一天里笑了就不会再哭。”程颖的这番话当场就遭到其他人的反驳，说：“孔子说是哭则不歌，但是没有说歌则不哭。”站在旁边的苏轼接过话头，用讽刺的口吻说：“这大概就是枉死在西市上的叔孙通制定的礼，而不是孔夫子的礼。”众人听后都开怀大笑，只有程颖尴尬地站在那里，半天说不出一句话来。从那以后，他们二人的嫌隙就更深了。程颖的学生右司谏贾易、右正言朱广庭二人也替自己的老师打抱不平，想找机会替老师报仇。于是，他们也极力寻找机会来弹劾苏轼。
元祐元年（1086年）十月，苏轼在为考试官职者所出的策问中提出：“古时，周公和太公治理齐国、鲁国。但是，后世还是难免衰亡，并且告诉子孙这些治理方式是不能原封不动地奉行。所以说，即使大圣大贤的治理方法，也是不免会有弊端的。”又说：“我朝六圣（宋太祖、宋太祖、宋真宗、宋仁宗、宋英宗、宋神宗）以来，虽然治理的方式各自不同，但是都可以同归于一个仁字。”“如果现在效法仁祖的忠厚，则百官就有可能不再很好地履行他的职位，而至于敷衍了事；如果要是效法神考的励精，则百官就可能不能领会它的真实内涵，而使行政过于苛刻。”苏轼的此番话刚一出，就立即被洛党人物抓住了。于是，朱光庭借机奏称苏轼曾经辱骂过司马光和程颖二人。但是在苏轼申辩后，高滔滔并没有治苏轼的罪。这时候，朔党的王岩叟等人也出来凑热闹，他们担心朱光庭会因为此事被逐出朝廷，就上疏说苏轼虽然没有罪，但也不是没有过错。一时间，此事便成为了朝廷的重要议题。尽管吕公著等人企图平息争端，但是王岩叟、朱光庭等人却非要争个你是我非。
元祐二年（1087年）二月，苏轼再次阐述自己的意见：“我经常忧虑，非常担心文武百官们矫枉过正，而使神宗的励精图治，会逐渐地被破坏。担心数年之后，管理官吏的司法逐渐宽泛，理财的方法逐渐松弛，国防之事也会懈怠，当然还会有更多的忧虑，是无法表达的。”苏轼的这些阐述，实际上表达了对当前政治的不满。当洛党人士贾易、朱光庭等人弹劾苏轼考试策问出题是讥讽仁宗和神宗时，蜀党人士也是不甘示弱，吕陶也起来反攻贾易、朱光庭身为台谏官，不应假借事权报私仇。洛党人士贾易又弹劾吕陶与苏轼兄弟结党，并涉及到文彦博、吕公著。高滔滔听后大怒，立即罢贾易谏官，出知怀州。御史胡宗愈、谏官孔文仲等劾奏程颖“汗下险巧，素无乡行，经筵陈说，僭横忘分”。同年八月，程颖被罢崇政殿说书，出管西京国子监一职。
元祐四年（1089年），因为蔡确被贬之事，三党之间又起了纷争。为此，蔡确在安州赋诗十章，但却被保守派指为他是在讥讽高滔滔。高滔滔听后大怒，一气之下便把蔡确贬到了新州。左相范纯仁向高滔滔谏言：“不可以语言文字之间，暧昧不明之过，窜诛大臣。”蔡确被贬后，吕大防以为蔡确党盛，不可不治。谏官刘安世、吴安诗等奏范纯仁也是蔡确一党，罢相出知颖昌。
元祐五年（1090年），文彦博因为年老提出告老还乡，随后吕大防升为左相，朔党刘挚为门下侍郎。第二年，吕大防又被进为右相，但是两人又不和。御史杨畏依附吕大防，劾奏刘挚，刘挚被罢相，出知郑州。为此，朱光庭为刘挚辩解，也被罢给事中，出知亳州。就这样，保守派官员结为朋党，相互攻击，陷入一片混乱之中，“朋党之争”非但没有什么政绩可言，反而使当时的政治变得极其复杂，政治的内耗削弱了北宋的实力，为北宋王朝走向没落敲响了警钟。
元祐八年（1093年）九月，赵煦正式亲政，他在高滔滔的影子下生活了整整八年，所以，当他亲政后，便想彻底从高滔滔的阴影中逃出来，想以最快的速度活出自己，给自己最大的发展空间，以施展自己的抱负。对于元祐大臣的憎恨之心，他也开始付诸行动了。他亲政以后，翰林学士范祖禹便连上几道奏折，请求皇帝能够支持元祐时期的政策。但赵煦根本不予理睬，并且不顾元祐大臣的反对，提拔了原先伺候他的几个宦官。正当赵煦为朝廷缺少和他意志相同的大臣而烦恼时，礼部侍郎杨畏上书说：“神宗更法立制以垂万世，希望能研究新法来继承。”于是，赵煦召见杨畏，问他先朝旧臣谁可以起用，杨畏就推举吕惠卿、邓润甫等人，并且讲了神宗建立新政的本意和王安石变法的益处。赵煦很是信服，当下就任命章惇为资政殿学士、吕惠卿为中大夫、李清臣为中书侍郎、邓润甫为上书右丞，这些任命全是哲宗直接发布的，连常规程序都没经过。
不久，赵煦就将元祐九年改为绍圣元年，正式打出了继承神宗事业的旗号，从此“绍述”之论大兴，国事从根本上改变了。十几日间，变法派分子接踵回到了朝廷。范祖禹由于反对章惇，被罢免翰林学士职，右相范纯仁辞官出任颖昌。章惇为相，蔡卞、蔡京、林希、黄履、来之劭等都入朝任要职；吕惠卿知大名府，又转知延安府备西夏。变法派在赵煦的大力支持下，再度掌握政权，展开了对保守派的反击。
绍圣元年（1094年）七月，御史中丞黄履、张商英、来之劭等上疏，论司马光擅自更改先朝之法，实属叛道逆理，罪名昭著。于是，赵煦就追夺司马光、吕公著死后所赠谥号，还毁坏了为他们立的碑。而同属保守派的吕大防、刘挚、苏辙等人也被陆续贬官。随后，赵煦下诏：“大臣朋党司马光以下，各以轻重议罪，布告天下。”次年八月，赵煦又下诏：“吕大防等人永远不得任用及恩赦。”范纯仁上疏，请将吕大防等原放，赵煦非常生气，范纯仁因此落职，被迁徙随州。
绍圣四年（1097年），赵煦再次追贬司马光、吕公著及王岩叟等已死诸官。吕大防、刘挚、苏辙、范纯仁等流放到岭南，文彦博由太师贬为太子少保。大抵在此几年间，新法只是恢复到王安石罢官后元丰时的状况。变法派虽然再起，但并没有能够朝着打击大地主、大商人的方向再向前进。而且免役法恢复时，规定各地豪强地主大户出免役钱在一百贯以上者，每一百贯减三份。像这样的变动，便对大地主有利了。
就像保守派一样，当失去了共同的政敌时，变法派内部也随之出现了分裂。这时候，宰相章惇又主张将文彦博以下三十人都流放到岭外。但这个主张刚一提出，就立即遭到中书侍郎李清臣的异议，以为实在是不妥，如果将累朝元老流放，将会使舆论振动，非常不利于朝廷和社会的安定。经过一番激烈的讨论，赵煦采纳了李清臣的建议，重罪数人，其余不再问罪。因为这件事，章惇心里一直耿耿于怀，和李清臣产生了内部矛盾。自此，章惇就开始在背地里找李清臣的麻烦，发动各种人来弹劾李清臣。刚开始赵煦还在想办法维护李清臣，后来弹劾李清臣的人多了，赵煦也就顾忌不了那么多，贬李清臣出任河南府。
此外，张商英与来之劭也发生不和。开封官府曾传出，张商英因为曾派人谋杀过来之劭，才被贬官外出。而御史杨畏在元丰时期是变法派，曾一度依附吕大防。高太后逝世后，他最先主张复新法。左正言孙谔说杨畏是“杨三变”。没过多久，杨畏也落职。孙谔论免役法，主张兼采元丰、元祐时期的政策。蔡京说孙谔想要给元祐大臣申辩。因为此事，孙谔也落得个被罢职的下场。
元符二年（1099年），知枢密院曾布更进指责章惇、蔡京对元祐党人处理过分，说曾布是在公报私仇。因为曾布虽然在哲宗时期属变法派，但却反复无常，给朝廷造成了严重的影响。所以，这个时期的变法派并没有对宋朝起到有利的作用。所以，在哲宗初期，革新派和守旧派在态度上已经有所转变，当然除了司马光以外。在对神宗时期实施的新法上，守旧派代表人物苏轼曾在给朋友的书信中表露了的一些偏激言行的反思和自责，认为新法是有一定效果的。而革新派章惇等人也曾指出新法中的还是存在一些弊端，需要进一步改正。
由此可见，两派的一些人都已经看到了新法的利弊之处。如果两派能够消除矛盾、因势利导，那么北宋的政治也许会出现意想不到的转机。然而不幸的是，在守旧派控制朝政的这段时间里，使得两派的斗争更加激励，没有了缓和的余地，终于在最后导致了革新派的反扑。