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法军在3月底占领了澎湖岛及渔翁岛。清军正要在各处对法军发起大规模反攻，清廷下达了停战撤兵的命令。

法国发动侵华战争后，各方面围绕和战问题的外交活动和秘密谈判几乎没有停止过。镇南关大捷本来使中国在军事和外交上都处于有利地位，但清廷在整个中法战争期间，即使在被迫宣战以后，也担心“兵连祸结”会激起“民变”、“兵变”，因此始终或明或暗、直接间接地向法国进行求和活动。李鸿章等人主张“乘胜即收”，把镇南关大捷当作寻求妥协的绝好机会，建议清廷立即与法国缔结和约。

4月4日，清廷派出的英籍代表金登干和法国外交部政务司司长毕乐在巴黎匆促签订停战协定。之后，清廷明令批准李福天津《简明条约》，并下令北越驻军分期撤退回国，要求法国解除对台湾和北海的封锁。中法战争至此停止，慈禧太后颁发了停战诏令。

5月13日，清廷任命李鸿章为谈判代表，与法国政府代表、驻华公使巴德诺在天津开始谈判中法正式条约。

6月9日，双方在天津签订《中法会订越南条约》，共十款，主要内容是清廷承认法国对越南的保护权，承认法国与越南订立的条约；中越陆路交界开放贸易，中国边界内开辟两个通商口岸，“所运货物，进出云南、广西边界应纳各税，照现在通商税则较减”；日后中国修筑铁路，“应向法国业者之人商办”；此约签字后六个月内，中法两国派员到中越边界“会同勘定界限”；法军退出台湾和澎湖。

6月11日，孤拔伤势恶化，死于澎湖岛。

中国在这次反侵略战争中，本来有可能取得最后胜利，只是由于清廷的懦弱和妥协，胜利的成果才被葬送。

欧阳利见听说中国不败而败，法国不胜而胜，悲愤不已，积忧成疾。

彭玉麟听说清廷求和，不胜愤慨，坚决主张把抗法战争进行到底，反对和议。他多次上疏力争，但没有效果。和议签订后，清军已经停战撤兵，他还上疏请求加紧备战，以防后患。

和他一起创建湘军水师的杨岳斌，则告假从台湾回家。

这一年，杨昌濬兼代福建和台湾巡抚，与刘铭传一道，从事台湾行政制度改革，加强福建和台湾的防务。

中法战争一结束，杨昌濬便一手筹办台湾建省。

他一生生活俭朴，官至总督回乡探亲，仍制止亲人购买鱼肉，只求饱食红薯和蔬菜。

有一次，两江总督沈葆桢闻知他归里，远道前来探望，他让家人烹煮红薯、萝卜和豆腐招待，席间喝的是杂粮酒。儿时的玩伴称他为“薯蔬总督”。

中法战争结束后，四十四岁的孙开华回任代理福建陆路提督，不久实授福建提督。战功卓著的王德榜则卸甲回乡。

李元度出任贵州按察使，上疏陈述筹防筹饷之策，主张仿照洋人的办法修造炮台，建议福建巡抚专驻台湾，以防法国和日本等国侵略。他还建议在国外华侨寄居的地方设立公使馆或领事馆。

刘锦棠于4月份率部进驻省城乌鲁木齐，上奏请调乌鲁木齐和巴里坤旗兵一起进驻古城，设城守尉治理。增设一名布政司经历，一名布库大使，一名镇迪道库大使兼按察使，一名迪化府经历兼司狱。将迪化州吏目改为县典史，将迪化州学正改为府教授。裁撤库尔哈喇乌苏粮员，设一名抚民同知，一名照磨兼司狱。裁撤精河粮员，设一名分防驿粮巡检，隶属同知。喀喇巴尔噶逊的粮员由迪化知县兼任。又奏请裁撤伊犁参赞大臣，增设两名副都统，辅佐将军，同驻惠远大城。