1946年 2月，蒋介石下令提升唐纵为内政部政务次长，这不但使唐纵的地位第一次高于戴笠，而且为唐纵出任全国警察总署长做了准备。此外，蒋介石还要求建立年度会报和月度会报，虽然是想用于抑制戴笠，但是表面上的借口却是为了发挥情报特工部门的整体效率。
特务大权被蒋介石收回，戴笠并不感到可惜，因为他知道在战后的形势下，情报机构是注定不能长久公开地存在的，他想要争夺的是各中心城市的警察局长职务和全国的肃奸大权，这样才能更加实际地获得更多的利益。
为此，戴笠从各方面做了种种准备，一切只等蒋的手令。按惯例，警察局历来是由军统控制的公开单位，蒋也从来不肯交给其他派系去掌握。这一次戴笠却失算了，蒋亲自任命了上海、南京、北平三大中心城市的警察局长，而且都是与戴不和的人，而戴推荐的人，蒋一概未采纳。而李士珍又在二陈兄弟的支持下，和戴笠争夺警政大权，因为两人力量相近，所以一直斗得是难分上下。
自从杭州警校被戴笠占据之后，各省市县的警察局及其调查科和各省市的警备司令部稽查处，都已经被戴笠一一控制了。CC系虽然也在争取了，但只剩下上海市警察局调查科和督察室这一块领地仍然在握。而这还是因为陈立夫的嫡亲堂兄弟，曾任蒋介石侍从室主任的陈希曾于 1931年任上海市警察局长时立下的定例，戴笠也不便逼得太紧。
戴笠以为自己已经掌握了警察系统和警校，就等于握住了警政系统的一线承袭的脉络。但他终究还是没有陈立夫的思量深一步。他只顾和CC系斗争，却忘了在他们身后最具有生杀大权的人还是蒋介石。
陈立夫只是淡淡的和蒋介石提到警界已经成为了戴笠的天下，蒋介石马上警醒过来，对陈立夫说：“戴科长已经有很多重任在身了，还要管理警政这么重要的位置，太难为他了。让李士珍做中央警校的教育长吧。”
蒋介石会让李士珍担任这个重要职务，是因为他是浙江宁海人，黄埔二期毕业生，蒋介石曾保送他到日本留学，专攻警政教育。回国后，他在洪公祠举办的特警训练班里担任政治指导员，为的是熟悉警察特工教育方面的情况。他知道要插手警政界，最大的劲敌就是戴笠，但如果仅凭自己的力量，他肯定不是戴笠的对手。于是他就想利用CC派和戴笠的矛盾，拉拢CC派做自己的后台。陈立夫也在寻找能够对抗戴笠的对手，两方面是一拍即合，于是陈立夫、陈果夫等人纷纷开始在蒋介石面前进言，夸李士珍“心中有领袖”，称他是“建设新的警察系统不可缺少的人才”。
同时因为担心蒋介石又怪他们拉帮结派，老谋深算的陈立夫还特意叮嘱李士珍不要公开表示和CC派合作，在公共场合不要和CC派走得太近。李士珍也是心领神会，他甚至会在公开大会上对CC系提出建设性的“批评”。因此，蒋介石和戴笠都没有对他们之间的合作关系找到证据，也无从下手挑拨离间。
就在李士珍的努力，CC派的协助和蒋介石的拉拔下，李士珍和戴笠之间迅速形成了势均力敌的对立关系。两个男人之间的战争打响了。
准备充分的李士珍很快起草了一份中央警校的建设计划，开始了第一回合的较量。他奉蒋介石的命令在南京汤山盖起了一所中央警官学校大楼。在这段时间里，他积极筹划着如何取得中央警校的实际领导权，把全国的警察教育工作都抓到自己手中，统一警察教育内容，使中央警官学校成为中国警察教育的最高学府，警察界的“黄埔军校”。当然，他不会在建议书里明目张胆地写出自己的计划，他只是建议将北平高级警官学校和浙江警官学校统一归并于中央警校，以防止警政“教出多门”。从而彻底改变北洋军阀时期的警察机构懒散官僚的作风，加强法西斯统治。这个计划一下子和蒋介石的想法不谋而合，蒋介石大笔一挥，批示同意李士珍的计划。
戴笠手底下并没有能写出如此具有专业性建议的人才。但戴笠毕竟有他的过人之处。他的人脉之广，就是李士珍难以企及的。在军界上层，他有拜把兄弟汤恩伯，胡宗南。其他军政大员程潜、杜聿明、傅作义、宋希濂、曾扩情、周至柔、林可胜、贝淞荪、宋子良等人也都和戴笠有较深的关系。所以在李士珍孤军一人正洋洋得意地大喝庆功酒时，戴笠却正和自己的军政友人商量下一步的行动。
很快，戴笠就也向蒋介石进言，建议成立“中央警官学校校务委员会”，在校长的领导下，协助教育长对中央警校的工作进行咨询、决策和管理。尽管这个委员会很明显就是一个叠床架屋的重复组织，和从前北洋军阀的官僚作风没有什么两样。但是蒋介石不但没有予以批驳，并且还手令让戴笠担任校务委员会主任委员。原来在那些军政大员的建议下，他越来越觉得把管理警校这么重要的工作交给李士珍一个人是一个隐患。在这种情况下，任何能够制约李士珍的手段都会被他欣然采纳。戴笠终于得以带着自己的人马进驻中央警校，再次和李士珍站到了平行的跑道上。第二回合后，两人各赢一盘。
如今戴笠的处境就和当初在争夺杭州警校时一样。他驾轻就熟地将其心腹潘其武派为警校秘书、郑锡麟派为政务处长，在警校秘密发展军统力量，培植军统的势力。军统的人搞警察差点，可是搜集罪证，打小报告，制造摩擦很有一套。他们很快就把校务委员会变成了类似于“太上皇”的机构，这使得李士珍处处受限，事事挨批，举步维艰。
这还没完，戴笠继续策划推动一批多年从事警察教育工作、对警察学理有研究的人物出面，筹建了“中国警察学会”，在全国范围内网罗人才，扩大影响。戴笠手上有的是人，也有的是钱。因此有大批人奔走宣传戴笠所谓的“政治警察”论（即特务警察），和李士珍宣言的正统警政观点唱反调。他们还出版了一份月刊，依靠戴笠拨的专款大造声势，为之卖命。
比理论研究，李士珍是不怕的，他是警政科班出身，又喝过洋墨水，自然能找出戴笠请的那些无名理论家的破绽。他在中央警校的刊物上大做文章，引经据典，把正统警察理论从制度、组织、职能、人事等方面阐释得是头头是道，一个劲驳斥政治警察论“低俗、浅薄、支离破碎、强词夺理”。他说的话句句在理，处处直指戴笠的弊病，任何人看了都会觉得他的意见十分正确，符合警察教育理论的发展规律和世界潮流。李士珍自己也以为，第三回合他会争得一个开门红。
但是狡猾的戴笠并没有在理论上和他纠缠下去。他派人收集校刊和李士珍抨击军统的大量言论，整理成情报递送到蒋介石面前。他就一副委屈无奈的模样在一旁诉苦道：“校长，同学之间有不同意见完全可以当面坦诚地沟通，可是李士珍不顾大体，同室操戈，把内部矛盾公开化，扩大化，这在外人看来，会对校长作何看法？会对党国作何看法？李士珍完全是不顾党国利益，徒然给外人制造笑柄。此人居心何在，校长明察啊。”
这一番话果然触动了蒋介石。他私下找来李士珍，对他训斥了一番，李士珍自知理亏，有口难辩，无奈地承认自己输掉了第三回合。
戴笠乘胜追击，他借浙江警校并入中央警校的机会，让浙江警校的全部教职工办理了集体加入特务处的手续，除留下少数人外，全部造册加入中央警校，使得这部分人在中央警校内抱团成一个特殊的群体力量。他们滚雪球一般地不断壮大发展，很快掌握了中央警校的基层权力，再通过“民主”的选举和戴笠的推荐，使得特务处大特务郑锡麟和陈玉辉进入了中层，一个担任政训处长，一个担任总队长。他们犹如釜底抽薪一般，将教育长的职务架空。李士珍想要争权，无奈基础力量敌不过特务处雄厚，被挡在了门外。
李士珍所能做的只有依靠CC系的援手。他大力帮助CC系特务组织充实力量，安排自己的学生和朋友进入CC系工作，对抗戴笠。无奈这样的边缘的活动总是比不过戴笠直接核心的运动更有效果。他所分得的蛋糕越来越小。
而因为蒋介石的分化制约策略，戴笠也没有能有效地完全控制警察系统，但是他却通过各种手段，安插了不少军统的人在警察局任职，比如警察总署的唐纵，以及首都警察厅厅长、上海警察局局长、北平警察局局长，以及一些省的警务处长，也经常为军统的人所把持。有些大城市警察局局长虽然不是直接由军统的人担任，但也为戴笠所控制，如成都、兰州、西安、郑州、洛阳、贵阳、昆明、迪化（乌鲁木齐）等，其原因是戴笠控制了内政部警政司，便于安插军统的人到这些地方和部门任职。他还很有远见地安排赵龙文、刘裕坤等亲信特务到国外参观警政建设，留学“镀金”，为自己能够挤走李士珍做人才上的储备。
机会到了，1936年，内政部警政司司长的位置空了出来。李士珍想要谋取这个位置，却舍不得中央警校教育长这块肥差。戴笠立刻举荐了刘裕坤，一举获准。到此，全国的警政工作大权终于被抓在了戴笠手中。