当一个政权不能为百姓谋利时，势必会让百姓们产生抵触情绪。在危急关头，皇权交接才是维护赵氏家族统治的最好方法。庆历七年（1047年）十一月，仁宗赵祯正在因为朝廷内部发生的种种矛盾而烦恼时，贝州（今河北清河）宣毅军又发生了王则领导的起义，这让赵祯更是伤透脑筋。说起王则，他是仁宗时期河北士兵起义的领袖人物。仁宗时期，因为“冗官”“冗兵”“冗费”三冗的出现，使宋朝陷入了政治经济的大危机，也让赵祯有了强烈的危机感。
··为了维持战争的需要，也为了维持政治统治的需要，宋朝统治者唯一能想到的解决办法就是加紧对老百姓剥削。如此一来，人民就背上了沉重的负担，而田赋不均更是会引起老百姓的愤怒和不满。面对这样内外交困的形势，赵祯做出了改革的决定。说行动就行动，他立即任命范仲淹为参知政事，进行了所谓的“庆历新政”。但是由于封建顽固势力的反对和赵祯个人的动摇不定，新政改革施行没多久，便以失败而告终，赵祯唯一的希望就这样被破灭了。也正因为新政的失败，加剧了农民阶级与统治者之间的矛盾，被逼之下，各地农民才纷纷团结起来，集体反抗统治者的压迫，王则起义就是在这样的背景下爆发的。
以王则为首的起义刚刚发动后，的确让朝野上下为之一震。赵祯在接到消息之后，慨叹地说：“大臣无一人为国了事者，日日上殿何益？”参知政事文彦博主动请缨前去镇压。庆历八年（1048年）正月，赵祯任命文彦博为河北宣抚使，以明镐为副，率领大军围攻贝州。因贝州城峻易守不易攻，宋军攻了许久还是没能拿下。最后在北城急攻，趁起义军不备之际，偷偷在南城挖通地道，随后潜入城内。起义军突围而出，王则、张峦、卜吉等人被俘。可是顽固的起义兵不肯就范，仍然坚持作战，直到最后被焚牺牲。战斗结束后，宋朝统治者便把王则、张峦、卜吉等人押解到开封，随后残暴处死。就这样，起义军的领袖们英勇地牺牲了。
王则起义从发动到失败，只有短短的六十五天时间。宋军虽然用很快的速度镇压了这次起义，的确让赵祯震惊不已，但同时也给予朝廷一次沉重的打击。这次起义最鲜明的特色就是，利用宗教传播进行舆论宣传，而且在事前已经进行了十分周密的计划和部署。起义之后，又建置初步的官署，其行动一直在有步骤、有计划地进行着。与此前的那些起义相比起来，显然又前进了一步。然而在王则起义过后没多久，又发生了一次让赵祯闻风丧胆的宫廷兵变。
庆历八年（1048年）闰正月十八晚，赵祯下了早朝之后，就去了曹皇后的寝宫歇息。半夜时分，崇政侍卫官颜秀、郭逵、王胜和孙利等人，趁着夜深人静之时，杀死了守宫的军校，还夺得了兵器。随后，又越过延和殿，直奔赵祯的寝宫。因为动静实在太大了，延和殿的宫女们被眼前的场面吓坏了，一个个叫着喊着往外跑。赵祯正睡得香甜，突然从宫女们的尖叫声中惊醒。他恐慌不安，一骨碌从睡榻上爬起来，急急忙忙披上外衣下榻。他不知道外面究竟发生了什么，他顾不了那么多，着急出门逃避。正在这时候，曹皇后从后面抱住了他，拦住了他的去路。
曹皇后插紧门栓，急呼宫人召侍兵入内，内侍宦官们也被紧急动员起来。颜秀等人见势不妙，于是急忙纵火而撤。毕竟寡不敌众，他们被闻讯赶来的宫卫、宦官当即斩杀。这时，惊恐不已的赵祯才松了口气。之后，他不仅大兴狱事，还命人把宫中临近屋檐的大树统统砍倒，并重新缮治城垣，整修门关。此时的赵祯困扰不堪，感觉即使自己有分身术，也不能在短时间内解决政荒民蔽的问题。然而，更令他心焦的还是皇位继承人的问题。在赵祯三十四岁前，曾有过三个儿子，可是都不幸夭折。其后，他虽然生到第十三女，却一直再没有儿子出生。因此，皇嗣成为当时朝廷内外最关注的大事之一。
至和三年（1056年）五月，知谏院范镇率先奏请皇帝早立太子。在当时的君主制下，立储问题是最为敏感的朝廷大事，即便是宰相也不敢妄议，以免疑忌于君主而身败名裂。因此，范镇的大胆奏议，引得朝廷上下一片轰动。宰相文彦责备范镇事先不与执政商量，范镇说：“我做好必死的准备，才敢上奏。与执政商议，若以为不可，我难道终止吗？”那时候，司马光在并州通判任上，也一直鼓励范镇义无反顾，以死相争，并与御史赵抃先后上书支持他奏请。可赵祯只是把范镇先后送呈的十九道奏章交给中书，迟迟不表态，中书宰执也没办法，只得不置可否。不久，朝廷又升任范镇为侍御史知杂事，范镇进言：“不用居家待罪百余日，须发尽白。”赵祯被他这句话所感动，流泪请他再等两三年，还指望自己能生龙种，其实他自己也明白，他这个年龄，再生皇子也是不可能的了。
嘉祐三年（1058年），张尧佐去世，赵祯发牢骚说：“台谏官总以为朕用张尧佐，就像唐明皇用杨国忠那样，会招来播迁之祸。朕看也不见得。”站在一旁的户部员外郎唐介接过话头说：“陛下一旦有播迁之祸，恐怕还不如唐明皇。明皇还有儿子肃宗兴复社稷，陛下靠谁？”赵祯气得脸色骤变，却无反驳的理由，沉默了半天，才说：“立子之事，与韩琦已商量好久了。”当时的韩琦正与富弼并相。他为相以后，用人只据公议，所用之人未必谋面，甚至也不知道是他所荐。他任相不久，就向赵祯进言：“应该吸取前代储君不立引起祸乱的教训，选择宗室子弟中的贤能者立为太子。”
嘉祐六年（1061年）闰八月，知谏院司马光也上了立储札。赵祯让他把奏疏交给中书，司马光不肯，非要皇帝自己宣谕宰相。当天，韩琦知道后让人传言司马光，争取把建言立储的奏札送到中书，否则他作为宰相，欲发此议，无从说起。次月，司马光旧事重提，列举了相关的历史教训。赵祯叫他将所奏立即送至中书。司马光遵旨照办，并对韩琦说：“诸公倘若不及时议定大事，有一天，禁中夜半拿出一张纸，说立某人为嗣，那时天下谁也不敢吭声了。”韩琦等宰执同声应道：“敢不尽力。”算来因为立储之事，司马光已经先后七次上书。
同年十月初，赵祯召见宰相韩琦等人，并宣读了司马光等人的奏折，然后对韩琦等大臣说：“立嗣的事情，朕也是考虑了好久，但一直没有合适的人。”这时，大臣们齐口同声地说：“一切由皇上做主。”赵祯又恼火，又无奈，他停顿了半天，才缓缓地说：“朕在宫中养了宗室的两个儿子，小的虽然纯洁可爱，但是不甚聪明，那就立大的吧！”韩琦害怕因为立嗣问题，引起宫廷争斗，继续问赵祯说：“请圣上指出其名。”不得已之下，赵祯只得立早已养在宫中的宗室之子濮安懿王赵允让的儿子赵宗实为嗣。直到此时，赵祯才将立嗣之事定下来，而赵宗实就是后来的宋英宗赵曙。
嘉祐七年（1062年）八月初五，赵祯发布诏令，正式立赵宗实为太子。皇子既然已经立下，赵祯头痛的问题终于解决了，他的心情才稍稍有些宽慰。不久之后，赵祯便召辅臣近侍、台谏百官、皇子宗室等游幸龙图阁、天章阁、宝文阁等，还即兴挥毫为书，分别赏赐给一些随从的大臣们。看得出来，在确立了太子之后的那段日子，赵祯过得很是轻松，心情也不错；他每天除了处理那些无聊政务，也会趁着闲暇时间干点自己喜欢的事情。
嘉祐八年（1063年）三月二十九日晚，赵祯突然发病，后半夜的时候病情加剧。一下起来向宫女索药喝，一下又嚷嚷着要见皇后。等曹皇后等人赶到的时候，赵祯已经不能说话，仅用手指了指心窝，整个人一副有气无力的样子。当天晚上，赵祯就去世了，终年五十四岁。