徐恩曾窃喜之际，却忘了中统和军统的人一直是半斤八两，徐恩曾也是一头的小辫子，轻易就让戴笠抓了个正着。
1943年，军统重庆三斗坪的检查哨拦下了一辆中统的专车，在中统分子的强烈抗议下，哨兵还是坚持搜查。当他们掀开车上的油布，发现里头是满车的钞票后，都震惊了。
连忙把这个消息报告了上级，并把钞票运到中国银行检验。检查认定，这批钞票是真钞，可是批号已经在几年前注销了。
原来 1938年 10月的时候，中国银行一辆载满新钞的大卡车在经过湖北某地时，听说日军将至，押运人员慌乱之中竟然弃车逃跑。他们脱险后向中国银行报备说汽车出了大故障，难以继续驾驶，因此只得把钞票全部烧毁。中国银行于是将该车所运全部钞票号报请财政部予以注销，并通报各分支银行备查。
如今，这车钞票竟然被装在了中统的专车里，而且运往重庆，这不能不说是攻击徐恩曾的最好的理由。戴笠立即以“中统局偷运假钞案”向蒋介石亲自报告。蒋介石非常气愤，当即下令宪兵司令部军法处将押运员判处死刑。
徐恩曾也知道这件事情做得不对，连忙想办法将功抵罪。他亲自去往中国银行进行调查，终于了解了事情的起末，也找到了理由能为自己稍微开脱罪责。但是他不敢亲自向蒋介石陈明真相，而是请陈立夫、陈果夫出面斡旋。蒋介石终于同意了对有关人员从轻发落。
徐恩曾还以为这件事就算这么过去了，没想到不久之后，另一件伪钞案又整得他焦头烂额。
事发同样是因为在过关卡岗哨的时候，两船中统人员押运的钞票被拦截了下来。而这次，他们是直接撞到了军统特务，浙江省稽查处赵世瑞手中。他心中窃喜，又按照程序把钞票送到中国银行检验。验钞结果是这批全部是假钞。
在军统特务的严刑逼供下，中统特务招出了事件的起末。
原来国民党中央银行印制钞票的 10元法币铜板是由中华书局代印的。在上海沦陷前，被运往香港中华书局保存。香港沦陷后，日本特务机关想办法弄到了这批铜板。日军为了扰乱中国金融，将铜板运到上海仿印。日军特务用 1元伪储币比 40元赝品法币的价格，一次出售给中统安徽利通公司上海办事处 200万元。妄图用这些伪币做投机生意。
这一次徐恩曾是再也找不到脱罪的理由。他只好再次躲在陈果夫和陈立夫兄弟背后，避而不见蒋介石。此事最后虽然还是被他逃脱过去了，可是他在蒋介石面前的形象已经一落千丈。徐恩曾也会感到自己的地位岌岌可危。
但是他没有想到，他最终的倒台却是因为前妻王素卿。
王素卿是徐恩曾的第二个老婆，她是东北人，体格健壮，性情泼辣，贪财好货，原本是徐恩曾朋友的老婆。因为朋友去英国留学，她就跟徐恩曾勾搭到一起，一年生了一个子女，朋友离开了四年，他们就有了四个孩子。朋友回国后见生米已成熟饭，又慑于徐的权势，只好忍气吞声，不再过问。
1936年，徐恩曾对王素卿感到厌倦了，便又勾搭上第三个老婆费侠。为此王素卿经常与徐吵闹。七七事变发生，徐恩曾借机会派其亲信副官李子友护送王素卿及其所生子女去成都，然后偷偷与费侠结婚。王素卿得到这个消息，便气势汹汹地前去理论。徐恩曾吵不过她，也自知理亏，便以原来准备送其子女去美国留学的黄金美钞若干，及大卡车两辆，轿车一辆，给予王素卿，王素卿这才满意地回转成都。
从此，王素卿就有了资本开始大放高利贷，做黄金美钞的投机买卖，同时也将卡车交给他的朋友跑成渝公路、成宝公路、滇缅公路，走私紧俏商品，做投机生意。因为她的后台很硬，所以每当发生纠纷或逼债时，王便找中统四川省调统室主任孙云峰、书记胡涛等，利用特务势力进行威胁讹诈。
有一次王素卿的卡车因为走私而遭到检查机关的留难，她就打出“徐次长”（当时徐已任交通部次长）的招牌。后来，王与李子友私通，事为在成都的中统特务赵伯谦、葛炳生等所闻（赵、葛均为中统行动员，曾任过徐的警卫），声言要杀李子友，李怕真的被杀，便投入军统组织，以求得保护。因此也把有关王素卿的情况源源不断地向戴笠汇报。
戴笠对这些消息当然不愿意错过，他把拿到的材料添油加醋的夸大了一遍，屡次拿给蒋介石。就算蒋介石再有心重用徐恩曾，他也寒了心。
有一次蒋介石召见徐恩曾，当面责问：“听说你前妻利用你的名声，在成都办运输公司、走私货物，还逼死过人命，是不是有这种事情？”
徐恩曾一听，满头大汗就下来了，也不敢说有，也不敢说没有。蒋介石叹口气，也没有再说什么，只是让他离开。
1945年 5月，国民党召开第六次全国代表大会，蒋介石以总裁身份正式提出六届中央执行委员、监察委员候选人名单时，除了叛徒和已死的人员，其余百分之九十五的五届中央执行委员、监察委员都列入了候选人名单，唯独徐恩曾的名字被圈掉。之后，徐恩曾的职务也被一一卸任，最后只保留了中国电机工程师学会会长。
一代叱诧风云的特务头子徐恩曾就这样在和军统的对立中垮台了。在他 15年的中统生涯中，也曾一度雄霸，但最后在蒋介石轻描淡写的一句“不要让他再担任政治职务”过后，就灰溜溜地离去了。戴笠在胜利的同时，也不免产生了一种兔死狐悲的同情心理。他担心这相同的情形也会发生在自己身上。