铲除了东太后，从此开始了叶赫那拉氏一宫垂帘的政治格局，载湉尚不能亲政，西太后实现了真正的独揽朝政。转眼间到了光绪十年。
这几年来，内忧外患仍不断，先是日本侵占了琉球国，后又法国侵略越南，这些都给大清朝造成了巨大的威胁。而国内更是连年灾害，这儿赈了水灾，那儿又有旱灾，本来国库早已空虚，灾害频繁发生，户部再也拨不出银子去赈灾。可是，贪官贪吏屡禁不止，这些烦心事儿桩桩叫西太后头疼。
可是，更让她头疼的是有一股强大的势力随时可能突起与她争权，那便是以恭亲王奕为首的军机处。此时的军机处，可以说是奕的“私人办公室”，军机处里的几位军机大臣虽然也有矛盾，但总的来说奕的势力占绝对优势。
对于足智多谋的“鬼子六”奕，西太后始终不能放心。看起来，奕恭恭敬敬听命于西太后，但她比谁都明白：奕的野心很大，他从来就没真正臣服过叶赫那拉氏，一旦奕的羽翼丰满，他极有可能反叛那拉氏。同治初年，西太后狠狠地打击过奕，奕从此也好像老实了很多，但他内心深处的积愤一天比一天强烈。这种仇恨一旦爆发将成为“火山口”，岩浆迸射会把大清宫烧为灰烬。
政治经验已相当丰富的西太后不能不提防着这股强大的敌对势力，她要抢先一步挫败奕，使自己的政治地位更加稳定。可是，她不能重演十几年前那幕剧，她必须变幻着“花样”，以求朝廷众臣的支持。
这些年来，西太后逐渐发现有一股势力正迎合她的需要，那便是光绪年间兴起的“清流党”。清流党中的一部分成员对恭亲王有些看法，西太后决定来个借刀杀人，剪除奕势力!
提起清流党，这还得从光绪六年的“庚辰午门案”说起。
光绪六年，当时慈安东太后还活着，西太后正患肝疾，她无法临朝，每日都是东太后勉强上朝，处理一些无关紧要的朝政。至于那些重大事件，则由东太后把折子带到长春宫，与西太后共同商议后再决定。其实，东太后仍是个摆设，病中的西太后丝毫没有减弱对朝政的兴趣，她时刻关注着皇宫上下发生的每一件事情。
自从小皇上载湉进宫作嗣皇帝，七福晋很少能进宫看望亲生儿子，作为母亲，她怎能不生怨恨，怨恨中，她病了。西太后也在病中，她听说妹妹因思念载湉而生病，心中多多少少有些过意不去，毕竟是同胞姐妹血肉相连，她岂有不关心之理!于是，西太后令李莲英派一个小太监去醇王府问安，并送去八盒点心，以示西太后对七福晋的关心。
李莲英知道这是一趟美差，西太后赐点心给醇王府，到了王府，醇亲王夫妇一定会给送点心的太监一些赏钱。派谁去好呢?李莲英当然想亲自去，无奈，西太后在病中，他怎好擅自离开。想来想去，他决定派本家侄儿李三顺去王府送点心。
这个李三顺仗着本家叔叔李莲英在宫中的势力，他像跳蚤一样，跳来跳去干坏事。他领了美差，带上两个小太监，担着八盒精制宫点朝午门东左门走去。到了门口，侍卫不认识他，便向他索要内务府的放行知照。往日，李三顺出入宫门皆跟在李莲英的身后，他知道叔叔出入宫门从不要什么知照，反而是侍卫点头哈腰向李莲英请安。可今天，他被侍卫拦住了去路。李三顺趾高气扬地说：
“我是长春宫的，出宫给醇王爷送点心。”
“这位公公，话虽如此，索要知照是我们的职责，请公公回内务府一趟，拿来知照，我们才能放行。”
“莫要拦住本公公，误了事儿，你们能负责任吗?”
李三顺小眼儿一斜，很有些蛮横劲儿。侍卫照章办事，他也不示弱，扯开嗓门大喊：
“拦住这三个人，说什么也不能放行!”
“什么?你敢拦长春宫的人?”
“甭说你们长春宫了，就是养心殿的人，我也敢拦!”
“你少根弦儿，欠揍!”
侍卫反骂：
“你他妈的才欠揍!”
双方争执不下，李三顺一个飞脚踢翻了点心盒，气极败坏地说：
“敢欺负长春宫的人，你们等着瞧!”
说罢，他转身回了长春宫。李莲英见侄儿这么快就回来了，他诧异地问：
“怎么回事儿?”
李三顺哭诉着刚才发生的一切，李莲英尚未耐心听完讲述，他便跪到西太后面前告状去了。
“太后，他们欺负到咱们头上来了，午门东左门侍卫胆大包天，竟踢翻了点心盒，这口气，奴才咽不下去。”
西太后听后更生气，她所赐的东西竟被侍卫踢翻在地，这不是明着污辱她西太后吗?西太后气恼地说：
“小李子，去请东边的来，看她怎么处理这件事情。”
东太后闻讯赶来，西太后忿忿地向她夸张着李三顺的故事，东太后不以为然，她轻描淡写地说：
“这等小事何劳妹妹烦心，妹妹正在病中，切莫气伤了身子。”
“这不是小事，分明是侍卫欺负我长春宫的人，打狗还得看主人，这个理儿，难道他们不懂吗?”
东太后无奈，问：
“依你说该怎么办?”
西太后思索了一下，答道：
“踢翻食盒的那个侍卫要杀，而且是斩立决。”
东太后面有难色，她说：
“太重了吧!”
西太后泪水涌出，东太后只好劝慰她放宽心，将此案交至刑部立案。刑部尚书潘祖荫接过这个案子，他哭笑不得，若这种小事也要斩人，大清朝岂不成了屠场!他连夜求见西太后，请求西太后息怒。没想到病中的西太后肝火更旺，她大骂潘祖荫没有良心，拿着朝廷的俸禄却违背朝廷的意志，潘祖荫还未辩白，西太后又大哭大叫了起来：
“大胆奴才，你想气死哀家吗?难道侍卫踢翻食盒是小事?不!这分明是污辱哀家，此人不斩，我难消心头之气!”
刑部尚书潘祖荫出于无奈，他只得重判护军，将护军统领岳林及护军玉林、福祥、忠和四人逮捕。玉林、福祥发配黑龙江，遇赦也不得赦免，忠和监禁五年。但无人处斩，西太后仍忿忿不平。
事件刚刚发生，立刻引起了一些人的忿慨，右庶子陈宝琛、左庶子张之洞上疏力争，为护军鸣不平，他们认为此事由太监发起事端，惩治的本应是李三顺，侍卫恪守职责，并没什么过错。
起初，西太后很是反感，驳回了折子，但恭亲王奕站在了张之洞一边，他也上奏两宫太后，请求两宫太后三思，他说：
“‘庚辰午门案’事件虽小，但如果处理欠妥，势必引起朝野震惊。太监只不过是个奴才，他们仗着主子庇护他，便为所欲为，专横跋扈，若不更改刑判恐怕将助长太监的骄纵，于朝廷大为不利。”
恭亲王的奏折力陈了利弊，西太后不能不冷静地想一想了，她生怕李三顺之事给她带来更大的麻烦，于是，她接受了奕、张之洞的意见，改判护军玉林发配新疆，其余皆免。而太监李三顺杖打三十板。这下子，总算平息了事件。
不过，通过“庚辰午门案”，西太后不得不承认以张之洞为首的清流党的势力正在壮大。清流党的成员多是不掌握实权，但对时政敢于针砭的文人，他们多是御史或翰林出身，两袖清风、一身正气。对于这一类文人，西太后暂时需要培植他们，因为他们敢于揭露官场黑暗、敢于与邪恶势力作斗争。
当然，清流党的成员也并非个个刚正不阿，其中不乏借打击别人、抬高自己的无耻小人，这些人，西太后更需要他们。西太后要的是舆论工具，借以铲除自己的敌对势力。在西太后的怂恿下，清流党发展了起来。
可笑的是，与西太后暗中争斗几十年的恭亲王也看中了清流党，他认为清流党中的张之洞、宝廷、陈宝琛、张佩纶等人向来与自己交好，而西太后又不扼制他们，让他们的势力发展起来，他们可以牵制西太后，因为他们敢说敢讲，一旦西太后违背祖制、过于嚣张，奕可以利用这些讲官和言官来指责西太后。
更可笑的是，同治皇帝的师傅李鸿藻充当了清流党的领袖。李鸿藻仗着东太后对他的信任，在军机处里并不奉承于恭亲王，他与恭亲王已形成分庭抗立的局面，而他的学生张之洞却是恭亲王的至交密友。
为了各自的利益，西太后、奕、李鸿藻都“钟情”于清流党，以至于到了光绪十年清流党成了大清朝的政治喉舌，他们的奏疏往往占有举足轻重的地位。政治娴熟的西太后抓准时机利用了清流党这一政治工具，狠狠打击了恭亲王奕，再次把奕赶出军机处，这是许多朝臣所始料不及的。
起因还在中法战争。光绪年间，法国对窥视已久的越南发动侵略战争，这对于大清国来说无疑是严重的挑衅。西太后得知这一情况后，她令朝臣谈谈看法。首席军机大臣奕主张支援越南，打退法国侵略军，他说：
“越南很久以来就是我们的藩属国，岁岁进贡，不可坐视不管。”
直隶总督兼北洋海军大臣的李鸿章也直陈道：
“唇亡齿寒，如果法人侵占了越南，大清国将面临危机，非战不可。”
西太后冷静分析了局势，她认为前些年的收复新疆以及北洋海军的筹备足以证明清廷有能力抗击法军，所以，游移不定的她最后也决定与法交战。
可是，事情并不是人们想象的那么简单，法军气焰十分嚣张，他们击败了清军，一直追赶清军至山西，统带云南巡抚唐炯弃军而逃，广西巡抚徐延旭闭城不出，法军狰狞狂妄，扬言一个月内打进紫禁城。
西太后惊恐万分，她急忙派李鸿章前去与法国公使和谈，结果当然是清廷委曲求全，以满足法军无礼要求为前提，中法签定了不平等的条约，大清朝又一次受到了污辱。此时，清流党中的一些人义愤填膺，他们上疏西太后，要求惩治卖国贼。其中有一个人，名叫盛昱，他在奏疏中将矛头直指恭亲王奕，同时还弹劾了清流党领袖李鸿藻与张佩纶，他说：
“越事失机，议者皆谓，咎在云南抚臣唐炯、广西抚臣徐延旭，此二人，张佩纶荐之于前，大学士李鸿藻保之于后。此乃轻信滥保，使越事败坏至此。而恭亲王、宝鋆久直枢廷，更事不少，非无知人之明，与景廉、翁同龢之才识凡下者不同。其咎应与李鸿藻同科……”
说得很清楚，中法战争失利是因为张佩纶、李鸿藻荐人不当，恭亲王、宝鋆监督不利引起的，而与你西太后没有任何关系。
美哉!妙也!这正合西太后的心意!
本来，中法战争以清廷失败告终，西太后觉得脸上很不光彩，正在这时，盛昱一份折子把她洗刷得干干净净，她怎能不高兴!再者，自从慈安东太后暴薨后，她前进中最大的障碍就是奕了，如今有了弹劾奕，顺带捎着军机大臣李鸿藻、宝鋆等人，正可以借此“刀”来“杀人”。
西太后将盛昱的折子转给众臣阅读，大家早已知晓西太后的政治手腕，一些趋炎附势的人抓住了这个机会讨好西太后，对恭亲王、宝鋆等人大肆污蔑，一时间，紫禁城上空的“乌云”又压了下来。
西太后察言观色，她发现丹墀下的众大臣并不是个个拥戴她，奕的对立面确实有，但并不是占大多数。为了实现自己的计划，西太后来个先发制人。她清了清嗓子，说：
“恭王二十多年来尽忠朝廷，功不可抹，但是，近年来他恃功自傲，多有失误，特别是中法交战，他任人不当，辱了朝廷，盛昱所奏句句是实。”
军机大臣章京素来嫉恨恭亲王，他抢先一步发言：
“太后英明!太后所言正是臣等不敢之言，恭亲王倚权揽政，早有私谋，还请太后查办处置。”
恭亲王奕岂能任人诬陷，他大吼：
“你血口喷人!”
西太后拍案而起：
“放肆!大殿之上，岂能大吵大叫!”
其实，西太后这一声尖叫比谁的声音都大，可是，没有一个人敢出面斥她“放肆”。这就叫“权大一级压死人”，一向只准官家放火、不准民间点灯的她又搬出了“绝活”——嚎啕大哭，她竟在大殿上痛哭不已：
“先帝呀，你走得太早，如今有人欺负你额娘，你在天之灵能瞑目吗!”
众臣见状，惊慌失措，他们一个个“扑通、扑通”跪了下来，弄得十四岁的光绪皇帝不知所措，他连连喊：
“亲爸爸，消消气，你消消气。”
宝鋆上前一步，又跪了下来，说：
“太后，臣知过错，愿受罚。可是，恭亲王二十多年来辅政没有功劳，也有苦劳，太后应念在他辅政鞠躬尽瘁的份上，网开一面。再者，中法战争大清失利也不应推卸到他一个人身上。乞求太后三思!”
西太后抹了一把泪水，反问道：
“依你之言，应该归咎皇上和哀家了?”
宝鋆忙摆手：
“不，不，是大清军实力较弱所致，谁都不应该承担全部的责任。”
“一派胡言，宝大人，你老糊涂了吧!”
西太后的语调阴沉得可怕，其他大臣还有敢出面说话的吗!西太后生怕再有人替奕说情，她不耐烦地说：
“退朝。”
“嗻。”
在这里，只会磕头说“嗻”的朝臣占多数，西太后才得以一手遮天!
退朝后，西太后单独召见了军机大臣章京，她认为此人可以利用。果然不出西太后所料，章京与恭亲王早已失和，他正愁没机会打垮强劲的对手。此时，西太后有意想利用他，他怎肯错过这千载难逢的大好时机。
“太后，恭亲王早有异心，不知太后为何这般宽容他。”
章京有意刺激西太后，以引起西太后对奕的更加反感。奕与她暗中争斗无人不知，可奕有异心，她未曾料到。西太后警觉地欠了欠身子，问：
“不可乱讲，你有凭据吗?”
“太后，恭亲王表面上主战，而暗中使奸，致使法军追至山西，他正想借此机会驾空太后，以使自己掌握实权。”
一番话说得西太后心中直冒凉气，她不会忘记二十多年前八国联军进北京的情形。当时，咸丰皇帝仓惶“巡幸木兰”，留他“鬼子六”在皇城与洋人周旋，那时就有人说奕有野心，他想趁乱夺皇权。
“难道，难道他这次还耍这一招?!”
西太后怕了，她真的很害怕!她垂帘听政二十多年，可不能一朝失去这个权利。叶赫那拉氏当即立断，说：
“章大人，哀家谕令你御前拟旨，罢斥恭亲王。”
章京喜形于色，西太后缓缓地说：
“谕内阁：钦奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚皇太后懿旨：现值国家元气未充，时艰犹巨，政虞丛脞，民未敉安，内外事务，必须得人而理。而军机处实为内外用人行政之枢纽，恭亲王奕等，始尚小心匡弼，继则委蛇保荣，近年爵禄日崇，因循日甚。……恭亲王奕、大学士宝鋆，入直最久，责备宜严，姑念一系多病，一系年老，兹特录其前劳，全其来路，奕着加恩仍留世袭罔替亲王，赏食亲王双俸，开去一切差使，并撤去恩加双俸，家居养疾。宝鋆着原品休致。协办大学士，吏部尚书李鸿藻，内廷当差有年，只为囿于才识，遂致办事竭蹶，兵部尚书景廉只能循分供职，经济非其所长，均着开去一切差使，降二级调用。工部尚书翁同龢甫直枢廷，适当多事，唯既别无建白，亦有应得之咎，着加恩革职留任，退出军机处，仍在毓庆宫行走，以示区别……”
西太后的语气很坚定，章京意识到：这个女人很厉害，谁也别想改变她的决定。军机处人马几乎全部罢斥，留下自己也是受罪，他战战兢兢地说：
“太后，臣实无才，请求太后开恩，恩准臣回乡养病。”
西太后心想：
“算你知趣，连奕、宝鋆、李鸿藻都赶出了军机处，你还好呆在那儿吗?”
于是，她开口道：
“若军机处太烦劳的话，恩准你离开军机处，哀家认为回乡养病就没有必要了吧。”
“谢太后!”
章京有苦难言。西太后暗自高兴，她没费多少劲儿就撤换了军机处全班人马，新组的军机处当然要按她的意志办事。谕令颁发后，朝廷上下无不震惊，一些人为自己庆幸，这场朝变并未殃及自己，他们明哲保身，谁愿意为奕等人鸣不平；一些人暗自高兴，终于除掉了奕，他们可以更放心大胆地为虎作伥；一些人心惊肉跳，这次朝变差点儿触及到他们。总之，该滚出军机处的滚了，该进的也进来了。
三天后，西太后又颁一谕令：
“礼亲王世铎着在军机大臣上行走，毋庸学习御前大臣，并毋庸带领豹尾枪。户部尚书额勒和布、阎敬铭，刑部尚书张之方均在军机处大臣上行走。工部侍郎孙毓汶着在军机大臣上学习行走。”
谕令颁发，令朝臣啼笑皆非，帝师翁同龢感慨万分：
“一群庸人怎担此任!”
西太后何尝不知几位新任军机处大臣是庸人。她就是要用庸人!这样，她才能牢牢掌握真正的皇权。甲申朝变标志着西太后在政治上已完全成熟，她竟玩弄皇亲贵族、王公大臣于股掌之上。这是她的又一次胜利，许多男人在这次朝变中改变了终生命运。
清流党的盛昱惊愕不已，他万万也想不到自己竟为西太后所利用。新组军机处一点儿也不比原来的实力强，他后悔莫及，又上一折：
“恭亲王才力聪明，举朝无出其右，只以沾染习气，不能自振。李鸿藻昧于知人，暗于料事，唯其愚忠不无可取。……”
他又开始为奕等人说话了，可是，为时已晚，西太后不再理睬他。西太后不顾众臣的直谏，开始启用醇亲王奕譞，奕譞诚惶诚恐，他生怕走六皇兄的老路，对于西太后，他是言听计从，百般依从，以至于有人讽刺他是西太后的“跟屁虫”。
新组建的军机处完全成了西太后的政治摆设品，甲申朝变使西太后获得了至高无上、无拘无束的皇权，她演变成了一位真正的独裁主义者。利用清流党，她打击了奕势力，一旦清流党失去特定的价值，她又要来打击清流党!
清流党首领之一张佩纶，本是个地地道道的书生，可是，西太后派他带兵打仗，中法马尾一战，张佩纶狼狈不堪；西太后当然要革他的职。宝廷原是好色之徒，五十多岁的人又纳小妾又买姬，有人弹劾他不务正业，**靡无度，西太后借机罢了他的官。陈宝琛因保荐过罪臣唐炯而被降职。
就这样，清流党也被西太后瓦解了。罢免奕、瓦解清流党是叶赫那拉氏在甲申年间最大的成就。她踢开一块块“绊脚石”，正雄心勃勃迈向新的人生。
此时的西太后已经五十岁!