博古到延安后，和杨松一起筹办中共中央机关报《解放日报》和新华通讯社。博古向来“善于鼓动”，他声音洪亮，演讲时总能很好地调动听众的情绪，使听者随之热血沸腾。尤其博古一笔在手，能著能译，又通晓马列主义理论，是办报的最佳人选，因此毛泽东亲自点名由博古筹办《解放日报》。
1941 年5 月16 日， 《解放日报》创刊，博古任社长，杨松任总编辑。
同时，博古还担任了中共中央党报委员会主任、新华通讯社社长。
正当博古在自己的优势领域干得起劲时，延安整风运动开始了。
5月19 日，毛泽东在延安高级干部会议上作了《改造我们的学习》的重要报告，尖锐批评理论脱离实际的倾向，他称：反科学反马列主义的主观主义的办法，是共产党的大敌，是工人阶级的大敌，是人民的大敌，是民族的大敌，是党性不纯的一种表现，大敌当前有打倒它的必要。这个报告标志着整风运动的开始。
9 月到10 月22 日，中央政治局召开整风会议，会上讨论了党的历史上尤其是六届四中全会到遵义会议前的政治路线问题，毛泽东认为：苏维埃运动后期的“左”倾机会主义是主观主义的统治，比立三路线的危害更为严重，“形态更完备，统治时间更长久，结果更悲惨”。这是因为他们自称为“国际路线”，穿上马克思主义的外衣，其实是假马克思主义。
在会上，博古先后两次做了检讨发言。他说：“1932 年到1935 年的错误，我是主要负责人。遵义会议时，我是公开反对的。后来我自己也想到，遵义会议前不仅是军事上的错误，要揭发过去的错误必须从思想方法上，从整个路线上来检讨。我过去是学了一些理论，拿了一套公式教条来反对人家。四中全会上我与稼祥、王明等反对立三路线的教条主义，也是站在‘左’的观点上反的，是洋教条反对土教条。当时我们完全没有实际经验，在苏联学的是德波林主义的哲学教条，又搬运了一些苏联社会主义建设的教条和西欧党的经验到中国来，过去许多党的决议是照抄国际的。在西安事变后开始感觉这个时期的错误是政治错误，到重庆后译校《联共党史》才对思想方法上的主观主义错误有些感觉。这次学习会检查过去错误，感到十分严重和沉重。现在我有勇气研究过去的错误，希望在大家帮助下逐渐克服。”
1942 年2 月，全党整风开始，在博古的领导下， 《解放日报》社和新华社的整风运动开展得轰轰烈烈。这期间，博古的任务十分繁重，他既要领导好《解放日报》和新华社整风运动，又要做好报社、通讯社的日常工作，尤其是作为王明路线时期曾经的党的总负责人，博古要在整风运动中首当其冲，这三重压力压得博古筋疲力尽。
1945 年4 月20 日，六届七中全会通过了《关于若干历史问题的决议》，整风运动结束。5 月3 日，在中共中央第七次代表大会上，博古再一次认真检讨错误，深刻剖析自我，“感到罪孽深重自身莫赎”，并称一定要“脱胎换骨，脱小资产阶级之胎，换教条主义之骨，从新做起”。由于博古勇于自我批评，认错态度好，得到与会代表谅解与赞许。在这次会议上，博古当选为中央委员。
抗日战争胜利后，国共两党经过和平谈判，于1945 年10 月10 日正式签署了《政府与中共代表会谈纪要》，即“双十协定”。并根据“双十协定”，于1946 年1 月10 日在重庆召开了政治协商会议。
1946 年2 月初，博古受命担任政协宪草审议委员会中共委员，到重庆参加宪草审议工作。宪草审议委员会是根据政协会议决议而设立的，其主要职责是根据政协会议拟定的修改原则及汇总整理各方意见，制订《五五宪草》修正案，提供国民大会采纳。宪草审议委员会由各方面推出的各党派代表25 人组成，其中中共代表有周恩来、董必武、博古、吴玉章、何思敬等五人。
博古万万没有想到，这将成为他一生中最后的工作、战斗岗位。在过去的五年中，他在新闻战线工作得得心应手，挥洒自如。从艰苦创业开始，如今解放区的新闻事业已形成一套强有力的战斗机构，他已经成为解放区新闻战线最有权威的指挥官之一，但是，历史又将他推向新的岗位，他依旧无条件服从。
2 月13 日，博古与董必武等人飞抵重庆。在见到参加政协会议的陆定一时，这位老战友笑着对他说：“政协会议开完了，现在看你的戏了，看你们起草宪草了。”
毫无疑问，尽管政协会议已经做出决议，宪草的起草工作并不会一帆风顺。蒋介石为了维护其独裁统治，绝不会轻易接受政协会议所作出的各项决议，一场维护政协决议与反对政协决议的斗争，从政协会议闭幕便已开始，宪草审议工作便成为这场斗争的重要环节。
事实正是如此，在连续召开的宪草审议委员会会议上，国民党代表用种种借口企图修改政协决议，博古等中共代表为维护政协决议、坚持宪草修改原则，与国民党代表进行了针锋相对的斗争。
由于在一些重大问题上急需向中央报告和请示，4 月8 日，博古与王若飞由重庆飞往延安。
博古乘坐的是一架美制C47式运输机，由美军飞虎队飞行员兰奇上尉等四人负责飞行任务。与博古同机的还有12 人，包括王若飞，王若飞的舅舅、贵州省老教育家黄齐生及其孙子黄晓庄，皖南事变中被国民党囚禁、经政治协商会议与国民党交涉被释放的叶挺、叶挺的夫人李秀文、11 岁女儿叶扬眉、3 岁儿子阿九，出席巴黎世界职工代表大会的解放区职工代表邓发，十八集团军参谋李少华等人。
博古起飞前一日，即4 月7 日，重庆八路军办事处向延安发电：王若飞、博古、叶挺、邓发同志于4 月8 日上午，由重庆乘飞机返回延安。
4 月8 日上午，美制C47 式运输机自重庆准时起飞，首先飞往西安加油和休息。途中，天空下起小雨。飞机抵达西安后，博古等人又一次向延安发电，称飞机将准时到达延安。
下午1时，毛泽东、朱德、任弼时、林伯渠等人赶到机场，准备迎接王若飞、博古等人。博古的妻子张越霞带着6 岁的儿子秦铁也来到机场。
当时延安上空阴云密布，云雾缭绕。下午2时，天空下起了濛濛细雨。
阴雨中，突然传来飞机的隆隆轰鸣声。张越霞兴奋地朝天空望去，期盼着博古所乘坐的飞机从天而降。然而，隆隆声由远及近，又由近及远，张越霞根本没有见到飞机的影子，飞机便飞走了。
“妈妈，飞机呢？”小秦铁疑惑又焦急地问。
“妈妈也不知道，可能今天天气不好，飞机无法降落，原路返回了吧。”
张越霞有些沮丧地说，“我们再等等看。”
然而，直到下午4 点，飞机没有再出现，在机场等待的人们纷纷离去。
毛泽东和朱德回到王家坪，在桃园路口边走边谈，毛泽东不无担心地说：“若是因为天气不好无法降落，回去西安，西安那边的天气又是如何的呢？飞机能着陆吗？万一不能着陆，燃油用尽该怎么办？”
“可是西安并没有来电。”
两位领导人分析着飞机没有准时到达的原因，心中十分不安，立即指示向西安发电，询问原因。5点，西安回电称：该机未曾返航。
张越霞听到此讯，愣了足足一刻钟，眼泪顺着眼角汩汩流下，她已经意识到博古性命堪忧。而此时的博古，已经永远地离她而去了。
正如西安回电所称，飞机从西安起飞后并没有返航，而是在途中迷了路，西安到延安是一直向北的方向，但飞机却朝着东北方向的晋绥边区飞去，误入了山区。在浓云密布、雷雨交加的天气里，因能见度太差，当飞行员看到面前的大山时，已来不及采取任何行动……4 月8 日下午2 时左右，博古所乘坐的美制C47 式运输机轰然撞毁于黑茶山，全机17人全部罹难。
飞机撞毁的巨响声惊动了黑茶山下村庄里的村民，由于天气不好，村民们没有立即上山查看。9 日上午，有村民上山打柴，发现了撞毁坠落的飞机。上前查看，发现了遇难人员的尸体以及遗物，立即到区委报告。区委立即组织人员赶赴现场，从未烧毁的遗物中，搜索到博古和黄齐生老先生的印章以及一些文件报纸。尤其重要的是，在飞机残骸中发现了一张名单，上面有王若飞、博古、邓发等13 人的名字，这些人身份非同一般，区委立即派人将此事报告给中共晋绥分局。
晋绥分局得到消息，一面报告中共中央，一面派公安局长周怀瑾带领警卫连一个班的战士赶赴黑茶山。11 日拂晓，周怀瑾带领战士们到达黑茶山下，在当地村干部的带领下，当天中午到达飞机失事现场。
飞机的残骸斜躺在距离山顶约4 里远的山坡上，机头朝上，螺旋桨已经摔断，周围布满飞机机体的碎片。飞机残骸四周的树木都已经被烧光，到处散落着燃烧过的木炭，空气中弥漫着强烈的汽油味。在距飞机残骸约20 米的地方，有一块突出的巨石，上面覆盖着树木燃烧后的黑灰。
战士们在飞机四周找到烈士遗体，只有脸部依稀可见。战士们和村干部将烈士遗体抬到山下，停放在村里的打麦场上。在现场，战士们还收集了未烧毁的文件材料，以及之前村民发现的博古和黄齐生的印章，两枚被烈火烧坏的圆形证章，上面蓝底白字写着“中国共产党代表团”。
当天，晋绥军区政治部派来锄奸部的科长裴周玉调查飞机失事原因，经过大家分析，最终排除了人为原因，认为是一起由气候引发的意外事故。
由于当天气候恶劣，能见度极差，飞机迷航飞越黑茶山时，撞山爆炸起火而坠毁。
当晚10 点，中共中央得到飞机失事的报告，并将此消息告知烈士家属。
张越霞虽然早已料到博古可能遇难，但当她得到确切消息时，仍然无法接受这个现实，失声痛哭，几欲昏厥。