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法国军队于4月份攻占越南东京，越南许多地方有土匪起事。广西的援军开到越南太原，刘长佑派道员沈寿榕领兵出关，与广西援军相联。法军见中国大军开到，便将东京交还给越南官员，然后毁城撤走。
谭钟麟和刘锦棠上奏，请求在新疆设立郡县。他们还是主张按照谭钟麟原来所奏的方案，从哈密起始，南到吐鲁番，北到精河，任命官员管理，无须另外多设官员。
在回疆东四城设兵备道一员，驻在阿克苏。阿克苏为古温宿国，设温宿直隶州知州一员，治理阿克苏，在拜县设知县一员，隶属温宿知州。在喀喇沙尔设抚民同知一员，在库车设抚民同知一员，在乌什设抚彝同知一员，都归东四城巡道统辖。
西四城也设兵备道一员，驻在喀什噶尔。喀什噶尔为古疏勒国，设疏勒直隶州知州一员，治理汉城，设疏勒知县一员，治理回城，隶属于疏勒知州。在英吉沙尔设抚彝同知一员。叶尔羌为古莎车国，设莎车直隶州知州一员，治理汉城，设叶城知县一员，治理回城，隶属于莎车知州。在玛纳巴什设水利抚民通判一员。和阗为古于阗国，设和阗直隶州知州一员，治理和阗，设于阗知县一员，治理喀拉噶什，隶属于和阗知州。以上官员，都归西四城巡道统辖。
左宗棠曾经提出设立一名新疆总督，驻在乌鲁木齐；设立一名新疆巡抚，驻在阿克苏。谭钟麟的看法不同，认为设立行省，应从州县做起，然后依次设督抚管辖。现在刘锦棠把自己的想法奏报清廷。
刘锦棠说，他自从出关办理新疆军务以来，到现在已历七年。经过对关外形势的深思熟虑，他认为除了设立郡县，改变旧制，没有更好的办法。但对于将新疆另设一省，他却不以为然。现在新设南路同通州县，加上哈密及镇迪道原有各厅州县，不过二十多处，即便将来地方富庶了，也不会增加多少。
刘锦棠说，考察一下各省的州县，最少的莫过于贵州和广西，但新疆的州县还不到这两个省的一半，显然很难自成一省。而且新疆与甘肃形同唇齿，从前左宗棠以陕甘总督的身份办理新疆军务，所有兵饷的制办，都是以关内为根本。他继任总督两年，之所以没把事情办砸，全仗着谭钟麟和杨昌濬力顾全局，所以才能勉强支持。如果甘肃省的大员搞点本位主义，那么边疆的事情就会一团糟了。
因此，如果将关内和关外划为两个省份，让二十多个州县孤悬绝域，势必难以自存。然而，如果让新疆由甘肃节制，又会鞭长莫及。他建议大致模仿江苏建制，添设一名甘肃巡抚，授予兵部尚书的头衔，以乌鲁木齐为省会，统辖哈密以西南北两路的道厅州县。设一名新疆布政使，随巡抚驻扎。镇迪道加授按察使衔，管刑名驿传。将迪化直隶州改为知府，添设迪化知县，与昌吉、绥来、阜康和奇台四县一起，都隶属迪化知府。
关于军队，刘锦棠建议，伊犁的满营采用各省驻防将军营制，迪镇道无须都统兼辖，伊犁将军也不需总统全疆军队。将乌鲁木齐提督调驻喀什噶尔，在乌鲁木齐自设巡抚标兵。南北两路另设编制军队，添设总兵、副将、参将、游击、都统、守备、千总和把总等军官。吐鲁番及南路原有的参赞、办事和领队各大臣，一律裁撤。从哈密以北直达伊犁的都统、办事和领队大臣，酌量裁撤。
刘锦棠的奏疏送达清廷后，清廷下发吏部商议执行。
沈寿榕部于8月份进驻云南宣光的都龙，制造战船，扼守红河。清廷见边疆军情紧急，将四川道员唐炯提拔为云南布政使，令他率领一千名川军驻扎关外，滇军都听他指挥。
不久，法国与越南达成和议，法国人更加紧谋划进入云南。刘长佑请求入京觐见。清廷下诏，任命福建巡抚岑毓英为云贵总督，驻军蒙自。