朱熹，祖籍是江南东路徽州府婺源县(今江西省婺源)。建炎四年（1130年）九月，朱熹出生于尤溪县城水南郑义斋馆舍（今南溪书院），乳名叫沈郞。据说，他出生的时候，右眼角长有七颗黑痣，排列如北斗。绍兴五年（1135年），也就是朱熹五岁时，就已经通读《孝经》。为了自勉，他还在书额题字：“若不如此，便不成人”。朱熹的父亲朱松，曾被儒林学者们称为“韦斋先生”，正是其理学思想，对朱熹的一生有着十分深刻的影响。
绍兴七年（1137年），朱熹就被父亲送到建州浦城寓居。没过多久，他就成为了闽学派的代表人物，即儒学集大成者，世尊称为朱子。朱熹是程颢、程颐的三传弟子李侗的学生，曾任江西南康、福建漳州知府、浙东巡抚，做官清正有为，振举书院建设。官拜焕章阁侍制兼侍讲，为宁宗皇帝赵扩讲学。朱熹是唯一非孔子亲传弟子而享祀孔庙，位列大成殿十二哲者中。
绍兴十三年（1143年），朱熹的父亲病逝于建瓯，临终之前，把朱熹托付给崇安（今武夷山市）五夫好友刘子羽（即朱熹的义父），又写信请五夫的刘子翚（屏山）、刘勉之（白水）、胡宪（籍溪）等三位学养深厚的朋友代为教育朱熹。刘子羽视朱熹如己出，在其舍傍筑室安置朱熹一家，名曰紫阳楼。绍兴十七年（1147年），那年朱熹刚满十八岁，在建州乡试中考取贡生。绍兴十八年（1148年）春，刘勉之将自己的女儿刘清四许配给朱熹。同年三月，朱熹入都科举，中王佐榜第五甲第九十名，准勅赐同进士出身。
绍兴二十一年（1151年），朱熹再次入都铨试中等，授左迪功郎、泉州同安县主簿。绍兴二十三年（1153年）夏，朱熹赴同安途中，受学于延平李侗。七月，朱熹至同安，以其“敦礼义、厚风俗、劾吏奸、恤民隐”的治县之法管理县事，排解同安、晋江两县械斗，整顿县学、倡建“教思堂”，在文庙大成殿倡建“经史阁”，主张减免经总制钱。
绍兴二十七年（1157年），朱熹任满罢归。第二年，朱熹意识到“妄佛求仙之世风，凋敝民气，耗散国力，有碍国家中兴”，打算重新踏上求师之路，决心拜李侗为师，因得承袭二程“洛学”的正统，为朱熹以后的学说奠定了基础。绍兴三十二年（1162年），朱熹应诏上封事，力陈反和主战、反佛崇儒的主张，详陈讲学明理、定计恢复、任贤修政的意见。
隆兴元年（1163年）十月，朱熹应诏入对垂拱殿，向孝宗赵昚面奏三札：一札论正心诚意、格物致知之学，反对老、佛异端之学；二札论外攘夷狄之复仇大义，反对和议；三札论内修政事之道，反对宠信佞臣。但当时汤思退为相，主张和议。朱熹的抗金主张没有被采纳。十一月，朝廷任朱熹为国子监武学博士。朱熹辞职不就，请祠归崇安。
乾道三年（1167年）八月，朱熹在林择之、范念德的陪同下前往潭州（今长沙）访问湖湘学派代表张栻。乾道四年（1168年），崇安发生了严重的水灾，朱熹力劝豪民发藏粟赈饥。此外，他还向官府请贷粮食六百斛散发于民，使民不致挨饿。乾道五年（1169年）九月，朱熹的母亲去世，朱熹建寒泉精舍为母守墓，开始了长达六年之久的寒泉著述时期。
乾道七年（1171年）五月，为了从根本上解决百姓的灾年生计问题，朱熹在五夫创建了“社仓”。他的这种做法，不仅减轻了贫民困难、缓和了社会矛盾，同时也减轻了朝廷的施政压力，后为许多地方所仿效。同年十一月，朱熹回尤溪，与知县、好友石子重讲论学问于县学。在石子重的陪同下，游览其父朱松任尤溪县尉时燕居之所“韦斋”旧址，手书“韦斋旧治”四字刻石揭榜。
乾道九年（1173年），朱熹作《重修尤溪庙学记》，亲书“明伦堂”制匾悬挂于尤溪县学宫正堂。从此，天下学宫匾皆模此刻制悬挂。淳熙二年（1175年）正月，吕祖谦从浙江东阳来访朱熹，在寒泉精舍相聚一个半月，编次《近思录》成，史称“寒泉之会”。五月，朱熹送吕祖谦至信州鹅湖寺（今鹅湖书院），陆九龄、陆九渊及刘清之皆来会，史称“鹅湖之会”。鹅湖之会的直接动因是吕祖谦想利用这个机会调和朱、陆学说之间的矛盾。在学术上，朱熹认为心与理是两个不同的概念，理是本体，心是认识的主体。二陆主张心与理是一回事，坚持以心来统贯主体与客体。朱熹与陆氏兄弟论辩、讲学达十日之久。
淳熙五年（1178年），孝宗赵昚任命朱熹为知南康军兼管内劝农事。淳熙六年（1179年）三月，当年适逢大旱，灾害严重，朱熹到任后便立即着手兴修水利、抗灾救荒，使灾民得以生活。十月，朱熹行视陂塘时，在樵夫的指点下找到白鹿洞书院的废址。经朱熹的竭力倡导，到淳熙七年（1180年）三月，白鹿洞书院很快修复。朱熹在南康军任上，为白鹿洞书院殚精竭虑、不遗余力：他曾自兼洞主，延请名师，充实图书，还请皇帝勅额，赐御书，并亲自订立学规，即著名的《白鹿洞书院教规》。
淳熙八年（1181年）二月，陆九渊来南康访朱熹，相与讲学白鹿洞书院。八月，时浙东大饥。因朱熹在南康救荒有方，宰相王淮荐朱熹赈灾，提举浙东常平茶盐公事。为解救灾民，朱熹迅速采取了几项有力措施。朱熹因在浙东劾奏前知台州唐仲友不法，为唐之姻亲王淮所嫉，浙东任职仅九个月即离任回家。朱熹曾先后六次上状奏劾唐仲友不法，直指王淮与唐仲友上下串通勾结的事实。迫于压力，王淮免去唐仲友江西提刑新任，在弹劾唐仲友的过程中，朱熹表现出崇高的操守和气节。
淳熙九年（1182年），朱熹52岁时，才将《大学章句》《中庸章句》《论语集注》《孟子集注》四书合刊，经学史上的“四书”之名才第一次出现。之后，朱熹仍呕心沥血修改《四书集注》，临终前一天朱熹还在修改《大学章句》。朱熹将《四书》定为封建士子修身的准则，《四书》构成了朱熹的一个完整的理学思想体系。元朝迄至明清，《四书集注》遂长期为历代封建王朝所垂青，作为治国之本，也作为人们思想行为的规范，成为封建科举的标准教科书。
淳熙十五年（1188年）十一月，朱熹上《戊申封事》，主张“正心”“任选大臣”“振举朝纲”等事。绍熙元年（1190年），61岁的朱熹到漳州赴任。朱熹在漳州的全部施政变革，主要体现在正经界、蠲（免）横赋、敦风俗、播儒教和劾奸吏等方面，而正经界则是他全部变革的灵魂。时值当地土地兼并之风盛行，官僚地主倚势吞并农民耕地，而税额没有随地划归地主，至使“田税不均”，失地农民受到更为沉重的剥削，导致阶级矛盾激化。为此，朱熹提出行“经界”，即核实田亩，随地亩纳税。这一建议势必减轻农民负担，但却损害了大地主的利益，所以遭到后者的强烈反对，“经界”终于未能推行。
绍熙二年（1191年）正月，朱熹长子朱塾卒。听闻这个噩耗后，朱熹无奈以治子丧请祠。五月，朱熹迁居建阳。次年，承父志建“竹林精舍”，后更名为“沧洲精舍”，即淳祐四年（1244年）诏赐的“考亭书院”。绍熙五年（1194年），湖南瑶民蒲来矢起义，震动了朝野，湖南地方局势骤然紧张起来。朱熹临危受命，除知潭州、荆湖南路安抚，赐紫章服。具有道学家傲骨、强烈忧国忧民心态的朱熹，不敢推辞朝命，欣然拜命前往赴任。五月，朱熹至潭州。朱熹到任后，立即兴学校，广教化，督吏治，敦民风。朱熹改建、扩建了位于湖南长沙岳麓山下的岳麓书院，空余时间亲自到此讲课，使岳麓书院成为南宋全国四大书院之一。
绍熙五年（1194年）八月，朱熹除焕章阁待制兼侍讲。九月，朱熹于行宫便殿奏事。十一月，朱熹还居建阳考亭。庆元二年（1196年）十二月，“党禁”正式发生。监察御史沈继祖以捕风捉影、移花接木、颠倒捏造手法奏劾朱熹“十大罪状”，朝廷权贵对理学掀起了一场史所罕见的残酷清算，效法北宋元祐党籍的故伎，开列了一份五十九人的伪逆党籍，名列党籍者都受到了不同程度的处罚。朱熹被斥之为“伪学魁首”，位列黑名单之中的第五位，有人竟提出“斩朱熹以绝伪学”。朱熹以伪学罪首落职罢祠，朱子门人流放的流放，坐牢的坐牢，遭到严重打击。
庆元五年（1199年），朱熹已被各种疾病所困扰，党禁中的朱熹终于预感到死亡的逼近，使他有大限临头的不祥预感，更加抓紧著述。庆元六年（1200年）入春以后，朱熹足疾大发，病情恶化。朱熹生命垂危，左眼已瞎，右眼也几乎完全失明，但他却以更旺盛的精力加紧整理残篇，唯一的愿望就是要将自己生平的所有著作全部完稿，使道统后继有人。
同年三月初九，71岁的朱熹在血雨腥风的“庆元党禁”运动中去世。十一月，四方道学信徒决定聚集在信州举行大规模的会葬，这又吓坏了反道学的当权者，竟令守臣约束。那一月，朱熹葬于建阳县黄坑大林谷，参加会葬者有近千人之多，场面极其震撼。