人死三年后，按习俗要给亡者开设个道场，让灵魂早日超生。石道姑早已准备好，在梅花庵门外插起了很多旗帜。韶阳郡碧云庵的庵主带着一个徒弟刚好游经梅花庵，夜幕即将降临，他们师徒俩决定在梅花庵寄宿一宿，等天明再作打算。碧云庵主看到梅花庵外遍插灵旗，像是要开设道场，猜想这里应该正需要人手。石道姑接见了远道而来的两位同道中人，询问道：“道姑，你从哪里来的啊？”碧云庵主回答道：“我们师徒俩从韶阳郡来，请求在此寄住一宿，望庵主能接纳我们。”石道姑笑了笑：“东头房已经有个岭南来的柳秀才住着养病了，我这里还有个厢房可以住。”碧云庵主见落脚的地方已经有着落了，便打听道：“今晚的道场是为谁开设的呢？”石道姑回答道：“杜太守的千金小姐离开人世三年了，开设这个道场希望杜小姐可以早日升天。”碧云庵主合手一算：“今晚月圆之夜是开设道场的良机，贫尼与徒弟俩人愿为杜小姐亡灵升天之事尽微薄之力。”这时，石道姑的弟子们已在内堂里敲响了钟鼓，并叫道：“请师父上香。”石道姑拿起了一炷香跪向南斗星君和东岳杜夫人祷告道：“敢请南斗星君和东岳杜夫人，功德无量，怜悯杜丽娘，助她早日升天。杜丽娘凡心未尽，日后若再投身为人，无论是男儿还是女儿，但愿他们可以成双成对，不要再像这辈子少年亡命。”于是众人跟着石道姑叩拜天神。
石道姑祷告后站起身来，想起丽娘因爱花而死，于是到后花园折取了几枝残梅插在净瓶中。石道姑低头默念了几句，碧云庵主听不清楚便向石道姑问道：“师兄，你刚刚说小净瓶像什么？残梅像什么？”石道姑回答道：“净瓶如同大千世界，无所不包；人身像残梅，有水无根。”话音刚落，灵堂忽起一阵阴风，把蜡烛吹得忽明忽灭，道姑们心里打了一下寒战。石道姑听见了钟鸣声，便吩咐弟子收拾道场，一起吃斋去。
夜阑人静，村里的人们都在做着香甜的美梦，看守庭户的家犬听见风吹草动之声机警地汪汪大叫。丽娘的肉身在木棺里一躺就是三年，坟头外已经长满了绿油油的青草，此刻陪伴她的只有萦绕在坟头的几只萤火虫。杜丽娘的灵魂得到胡判官的批准返回人间，她独自徘徊在那个令她魂牵梦萦的后花园，只可惜当日春光明媚的牡丹亭和芍药阑都荒废了，而且令她日夜牵挂的父母也离开南安三年了。杜丽娘回到了物是人非的人间，看到断垣荒径，心中感到无限惆怅和失落，不由自主地滴下了几滴冰冷冷的泪水。丽娘继续寻找熟悉的回忆，没想到生前的书堂后面却变作梅花庵了，伤心又增益三分，但马上被梅花庵溢出的浓郁的香味吸引住了。漆黑的四周，突然撞见了一座香烟绕绕、灯火幢幢的梅花庵，丽娘便好奇地往里走去。灵堂上供奉着两个神灵，丽娘立马跪地向东岳杜夫人和南斗星君叩头拜谢并出示了胡判官发给她的通行证，虔诚地祈求神灵帮助，让她早日超生。杜丽娘抬头顺眼看见青藤纸上写着数行字，仔细一看原来是石道姑为自己开设超度亡灵的道场，只有在心中暗暗感伤，接着发现灵台上的净瓶里插了几朵残梅，杜丽娘于是为这几朵跟她遭受同样命运———半开而谢的残梅感到悲伤。丽娘想到石道姑专门为自己开设了如此隆重的道场，应谢谢她一番，因此决不能无踪无影地离去，便把残梅拨撒在灵台上。
梅花庵中满眼物是人非的凄凉，丽娘大声地呼唤道：“父亲，你在哪里？母亲，你在哪里？春香，你在哪里？”然而她却听不到一丝回应。这时丽娘在幽寂的庵堂中隐隐约约听见了几声深沉真切的呼唤声，“我的姐姐啊！我的美人啊！”丽娘被这突如其来的声音吓了一跳，但转而又被它吸引住了并且被这一陌生男子的痴情所打动。丽娘感叹道：“唉，生生死死，分分离离，有情郎却没有得到有情人的回应，为什么你不直接叫出你心上人的姓名呢？像我这样的孤魂野鬼，又有谁会叫一声我的名字呢？”男子一直在不停地呼唤，这痴情的呼唤声又勾忆起丽娘对情人的思念，不免又黯然泪下。丽娘想了想，心中的好奇驱使她依循声音传来的方向去找寻那个痴情郎。丽娘离开了灵堂向东头房走去。丽娘离开灵堂的一刹那却被碧云庵主的弟子撞见了。女弟子惊叫道：“师父快来，师父快来。”石道姑和碧云庵主两人赶了过来，惊讶地问道：“发生了什么事情，如此大惊小怪。”女弟子哆嗦着身子回答道：“刚刚我撞见一个女神仙，袖拂花幡，一闪而去了。你们看灵台上撒满了残梅呢！”石道姑冷静地问道：“她长的是什么模样？”女弟子用手比划道：“她有这么高，这么大。一副俏丽的脸蛋，穿着红裙绿袄，佩戴着玎珰佩环，好像神仙下凡一般。”石道姑叹了一声：“唉，杜丽娘生前就长这个模样的，这肯定是她的灵魂了。”于是众人立马跪拜在地上，口中念念有词地祷告道：“愿杜小姐早日升天，愿杜小姐早日升天。”