打败了国民党，北洋军的势力煊赫一时。段芝贵、雷震春、张镇芳等人以为时机已到，经常在袁世凯面前露出一点口风，试探其对帝制持何态度。对奴仆的赤诚效忠，袁世凯很为赞赏，但以为过于急躁冒进，操切从事，风险太大，因．而既不向他们泼冷水，又不明确表示支持鼓励。他认为，应当先当上正式总统，然后再一步步向前做去，才顺理成章，千稳百当。所以，老谋深算的袁世凯急于把正式总统弄到手。
要由临时总统变成正式总统，必须具备两个最起码的条件：一是要有一大批议员拥护；二是要有法律依据。
在袁世凯看来，第一个条件比较容易解决，因为他是可以用各种办法使议员就范的。在国会中，国民党与进步党的势力最大。镇压“二次革命”期间，袁世凯已经逮捕、杀害了少数国民党议员，减少了一些反对力量；打败国民党之后，又利用威胁、“冤免”和金钱慑服，招降、收买了一批；剩下来的国民党议员，有少数反袁态度比较坚决，多数虽不愿同流合污，但立场并不十分坚定，没有吸取“二次革命”的教训，仍幻想通过制定新宪法捆住袁世凯的手脚。总之，国民党在国会中的阵容不如以前强大了。
进步党拥护袁世凯，和国民党作对，以期得到袁世凯的支持，达到操纵国会、组织内阁的目的。现在看到国民党势力一蹶不振。自己一跃而成为国会中最有力量的政党，大有出面组阁的希望，越发向袁世凯献媚取宠。他们在大选中投赞成票是不成问题的。
袁世凯对进步党本来也没有什么深情厚爱，但考虑到要选琥式总统，手中必须要有个得心应手的工具以供驱使，眼下由进步党担当这样一个角色最恰当不过了；再说，大选前后的政治门面还要装潢，抑制国民党不能不依靠进步党，因而也对之极尽拉拢之能事，甚至满足其组阁的愿望。
自赵秉钧辞去国务总理后，总理一职由段祺瑞暂代。后来部分进步党议员提出要弹劾内阁，袁世凯乃决计对内阁加以改组。最初，他想让徐世昌出任总理，徐世昌因国会中尚有国民党势力，不敢出来。于是袁世凯敦请进步党员张謇出面组阁。张謇知道诸事棘手，婉辞不就。
袁世凯则纠缠不放，张謇荐熊希龄以自代。熊希龄在唐绍仪内阁时任财政总长，唐绍仪内阁倒台，他又出任热河都统。袁世凯同意让熊希龄组阁，但并非真正欣赏熊希龄，而是因为熊希龄同各党派素有关系，想利用他减少各方面的阻力。国民党议员此时所处的地位比较困难，一部分温和派想与进步党相互提携，故熊希龄在两院得以顺利通过。7月31日正式任命熊希龄为总理。
熊希龄亦知前途黯淡，不敢轻试，迟迟不到京就职。在袁世凯和梁启超的多次催促下，熊希龄方于8月28日来京就任总理，准备把全国的大名流都网罗进来，组织人才内阁，来一番作为。可是，袁世凯早把一些重要位置的名单拟定了，只留下司法、教育、工商三部供熊希龄支配，和第一届内阁留给国民党的位置相似。
进步党不甘心，梁启超尤其看中财政总长一席，同袁世凯讨价还价。袁世凯采取折衷办法，叫熊希龄兼任财政总长，进步党只得到此为止。9月11日，“第一流人才内阁”组成，各部总长是：外交孙宝琦、内务朱启钤、陆军段祺瑞、海军刘冠雄、交通周自齐、司法梁启超、教育汪大燮、工商张謇、财政熊希龄兼。这是进步党成立以来最得意的时候。
为保障选举必胜，袁世凯还指使梁士诒、叶恭绰出面，把梁士诒直接控制的议员同志会和潜社、集益社以及其他小团体联合起来，组成公民党。该党是彻头彻尾的御用党，专为大选拉选票，届时好把袁世凯选为正式总统。为此，它决定，国会议员参加公民党者，月给津贴二百元，议员被吸引和利诱者约在一百人以上。
选举总统的法律依据颇叫袁世凯大伤脑筋。按规定，正式总统必须在国会制定宪法之后，依据宪法选举产生，宪法未定之前，不能选举。这时宪法还没有影子，他急得抓耳挠腮，寝不安席，食不甘味。其心腹爪牙深以为忧，日夜揣摩磋商，终于想起先选举总统、后制定宪法的妙策。他们倡言，若要取得外国承认，使国家免受瓜分之祸，必须先选举出总统。
此意一出，众人皆心领神会。8月5日，黎元洪会同十九省都督、民政长发出通电，主张先选出总统，再定宪法；或是先从速制定宪法，再选总统。但不论采取何法，一定要在两个月内，一气呵成。完全迎合了袁世凯要当正式总统的急切心情。9月，日，进步党人在众议院提出先制定大总统选举法、选出总统再制定宪法的议案，以213票对126票通过。8日，参议院亦通过。
袁世凯殷切盼望于10月10日”双十节”就任正式总统，叫参众两院加紧炮制，两院则催促宪法起草委员会从速拟定。10月4日，作为宪法一部分的《大总统选举法》最后完成。宪法会议于次日公布。袁世凯认为法律公布权属于总统而不属于宪法会议，因此对宪法会议直接公布很不高兴。但若为此争论起来，肯定造成选举推迟，影响早日就任，就把这口气暂时憋在肚子里。两个起码条件皆备，关键在于投票选举了。
10月6日，国会选举正式总统，地点在众议院会场。这天，会场内外紧张异常。从宣武门到会场的大街上增添了许多岗哨，荷枪实弹的军队如临大敌，往来梭巡。会场的围墙上站满了军警，三四千号称“公民团”的人则把会场围了个水泄不通。这些“公民”全是总统府的拱卫军。
他们一个个身穿从前门等处估衣铺中租来的便衣，暗藏着短枪，由化了装的拱卫军中路统领李进才和后路统领刘金彪分别带领赶到会场。他们系奉命而来，肩负着一项特殊使命，即充分表达“公民”们的心愿，确保袁世凯当选为正式总统。这是袁世凯担心落选而采取的一项应急措施，它在中国的选举史上可称得上空前的一大“创举”。
在京的国民党议员、进步党议员和其他党议员几乎全部与会。如果采用光明正大的方法选举，袁世凯一次当选的可能性是有的。因为不仅公民党、进步党议员和其他被收买的议员会投赞成票，就是一部分国民党议员由于无适当人选，幻想通过制定新宪法限制袁世凯，也准备投赞成票。
袁世凯却并不这么想，他相信强权的威力，以为用军警包围会场，一次当选更有把握。而效果适得其反。他这种卑鄙无耻到极点的行为，既激怒了有血气的议员，坚定了动摇的议员，又使稍有人格的议员感到受了莫大侮辱，刺激他们站在对立面，无形中给袁世凯一次当选增加许多困难。
《大总统选举法》规定，总统选举以选举人总数三分之二以上列席，用无记名投票方法，得票满投票人数四分之三者当选。两次投票无人当选时，就第二次得票较多者二人选之，以得票过；投票人之半者为当选。此次与会者共759人，超过了法定人数：三分之二很多。第一次投票的结果，袁世凯得471票，黎元洪得151票，其他人各得几票。袁世凯虽得票最多，并未达到法定总票数的四分之三，必须进行重选。
由检点人数、发票、投票，到开票、计票，第一次选举完毕，已至中午。会议主持人汤化龙宣布休息后继续投票。但会场并未准备午餐，议员想走出会场吃饭，立即遭到“公民”们的大声呵斥。“公民”们惟恐人走了不回来，不足法定人数而使选举流产，所以只许进，不许出。
那些抽大烟的议员烟瘾发作，苦不可言，向“公民”苦苦哀求；而“公民”铁面无情，毫不通融，害得他们涕泪交流，丑态百出。进步党本部只好给本党议员送来些热汤面、白米饭和面包、点心充饥，经解释，系给拥护袁总统的议员用的，方允送进。国民党本部援例送来食品，“公民”非但不许送人，反而破口大骂“饿死活该”！国民党议员十有八九没有吃上东西，大都饥肠辘辘，饥饿难耐。
第二次投票，袁世凯得票略有增加，但仍不足法定票数，应进行第三次选举，从袁世凯和黎元洪两人中决选。时已薄暮，场外的“公民”们急红了眼，连呼：“不选出我们中意的大总统，不许选举人出会场一步！”第三次投票的结果，袁世凯得507票，过半数，当选为中华民国第一届正式大总统，场内稀稀落落拍了几下巴掌，三呼“万岁”！此时已是晚上八点。
“公民”们看到袁世凯终于当选，在齐声高喊“大总统万岁”之后，便欢呼雀跃地讨赏钱去了。
在这个不平常的一天里，袁世凯的心情很不轻松，不时向守候在办公桌旁等候消息的秘书长梁士诒打听选举进展的情况。听到袁、黎决选的报告时，他大吃一惊，绕室彷惶，脸似严霜；直到最后揭晓，方才颓然无力地坐下。
袁世凯派军警包围选举会场，触犯了《新刑律》中的“妨害选举罪”。《新刑律》第一六○和一六一条规定：“对选举人以强暴胁迫，妨害其于会场之往来及其他选举权之行使者”，或“骚扰选举会场、投票所、开票所者”，处三等至五等有期徒刑，或三百元以下三十元以上罚金。这里说的系个人犯罪行为。
袁世凯派了几千人包围、骚扰选举场所，干涉选举人自由出入会场，不准选举人吃饭，用暴力胁迫选举，其罪无疑更重。但他是政府的头头，谁有胆子去追究呢？法律对他这位头头来说，不就是那么回事嘛！”刑不上头头”，头头有枪杆子，他才不怕议员和老百姓说三道四呢！
次日选举副总统，“公民”们未再“莅临指导”，出席者719人，黎元洪得611票，一次当选。
10月10日是中华民国的国庆节，袁世凯决定将就职典礼和开国纪念同时举行。他选择的就职地点，既非国会会场，亦非中南海的总统府，而是仿照前清皇帝御极的故事，定为紫禁城皇宫的太和殿。
布置会场时，国会与总统府发生了争论，由此亦可见袁世凯之别有用心。总统府原拟在殿内按东西南北方位分设座席，北面为主席台，作为袁世凯宣誓的席位，南面是外国使节和政府高级官员及其他代表，东西两列为两院议长、议员。继张继之后当选为参议长的王家襄认为安排不当，提出反对。他说：“民国以民为主，总统就职原系向全国国民代表议长、议员宣誓，其馀参加典礼的只是外宾及见证的官民代表而已。
如此，自应将议长、议员席位设在北座南向居中处，听取总统矢誓，万不可侧居客位，贻讥世界。此事必须持重审慎。”可是袁世凯坚持非“南面”不可。自古以来的君主都是面南称孤道寡，他岂肯甘心“北面”？“国民代表”算是老几？经过几次争议，最后国会到底扭不过总统，做了让步，形成妥协，改将议长、议员席位安排在殿中南部，坐南面北，东为文武官员，西为各国公使、清皇室、蒙藏代表及名流士绅，袁世凯依然坐北朝南。
上午十点钟，佩带军刀的320名卫士列队进人大殿，分两排站立，形成一条警卫胡同。接着，总统府秘书长梁士诒、秘书夏寿田、侍从武官长荫昌、军事处代理处长唐在礼，各乘四人抬的彩舆而至。最后，一座八人抬的大彩轿落下，袁世凯身着装饰金线的钴蓝色陆海军大元帅礼服，神气十足地由梁士诒、夏寿田、荫昌、唐在礼四人拥上主席台坐下。
参加典礼的议员约有四百馀人，比选举总统时几乎减少了一半。典礼开始，袁世凯起立宣誓。《大总统选举法》规定的誓词为：“余誓以至诚遵守宪法，执行大总统之职务，谨誓。”袁世凯读“余”时，声音颇高；继读“誓以至诚遵守宪法”时，其声微弱，几不可辨；再读“执行大总统之职务”时，又转洪亮有力；读“谨誓”二字时，声复低沉。
言为心声，袁世凯有选择的抑扬腔调，正表明其内心对这一誓言并不打算遵守。宣誓完毕，一些胁肩谄笑者高呼了几句“万岁”。袁世凯喜孜孜、乐陶陶，频频向呼喊者点头微笑。
继之，袁世凯宣读宣言书。宣言书很长，其中有许多自我吹嘘、欺骗人民的谎话和丝毫不能兑现的空话，但有些也暴露了其复辟倒退的阴暗心理。一开始他就说：“此种政体（指共和制度），吾国四千年前已有雏形，本无足异；乃事权牵制，无可进行，夙夜彷徨，难安寝馈。”诋毁共和制度，准备将其抛弃。
礼毕，众人退出。一般观礼拜贺者均是步行，惟独国务总理熊希龄乘坐二人肩舆。一个湖南籍议员见到熊希龄大呼：“秉老（熊希龄字秉三），你在紫禁城乘二人肩舆，是钦赐的，抑自备呢？”熊希龄答：“你猜猜。”另一议员说：“我看是从清室借来的。”闻者皆大笑。有些人已看透袁世凯要走复辟帝制的老路了。
下午，在段祺瑞、王土珍等人陪同下，袁世凯在天安门城楼观看了一会儿阅兵仪式，因对开国纪念活动不感兴趣，稍站了站，即悄然离去。
袁世凯就职后发布了受勋令，颁发了各种奖章。奇怪的是，得到勋一位的没有一个是推翻清王朝的革命人士，而是清室总管世续、前清遗老徐世昌和心腹赵秉钧。各省都督、民政长大都是勋二位、勋三位。
国庆这天，袁世凯通电各省，宣告就任大总统之职。其中有这么几句话：“世凯承乏临时总统且年馀矣，时局艰难，民生困苦，深恐统一之局未能圆满。幸内乱初定，人心稍安，而救国本怀，未酬万一。本拟解职归田，以释重负，此次国民会议已被选举，各友邦又以余被选之日为承认之期，何敢高蹈鸣谦？敬以国庆日就正式大总统职。”似乎当总统系出于万般无奈。把这段话同派军警包围选举会场相对照，不令人作呕欲吐么！在宣言中，他要求国民“立身以信为本”，不说谎，不欺诈；其实，他的行为堪称得上撒谎天下第一，欺诈当世无双！
同日，副总统黎元洪在湖北兼领都督任内就职。
中华民国成立一年多，未得到世界各国承认，直到1913年4月国会正式成立之日，美国、秘鲁、巴西三国方才承认。袁世凯当选为正式总统后，日本、奥地利、葡萄牙、荷兰、西班牙、墨西哥、德国、俄国、意大利、法国、瑞典、英国、丹麦、比利时、挪威、瑞士亦次第承认。袁世凯经常在人们面前吹嘘夸耀，把各国的承认说成是自己的功绩。