到4月底为止，华东湘军整体的兵力分布大致如下：总指挥曾国藩坐镇安庆。进取金陵的部队分为三支，曾国荃率部沿长江北岸进军，曾贞幹和鲍超沿长江南岸进军，杨载福与彭玉麟率水师左右接应。谋取苏州的部队是李鸿章率领的湘淮陆师，已经抵达上海，计划由黄翼升的水师配合作战。进攻浙江全省的部队由左宗棠率领，正在向浙江严州和衢州推进。大江以北有两支部队，一支由多隆阿率领，攻打庐州，另一支由李续宜率领，增援颍州；大江以南有鲍超所部进攻宁国，张运兰所部攻防徽州。
至于袁甲三和李世忠在淮河流域的部队，以及都兴阿在扬州的部队，以及冯子材和魁玉在镇江的部队，曾国藩都奉旨兼顾。
清廷在东南各省方圆几千里的军事活动，十路大军，都在曾国藩的掌控之下。由于统一了指挥，各部呼吸相通。清廷挑选将帅，往往下旨垂询曾大帅，语气温和。曾大帅所论荐的人才，都是当时的才俊，有时单独推荐一人，清廷便会当作奇才，破格提拔。全国各地优秀的人才，趋之若鹜，都想博取功名。
曾国藩论荐的人才得到重用，沈葆桢和李鸿章是两个典型的例子。清廷同意了曾国藩的请求，于4月下旬任命李鸿章为代理江苏巡抚。
不过，李鸿章升迁的历史意义，比沈葆桢的升迁更为丰富。他使许多安徽人有了建功立业的机会。有了他，淮军将领继湘军将领之后崛起于清末的官场，后来刘铭传、潘鼎新和张树声都升任将帅，程学启和滕嗣武官至提镇，只有韩正国命薄早亡。至于从淮军中出身的提镇司道官员，人数之多，不下于湖南籍的将帅。
李鸿章受任之初，上海的形势极为严峻。
上海是全国最大的通商口岸，华洋杂处，是江南财富集中之地。淮军抵达时，正值李秀成所部第二次大举进攻，能否守住上海并徐图发展，是李鸿章面临的严峻考验。
李鸿章牢记恩师教诲，首先练兵学战，保住性命，吏治和洋务，放到以后再说。
淮军刚刚兴起时，部属一半是湘勇，秉承湘军传统，修垒必高，掘濠必深，早晚操练，令江苏人大开眼界。
但是，江苏人并没有因此而认识到湘淮军非同一般的战斗力，反而因他们的外表而有所轻视。上海一带的兵勇风气奢靡，而湘淮军衣服朴素，旗帜简陋，外国人见了，不免讥笑，令湘淮军将士感到羞惭。
李鸿章对大家说：“军队贵在能征善战，等到我们打败了贼寇，他们就会刮目相看了。”
这时扬州告急，清廷下旨，催促李鸿章部署好上海的防御，立即率部前往镇江，与都兴阿的部队会师。李鸿章回奏，说他兵力单薄，不能分兵增援各路，请求清廷假以时日，让他训练部队。
华尔和李恒嵩率部，联合英法两国的部队，攻克嘉定和青浦，留下外国兵与洋枪队防守。英国提督何伯请李鸿章的部队联合攻打浦东厅县，李鸿章派程学启、刘铭传、潘鼎新和郭松林率领湘淮军攻打南汇，称为北路军。而英法部队从松江进军金山卫，称为南路军。