1940年3月1日，八路军总司令部、中共中央北方局在离八路军总部驻地王家峪村仅三里之遥的城底村召开了晋东南各界反汪拥蒋大会。
参加这次大会的有晋东南军、政、民各界领导人，以及各机关、团体、学校，共3万余人。会议由八路军政治部副主任、野战政治部主任傅钟主持。
会议主席团成员有朱德、彭德怀、杨尚昆、傅钟、陆定一、罗瑞卿等，晋察冀军区司令员聂荣臻、冀中军区司令员吕正操率部来太行参加反顽，也被选入主席团。会上，朱德总司令致开幕词……中共中央北方局
中共中央北方局是中国共产党中央委员会在华北地区党的派出机关，下辖晋察冀分局、山东分局、太行分局、晋绥分局等华北各战略区的中共党组织。
早在1936年春，刘少奇以中共中央代表的身份，到达北方局所在地天津市，重建北方局，并兼任书记。
抗日战争爆发后，中共中央北方局进驻山西太原、孝义等地，根据中共中央的指示，大力恢复与发展地方党的组织，充实和健全各战略区的党的领导，运用多种形式建立统一战线，发动群众，组织武装，广泛开展游击战争。支持和配合八路军开展敌后游击战争，建立抗日根据地。
1938年11月，根据中共六届六中全会精神，中共中央决定由朱德、彭德怀、杨尚昆、聂荣臻、关向应、邓小平、彭真、程子华、郭洪涛等任北方局委员，朱德、彭德怀、杨尚昆为常委，杨尚昆接任书记，中央决定，北方局机关从此由晋西移驻晋东南随八路军总部一起行动。
12月初，杨尚昆率北方局机关到达故县，与总部会合。12月3日，杨尚昆在晋冀豫区党委扩大会议上传达了六届六中全会精神，会议结束时的25日又作了《六中全会的总结与我们的任务》的报告。从此，北方局直接指导晋冀豫区的工作，直到抗战结束。
1939年7月15日，朱德，彭德怀、杨尚昆等率八路军总部和中共中央北方局突破漳河日军防线，抵达武乡县砖壁村，在这里指挥反“扫**”作战。
北方局此后一直驻扎在太行山区，统一穿八路军的军装，随八路军总部一起行动，领导华北地区的党组织，正确执行党的“巩固华北”的方针，领导和参与了太行革命根据地的创建和发展。
正当朱德、彭德怀在砖壁总部紧张地指挥华北军民与日军在各地展开作战，保卫各抗日根据地，寻机歼灭敌人时，在华北的无知的行为顽固派却乘机向八路军、抗日政府、山西新军和抗日民众不断发起进攻，一味地制造摩擦，极力破坏抗日民族统一战线。
在这种形势下，华北抗日军民面临前门打虎，打击日本侵略军；后门拒狼，防止无知的行为顽固派的进攻的局面。
面对这种虎狼夹击的严重局面，为维护抗日民族统一战线，团结各种力量抗日，朱德、彭德怀提出反摩擦斗争的原则：硬不破裂统一战线，软不丧失政治立场。他们及时向中央报告了河北和山西出现的问题，与杨尚昆书记研究了华北的形势，要各地、八路军采用多种形式宣传团结抗日的政策，揭露无知的行为顽固派制造摩擦、破坏抗日的行径。
1939年9月，根据北方局指示，中共晋冀豫区党委在武乡县东堡村召开了全区第一次党员代表大会。中共中央北方局书记杨尚昆在会上作了政治报告，朱德、彭德怀分别作了重要讲话。
太行区党委书记李雪峰作了工作报告。大会分析了全区形势和工作发展情况，提出了全区党的战斗任务。要求太行区各县党组织要深入发动群众，广泛开展游击战争，粉碎敌伪夹击，巩固根据地。
为便于指挥对敌作战和反摩擦斗争，朱德、彭德怀、杨尚昆于10月11日将八路军总部机关和北方局从交通不便的砖壁移驻到武乡县王家峪村。
反顽战役胜利后，大汉奸汪精卫和日寇签订了《日支新关系调整纲要》的卖国密约，国民党内投降危机十分严重，全国人民义愤填膺。
1940年3月1日，八路军总司令部、中共中央北方局在离八路军总部驻地王家峪村仅三里之遥的城底村召开了晋东南各界反汪拥蒋大会。
参加这次大会的有晋东南军、政、民各界领导人，以及各机关、团体、学校，共3万余人。会议由八路军政治部副主任、野战政治部主任傅钟主持。
会议主席团成员有朱德、彭德怀、杨尚昆、傅钟、陆定一、罗瑞卿等，晋察冀军区司令员聂荣臻、冀中军区司令员吕正操率部来太行参加反顽，也被选入主席团。
会上，朱德总司令致开幕词，他在讲话痛斥了汪精卫的卖国罪行后，号召全华北的军、政、民，广泛开展反汪运动，反对一切公开和暗藏的“汪精卫”。号召各抗战党派、军队和人民，必须紧密团结起来，坚持抗日战争到底!彭德怀副总司令也在会上作了重要讲话。
聂荣臻以及青年、妇女和抗日团体代表都争先恐后地进行了讲演。最后，大会决议：以3万军政民的名义，通电全国各界同胞，加强团结，声讨汪逆，肃清内奸，抗战到底。这次大会，对坚持华北抗战，克服投降、分裂、倒退危险和肃清暗藏在抗日营垒中的投降派，起到了巨大的推动作用。
华北反顽斗争在1940年4月告一段落。为总结抗日战争以来党在华北的工作，根据新的形势和中央关于1940年工作的指示，朱德离开八路军总部前，在王家峪北方局召开会议，决定在黎城县北社村召集太行、太岳、冀南三区和129师党政军高级干部参加的会议。会议由杨尚昆、邓小平主持。
杨尚昆作了《目前政治形势与统一战线中的策略问题》的报告，邓小平作了成立冀南、太行、太岳行政联合办事处和财政经济政策问题的报告和会议总结，刘伯承作了《关于党军建设问题》的报告，薄一波作了《关于建政问题的结论》。
会议提出了建政、建军、建党三大建设方针，强调纠正在反逆流斗争中出现的“左”的思想，坚持抗日民族统一战线。
会后，在根据地内开展了建政、建军、建党工作。从5月开始在八路军中进行了整编工作；在各级组织内，重点是基层党组织开展了第一次整党。8月成立了太行、太岳、冀南联合办事处，这是根据地由分散走向统一的决定性的一步。
紧接着，北方局于9月又在武乡的砖壁再次召开了高级干部会议，会议由杨尚昆主持，彭德怀在会上作关于巩固抗日根据地的长篇报告，重点讲了形势、统一战线、财政经济政策、经济建设和1941年的经济建设计划。
会议强调要自力更生，艰苦奋斗，自给自足，以支持长期战争。提出建设根据地的各项政策。这两次会议的召开，对于统一根据地领导机构的建立，推动根据地各方面建设的深入发展，起到了极其重要的作用。
北方局会议刚刚结束，华北日军就集中兵力对华北各抗日根据地发动了大规模的报复性“扫**”，重点是八路军总部、北方局、第一二九师师部、晋冀豫边区机关所在的太行区，以武乡、辽县、黎城、涉县一带为重点。
为摆脱敌人对八路军前方总部的围追，彭德怀、杨尚昆等于9月下旬率前方总部、北方局机关从砖壁转到王家峪，10月14日又回到砖壁，15日再从砖壁向黎城西井转移，22日又移驻栓马，23日抵达宋家庄。
这时，日军第四混成旅团冈崎大队600余人向八路军总部设在黎城县北部的黄崖洞水腰兵工厂发动进攻。该厂是日产400余支步枪和大量枪弹的总部最大的兵工厂。得此消息，彭德怀决定寻歼冈崎大队。
为此，彭德怀让前方总部和北方局机关在10月27日再转回砖壁，自己带部分人员于29日下午到蟠龙镇的石门村，指挥部署战斗。
这时，攻打榆社城的第一二九师陈赓旅和决死一纵队一部正在蟠龙镇以东的关家垴附近，彭德怀下令集中部队歼灭在关家垴宿营的冈崎大队。
日军在关家垴遭受沉重打击后，于11月3日集中兵力合击在砖壁的八路军总部。
刘伯承得到消息，下令第三八六旅到西营、蟠龙以东的大陌村南北一线，阻击进犯之敌，掩护八路军前方总部和北方局机关从砖壁转移。
11月4日，前方总部和北方局机关从砖壁撤出到千壬村，5日转至茅岭底，6日转到涉县刘家庄，7日到大林口，8日抵达辽县武军寺、麻田一带，在这里驻扎下来，直到抗战胜利。
1945年8月，中共中央决定撤销中共中央北方局，成立晋冀鲁豫中央局。中共中央北方局的使命就此完成。
中共中央长江局
1937年12月，为了继续推进两党合作，巩固和发展抗日民族统一战线，中央政治局决定由周恩来等人组成中共中央代表团，到武汉开展抗日民族统一战线工作，推动全民全面抗战的实现。同时决定成立中共中央长江局，领导南方各省党的工作。
12月18日，周恩来、邓颖超、王明等到达武汉，长江局正式成立，王明是书记，周恩来为副书记，委员有秦邦宪、项英、叶剑英、董必武、林伯渠等。
周恩来到武汉后的第三天，即和王明、秦邦宪一起会见了蒋介石，就两党关系，扩大国民参政会，制订共同纲领，出版《新华日报》等问题进行会谈。
会谈中，蒋介石故作姿态，说了不少好话，认为我方“所谈极好，应照此去做，前途是会好转，我的想法也不过如此。”“外敌不足虑”，“只要团结，胜利定有把握”。
蒋介石知道王明和共产国际关系密切，为了争取苏联的援助，他要求王明留在武汉帮助工作。但是对于两党关系这个最重要的问题，却没有谈出一个较好的结果。
当时，周恩来提出了三种可供选择的组织形式：一、恢复民国十三年的形式，使国民党改为民族革命同盟，其他党也参加；二、制订共同纲领，建立共同委员会；三、维持现状，即遇事协商的形式。
我党是想争取前两种形式，因为它可以加强国共合作，扩大抗日民族统一战线，有利抗战。但蒋介石并没有真心实意和我党合作，否定了前两种形式，只同意第三种形式，即以临时协商来处理两党关系。
国民党方面也作了一些改进措施，如在个别部门、个别组织内，邀请共产党人参加工作。这种低层的合作虽然不能使我们满意，但两党关系确也有所改善了。
1938年1月，国民党政府军事委员会恢复政治部，蒋介石任命陈诚为部长，黄琪翔为副部长，要周恩来也担任副部长。
对于这件事，周恩来处理得非常得当，他一方面根据中共中央发布的《共产党参加政府问题的决定草案》中规定，中共党员一般不参加这种工作，向蒋介石婉言推却；另一方面向中共中央提出：当蒋介石采取合作态度时，“一般采取赞助的立场，应该与国民党开诚合作”。
1月中旬，蒋介石坚持要周恩来上任。周恩来再次请示中央，说明“如果屡推不干，会使蒋介石认为共产党无意相助，使反对合作者的力量得到加强”。
同时周恩来也感到，虽然和陈诚在十年内战中兵戎相见，但他和黄琪翔都是主张抗日的，可以捐弃前嫌，有条件地合作。经过中共中央同意，周恩来终于出任政治部副部长。
当时国民党依靠正规军抗战，对动员人民群众参加全面抗战的宣传、组织工作都很薄弱，军事委员会政治部在这方面应当有所作为。
周恩来分管政治部三厅。三厅是负责宣传工作的，这是我们的优势，可以做出许多国民党做不到的事情，因此他以大量的时间和精力用在筹建三厅和组织文化界统一战线队伍方面。
为了动员郭沫若担任三厅厅长，以影响和带动文化界爱国人士投身抗战、靠拢中国共产党，周恩来和郭沫若进行了肝胆相照的商谈，拒绝了国民党派特务骨干来控制三厅的要求，使他接受了这个任务。
三厅延揽了阳翰笙、田汉、胡愈之、杜国庠、冯乃超等思想、文化界知名人士参加工作。在周恩来的领导下，三厅在进行抗战宣传，促进抗日民族统一战线发展方面发挥了重要作用。
宣传工作需要更多的文化界人士，三厅不可能都把他们请来，于是周恩来指示阳翰笙等同志发起组织中华全国文艺界抗敌协会。他还拜访了国民政府军事委员会副委员长冯玉祥，请他对“文协”给予支持。
三厅成立前后，电影、戏剧、美术、音乐各协会纷纷成立，以文艺为武器动员人民，打击敌人。影响较大的活动如成立10个演剧队、4个抗敌宣传队和孩子剧团，到前线部队和农村、工厂中演出，发挥了鼓舞士气动员群众参加抗战的作用。名演员金山、王莹演的街头剧《放下你的鞭子》，对人民起了很好的教育作用。
他们还根据周恩来的指示，到南洋各地巡回演出，动员了许多华侨积极支援祖国的抗战。袁牧之、陈波儿等拍摄的电影《八也百壮士》，也很生动感人。
周恩来和邓颖超还亲自到拍片子的电影厂，周恩来鼓励他们努力工作，要在艰苦的条件下拍出好的片子。以后袁牧之、陈波儿都被周恩来送到延安。
周恩来还为各演剧队制订分赴各战区前线的计划和行动路线。“文协”和各协会的活动轰轰烈烈又扎扎实实，它们把不同政见、不同爱好的文化人团结在抗日的旗帜下，扩大了统一战线的基础，也使不少人倾向于共产党。
抗战一周年时，三厅举行的献金运动，是一项效果很好、影响很大的运动。当郭沫若同志向陈诚表示要举行这项活动时，陈诚断言一定会失败，而失败将带来不好的影响。
事实与陈诚的断言截然相反，武汉人民积极响应，在短短的5天里，各界群众捐献现金、物资值100万元，其中有工人、农民、学生、工商业者以至难民、乞丐。
周恩来献出他担任政治部副部长的1个月薪金240元。我们长江局八路军办事处和《新华日报》馆的同志也都参加了捐献。
献金运动在中国许多城市热烈展开，长沙、广州、重庆纷纷行动，都取得了很好的成绩。
周恩来对报刊宣传工作非常重视。当时长江局直接领导的报纸《新华日报》，1938年1月创刊后，2月发行1万多份，四五月间达5万多份，这在旧中国算是销路很大的了。
周恩来曾为报纸题词：“坚持长期抗战，争取最后胜利”，这和毛泽东同志关于持久战的思想是一致的。《新华日报》在宣传我党的抗战主张，报道八路军新四军的辉煌战绩，推动国统区的抗日救亡运动，都起了很好的作用。
此外，党中央的机关刊物《群众》周刊，需在武汉、广州大量翻印，广为发行。当时在武汉出版的刊物40多种，大部分是我党领导或受我党影响编辑出版的。
这些报刊和其他抗日救亡宣传工作，一方面动员群众同仇敌汽，参加到抗战的行列中来，许多青年甚至走上了革命的道路，参加了共产党。另一方面，它牵制了国民党的投降倾向。
周恩来曾经指出：抗战初期蒋介石“投机不成，投降又不敢，他被八路军的力量、人民的力量逼得不能不走持久战，不能不在政治上表现一点进步”。
人民力量的形成，宣传工作是起了重要作用的。宣传了抗战，也使党在群众中的威望越来越高。在武汉发展起来的轰轰烈烈的抗日救亡宣传活动，也推动了重庆、长沙、广州等地的抗日救亡活动的开展。
周恩来十分关心长江局在武汉等地组织与领导的一些抗日救亡团体。
抗战开始不久，各界群众特别是爱国的青年知识分子，受“一二?九”运动后北平成立民先队的影响，在武汉成立南方“青年救国团”，这是当时有影响的青年救亡团体。
1938年2月，长江局和湖北省委青委领导成立“中国青年救亡协会”，推选国民党元老叶楚伧的儿子叶楠任理事长，中共党员钱俊瑞、刘导生都担任过领导工作。这些组织对青年运动起了促进作用。
为了发动工人积极参加抗战，周恩来派了一些党员和积极分子到工厂中工作，建立发展党和工会组织。
周恩来还指示长江局工委请中国劳动协会负责人朱学范出面组织“中国工人抗战总会筹备会”，长江局工委成员刘群先、廖似光作为陕甘宁边区代表参加筹备工作。
筹备会提出统一全国工人战时组织，联合世界劳工团体，发动工人参加抗战等九条纲领，决定召开代表大会，成立“全国工人抗敌总会”。
由于国民党的阻挠，计划没有实现，但这次和劳协的合作也是有积极作用的，它争取了许多国民党控制的工会组织，也促进了朱学范和我党继续合作。
正是广泛的抗日救亡运动，使武汉以及南中国许多城市活跃起来。当时人们反映，从大革命失败到十年内战，武汉白色恐怖严重，这时则是生机勃勃，“一个死都市，重新苏活过来了”。这里倾注着周恩来多少心血啊！
那时候，周恩来往往白天在武昌政治部办公或亲自做统战工作，晚上又乘渡船过江到汉口长江局来处理电报，一直到深夜。
当时事情非常繁忙，长江局的同志找周恩来处理工作要排着队，常常谈到深夜。
有一次长江局秘书长李克农同志安排在最后，等和周恩来谈完工作已是大天亮了。周恩来每天工作达十五六个小时，但他始终精神奕奕，同志们都深为佩服。
同各民主党派、爱国人士以及国民党军政人员的联络，是长江局时期我们党的重要工作。这些工作大都是周恩来、董必武和叶剑英亲自去做或者在他们的领导下进行的。
周恩来除了在八路军办事处亲自接见各方人士外，还经常在汉口中央银行同沈钧儒、史良、邹韬奋、李公朴、张君劢、左舜生会见，向他们介绍国共谈判的情况，交谈对时局的看法。
中国共产党和一些民主党派、无党派人士建立友谊，主要是在长江局时期开始的，这对重庆时期及以后的工作，都有深远的影响。
对于国民党上层人物和地方实力派，周恩来也做了不少工作。冯玉祥长期和我们有联系，周恩来和董必武曾与他就时局问题交换意见。
冯玉祥同情、支持中国共产党，他在汉口办了印刷厂，印了《列宁全集》和毛泽东的《论持久战》，又向延安图书馆捐赠大批图书。
台儿庄大捷虽然是第五战区司令长官李宗仁指挥的，但周恩来也起了不可替代的作用。这次战役爆发之前，蒋介石命令白崇禧率领一批参谋人员去徐州协助李宗仁指挥作战。白崇禧在启程之前会见了周恩来、叶剑英同志，就这次战役的作战方针交换意见。
周恩来根据敌我双方的情况和徐州一带的地理形势，提出运动战和阵地战相结合的方针，并表示我军将予以密切配合。
在徐州会战中，周恩来向中央建议，指示新四军三支队张云逸部在津浦路南段加强活动，配合桂系李品仙集团等牵制敌人由南京北上增援。
八路军第一二九师第三三八旅则在津浦路北段牵制日军南下，这样使得徐州战场国民党军队减轻压力，得以在台儿庄周围集结部队与敌军决战。
国民党地方实力派同蒋介石有矛盾，既参加抗战，又怕被蒋介石吃掉，他们想和中国共产党拉关系以互相声援，特别希望中国共产党派得力干部帮助他们治军。周恩来就利用这种机会派人到这些部队进行统战工作，这样的事情很多。如曾派张友渔到第一战区司令长官程潜的部队中担任重要职务。
桂系的黄绍竑出任国民党政府浙江省主席时，在武汉会见周恩来，要求派人帮助他工作。周恩来调了一批共产党员和进步青年到浙江，这些人受到黄绍竑的信任，成了省、县政治工作队的骨干。
对川军的邓锡侯、滇军的龙云、张冲，周恩来也很重视做他们的工作。1938年3月，邓锡侯来到武汉，周恩来诚恳地向他提出，川军应与八路军、新四军配合作战。邓锡侯接受这一建议，他的部队驻扎在老河口，和新四军驻地紧邻，经常支援新四军枪支弹药。
长江局还派薛子正同志到滇军一八四师担任师长张云鹏的秘书，后来升任参谋长。又通过张云鹏做龙云、卢汉的工作。
抗战中，昆明有一点民主气氛，能容纳共产党员和进步人士活动。解放战争期间，龙云、卢汉、程潜、邓锡侯都先后摆脱反动营垒，走向人民，这和我们党特别是周恩来做了多年工作很有关系。
对于国际反法西斯统一战线工作，周恩来一直十分重视。抗日战争爆发后，英、美等国外交政策对中国是不利的。由于日本侵略军占领上海、南京，并深入中国腹地，直接威胁到它们在华的利益，它们对中国抗战的态度才有所转变，表示愿意和中国政府合作。
周恩来以中共代表的身份，配合国民党政府进行外交活动。1938年春，他先后在武汉会见了英、美两国驻华大使，肯定他们的国家在某些方面转向援华的态度，同时提出有的国家仍采取“不干涉”、“绥靖”政策甚至企图搞“东方慕尼黑”，有引诱国民党当局向日本投降妥协的危险性。
当美国总统罗斯福号召全国募捐100万美元救济中国困难时，周恩来在武汉会见美国总领事戴维斯，对美国政府这种行动表示赞赏和感谢，希望进一步加强中美友谊。周恩来和博古在八路军办事处，会见了美国主教洛根?鲁特斯并留影。
这一时期，周恩来同志还接触了一些来华支援中国抗战的国际友人。如新西兰的艾黎，美国作家斯诺，荷兰的电影艺术家伊文思等，给他们留下了深刻的印象。在长江局时期，周恩来对党的建设也是很重视的。
在十年内战中，国民党实行白色恐怖，王明推行“左”倾路线，白区党的秘密组织大部分遭到破坏，这时面临着恢复和重建的问题。
1938年3月，中央发出《关于大量发展党员的决议》，长江局随即发出《关于恢复组织关系的通知》，首先解决失掉关系的老党员恢复党籍和重建组织的问题，然后发展新党员。
在这方面，周恩来、董必武、秦邦宪同志做了不少工作。由于国民党不让我党组织公开活动，这是在秘密的状况下并同国民党特务的斗争中进行的。
1938年九十月间，南方各省省委一级组织得到恢复的，有湖北、河南、安徽、四川、湖南、浙江、江苏、上海、江西、福建、广东、广西、云南、贵州等省、市，还恢复了一批市委、特委和县委。
从1938年初到1939年初，党员的发展也很快，这里只举两个省为例，湖北从20多人发展到3300多人；河南由460余人发展到8000余人。
对于上海党组织的重建，毛泽东、周恩来同志都非常重视，他们分别同刘晓同志谈话。
周恩来强调：上海应建立一个巩固的党组织，对保存下来的组织不能按原班人马接过来，而要个别审查清楚后，再确认其关系；重建后的上海地下党党员，政治上必须可靠，又有荫蔽条件。刘晓根据这个指示，恢复党的各级组织，然后成立了江苏省委。
对党组织的思想建设，长江局也很重视，1938年初，曾指示各省省委开办党员干部训练班。董必武同志亲自领导湖北省委在武汉、黄安举办党训班。各省也以不同方式开办党训班。
在武汉时期，还有一件事要提及的是周恩来同张国焘的那次斗争。1938年4月，曾在红军长征中屡次违反中央决议并另立“中央”的张国焘，趁参加祭扫黄陵的机会逃出陕甘宁边区，投向国民党，经胡宗南派特务护送，由西安到达武汉。
消息传来，周恩来很震惊，也很气愤。为了设法挽救，立即同长江局秘书长李克农研究，并让他带人到火车站去拦接，要婉言请他到办事处来当面商谈。
虽经过周恩来、王明、博古的耐心劝说，给他提出几个方案，希望他留在党内，可是张国焘仍执迷不悟，最后投入国民党特务机关，成为可耻的叛徒。
长江局只得把这些情况向中央报告，中央决定把他开除出党。这件事发生后，周恩来在长江局党员大会上，详细介绍了张国焘从个人主义的恶性膨胀发展到叛党的经过，并教育全体党员要提高思想觉悟，自觉遵守党纪，为共产主义奋斗到底，给大家上了一堂极为生动的党课。
由于王明过分地相信国民党，吹捧蒋介石，提出所谓“一切服从抗日”，“一切经过统一战线”的右倾错误主张，放弃我党在统一战线中独立自主的方针，使长江局的工作受到一些影响，如徐州失守以后，中央曾指示动员干部和青年到敌后发动群众，发展游击战争，有些地方贯彻不力等。
但是由于周恩来、博古、董必武、叶剑英和各省委的同志执行了中央的正确路线，对王明的错误有所抵制，所以没有造成大的危害。
1938年9月，中央召开六届六中（扩大）全会，通知王明、周恩来、秦邦宪、徐特立去参加会议。周恩来等同志到延安受到热烈的欢迎。
六中全会之前先举行政治局会议，周恩来同志作了工作报告。9月29日，开始举行六中（扩大）全会。
当时，日寇正加紧向武汉进攻，国民党在日寇武力进攻和政治诱降下，亲日派加紧活动，蒋介石也表现动摇。为了巩固以国共合作为基础的抗日民族统一战线，粉碎日寇和亲日派的阴谋，争取蒋介石坚持持久抗战，经中央决定，毛泽东同志于9月29日给蒋介石写了亲笔信，指出抗战的前途是光明的，“国共两党之长期团结，必能支持长期战争，敌虽凶顽，终必失败”，并决定周恩来参加全会开幕后即携此信经西安飞武汉面交蒋介石。
周恩来于10月初赶回武汉，即向蒋介石面交了毛主席的信，并口头陈述了我党对于加强两党合作坚持持久战的意见。
同时，周恩来还亲自指挥长江局和八路军办事处以及《新华日报》人员物资的转移工作。
7日到9日，《新华日报》连续发表了他写的长篇社论《论目前抗战形势》，一直到24日晚，他还在《新华日报》社工作，待报社同志撤退后，他才最后乘车离开武汉，这时，日军的炮声已经逼进市区了。
周恩来离开武汉后，途经长沙、南岳、衡阳、桂林等地，他不失时机地对国民党当局蒋介石、白崇禧、张治中、李济深等提出加强国共合作、坚持持久抗战的中肯意见。张治中在长沙大火后遭到各方责难，得到恩来的热情帮助，使他终生难忘。
1938年12月上旬，周恩来和叶剑英同志由桂林到重庆，根据党中央决定，他任中共中央南方局书记。南方局时期，周恩来作出了更加光辉的业绩。
中共中央南方局
1938年，日本侵略军占领南京之后，直逼武汉三镇。面对如此战局，国民政府向重庆转移，国民政府军事委员会则向长沙方向转移。在这样的情况下，中共驻武汉的各大机构，也不得不考虑新的去向。
1938年10月，日军占领武汉、广州以后，再无力进行战略进攻，抗日战争进入相持阶段。
此后，日军对国民党当局采取政治诱降为主，军事打击为辅的方针，而将战略重心转向共产党领导的敌后战场，达到其巩固占领区的目的。而国民党却随着日军战略重点的转移和诱降方针的影响，把对内政策的重心转向对付共产党。
面对错综复杂的国际国内形势，中国共产党未雨绸缪，早已思考在新的形势下如何进一步加强党在南方地区的工作。
1938年7月19日，中共中央东南分局书记项英致电长江局并报中共中央，建议武汉失守后，将长江局和东南分局合并，在长江以南设立南方局。
中共中央书记处接到项英电报后认为，武汉失守后南方党组织如何行动，是一件关涉整个工作的大事，应认真讨论。因此于8月5日致电长江局并转项英，指出：“南方党组织改变的意见，关系到长江局整个工作之布置，请长江局首先讨论后，再告中央决定。”
根据中央的指示，长江局召开会议，经过细致讨论，一致认为：为利于工作的开展，有必要进行领导机构的调整，并提出将长江局一分为三，即：将长江局领导的东南分局改为东南局；在长江局管辖的长江以北地区设中原局，在长江以南设南方局。
9月中旬，周恩来回到延安，筹备召开六届六中全会，并将长江局讨论的意见向毛泽东等中央领导作了详细的报告，得到了中央书记处的认同。
9月22日，在中共中央六届六中全会召开前的一次中央政治局会议上，中央书记处根据形势的发展变化和长江局的意见，决定撤销原以王明为书记的中共中央长江局，设立中原局、东南局和南方局，代表中共中央领导南方国民党统治区和沦陷区党的工作。
9月25日，中央书记处致电尚在武汉的凯丰、叶剑英、董必武：“组织上依长江局原定之中原局、东南局、南方局、重庆党报委员会及中共代表团五个方面布置”，“南方局暂与中央代表团及办事处一起准备入湘”。
26日，中共中央政治局会议进一步讨论南方局的组建问题，决定由周恩来、博古、叶剑英、黄文杰组成南方局，管辖鄂西、湖南、广东、闽粤赣、江西5省委及上海、香港两党委和滇、黔两工委。中央同时还决定，南方局和中共代表团均由周恩来负责。
情势已是刻不容缓。周恩来于六届六中全会开幕的第二天，便匆匆赶回武汉，指挥中共驻汉机构的转移。
1938年10月15日，中共中央总书记张闻天在中共六届六中全会上作关于组织工作的报告时，正式向全体与会代表宣布了中央书记处关于撤销长江局，设立南方局的决定。
张闻天说：在新的情况下，党中央决定“在全国组织几个中央局，如北方局、中原局、东南局、南方局等，由中央直接领导，并代表中央直接指导各地方党的工作”。
这是一项十分英明的政治决策，为以后抗日战争中中国共产党在中国南部广大国民党统治区、港澳地区以及海外地区的工作奠定了坚实的基础。
根据中央的指示，董必武提前赴渝，率党报委员会和新华日报馆沿长江西上，转移至重庆进行出版发行；叶剑英率八路军办事处人员南下入湘，先到长沙，后到衡阳；黄文杰则到广东，布置武汉失陷后广东、香港等地党的工作。
武汉失陷的当天傍晚，周恩来乘坐着国民政府配给他的“雪佛兰”轿车，经汉宜公路向长沙转移，赶到长沙时，却遇长沙大火，整个古城一片火海，恐怖的阴霾笼罩着整座城市。
周恩来不顾安危与疲劳，立即指挥尚在长沙的八路军办事处和国民政府军事委员会政治部第三厅工作人员救火赈灾。
由于国民政府军事委员会并未在长沙，中共代表团、八路军办事处和南方局设于长沙也成为了不可能。救火赈灾之后，周恩来便率随行人员撤退到了衡阳。
此前，叶剑英应国民政府军事委员会的要求，为帮助国民党军队举办“南岳游击干部训练班”，已率领武汉八路军办事处部分工作人员先期到达衡阳，设立了八路军驻衡阳办事处。周恩来到衡阳后，准备在衡阳、零陵、宝庆中择一地设立南方局机构。
广州、武汉失守后，广西桂林成为中国抗战的大后方据点和重要的交通枢纽。
此时，国民政府军事委员会大本营正从湖南向广西桂林转移，蒋介石也提出要在桂林约见周恩来。商谈两党合作事宜。
为了随蒋介石行动，周恩来向白崇禧商议，将八路军办事处设到广西桂林，得到了白崇禧的支持。
12月8日，周恩来、叶剑英抵达桂林，迅速设立了八路军驻桂林办事处，由李克农任处长。经过周密部署，秘密的南方局机关就设在八路军驻桂林办事处内。
12月10日，周恩来、叶剑英发出通电，称：“周、叶已抵桂，南方局暂设桂林。特此通知。”这一通电的发出，标志着中央关于在长江以南设南方局的指示已付诸实施。
就在南方局向南转移期间，由长江局一分为三的北方局在冀中成立，中原局在豫东成立，东南局在新四军军部成立。周恩来、叶剑英关于在桂林暂设南方局的通电中，其管辖范围内没有包含川康等地党组织。
在这样的情况下，已经到达重庆的陈绍禹、博古、凯丰、吴玉章等便致电中央，提出在重庆设“西南局”，管辖川东、川康、滇、黔等地的中共组织。
对于这一提议，中央书记处于1939年1月5日进行了讨论。考虑到因蒋介石在桂林约见周恩来后表示要在重庆与其继续商谈两党合作事宜，周恩来已于1938年12月底从桂林乘飞机抵达重庆，中央书记处便提出，将华南及西南各省合并成立一中央局，改名为“西南局”，由周恩来任书记，其他成员还包括博古、凯丰、张文彬、徐特立、吴玉章、叶剑英、廖承志、吴克坚、邓颖超、刘晓、高文华、董必武等。
对中央书记处关于设“西南局”的电报指示，周恩来有不同看法。首先，在名称上，称“西南局”名不副实；再者，委员13人分散在各地，开会议事极为不便。因此，他在给中央书记处的回电中提出：“名南方局较副实”，建议以北方局为例设常委，便于议事。
中央书记处对周恩来的提议极为重视，于1月13日致电周恩来等人，批准了“南方局”名称，同意以周恩来、博古、凯丰、吴克坚、叶剑英、董必武6人为常委，以周恩来为书记。但是，中央书记处对于南方局设于何处，没有表示任何意见。
周恩来接电后，立即召集在重庆的南方局委员开会，宣布中共中央南方局正式成立，讨论确定了委员们的组织分工。
1939年1月16日，根据党中央六届六中全会的决定，以周恩来为书记的中共中央南方局在重庆正式成立，直接领导四川、云南、贵州、湖北、湖南、广东、广西、江苏、江西、福建以及香港、澳门地区的党组织。