旭将军
正当源赖朝返回坂东，整顿后方之时，另一名源氏族人、信浓的源义仲横空出世，成为一股不可小觑的军事力量。这个源义仲本是源为义的次子源义贤的次子，算起来和源赖朝、义经兄弟是堂兄弟关系，不过这两家亲戚其实是有仇的。
源义贤早年因官居东宫的带刀武官长而被称为“带刀先生”，后来他和哥哥源义朝的长子源义平——源赖朝的庶长兄——相争落败，被自己这个堂侄所杀。当时源义平本欲将义贤的长子仲家和次子义仲一并杀死，以图斩草除根，但幸得越前国武士斋藤实盛的请求，才留下他们的性命，于是仲家被送往京都成了源赖政的养子，而义仲则被送到信浓国木曾之地，交给中原兼远看护。
因为养在木曾，所以源义仲也被称为木曾义仲。
且说中原兼远对源义仲的疼爱之情超过了自己的亲生儿子，甚至还要求儿子们把义仲当作自己的主君来看待。就这样，义仲在养父及义兄弟们的疼爱下渐渐长大，并且习得一身好武艺，据说就是比起当年威震日本的先祖源义家也是不遑多让的。在接到叔父源行家带来的以仁王令旨之后，义仲自然便带同中原一族及信浓的地方武士起兵了。
面对源义仲的起兵，平家再次估计不足，只是任命了城助长、城助茂兄弟为越后守，委派他们由北向南，全权负责征讨作战。然而就在这个任命发布后不久，四国、九州各股反平家势力起兵的消息接踵而至，平清盛此时已经年过六十，听到这些消息之后悲愤交加，一病不起，于养和元年（1181年）闰二月病死了。据说清盛临死的时候身上散发奇热，凉水洒在身上都会立即沸腾，在京中遍寻名医亦不能治，于是有人便说，这是多年来恶行累累所遭的天罚啊……
平清盛死后，因其长子“小松公”平重盛已先他亡故，次子基盛早夭，地位遂由第三子宗盛继承。这位平宗盛是一个几乎没有任何政治斗争及军事作战才能的贵族公子，由他继任平氏一门大家长的那一刻，也就离平氏灭亡之时不远了。
再说源义仲这边，接到任命书的城氏兄弟倒是不辱使命，当即带领越后、出羽两国武士杀入信浓，可不想长兄城助长突发恶疾，猝死阵中，于是弟弟城助茂改名为城长茂，接替兄长为主将，继续进军。义仲挥军来迎，双方在横田河原进行了一场恶战，城长茂大败，义仲趁势追击，反倒一举扫平了越后国。
此时的平家方才意识到那个木曾出身的源义仲并非癣疥之祸，于是再次任命前度在富士川被源赖朝打败过的平维盛担任总大将，领军杀向越后。这次的平家军先在越前国的火打城取得了一次小胜利，随即就在越中国的般若野被义仲的义兄弟今井兼平击败。平家军暂时后退，并在能登国的志雄山及加贺国的砺波山分布两阵，据称人数分别是三万与十万。义仲为了对抗这股大军，先是仔细观察了地形，然后派出叔父源行家、家臣楯亲忠的一路人马前往志雄山，牵制那里的平家军马，自己则带领主力部队杀向砺波山。
据说此战中源义仲效仿了田单的火牛阵，特命义兄樋口兼光率领一路人马及数百头牛偷偷潜行到平家军的背后，当晚义仲对平家军发起夜袭，而兼光则将数百头牛的头上绑刀、尾上点火，然后驱赶向敌人。正在睡梦中的平家军被突然惊醒，发现前有敌兵，后有火牛，慌乱之下四散奔逃，而当夜又因为大雾使得能见度甚低，平家大军有半数以上在根本摸不清前面是路还是悬崖的情况下跳下了俱利伽罗峡谷，总大将平维盛再次仅率数骑狼狈逃回了京都。
源义仲马不停蹄，亲率大军南下，很快就在加贺国的筱原追上了平家的败军。此时平家方面担任殿后工作的正是当年义仲的救命恩人斋藤实盛，实盛眼见自己曾经救下的稚童已经成长为统帅三军的猛将，甚感欣慰，但是自“平治之乱”以来，实盛一家深受平氏恩惠，为了报答平家的大恩，也为了武士之义，实盛决心在这里用自己的生命为平家军赢得撤退的宝贵时间。在友军纷纷争相逃命的时候，斋藤实盛独自一人杀向了义仲的军队，最他被义仲的家臣手冢光盛斩杀。当实盛的首级被送到义仲面前时，义仲顾不得自己的身份而放声大哭……
平家动辄拿出数万大军远征，既是其强大实力的体现，却也是限于历史背景的错误之举。且说当时日本武士虽然被公卿们所看不起，终究也勉强可算是统治阶级的一员，他们的数量其实并不算多——武士和士兵不可一概而论。
日本国中多山地丘陵，很少大平原，畜牧业也不够发达，骑兵的数量是很少的，基本上只有上级武士才能骑马，穿着装饰性要大过实用性的华丽甲胄，背负长弓，手持短柄长刀上阵作战。这些上级武士的郎党，也就是和他们约为父子关系的中下级武士则身穿简陋的铠甲，有些甚至光头、光脚，手拿长柄的薙刀和弓箭在左右护卫（就连长枪的普遍使用也是数百年后之事）。武士之外，还有大量临时征发来的农民兵，兵器就更加简陋了。这样的军队在作战中，往往要靠骑马武士个人的奋勇冲阵来震慑敌胆，战法相对简单，战术非常简陋。“源平合战”之时，在日本军事史上是一大转型期，这一时期打破旧战法的两大名将，一个就是本文的主人公源义经，另外一个就是木曾出来的源义仲了。
此时的战争，两军分出胜负，往往杀伤的数量并不算多，大多数兵卒都是跑散了。然而士气已堕，跑散的兵卒无法短期内重新聚集起来，跑散的大小武士团更是想着是否该改换门庭了。在这种情况下，平维盛两次惨败给平家势力造成了沉重的打击，使得他们短期内再也无法召集起足够兵力，以对抗正汹涌杀来的源义仲。
平家的新领袖平宗盛终于意识到再也无法在京中安然度日了，在和族人们磋商以后，他决定暂避敌锋，于是便带领着一族子弟，胁迫着法皇、幼帝和公卿大臣们向西面播磨国的福原逃去。而老奸巨滑的后白河法皇眼见平家大势已去，便在西行的途中秘密潜回京都，并向源义仲宣旨，要求他尽快进京勤王。
寿永二年（1183年）七月，源义仲的大军浩浩****开进京城。后白河法皇为了表彰义仲的功绩，特封其为从五位下左马头兼越后守，并亲自赐义仲封号为“旭将军”（也写作“朝日将军”），意思就是如同旭日一般光辉的大将军。同月，又罢免了平氏一门六十余人的官职，将其定为朝敌，诏令天下予以追讨。如此一来，源、平两家的顺逆之势立时颠倒。
如果平家就此灭亡，天下就此安定，那么源义经可能会度过平淡无奇的一生，然而义经却注定不是一个平凡之人，上天早已为他安排下了因剑而生，也要因剑而亡的命运。
强渡宇治川
后白河法皇虽然表面上对源义仲大加封赏，器重有加，但实际上却是笑里藏刀。法皇深知要想恢复皇权，就必须有效地利用这些武士，但同时又不能让武士们坐大，以免出现另一个平清盛那样的人物。源义仲是个粗人，他只懂得靠拳头说话，并不懂什么皇权，也不愿去敬重那些公卿大臣，甚至他还纵容手下武士在京都内**掳掠，于是后白河法皇和京都的公卿们就逐渐对义仲产生了仇恨心理。
源义仲当初奉以仁王的令旨出兵，从越后东进时，曾经救出过以仁王之子北陆宫，并拥护他为名义上的主君，如今平家挟持幼小的安德天皇西逃，国不可一日无君，义仲便向后白河法皇提议立北陆宫为新君。法皇为了稳定义仲的情绪，假意应允下来，于是义仲便派人前去接北陆宫进京。可谁知没过几日，后白河法皇突然宣布改立高仓天皇的第四子尊成亲王为新的天皇，也即第八十二代后鸟羽天皇。
源义仲听闻此信，大为愠怒，本想立刻向法皇发难，但不料此时又传来消息，说平家军以播磨国的福原为根据地，逐步降伏了周边的反对势力，正在准备反扑。于是义仲只得暂时放下与法皇的芥蒂，于寿永二年（1183年）九月二十日集合武士向西进发，准备消灭平家的残余势力。
两军与十一月十七日在备中国的水岛地方遭遇，并立即展开了水战，源义仲因为此前一直生活在信浓的山区中，几乎没有任何水战的经验，在这一战中被平知盛和平教经率领的平家水军打得大败而归。就在义仲准备返回京都，休整军马再战的时候，后白河法皇竟然召集比叡山及圆城寺的僧兵们将他挡在京城之外，并且还秘密派人送信给身在镰仓的源赖朝，要求他率兵进京，驱逐义仲。
老谋深算的源赖朝早已经看透后白河法皇是个言而无信，并不断利用平氏与源氏两个武士团，令其自相残杀的小人。为了不成为法皇的棋子，赖朝便找了些借口拒绝了讨伐义仲的要求。此时义仲已经集结军队，并准备要凭借武力攻进京都了，后白河法皇无奈，只得下旨封源赖朝为征夷大将军，并承认其对坂东地区的统治权，赖朝这才下定决心要向京都进军，而他的弟弟九郎义经也终于迎来了命运的又一个转折点。
寿永二年（1183年）十一月，义经与他的另外一位同父异母哥哥、“蒲将军”源范赖同时被任命为征讨源义仲的总大将，各率两万兵马，分道向京都进发。一路势如破竹，于次年也即寿永三年（1184年）正月抵达京都附近的宇治川。
此时的源义仲，早就已经打败了支援后白河法皇的僧兵，重返京都，他觉得法皇和大臣们都背叛了他和他那些浴血奋战的将士们，于是便把后白河法皇幽禁起来，解除了法皇所任命的四十九位公卿的官职。同时，他还逼迫法皇宣旨，改任自己为征夷大将军，而将源赖朝定为朝敌。
闻报坂东大军杀来，源义仲立刻派出自己的义兄弟今井四郎兼平率领数千武士于濑田方向抵挡源范赖军，部下武将根井行亲、楯亲忠父子率数千军马在宇治川对抗源义经军，自己则据守于法皇的御所之前。
担任赖朝方讨伐军总大将的本是源范赖，因为传说其母本是歌妓出身，身份低微，加上范赖本人非常老实，赖朝觉得这个弟弟更为可信一些。而源义经因为一度被养育在平家，又曾一度投靠奥州的藤原秀衡，机心甚重的赖朝觉得必须谨慎提防，于是就任命义经当了副将。
源义经本人对这种安排倒并未心存芥蒂，他和源范赖两人都仗着是赖朝的弟弟而成为将领，但都没有丝毫实际功绩，实在难以区分高下。在这种情况下，年长的范赖作主将，年幼的自己当副将，也是无可指摘的安排。
等到两将分道逼近京都，面对源义仲派来的大军，源义经意识到此时的情势极其危急，如果不能迅速消灭敌人，那么兄长赖朝已被指为朝敌的消息就会传遍整个日本，到时候刚刚归附赖朝的武士都很有可能转而投入义仲军，因此必须速战速决。然而这却并不是一件容易的事情，要消灭义仲就必须首先打败据守宇治川的根井行亲、楯亲忠父子所率敌军，而要消灭这支敌军，义经就首先要渡过横在他们面前的宇治川。究竟要怎样才能跨过这条汹涌的大河杀入敌阵呢？义经想来想去，突然心生一计。
于是义经召集众将，聚拢在河岸上，故意问他们：“怎么办才好呢，是从淀和芋洗两处迂回过去好呢，还是等河水落下去再说？”年轻武士畠山重忠上前说道：“在镰仓时早就对这条河做过估计，这又不是什么突然冒出来的陌生的水泊。该河是近江国湖水的下游，等到任何时候也是干不了的，难道想搭了板桥再前进吗？！记得治承之战的时候，足利又太郎忠纲以惊人的神力冲到河对岸，现在我重忠这就下水，试探一下水的深浅。”于是便率领着他旗下的数十名骑马武士顶着敌人射过来的如雨般箭矢率先跃入水中。
其他的武士们见了，生怕被畠山重忠抢了头功，于是也都争先恐后的策马下水。赶在最前面的两骑分别是在赖朝起兵之初便一直与之协力的佐佐木家的四男高纲，以及当初在石桥山救过赖朝性命的恩人梶原景时的长子源太景季，这两名小将凭借着从赖朝那里拜领来的宝马和出生牛犊不怕虎的精神抢得了头阵与二阵之功。
根井行亲与楯亲忠父子眼见义经的大军渡水而来，为了报答义仲的情意，决心拼死抵抗。两人都是与今井兼平、樋口兼光一起被称为义仲军“四天王”的以一敌百的东国勇士，父子二人挥刀之处，无数武士化作亡魂，但在这个新旧交替的时代，他们注定要败给年轻的义经，败给义经麾下那些血气方刚、勇往直前的年轻武士。奋战之后，父子二人尽皆战死沙场，用他们的生命报答了与源义仲的主从之情。
宇治川的败报很快传到源义仲处，义仲知道大势已去。此刻的他不再想着什么称霸天下的美梦，也不再希冀什么荣华富贵，而仅仅只是希望能够实现儿时的承诺，与他的义兄弟今井兼平同生共死。于是义仲便主动放弃了法皇御所的防卫，率领着麾下武士们开赴濑田，准备与今井四郎兼平的部队会合。
此时今井兼平仍在濑田方面殊死奋战，逼得源范赖无法前进一步，但是部下在听到了宇治川败战的消息后逐渐逃散，兼平也因心里挂念着义仲的安危，只得且战且退，当退到大津时终于与义仲相遇。此时他们主从都已经陷入了范赖与义经大军的重重包围之中，眼见此景，义仲与兼平决定拼死一搏，于是便竖起了旭将军的大旗，勉强集合了三百余骑。义仲与兼平就率领着这三百余骑杀入范赖军中，左冲右突，屡屡击退如云层一般的敌军，最后就连铠甲都染成了血红色，而背后的翎羽箭也都射完了。
乱军之中，义仲被范赖军中的三浦族人石田为久射中了后脑，落下马来，为久立刻带领士卒追了上来砍取了义仲的首级。今井兼平万念俱灰，高声喊道：“事到如今，我还在为谁而战呢？！坂东的武士们，今天就让你们见识一下日本第一硬汉自尽的榜样！”说罢将太刀刺入口中，自杀身亡。
而也就在义仲、兼平与范赖军酣战之际，义经已经亲率一支人马突入京都，赶到法皇的御所前。后白河法皇眼见救星赶到，喜出望外，亲自接见了义经，并当即赐官左卫门尉。
正月二十一日，义仲之乱平定，源义仲麾下的武士尽遭斩首，樋口次郎兼光为了给义仲及战死的亲友祈求冥福，此前已经向义经投降，义经怜惜他是个有情有义并且武艺高强的勇士，本想将其收于帐下，可后白河法皇却不依不饶，最终义经迫于压力，只得将兼光斩首。
奇袭一之谷
源义经才刚进入京都，突然西面又传来消息，平家的能登守平教经平定了四国、九州的反平家势力，正准备挥师东进，打回京都来。于是义经与范赖二将当即向后白河法皇辞行，兵分两路，范赖率领着武田、镜美、山名、梶原等将统辖下的二万人马，取道播磨从正面向平家的新基地福原进发，而义经则率领着以土肥实平、田代信纲、三浦义澄、和田义盛、畠山重忠等人为首的四千青年武士绕路丹波，准备从背后包围平家军。
平家此番卷土重来，一方面是在四国、九州等地聚拢了大量武士团，兵力大盛，另方面也是看到源氏内部纷争，所以想要渔翁得利。但他们没有料到辉煌一时的源义仲那么快就被打败了，多少有点措手不及，整体战略部署一下子被打乱了。就在这种情况下，二月六日，源义经抵达了丹波国与播磨国交界处的三草山一代，在这里遇到了以三位中将平资盛为首的平家军，义经与田代信纲等人商议后，决定趁夜发动攻击。
当晚，义经一声令下，四千青年武士犹如虎狼一般杀入平家军中，此时的平资盛尚在酣睡，听见喊杀声后匆忙爬了起来，眼见义经等人左冲右突，自知不能抵敌，便召集几名心腹武士护卫着自己杀开一条血路，从海路坐船逃到赞岐的屋岛去了，副将平师盛勉强收拢败兵，逃回了己方主力驻扎的一之谷。义经趁势掩杀，一口气追出数十里，斩首数百，大获全胜。而也就在同时，负责正面进攻的范赖军也已经抵达了一之谷东面的生田森林附近。
平家方面，内大臣平宗盛眼见义经与范赖杀将过来，便与其弟平知盛商议，在临海靠山、难攻不落的一之谷摆下数万重兵，据险而守，打算与源氏军决一死战。同时他还派出曾经为平家讨平过许多反抗势力的猛将能登守平教经，以及教经的哥哥越前守平通盛，带兵一万把守一之谷东面的生田森林阵地，文武双全的平清盛末弟萨摩守平忠度则带兵五千，防守西面的须磨阵地。
有了这几员猛将守护一之谷的两翼，平宗盛感觉稳如泰山了。另外两个方向，南面是浩瀚海洋，布满了平家的战船，素来不以水战见长的源氏根本攻不进来，北面则是百仞高崖，除非天降神兵才能逾越。一切准备妥当，就专等源氏军上门来送死了。
资质平庸的源范赖只知道正面进攻，而源义经却深通兵法，他在三草山上仔细观察了平家的布阵，料定正面强攻很难取胜。为了安心思考破敌之策，义经下令部下树起百杆大旗作为疑兵，并让将士们吃饱睡好，准备迎接大战。
因为骑马武士只占极少数，他们的郎党战斗力不强，强行拉伕的杂兵更是只有跟在武士背后放冷箭、砍首级的能耐，在这种兵质的影响下，在这种时代的局限下，当时日本战争的法则就是倚多为胜，恃勇为胜，很少运用奇谋。《六韬》是中国宋代官方指定的《武经七书》之一，可以说是最基本的军事教材，放到日本竟然成为鬼一法眼之类阴阳师的秘传法宝，由此也可见一斑。
然而熟读了《六韬》的源义经却从某种意义上来说，其思路已经跳脱开了传统的作战模式，在兵力稍逊于敌，并且敌人已经占有地利之便的情况下，他敏锐地感觉到不能再正面对战了，而必须侧出奇兵，一举将敌人击溃。于是，经过反复思考以后，义经决定将部队一分为二，由土肥实平、田代信纲率领三千武士按原定计划，绕到西面攻打须磨阵地，而自己则亲率三百骑胆色过人的武士，在当地向导鹫尾义久的带领下，前往据说只有野鹿才能通过的鵯越悬崖，准备从那里顺崖而下，攻击平家军的后方。
当源义经把这一大胆想法说出来的时候，就连那些面对数倍于己的敌人亦不曾退缩一步武士们也被吓得打了退堂鼓，他们表示宁愿被敌人杀死，也不愿落崖摔死。途中不断有人偷偷开了小差，最后到达鵯越悬崖时，义经身边已经只剩下七十余骑，这七十人中除了早已与义经约定同生共死的镰田光政、武藏坊弁庆、伊势三郎义盛、佐藤继信、忠信兄弟外，还有关东世代闻名的武士家族三浦一族中的佐原十郎义连、和田小太郎义盛等人。而在他们面前则的是一道高四十五米，斜角只有三十五、六度的陡峭的悬崖。
此时受义经之命攻打须磨的土肥、田代军已经与防守须磨的平家军展开了战斗，率先攻入敌阵的是猛将熊谷直实和平山季重，两人皆是能以一敌百的勇士，他们冲到平家阵前屡屡叫阵，平家的武士们不敢应战，大大鼓舞了源氏的军心。于是土肥实平下令全军紧随两将之后，奋勇杀入敌阵。
生田森林方面，源范赖眼见敌军势大，准备先构筑工事，然后再与敌人慢慢较量。梶原景时的次子景高年少气盛，不顾父亲及兄长的阻拦只身杀入敌阵，当景时派人叫他回来时，他张口对来人说道：“将门出虎子，此谚世所传。今朝赴疆场，马革裹尸还。”显示了自己不惧强敌、视死如归的英雄气概。使者将这番话传给景时，景时被儿子的气魄所感染，对手下的武士说：“为人父者，一切都是为了自己的孩子，如今景高只身踏入敌阵，若是他有个三长两短，我这当父亲的还有什么脸面苟活于世？”说罢，便带着长子景季、三子景茂，以及手下五百名武士奋勇杀去。其他的武士们眼见梶原父子冲入敌阵，生怕被抢了头功，于是也都策马扬鞭跟将上来。
眼见源氏大军杀来，平家军的士卒们也认识到今天便是最后的决战，如果战胜，就能回到朝思暮想的京都，否则只有死路一条，因此拼死抵敌。源、平两军在一之谷的东西两侧同时展开了死斗，双方你来我往，刃矢相交，只杀得昏天黑地，难解难分。
但是他们却谁都没有注意到，就在平家阵地后方的鵯越悬崖，义经率领着那七十骑勇士已经顺崖而下。当时的情景实在是危险至极，前面的马尾与后面的马头紧紧相帖，一个勒马不住，就有可能连人带马同时摔倒好几将。而在他们身旁两侧，尽是些灌木砂石，稍不留神也有可能被绊个人仰马翻。年轻一点的武士甚至闭紧了双眼，屏住了呼吸，任由坐骑自主地驱驰。就在即将到达平地的时候，不知道是谁带头发出一声呐喊，随即这七十名无双勇士也个个释放着自己紧绷的神经，跟着呐喊起来，这喊声响彻了山谷，震**了天地。
据守在一之谷阵内的平家一门听到这阵呐喊声，还以为是源氏大军已经突破东西阵地杀了进来，无不胆战心惊，以平宗盛为首，他们再次抛弃了为自己厮杀卖命的武士们，争先恐后向南面的海边逃蹿——那里有早已为他们逃亡而准备好的数艘大船。义经等人则趁着混乱四处放火，并沿途追赶截杀平家的公卿、武士。
首脑们争相逃跑的消息很快就传到仍在前线浴血奋战的武士们耳中，在最后关头还被出卖的他们也都纷纷丢下铠甲武器，争着向海边逃去。
平家的猛将平盛俊决心一死，便只身来到源氏军中，想着能尽量多地斩杀几个敌人。源氏的武将猪俣则纲看到了他，认定是个了不起的大将，于是驱马上前与盛俊交战，几个回合下来，便被盛俊按在地上，眼看就要身首异处，连忙向盛俊请降。盛俊起了怜悯之心，决定饶他一命，就在这时，则纲麾下的武士赶到，策马朝盛俊杀来，而则纲却趁此机会拔出短刀偷袭盛俊，盛俊一个不留神着了他的道，丢了性命。
须磨这边的形势也开始向源氏一边倒，萨摩守平忠度为了捍卫平家仅存的那么点武士精神而与源氏大军浴血厮杀，但终因寡不敌众而被源氏武士纲部忠纯及其手下斩杀。至此，本来难分胜负的一之谷之战，在义经的奇谋下瞬间便决出了胜负。源氏武士追亡逐北，一直赶到海边，许多平家的公卿、武士还没来得及登船就死于敌人刀下，曾经盛极一时的平家，在此刻迎来了他们末路的开端……
速破屋岛
二月九日，源义经与源范赖带着生擒的俘虏和斩获的首级凯旋回京。回想起当年父亲左马头义朝被指为朝敌，仓惶逃出京都的惨景，二人虽未目见，想象起来，就如同在梦中一般。同月十五日，他们将俘虏押往镰仓，并向源赖朝报告战况。赖朝也是难抑兴奋之情，当即给义经记了首功。法皇钦封义经为检非违使别当，因为这个官职在唐朝被称为判官，从此之后义经便被称为“九郎判官”了。
战败的平家已经如风前残烛，平宗盛等人舍妻弃子勉强逃到了四国附近的屋岛，而原本已经归顺了平家的九州豪强们也纷纷倒戈相向。在此种形势下，就连平时一向趾高气扬、骄横跋扈的内大臣平宗盛也自知末路之日已然不远，但在这个时候，这位早已没了武士风范的武家子弟也终于拿出了点武士的自尊，拒绝后白河法皇提出的交出幼帝及三神器可免不死的条件，准备以武士的身份迎来人生的终点。
所谓“三神器”，是指皇家代代相传的宝剑、铜镜和玉玺（实际是挂在脖子上的玉串），乃是天皇登基必用的礼器，也就是说，谁拿到这三神器，谁才算是皇家正统。当初平家逃离京都，既然挟持天皇，当然也把三神器带走了，这使后白河法皇寝食难安。
然而，就在平家已经注定灭亡的时候，原本一直隐藏在台面之下的后白河法皇与源赖朝之间的矛盾开始逐渐显露出来。赖朝很清楚，在平氏灭亡之后，反复无常的法皇就会视自己为最大的敌人，而要与法皇、天皇为主的朝廷对抗，就必须在灭亡平氏之前进行改革，让整个坂东的武士都脱离朝廷管制，独立地置于他本人的统治之下。于是赖朝便命令义经和范赖兄弟暂时停止西进，先在京都就地休整，以等候他下一步的指示。
当时源赖朝受封为征夷大将军之职，这个“夷”指的就是虾夷人，天皇朝廷当初设立此职，为的是统合整个东国的兵力以征讨虾夷，而自从虾夷人被压缩到北海道以后，这个职务就变成一个空头荣誉衔了。只是源赖朝并不甘心当空头大将军，他在自己的幕府（此词源字中国，指的是将军的大本营、私人幕僚机构）内设立官职，把东国大大小小的武士团首领都逐渐变成了“御家人”，也就是他征夷大将军的私人部属。
另一方面，后白河法皇也在努力寻找平氏灭亡之后能够与源赖朝对抗的军事力量，几经斟酌之后，他选择了在一之谷大放异彩、武勋卓著的源义经。此时的义经并不知道阴谋正在朝他一步步靠近，他的眼睛还死死地盯在西面海上，在他心中只有一个念头，那就是彻底剿灭平家余党，为已故的父亲源义朝洗刷当年“平治之乱”战败的耻辱。也正因为这种想法，他对兄长源赖朝暂时停止西进的命令不能理解，几经忍耐之后，终于忍不住在元历二年（1185年）的正月来到法皇宫中，向法皇请旨出兵西海，讨伐平氏余党。此举正中了想要离间他们兄弟之情的后白河法皇的下怀，法皇当刻满口应允。
于是源义经便回到军中召集武士，准备向西进兵，但是这些来自东国的武士大多不敢违抗源赖朝的命令，没人愿随义经出征，义经只征集到了直属于他的千余名武士。源赖朝听闻这个消息当然非常不快，但他对这个能征惯战、威名远扬的弟弟也颇有所忌惮，不好明着阻拦，就命令亲信梶原景时率领一族跟随义经出征，其真实用意却是监视义经，看他是否怀有谋反之心。
二月三日，源义经率领部队抵达了摄津国的渡边，因为要去平家盘踞的屋岛必须走水路，于是便在这里收募船只。二月十六日，船只调集完毕，而当这些船在解缆试航的时候却突然刮起了暴风，许多船只被风吹坏，无奈之下只得将船收回来进行修理。
梶原景时对义经说道：“此次海战，最好在船上装上逆橹。”义经问：“什么叫逆橹？”景时回答说：“要战马奔驰，必须左右回转自如。同理，战船能够快速后退是很重要的，所以要在船首船尾都装上橹，船的两侧都安上舵，如此便可前后左右进退自如了。”
义经闻言，笑笑说道：“作战时本该一步不退。虽然万一形势不利，被迫后退也是兵家常事，但若一开始就做后退打算，恐怕不好吧？此乃出师不利的预兆。安装逆橹也好，安装退橹也罢，在你的船队上只管装上百只千只，我义经是原橹不动的。”景时劝道：“所谓良将，要做到宜进则进，宜退则退，能够保全自己，歼灭敌人，如此才称得上是优秀的大将军。只知进，不知退，野猪式的蛮勇，是不会成为良将的。”义经说：“野猪也好，野鹿也罢，作起战来，攻而能取，战而能胜，心里才痛快呢！”景时吃了瘪，认为自己好心没好报，心里满不痛快，便暗自下定决心，将来有机会的话一定要报复义经。
可是令他更想不到的是，当天晚上，义经就趁着大家熟睡的时候，召集了自己亲信的武藏坊弁庆、伊势义盛、佐藤兄弟等人，率领着直属于他的武士们偷偷乘上那些在白天没有被暴风刮坏的船只，突然出海，直奔屋岛去了。
义经趁着夜色和海风顺流而行，第二天早上到了阿波国一个叫做胜浦的地方，在这里打败了一支为数百人的平家游击部队，并俘虏了带兵的头领近藤亲家。在亲家的口中，义经得知，平家因为完全没有料到源氏军队能够这么快袭来，为了平复屋岛附近以河野通信为首的反平家势力，而将由田内教能率领的主力部队开赴伊予国去了，屋岛此时残存的兵力不足一千。义经觉得这是个千载难逢的大好机会，于是便命令船夫奋力划桨，直奔屋岛而来。
元历二年（1185年）正月十八日，义经率领船队到达赞岐国的引田，然后取道丹生屋、白鸟，于当晚便杀到屋岛的城砦之下。武士们听从义经的指挥，朝着城内射火箭，丢火种，平家所居住的宫殿顿时着起火来。
当时平家的首领、内大臣平宗盛正在验看田内教能派人送回来的河野一族的首级，听说宫殿起火，以为是源氏大军来袭，慌忙指挥着武士们保护着幼帝和女眷们逃到船上。等到天稍微亮了一点之后，他派人出去打探源氏人马的准确数量，得知义经因为是连夜奔袭，身边只有七、八十骑，而他们平家的数千武士就是被这七、八十人赶离了宫殿，逃到海上的。宗盛的鼻子都气歪了，连忙叫过能登守平教经，对他说：“慌乱之中中了九郎（指义经）的奸计，白白把宫殿让给了他们，现在很是后悔。你现在就带三百武士杀将回去，给他们点颜色看看。”
于是平教经真的带了三百名武士返身杀回屋岛砦门前，在滩头列开阵势，并派部将平盛嗣前往叫阵。义经身边有一名叫做金子与一的武士箭法超群，远远地把平盛嗣一箭射成重伤。平教经怒火万丈，亲自拉弓放箭，瞄准着义经射去。源家武士纷纷催马上前，用身躯替主将挡箭。
平教经本是京内知名的神箭手，箭矢所到之处，有十几名源氏武士应声而倒，而这其中就有当年在奥州受藤原秀衡之命跟随义经的佐藤兄弟中的兄长佐藤三郎嗣信。嗣信自奥州跟随义经以来，与义经出生如死，从没一次退缩，这次更用自己的命换回了义经的性命。义经很是感动，抓着嗣信的手问：“三郎兵卫，感觉如何？”嗣信稍稍缓过气来，答道：“已经不行啦。”义经又问：“有什么话要说吗？”嗣信答道：“有什么好说呢，没等到主公飞黄腾达就死啦，实在遗憾。然而，手执干戈之人中箭而死，这是早就注定了的。日后人们会说：‘源平交战，奥州的佐藤三郎兵卫嗣信在赞岐国屋岛的海滨为掩护主公而阵亡。’这对于手执干戈之人，是生前的光荣，死后的安慰。”说完，渐渐气弱。在场的人以义经为首，包括嗣信的弟弟佐藤四郎忠信等人，无一不流下了热泪。
平教经知道要想射死义经是不大可能了，却又怕直接领兵杀过去会中了源氏军的埋伏，于是便招呼手下武士继续与敌人叫阵。其中不知道是谁想出了个主意，找来一个十八、九岁的姑娘，穿着花裙站在船头，将一把画着金色太阳的扇子插在船上，然后向着源家武士这边招手。
源家的武士们认定这是在向他们挑衅，要他们射落那把扇子，于是义经找来下野国的年轻武士那须与一宗高，要他将扇子射落。正当初春，海面上刮着强烈的北风，扇子也随风飘忽不定，宗高暗自祈祷：“南无八幡大菩萨，此箭一出，若不中的，就丢尽了东国武士的面子，我也会立即折弓自裁，所以请保佑我射中吧。”说也奇怪，霎时间北风忽然变缓，宗高便抓住这个机会，瞄准扇子一箭射去。也许真是他的祈祷灵验了，他射出的箭不偏不倚，正好射在扇子的杆上，将扇子穿成两半，飘落到水中。源氏的武士们见此情景连声叫好，士气大受鼓舞。
渐渐的，两军已经相持到了傍晚，义经便命武士们撤离岸边，来到附近一处野山摆好阵地，准备休息一夜——因为自三日前出发以来，这七、八十人跟随义经连续作战，一直都没有睡过一觉——义经本人和伊势义盛守在营砦旁守卫，提防敌军趁夜来袭。
当夜，平教经果然想要趁夜攻击源氏军，但却因为平盛嗣和海老盛方两将争当先锋，吵嚷不决，最终只得放弃，白白错失了取胜的良机。
坛浦海战
源、平两军在屋岛对峙一夜，等到次日天明，义经对伊势义盛说：“如今我们兵少，平家兵多，要是等到出外平叛的田内教能率领平家主力回来，那就更为不妙了。”义盛回答说：“此事可交给义盛去办，定能赚得田内教能引军来降。”于是义盛便带着几名护卫，离开义经的军阵，来到了田内教能归途的路上。
当与田内教能所率的大军相遇时，义盛主动脱掉铠甲，丢掉刀剑，来到教能营中，对他说道：“想你或许还不知道，就在前日，我家主公九郎判官义经大人已经在屋岛消灭了平家的残党，平家自内大臣宗盛以下或战死沙场，或做了阶下之囚，你的父亲阿波重能已经向源氏投降了，你如今带着这三千人还能有什么作为呢？不如跟随我投靠义经主公，你们父子也好重得相聚。”
在田内教能回来的途中，已经听到各种各样的传闻，都说平家已经战败，此时听义盛这么一说，他心里也没了底气，于是三千人悉数解甲，归顺了义经。等到了屋岛，教能才明白自己中了伊势义盛的计策，可惜为时已晚，也只能将错就错归顺了义经。平家眼见强弱之势逆转，只得悻悻地再次撤退，逃到更往西面的长门国的引岛去了。
与此同时的二十二日辰时，被义经远远抛在后面的梶原景时和源范赖等人眼见征服西国的大功就要归于义经一人之手，于是也匆匆地催促战船，出航与义经合流。
合流之后的源氏大军于元历二年（1185年）三月二十四日卯时再次向平家军进攻，而平家也派出军兵在门司、赤间两处关隘布置防御。
梶原景时不甘心被义经抢了所有功劳，于是厚着脸皮请求义经把先锋之任让给他，义经不允。景时和义经大吵起来，景时的儿子们也与义经麾下的弁庆、义盛、忠信等人拔刀相向，幸亏三浦义澄和土肥实平拼命拦阻，才没闹出什么大乱子来。经过此事，景时更为嫉恨义经，准备回到镰仓之后就向源赖朝大进谗言。
不久之后，源、平两军展开了决战，源家的船靠近了平家的船，战斗也从一开始船上的弓箭对射转变成了接舷战。平家仗着水军厉害，一开始略占上风，但义经亲临第一线，指挥武士们奋勇向前，并且敏锐地把握战机，在潮水转向的那一刻发动迅猛反攻，在其指挥之下，源氏武士个个争前恐后地杀入平家船内。
一直跟随着平家照顾幼帝的建春门院滋子眼见平家大势已去，因为不想自己和幼帝落入敌人手中受辱，便独自回到船舱，把幼帝抱在怀中，准备投海自尽。此时的幼帝安德天皇刚满八岁，看到这般情景，不胜惊愕地问道：“外祖母，你要带我去哪里？”滋子答道：“主上你有所不知，你以前世十善戒行的功德，今世才得为万乘之尊，只因恶缘所迫，气数已尽。你先面朝东方，向伊势大神宫告别，然后面朝西方，祈祷神佛迎你去西方净土，与此同时心里要念诵佛号。这个国度令人憎恶，我带你去极乐净土吧。”说罢便将幼帝搂在怀中，纵身跃入海中。
在建春门院的带头下，中纳言平知盛、中纳言平教盛、修理大夫平经盛、三位中将平资盛、平有盛、左马头平行盛等人也纷纷跃入海中自尽。惟独那位内大臣平宗盛和他的儿子右卫门督平宗清两人贪生怕死，不敢跳海，最后终于被伊势义盛活捉。
能登守平教经虽然也决心一死，但是他却不想自尽，他看准了人群中的义经，便直直地朝义经杀来，想要拼个鱼死网破。义经看见教经如鬼神一般杀入源家武士阵中，无人能敌，心中自知抵敌不过，便朝后面的小船跳去，而教经也立刻追到，义经就再跳一船，而教经又再次追上，就这样两人一逃一追，义经当日共跳过八条船，才终于摆脱了教经的追杀。
源氏的武士将教经团团包围，教经也知道再想追杀义经已属无望，便心想着尽量多杀几个敌人。来自土佐国的武士安艺实光想要斩杀教经，建立功勋，于是就和他的弟弟以及另外一名从卒，三人一起夹攻教经。教经飞起一脚，把那个从卒踹落水中，然后左手一把抓住实光，右手一把抓住实光的弟弟，飞身跳到海里，与敌人来了个同归于尽。而就在平教经死后不久，这场战斗也以源氏的绝对胜利迎来了终结之时，曾经盛极一时、享尽世间荣华的平氏一门，也终于在这坛浦海战之后彻底地覆灭败亡了。
因剑而生，因剑而亡
二十六日，土肥实平押解着被活捉的平宗盛等平氏族人回京复命，后白河法皇喜出望外，越级晋升源赖朝为从二位的官职。而就在各国平靖，百废待兴之时，天下间又有了这样的舆论：“九郎判官这样的人才实在难得，镰仓的从二位又有什么作为呢，天下的事让判官策划才好。”这话很快便传到了镰仓，赖朝心中不快，便找来已经回到镰仓的梶原景时，问他义经在军阵之中究竟表现如何。景时正愁找不到报复义经的机会，于是便添油加醋，诬陷义经说他如何如何目中无人，完全不把赖朝放在眼里。听了这些话之后的赖朝，便在心中暗自起了杀害义经之心。
然而义经对此却毫不知情，在按照赖朝的指示将平宗盛等人斩首之后，他便率领近臣们起程返回镰仓了。当抵达了镰仓西郊的腰越驿时，赖朝派人传出话来，不准义经进入镰仓。义经知道是被人进了谗言，于是便写了一封表明自己心迹的书信，托人呈送给了赖朝的近臣大江广元，这封书信的内容如下：
义经荣膺选派，得充镰仓公代理，乃奉法皇圣旨，拜为钦使，讨伐逆臣，卒雪会稽之耻。本当论功褒赏，讵奈横被谗谤，莫大功勋置于不顾，无辜罪罚加于一身，有功无过而遭遇如此，殊令人痛心疾首耳。谗言之实否不察，镰仓之晋见被拒，披陈肝胆无由，忽焉竟已数日。当此时也，吾兄尊颜不得叩见，骨肉同胞情断义绝。嗟呼，是乃今生之宿命欤，抑或前生之孽根欤？！悲哉，亡父尊灵不得复生，何人为我一申悲叹，何人为我一垂哀怜？！故特再次上书，略述所怀：
义经身体发肤受之父母，行年未几，而先君见背，沦为失怙孤儿，幸有慈母悯恤，携至大和国宇多郡，往依外伯祖父。但自此以还，从无片刻安宁，虽得苟延岁月，惟京都难以安身，只得远遁边鄙之地，任土民百姓驱遣。所幸者，突兀之间运转时来，为讨伐平家一族奉旨进京。军兴之际，削除木曾义仲，之后为彻底诛灭平家，时而挥鞭跃马于峨峨巉岩之间，置性命于不顾；时而冒风行舟于惊涛骇浪之中，几葬身于鲸鲵之腹。非但如此，我之所以枕胄甲、宿露野者，良以挥戈从戎之素志，端在雪洗先君会稽之耻，别无他求。况且义经补任五位尉，乃系源氏历代要职。虽云如此，今日仍不能不深愁浩叹。除祈求神佛保佑之外，惟有剀切陈词，冀达钧鉴耳。
谨以诸神社诸寺院之最大护符，书明我之素无野心；敬向日本全国之大小神佛，表明我之赤胆忠心。尺素数通，冀邀清览；惜乎如石沉海，终未原宥。我朝神国也，神非礼勿享，别无可求矣。惟可仰赖者，吾兄之广大慈悲耳。愿得风便之机，得达兄长玉聪，苟能略加体谅，辨明无辜，恕我无罪，则兄长一门诚为积善而有余庆之家，荣华富贵必当绵延远及子孙，而我得展多年之愁眉，可获一生之安宁矣。书不尽言，略述一二。义经惶恐谨启。
元历二年六月五日
源义经
此上因幡守公
源义经是否存有反心，其实对于一代枭雄源赖朝来说并不重要。虽说按照武士家族的传统，嫡长子有继承家督（家族首脑）之权，在源氏非赖朝莫属，弟弟们只能自己去打天下，就算义经真的起兵反叛，名不正言不顺，源氏族人和东国武士也未必会听他的。然而赖朝要建立的不是松散的武士集团，而是一个真正属于武士的新政权，新政权中是不能允许哪怕一丁点危险因素存在的。况且，眼看义经就要变成后白河法皇对抗源氏的棋子了，赖朝又岂能容他？
别说义经，就连那个老实头源范赖也遭到源赖朝的幽禁，不久后被杀害了。
因此义经的书信没能抵过一心要挑拨他们兄弟关系的梶原景时的谗言，更没能抵过源赖朝的勃勃野心。最终赖朝命令义经退回京都，下令原属义经麾下的十个武士团首领撤回镰仓——就此，义经完完全全地被孤立在了京都。
即便如此，赖朝却还不放心，他秘密派出土佐坊昌俊前往京都，假借拜佛之名，伺机刺杀义经。土佐坊来到京都，刚刚有所行动便被义经察觉，并被斩杀在了六条河原。此时义经知道赖朝杀已之心已定，于是便将愿意跟随他同生共死的弁庆、伊势义盛、佐藤忠信等人找来商议对策。大多数人都主张义经应该占据京都以西，与赖朝分庭抗礼，只有弁庆说此时即使反叛也恐难成功，况且大丈夫应该洁身自好，即使是身死家灭也不能让自己的名誉受到损害。义经觉得弁庆的话有道理，于是便放弃了反叛的念头，带着家臣们逃离了京都。几经辗转之后，他觉得为今之计只有再次投靠当年收留过他的藤原秀衡了。
藤原秀衡虽然远在奥州，但他的眼线（如前所述商人吉次）几乎遍布整个日本，当然早就听说了源义经扫平源义仲和平氏一门，武名威震日本之事，颇感欣慰，觉得自己终究没有看错人。当义经主从前来投靠时，秀衡当即出平泉城门迎接，盛情款待并且收留了他们。
藤原秀衡多年经营奥州，这片广袤的东北大地虽然开发较晚，人口较稀，但多年不逢战乱，并且奥州山中还出产黄金，为这支藤原家族积累下了丰厚的财产，也培养起了强盛的武力。源赖朝深恐一旦兄弟义经与秀衡连手对抗他的话，将成为心腹大患，于是便使尽了威吓怀柔的手段，希望秀衡能够交出义经。然而秀衡却全然不为所动。
直到文治3年（1187年）十月二十九日，已经六十五岁的藤原秀衡迎来了他人生的终点。在即将撒手西去之时，秀衡拉过儿子藤原泰衡的手，恳切地说道：“源赖朝素有吞并奥州之心，能与之对抗的只有源义经而已。你一定要善待于他，若赖朝北上之时便让义经作为总大将，全权指挥奥州的军队抵抗。只有这样，我藤原一家才能延续下去。”说完，便永远地闭上了眼睛。
可惜藤原泰衡并没有他父亲那样的魄力，在秀衡死后不久，他就迫于来自镰仓的压力，派兵重重包围了义经居住的衣川馆。当时义经身边只有不到一百人的警卫武士，眼看末日就在眼前。当此危境，自武藏坊弁庆、伊势义盛以下，那些曾经跟随义经同生共死的武士们再次挡在了他的身前，为了让自己的主公在死之后不至受辱，他们护卫着义经逃进衣川馆内，为义经的自尽争取时间。而此时的义经则静静地退入内室，按照武门的传统刺死了自己的妻子和刚满两岁的儿子，然后便剖腹自尽了。
一代英豪源义经至此走完了他因剑而生，又因剑而亡的人生，享年仅仅三十一岁。
源义经死后，人们不禁对他短暂而又辉煌的人生感到惋惜，于是编造出各种各样关于义经不死的传说来。有说他继续北上，逃到了北海道，成为了虾夷王的；也有说他乘船逃到大陆的；其中最离谱的说法是说义经逃到了蒙古，并且为了躲避仇人的追杀而改名叫铁木真，后来更以源氏的“源”字命名自己的国家为元朝，并授意自己的孙子忽必烈派百万大军进攻日本为自己报仇……显然这种说法都只不过是令人喷饭的牵强附会罢了。
源义经是日本古代为数不多的军事天才之一，他从某种程度上颠覆了恃勇而胜的旧战争法则，擅用奇谋，常从敌人料想不到的方位发动突然袭击，获得辉煌战绩。据说当进攻屋岛的时候，义经曾经不慎把背负的长弓坠落水中，于是急忙俯身去捞。部下都很奇怪，这是张怎样的宝弓，将军竟然如此珍惜？然而义经却红着脸回答说：“我的弓很软，若被敌人捡到，一定会嘲笑我的。”
由此可见，说义经跟随鞍马天狗学习武艺，又在五条大桥上凭借武力降伏了武藏坊弁庆，或许都只不过是民间传说而已，他实际上并非可于万马军中取上将首级的勇士。他的真正长处在于善鼓士气，擅出奇谋，在战场上以兵法破敌取胜，这才是真正的大将军。
然而源义经虽然在战场上如同烈火一般横扫敌阵，无人能敌，就连如同楚霸王般悍勇的源义仲也被他一战讨平，但在勾心斗角的政治斗争中却无奈地败下阵来。他先是复仇心切，无意中充当了后白河法皇讨灭平氏、夺取三神器的棋子，进而在遭到源赖朝怀疑以后，除了恳切地写信为自己辩解外，拿不出更好的办法来。等到赖朝派人刺杀于他，甚至打算起兵讨伐，义经又恪守兄弟之情和主从之义而不敢相抗，凄凄惶惶逃奔奥州。他在奥州也既未能继续扩充势力，也不能预料到藤原泰衡会突然翻脸，最终被迫自尽于衣川馆中，结束了自己年轻的生命。
对比军事天才源义经，源赖朝简直可谓是政治天才，他善于笼络人心，更善于组织规划牢固的自己的独立王国。从黄濑川回师以后，赖朝基本上就没有再离开过镰仓亲上战场，他一直致力于内部的整顿，吸取平家灭亡的教训，牢牢站在武士阶层的立场上，最终开创了全新的幕府统治。
从此，日本形成了新的双头政治，一方是僻处京都、日薄西山的天皇朝廷，一方是以东国为根据地，势力覆盖大半个日本的蒸蒸日上的新的武士政权——镰仓幕府。日本就此一步步迈入了武士掌权的新时代。