两年后，刘邦拜叔孙通为太子太傅，专门辅佐太子刘盈。但三年之后，刘邦快死了，决定在死前废黜刘盈，改立赵王如意为太子。叔孙通劝谏道：“当年秦始皇不早立扶苏为太子，导致二世而亡，这是陛下亲眼见到的。如今太子仁孝，天下无人不知。吕后当年与陛下同甘共苦，岂可背弃？陛下若真要废嫡立幼，臣情愿先死，以血污地。”拔剑想自杀。
刘邦只好服软：“算了，我不过是开个玩笑。”叔孙通不依不饶：“太子是国家的根本，根本一动摇，天下震动，怎么能拿这事来开玩笑？”刘邦说：“我听你的，别再说了。”
刘邦死后，惠帝即位，对叔孙通说：“先帝的园陵寝庙祭拜礼节，群臣都没有熟练掌握，先生还是管一下吧。”于是，叔孙通再次就任太常，制定宗庙祭祀礼法和其他朝廷礼法。
惠帝住在未央宫，要经常去吕后住的长乐宫拜见，每次临时决定去，都不得不实行道路管制，非常麻烦。于是，他下令在两宫之间建了一座天桥，从天桥往来。叔孙通见到惠帝，说：“陛下新建的天桥，正好横跨每月举行高皇帝衣冠游时必须通行的宗庙道。人走过天桥，就相当于在宗庙通道上行走，这多不好啊。”
惠帝大惊，说：“那赶紧拆除吧。”叔孙通说：“您作为天下之主，是不能犯错的。如今天桥已建，百姓都知道是您建的，再拆掉，就相当于告诉百姓您错了。这可不行，有伤威望。不如在渭河北面，重新给高皇帝建一座宗庙，原先的宗庙道就可以废弃了，问题就解决了。”
惠帝曾春天出游，到离宫游览，叔孙通说：“古代有春天给祖庙献上水果的礼仪，如今樱桃熟了，可以进献。希望陛下出游时，顺便摘取樱桃。”惠帝对叔孙通基本上是言听计从。