两宫太后再度垂帘听政，虽然遭到了一些朝臣的反对，但反对势力十分弱小，形成不了气候，西太后沿用同治年代军机处的一班子人马，总算稳定了政局。光绪皇帝尚年幼，他每日临朝不过是做做样子罢了，真正独揽大权的仍然是西太后。
经过一二年的调整，政权总算稳定了下来，自从咸丰末年八国联军火烧圆明园后，清政府与各国没起什么大的冲突，小打小敲不断，大的战争没有。这些年的休养生息稍稍增强了国力，于是，朝中有人提出该收复新疆、伊犁等地了。
一提起收复新疆，西太后便心烦意乱。同治初年，清廷集中兵力对付太平天国运动以及剿捻之时，西北地区的回民发动了小规模的暴动。因为西北农民起义尚未形成势力强大的起义军，所以，西太后对此并没有十分在意。
可是，到了同治七年，却从西北传来一个令大清朝廷不能容忍的消息：西北地主领首金相印趁农民起义之机向浩罕人阿古柏求救，希望外国人阿古柏助他一臂之力，统一新疆各地之后分给阿古柏一些好处。
阿古柏组织强大的兵力攻陷了喀什噶尔城，接着又侵占了南疆八个城池，他干脆甩开了金相印，自称“帕夏”(王)。从此，南疆一带成了所谓的“哲德沙尔王国”。
光绪初年，既然朝臣上奏中提出尽快收复失地一事，西太后不能不认真考虑这件事了。于国于己，她都必须做出西征的决定，失地一日不收，国家一日不得完整，她一日不得安宁。站在国家、民族的立场看，阿古柏政权是个侵略者，大清国不能容忍北方的一个弹丸小国也来侵占大中国的领土；对于西太后个人来说，她也希望通过收复失地之举，扩大自己的政治影响力，抬高自己在众朝臣，乃至全国百姓心目中的地位。
因此，南疆非收回不可!
派谁西征、收复失地呢?李鸿章?不行，他正忙着办海务。曾国藩?更不行，他已经老死了。
“左宗棠，对，就是他!左宗棠勇敢善战、足智多谋，此时正是他大显身手之时，何不派他去新疆收复失地!”
主意已定，西太后采纳了部分朝臣的建议，封陕甘总督左宗棠为新疆军务督办，希望他戎马生涯中再创辉煌。以前，清朝晋封地方官员，采取的是兵权与财权相分离的方法，以防外臣贪财贪权，中央控制不了他们。可对于西征主帅左宗棠，西太后则另眼相待。
这次西征，她既给了左宗棠以兵权，又给了他以财权，使得左宗棠能大展身手，报效朝廷。古人云：兵马未动，粮草先行。要进行规模较大的战争，手中没有足够的军饷是不行的。所以，左宗棠上奏朝廷：
“西征兵力不足，军饷严重缺乏，臣实无能为力。”
左宗棠知道，西太后那里攒了一大笔银子，她准备拨给李鸿章办海务，能不能暂借一用呢?左宗棠投了一颗石子，立刻激起了直隶总督李鸿章的掀天之浪。当西太后有意将银子先拨给西征之用时，李鸿章又是哀求，又是直谏：
“海防乃当务之急，刻不容缓，外国列强伺机进侵我大清，不办海务，何以强国!”
李鸿章义正辞严，西太后觉得他说的也很有道理，她只好默许左宗棠自筹款项。左宗棠无处去偷，更不能抢，他上奏朝廷：
“能否向洋人借些银子?”
西太后未作明示，说同意吧，有辱国家；说不同意吧，朝廷实在拿不出银子去打仗。干脆，西太后来个：
“左爱卿斟酌办理。”
这就是默许了。左宗棠通过沈葆桢向外国商人借了白银一千万两，可是，资金缺口仍很大，西太后心想：
“我让他西征，如果一两银子不给他，岂不是有些说不过去。”
于是，西太后谕令户部将国库中的银子拨出二百万两，算是给左宗棠的支持吧。左宗棠意识到西太后收复新疆的决心，他劲头十足，又托人向外国商人借了五百万两白银，七凑、八凑，凑足了二千万两白银。西征开始了。
光绪二年四月初三，左宗棠派大将刘锦棠西进，他自己则驻扎肃州。左宗棠进行了周密的军事布置，令各路大军到达安西以后，分道递进，以汉中镇谭上连为前锋，宁夏镇拔萃跟进，陕安镇余虎再跟进。这三个人全受刘锦棠的调遣。
五月一日，刘锦棠率兵出了嘉峪关，攻下古城，他们准备一鼓作气，夺回乌鲁木齐。清兵士气大涨，乌鲁木齐城内的兵军闻风丧胆，清军早年叛军白彦虎不战自败，他弃城逃往俄国。阿古柏听说乌鲁木齐已为清兵所战，他岂能甘心，派五千精兵连夜赶往乌鲁木齐。
刘锦棠早料到他会来这一手，早已布下天罗地网，还没等阿古柏军队明白是怎么一回事儿，阿古柏的军队便被打得抱头逃窜了。乌鲁木齐一带收复，清兵基本上控制了北疆一带。
光绪二年八月，初战告捷的消息传到了紫禁城，西太后喜形于色，她兴奋地对恭亲王说：
“左宗棠果然不负众望，他已攻占了北疆、初战告捷，这是我朝十几年来少有的大喜事。”
恭亲王奕也十分高兴，他一向与左宗棠私交甚深，好友为朝廷立了大功，他脸上也觉得很有光彩。
“太后，应嘉奖左宗棠才是。”
“当然了，一定要赏!现在就赏白银五十万两，待左爱卿凯旋归朝时，再封官进爵。”
为了表示对西征初战告捷的肯定，西太后又从户部拨款白银五十万两作军饷。这个数目虽然不大，但却使左宗棠的部队人心大振，许多士兵含泪高呼：
“太后圣明!太后圣明!”
消息传到了皇宫，西太后表现得十分谦虚，大殿之上，她对众臣说：
“西征初战告捷，是左爱卿指挥有力、众士兵英勇善战所致，哀家只不过是作了个决策罢了。”
众大臣马上意识到她想得到什么，以恭亲王奕为首的朝臣们齐刷刷地跪了下来，高呼：
“皇上万岁、万岁、万万岁!”
“太后千岁、千岁、千千岁!”
其中还有两个大臣伏地大哭，口呼：
“我大清能有今日，全仰仗太后英明。太后光彩照人，臣愿为太后效忠!”
西太后的虚荣心得到了最大的满足，她干脆站了起来，慷慨激昂：
“乘胜追击，收复南疆!”
其实，即使西太后不发这道谕令，左宗棠也会收复南疆的。只不过收复南疆时，遇到了事先没有预料到的麻烦。
面对新疆这一片富饶、美丽的土地，不止一个列强企图占有它。在这里，伸进来的魔爪有三只：俄国、英国与阿古柏政权。就在刘锦棠收复乌鲁木齐之后，英国充当“和事佬”跳了出来。英国公使威妥玛找到了直隶总督李鸿章，声称：
“我们大英帝国一向与大清国友好相处，英国政府实在不忍心看着大清国因民族纷争而自相残杀。如果我们能出面调停，让阿古柏投降，那岂不是美事一桩。”
李鸿章正在东南沿海办海务，他不敢插手西征，便上奏一折，请西太后拿主意。西太后将李鸿章的折子呈给众大臣看，让大家发表意见。折子刚传阅完，大臣沈桂芬便气愤地说：
“太后，李大人也太糊涂了，他办他的海务，跑这来搅什么乱子。”
另外一位大臣曾纪泽(曾国藩之长子)也忿忿地说：
“威妥玛之言，我大清断不能接受。他声称大清收复新疆是民族纷争，其险恶目的路人皆知。谁都知道阿古柏政权是外国入侵政权，我们与阿古柏是敌对的两个国家，而不是什么民族问题。”
“对，大清国的版图问题不用英国人来插手。”
“叫威妥玛少说废话!”
众臣义愤填膺，西太后顺应了民心，谕令远在新疆征战途中的左宗棠：
“坚决消灭阿古柏侵略军，不准英国人插手。”
英国公使威妥玛只好灰溜溜地退出时局，这时，俄国公使又来了。他要向大清政府提供无偿贷款，以击退阿古柏军队。起初，西太后有些糊涂认识，她认为俄国人是出手真诚。但是，一向谙熟洋人手段的恭亲王一针见血地指出：
“太后，大清朝的事情，绝对不能让老毛子来插一手。那些老毛子不会安好心的。”
“何以肯定他们有歹意?”
“他们可能无条件地帮助中国吗?那些俄国人很精明，如果我朝上了他们的当，他们将趁机进驻新疆，赶走了一个阿古柏，又来了一个老毛子。请太后三思!”
恭新王说得十分在理儿，西太后不得不相信，她又谕令左宗棠：
“立刻乘胜追击，不留任何幻想，凭我大清的实力，收复南疆!”
左宗棠手中有了“尚方宝剑”，他更可以驰骋沙场、一展雄姿了。光绪二年深冬，左宗棠仍派骁勇善战的刘锦棠带兵出征，不到三个月，收复失地数城，喀喇沙尔、库尔勒、库车、拜城、阿克苏、乌什等地相继回到了祖国的怀抱。
捷报频频传来，南疆全部收复，左宗棠以六百里加急上奏朝廷：西征以胜利而结束!
奏折到达大殿时，西大后正在听朝，忽听大殿外有人高叫：
“左大人六百里加急到!”
西太后料想一定是喜讯，因为这几天，天天都有左宗棠的折子，折子里尽是喜讯。西太后谕令：
“呈上来!”
李莲英弯腰垂首呈上折子，西太后急忙打开折子，只见她眉开眼笑：
“众爱卿传着看吧!”
人们从西太后的表情上断定左宗棠又打胜仗了。恭亲王最先接过折子，读罢，他大叫：
“左老弟，你好样的!”
一个月后，左宗棠容光焕发、英姿勃勃。大殿之上，他喜上眉梢。由于收复失地有功，他被晋封为二等侯爵。他的手下刘锦棠封为二等男爵。
一时间，左宗棠成了“民族英雄”，这位曾镇压过太平天国农民起义军的人物，如今又被老百姓传颂，他的千秋功过自有历史来评说。
西征刚刚结束，北疆伊犁地区又起风波，这叫西太后很头疼。光绪四年四月二十九日，俄国在本属于大清国的伊犁地区布置了重兵，这摆明了是给大清朝廷看：你们虽然收复了南疆及北疆的部分地区，但伊犁仍被我们占着!
消息传到京城，引起了朝野的震惊，这逼得朝廷不得不作出决定：派吏部右侍郎崇厚为钦差大臣，出使俄国，商谈伊犁问题。崇厚临行前，西太后召见了他，对他说：
“左宗棠刚刚告捷，你这次出使俄国，任重道远。第一任务是尽量把伊犁要回来，它本来就是我大清的国土。第二是引渡叛逃俄国的白彦虎，等他回来后，非斩了他不可!”
对于伊犁问题，西太后心中自有打算，她当然也想收复失地，但她不想与俄国人开仗。对付一个阿古柏政权，大清朝不费吹灰之力，但要对付强大的俄国，她则心有余悸。她认为只要能收复失地，又不需要动用武力，赔几个银子没什么。她的这种指导意见已暗中传达给了钦差大臣崇厚。
崇厚带着西太后的暗示到了圣彼得堡，他竟未与俄国人讨价还价，就轻而易举地签定了《伊犁条约》。这是一个辱国丧权的不平等条约，以讨回伊犁为代价，崇厚做出了令人难以容忍的让步。消息传到朝廷，众大臣议论纷纷，坚决要求惩治对敌人屈膝投降的钦差大臣崇厚，西太后逼于压力，不得不谕令崇厚立刻回国，待查清事实后再作处置。
朝臣们不能接受《伊犁条约》中的一些款项，如向俄付兵费白银二百八十万两、割伊犁以西五百里土地给俄国、割可西河以西和丽山以南土地，直至特克斯河给俄国、蒙古及天山南北路等处，俄商往来货物均不纳税……
要回了一个伊犁城，大清国也付出了昂贵的代价，朝臣们岂能容忍，他们纷纷上奏朝廷，请求废除《伊犁条约》。
光绪六年春，西太后考虑到朝中呼声太高，若不废除《伊犁条约》，恐怕难以向众臣交待。她反复思量，最后，她找到了曾纪泽。曾纪泽继承了父亲曾国藩的智谋，但又比他的父亲能说会道，凭着他那三寸不烂之舌，他能把稻草说成是金条。当西太后单独召见他时，他拍着胸脯说：
“太后如此厚爱臣，臣定当竭尽全力，报效朝臣。”
西太后沉吟着，她反复强调：
“伊犁是大清的国土，一定要收回，但同时又要避免出现崇厚之做法。既要让俄国交还伊犁，又要让它别得寸进尺，不然，朝臣又要反对你了。”
“嗻。”
曾纪泽作为钦差大臣也到了圣彼得堡，这个人与崇厚有很大的不同。崇厚胆小怕事、畏手畏脚，总认为俄国人有三头六臂，在洋人面前不敢出大气。曾纪泽从小随父亲征战南北，什么样的场面他没见过，这次出使俄国，他果然表现出色。
当曾纪泽面对面与俄国公使谈判时，他并没有被外国人所吓倒。一开始，俄国人态度很强硬，对曾纪泽不理不睬，他反复强调：
“曾先生，你们大清国有一句古话，叫‘言而有信’，请问，怎么解释?”
俄国人是指《伊犁条约》已经签定，你们赖不掉的!
曾纪泽大模大样地坐下，这位俄国人手端酒杯，以挑衅的口吻，说：
“先生，喝酒吗?”
曾纪泽站起身来，走到桌边，斟了满满一大杯酒，说：
“这伏特加远远比不上我们的茅台酒。伏特加倒像漱口水，一点儿酒的醇香也没有。”
说罢，一大杯酒，他一仰而尽。俄国人称赞道：
“海量!”
曾纪泽不卑不亢地说：
“如此说来，先生是个‘中国通’了，既然如此，我们中国有句老话，想必你也听说过。”
“说吧，没有我不知道的。”
曾纪泽提高了嗓门，说：
“君子爱财、取之有道!”
“这个嘛，这个问题是指人与人之间的关系，好像曾先生扯远了。”
“不，一点儿也不远!没有国，哪有家；没有家，人何以存活。我大清国的土地被你们侵占去，现在，我们名正言顺地讨回国土。”
“没有说不还你伊犁呀。”
“先生，你的智商不低吧!大千世界，你见过还人家东西时，还附加许多条件的吗?再者，你们侵占我大清国土不说给我们补偿，反而伸手向我们要银子，岂有此理!”
俄国人一听这口气不对劲儿，来者不是崇厚那种胆小鬼。他们也撕破了脸皮，大叫：
“大俄罗斯能被你们国力衰弱的清政府吓倒吗?谈不成，咱们走着瞧!”
“我泱泱中国也不会被你们吓倒!”
俄国人企图以威吓相逼，不料，曾纪泽镇定自如，他又尽饮一杯伏特加，笑着说：
“恐怕贵国也不愿开仗吧!贵国与英国正为争夺土耳其而耗尽国力，而我们大清国刚刚取得了西征大捷。我们不说自己多么强盛，至少不比你们国力弱吧!”
俄国人无言以对，谈判只好暂告一段落。就在曾纪泽出使俄国的同时，左宗棠上奏朝廷，表明态度：
“我泱泱大国，岂能拱手相让土地，如若谈不成，臣愿再战伊犁，收复失地。”
西太后征询了众臣的意见，主战派与主和派各占一半，他们相持不下，各据理由：
“太后，西征大捷足以说明大清国力强盛，可以与俄国一战，祖国河山，寸土不让!”
“太后，以大清现状不宜再起战事，若与俄国交战，英、法两国会不会从东南沿海进犯我国。”
各说各的理儿，吵得西太后头晕脑涨，她口谕：
“今天就议到这儿吧，明天再议!”
回到寝宫，西太后岂能安睡，她左思右想难以入寝。
“小李子。”
“奴才在!”
“去恭王府一趟，让恭王爷立刻进宫。”
李莲英坐上轿子，急匆匆赶到了恭王府请来了恭亲王。奕散朝回府后，也是心神不宁，作为首席军机大臣，收复失地一事，他必须明确表态。当李莲英来请他入宫时，他心里还是七上八下的。
“太后吉祥!”
恭亲王很恭敬，来了个单腿安。西太后手一摆，说：
“老六，又不是大殿之上，不必拘礼。老六，今日大殿之上，你一言未发，为何?”
恭亲王沉吟着，他吞吞吐吐地说：
“左宗棠收复新疆威振四方，若现在向俄国人妥协，势必招致朝野的反对。”
“对，我也这么想。只是若真的和俄国人打了起来，恐怕大清不是他的对手。”
西太后顾虑重重，恭亲王当然也不敢说稳操胜券。不过，早年就与洋人打过交道的他比西太后更了解洋人，他安慰西太后说：
“洋人往往是虚张声势，若真的开仗，他们不见得打得过我们。目前，英俄关系恶化，没有英国的支持，俄国不敢贸然行动。”
“如此说来，我们可以虚晃一枪，表现出强硬的样子，吓一吓老毛子。”
恭亲王点了点头，西太后舒了一口气。第二天临朝时，西太后谕令：
“我朝列祖列宗打下的江山不容外国人强占，伊犁必须收回，俄国人的苛刻条件不能全部接受。从现在起，各地招募兵勇，迅速调往北疆、天津、山海关一带，以备战事。”
谕令发出后，西北及东南边陲城市相继布置了重兵，战备物资源源不断运往那些地区。俄国间谍得知这一情况后，立刻将清廷的战备情况报告给俄沙皇。
光绪六年七月，俄国政府主动照会曾纪泽，他们换了一副面孔，说：
“曾先生，《伊犁条约》可以作一些修改，不过，你们可不要得寸进尺。”
曾纪泽笑着回答：
“我们寸土不让!”
双方经过多次商议，最终达成一致：重新划分西北境界、收回伊犁、补偿俄方损失，数额由清廷酌定(900万卢布)。
修订后的《伊犁条约》仍是一个不平等条约，但经过努力，大清国争回了一些面子。西太后沾沾自喜地说：
“老毛子被大清国震住了。”