1958年5月，毛泽东召集了中央军委扩大会议，在会议召开前4天，刘亚楼在《解放军报》发表了一篇题为《认真学习毛泽东军事思想》的文章。
1959年10月1日，距受命主持军委日常工作不足半月，林彪就在党中央最权威的理论刊物《红旗》杂志上发表题为《高举党的总路线和毛泽东军事思想的红旗阔步前进》的文章。对毛泽东无条件信任的刘亚楼，自然也毫不犹豫地采取了赞赏这些主张的态度，并且，他认为林彪比自己政治上高明。
但刘亚楼很快就有了困惑。1961年4月30日上午，刘亚楼列席了林彪主持的军委常委会议。在讨论《合成军队战斗条例概则》（草案）时，罗荣桓明确提出：“带着问题学毛选，这句话要考虑，这句话有毛病。”
“带着问题学毛选”，这是林彪别出心裁提出来的。
林彪听了，一脸不高兴，立即反问道：“那你说应该怎么学呀？”
罗荣桓坦率地说：“应当是学习毛主席著作的精神实质。‘带着问题学’，这句话改掉为好。”
林彪听了，半晌不吭声，见没有人发言支持他，只好言不由衷地表示：“不好，就去掉嘛。”
罗荣桓又补充说：“还是去掉好。学习毛主席著作一定要从根本上学，融会贯通，要学习立场、观点、方法，紧密联系实际。”
还没等罗荣桓说完，林彪便粗暴地打断了他的话，宣布散会，接着气冲冲地拂袖而去。
刘亚楼对林彪的突然发作，很不理解。
回家后，刘亚楼心情十分不好，他试图给林、罗作调和。但叶群开始在公开场合说：“什么林、罗、林、罗要分开，林、罗从来不是一起的！”
1963年新华社要公布军队领导人的名单，林彪不同意公布罗荣桓总政治部主任的任命，刘亚楼对此十分感慨。其间，他几次去看望罗荣桓，罗荣桓和他作了促膝谈心。9月28日，罗荣桓因病情严重住进北京医院，刘亚楼多次前往探望。12月16日，罗荣桓逝世。
刘亚楼很希望林彪能参加罗荣桓的追悼会，但林彪犹豫不决，并且终于没有前来。
刘亚楼和林彪的关系，一向是个敏感的话题。早在红军时代，作为林彪麾下能征善战的一员骁将，刘亚楼有着显赫耀眼的战功。
对林彪卓越的军事智慧，刘亚楼是由衷佩服的，但是，他并非无原则地听从他。辽沈战役中林彪试图放弃打锦州时，刘亚楼就毫不含糊地予以反对。
有一次林彪还把他的“天机”以题字相赠的形式告诉了刘亚楼：“在生死攸关时，别人都是其次，只有你最重要，此胜之要领也。”不管刘亚楼接受不接受这种“教条”，但林彪从不爱给部属题字，然而，对刘亚楼却几破常例。可以看出，他和刘亚楼的关系确实非同一般。
林彪在建国后，尤其是担任党中央副主席和国防部长后，高级干部到毛家湾来，都要经过林办主任叶群这一关，但刘亚楼例外。刘亚楼身边的工作人员曾津津乐道刘、林之间的两件事。
一是刘亚楼有次去见林彪，在门口被林办人员“挡驾”：“叶主任说了，有事可先通过她。”
“什么叶主任不叶主任的！”刘亚楼一边说，一边又将步子往前跨了两步。
林办人员见势不妙，慌忙坚持“原则”加以阻拦。刘亚楼见状火了，抡起胳膊，用力推了他一个趔趄。
就在这当儿，叶群不失时机地出来了，她向刘亚楼致意后，大声训斥林办人员：“今后103（刘在东北的代号）来找101（林在东北的代号），不要挡驾嘛。”
刘亚楼“哼”了一声拔腿进屋。叶群此后“赋予”了他直闯林宅的“特权”。
还有一件事，一次林彪的秘书来找刘亚楼，不知什么原因，谈了几句后，刘亚楼忽然发起火来，把他骂个狗血喷头。
“这是叶主任的意思。”林彪秘书嗫嚅道。
“什么叶主任不叶主任，今后你们不要拿她来吓唬我。”刘亚楼火气更大了，说完，他气哼哼地叫秘书张克里送客。
在东北时，林彪和总部驻双城，叶群住哈尔滨，个把月带孩子来住几天。有时，半夜三更听见叶群呜呜地哭，若是一般同志，两口子吵架，谁能不过去劝劝呀？可这是林总呀！秘书、警卫们干着急，也只能“见死不救”。有次不知为什么，叶群又犯在林彪手里了，林彪勃然大怒，用马鞭抽打叶群，叶群钻在床底下，嚎哭不已。
住在西侧的刘亚楼闻讯，赶快上前敲门，可门被反锁了，而屋里林彪还在气哼哼地打叶群，刘亚楼果断地踹开房门，夺下林彪手中的马鞭。
结果，他见门外站了不少人，便大吼一声：“看什么，家里出了点小事，有什么看头，统统给我立正，跑步走！”
清官难断家务事，敢“断”林彪家务事的，也许只有刘亚楼了。自这以后，林彪再也不打叶群了。
叶群自然是感激刘亚楼的，不仅是感激，客观地说，甚至还有点怕。这不仅在于林彪对刘亚楼的信任，还在于刘亚楼是个在原则问题上不低头、不溜须拍马的、正直的人。和当时许多高级干部不同，刘亚楼不主张夫人参政，他的脑子里也许有种“轻女”思想。当林彪问为何不让翟云英当办公室主任时，刘亚楼非常直露地表达了他的观点：“夫人参政会出乱子，弄不好会栽在夫人手里。”
建国后，中国政坛大红人林彪对刘亚楼信任不减。1959年林彪当了国防部副部长之后，刘亚楼和林彪更多接触。
刘亚楼与林彪的个人关系应该说是要好并且密切的。但是，他与林彪的关系是建立在党性原则之上的。