1600年阴历九月十五日，日本古代史上有可靠记载的最大规模战役——“关原合战”——爆发了。之所以被称为“关原合战”，是因为主战场位于日本中部偏东的“关之原”上，这里是从美浓国进入近江国，进而迫近京都的战略要冲。被称为“东军”和“西军”的两大军事集团，就在这一要冲上展开了整整八个小时的激战。
一般认为，当时进入关之原主战场的西军总兵力为八万二千人，东军为七万四千人。此外西军率先进入战场布阵，抢夺了伊吹山、松尾山、南宫山等山地，呈高屋建瓴之势，可以说把握住了战局的主动权。然而作为东军总大将的内大臣德川家康对此却似乎并不在意，他于当日凌晨六时亲率三万主力进入关之原，胸有成竹地在距离前线约两公里的桃配山布下本阵。
侍卫们拉开阵幕，搬来桌子，准备好马扎，摊开地图，德川家康安然稳坐，倾听参谋本多正纯等人对侦查所得敌军布局的说明：
“石田军驻扎在伊吹山南麓的小关村笹尾山，隔着北国街道，在其南面是岛津军，再往南是小西军，然后是宇喜多军……”
德川家康不动声色地听着说明，事实上，他根本就看不起自己的这些敌手——想那石田三成本是一介文吏，根本不懂打仗；宇喜多秀家乳臭未干；小西行长为人奸滑，未必会使出全力；岛津义弘倒是闻名遐迩的勇将，可惜才带来一千多人，又能有何作为？
然而，在听到一个名字的时候，德川家康却不自禁地皱了一下眉头——
“担任宇喜多军侧翼援护的，是户田重政、平冢为广和大谷刑部……”
德川家康抬起军扇，敲了一下地图：“刑部虽然有病在身，却是智勇双全的名将，不可轻视呀。”
大谷庄的少年
大谷刑部，他的本名叫做大谷吉继，后来又改名为大谷吉隆，因为官拜刑部少辅，所以习惯上被称为大谷刑部。吉继生于1559年，其父名叫大谷庄作——庄作是小名，他的大名已经无人知晓了。
大谷家是近江国伊香郡余吴地方的小豪族，家传产业就是大谷庄。听这个名字就知道，那本是属于皇室、公卿或者寺社所有的一家封建庄园，不过到了这个时代，绝大多数庄园都已经被武士阶层霸占了。大谷家的祖上，或许本是大谷庄的管理人，因为霸占了庄园，就以“大谷”作为家族的姓氏了。
这个时代，乃是日本第二个武士政权——室町幕府——的末期，各地诸侯、豪族，也即大大小小的武士集团鏖战不休，根本不把中央政权放在眼里，所以也被称为“战国时代”。
大谷吉继就是在这样一个血与火的战乱年代出生的。
传说大谷庄作年纪很大了还没有子嗣，他的妻子就前往八幡宫去祈祷——八幡大菩萨是日本武士最崇拜的神灵，所以日本各地供奉这尊菩萨的八幡宫是很多的，近江也有好几座。庄作之妻在祈祷的时候，突然看到身旁的松树上落下来一枚松果，认为乃是神示，就毫不犹豫地把松果吞落肚中。据说她回来以后不久就身怀有孕，生下了儿子吉继。
松树上掉落松果，本是再自然不过的事情，竟然会将其看作神示，庄作之妻的想法实在太过古怪了吧，而把松果一口就吞落肚中，这种行为也有异于常人。不过这个传说比之说她是吞下一块玉而生下吉继的另外一种说法，还是要更贴近现实一些。
大谷庄作老来得子，当然宝贝得不得了，于是就按照神示，给儿子起名为桂松，另一种说法为庆松——这是大谷吉继的幼名。
近江国就是今天的滋贺县，位于日本的中心部位，这块行政区域基本是围绕了日本最大的内陆湖——琵琶湖——一整圈。战国时代，此处诸侯林立，其中势力最大的是湖南的六角氏、湖东的浅井氏和湖西的朽木氏。大谷家作为仅仅拥有一座庄园的小豪族，当然不可能保持独立，一定要依附一个大的势力，成为某一家的家臣，才可能存活下去。有一种说法，大谷庄作的大名叫做吉房，乃是六角氏的家臣，不过根据伊香郡大谷庄所处的地理位置来看，他们应该依附于南方的浅井氏而不会是更南方、数十公里外的六角氏吧。
大谷吉继幼年接受过什么教育，师傅是谁，历史上并无记载，只知道他曾一度前往佛寺学习。当时日本中下级武士往往缺少文化，而就算真有文武双全之将，整天在战场上打滚，也是没有什么空闲去教课的，武士之子托付给僧侣教导，本是经常的事情。此外，为了避免灭门之祸，为自己留下一脉香烟，也有很多武士把少子直接送去寺院出家为僧——当然，吉继乃是大谷家的长子，并且很可能是独苗一根，没有兄弟，父母是舍不得让他去当和尚的。
按照一般的成长历程，大谷吉继很可能在寺院中学习到十五、六岁后就回归大谷庄，提枪上阵，成为一名武士。等到父亲去世，他就继承小小的大谷家，成为浅井家或者别的什么大家族的附庸，为了别人的利益去奋勇厮杀。如果立下功勋并且侥幸不死，或许他会被赏赐更多的土地吧。不过，虽说乱世中战功是最重要的，传统等级制度还没有被彻底扫平，以小小的大谷家来说，是不可能有太大发展的，最终能够受赐一乡甚至一郡，就已经是难得的际遇了。
然而，历史在发展，时代在转变，大谷吉继还没有离开寺院，就被一个上级武士看中了，把他收为侍卫——这一遭际直接改变了吉继原本可能很平凡的人生。
1573年，这一年大谷吉继十四岁，按照日本传统的虚岁计算法，则是十五岁，接近成年了。就在这一年的八月二十七日，雄踞北部近江整整三代的浅井家灭亡了，新的统治者是来自于东南方尾张国的织田信长。
“战国的风云儿”织田信长雄才大略，他以富庶的尾张国为根据地，联合浅井家族，攻灭六角家族，杀入京都，挟天皇和幕府将军以号令群雄。然而很多诸侯并不肯就此乖乖举起白旗，就连浅井家最终也背叛了织田信长。经过数年的鏖战，织田军终于灭亡浅井家，基本平定京都周边地区。
近江就这样彻底落到了织田信长的手中，随即信长就把浅井家旧日的领地分封给自己麾下大将羽柴秀吉，主城定在今滨，后来改名为长滨。
按照传统的说法，羽柴秀吉本是农民出身，因为足智多谋被织田信长看中，收为部将，终于积累功勋而成为北部近江之主。不过这种说法很不可靠，在身份制度相对严密的古代，农民当大将的范例从来也没有出现过，只能说羽柴秀吉出身卑微，很可能是最下级的亦耕亦战的武士罢了。对比出身来说，就连仅仅拥有大谷一庄的大谷家也要比羽柴家高贵得多。
根据个人能力而非出身门第来选拔将才，这是织田信长能够获得成功的一个重要因素，而本就出身卑微的羽柴秀吉也很自然地继承了主家的这一用人原则。况且，羽柴家因为起于寒微，没有什么世代侍奉的家臣，现在羽柴秀吉一步登天当了城主，他就急于选拔一批家臣来撑场面。羽柴家的新家臣主要有两个来源，一是尾张出身的穷亲戚，二就是新的北部近江领地上的豪族们。
不知道出于什么原因，羽柴秀吉看上了年轻的大谷吉继，把他收为侍卫。那个时代的上级武士经常挑选家臣的年轻子弟担任侍卫，平常负责警护、记录、传令和杂役等工作，因为就在主公身边长大起来，受到言传身教、耳濡目染，最熟悉主公的脾性，也最得主公信任，是很有机会成长为重臣的。
一扇光明的大门就此向年仅十六岁的大谷吉继敞开了。
和大谷吉继同时成为羽柴秀吉侍卫的，还有一个年轻人，那就是后来“关原合战”中担任西军实质上总大将的石田三成。
石田三成的幼名叫做佐吉，也是近江人，就出身来说，他可能比大谷吉继更为低微，并且因为不是长子，很早就被送去寺院，剃发出家，当上了小沙弥。后来被传为美谈的“三献茶”之事，成为他被羽柴秀吉看中的契机。
传说羽柴秀吉在受封北部近江的领地后，一刻也闲不住，立刻到处巡查，指导生产，并且布置防御事宜。某次他奔波了大半个白天，跑得口干舌燥，正好看到路旁有座寺庙，就冲进去找水喝。
寺院住持看来人虽然身材矮小、相貌猥琐，双目却炯炯有神，不怒自威，知道不是凡俗之辈，于是殷勤款待，并且叫小沙弥去给倒碗热茶来——这个小沙弥正是后来的石田三成。
且说石田三成很快就捧上了一碗热茶，羽柴秀吉端过来一尝，温吞吞的正宜解渴，于是一口气就喝干了。茶水落肚，燥热逐渐散去，但他还觉得不过瘾，就把茶碗递回去，说：“再来一碗。”
石田三成很快就又端上来第二碗茶，温度比上一碗略微热了一些，不再能大口喝尽了。羽柴秀吉渴意渐消，也正好不打算牛饮了，就分三五口把茶喝干，然后又要第三碗。
这第三碗茶是滚烫的，不能喝，只能品。此时的羽柴秀吉渴意全无，燥热不再，他坐在古老的寺庙里，看着院中繁花似锦，耳听鸟鸣声声，正感到由衷的平静和喜悦，端过茶来小口啜饮，只觉人世之乐，无过于此，什么战场杀伐，什么功名利禄，都可以在这一刻被抛去脑后了。
羽柴秀吉不禁心想：“这三碗茶不同的温度大有讲究，如此心思细腻之人，窝在寺庙里当小和尚，实在太可惜了。”于是把石田三成叫来一问，得知他是自己领内坂田郡北乡村的小豪族石田正继的次子，于是就通知石田正继，让这个小沙弥还俗，担任自己的侍卫。
石田三成生于1560年，比大谷吉继小一岁，但他们是同一年成为羽柴秀吉的年轻侍卫的。相似的出身和经历，使两人很快就结为好友，并且最终在“关原合战”中走到了一起。
而相较大谷吉继和石田三成前半生的经历，也几乎一模一样。
奉行纪之介
织田信长在基本统一了京都周边地区以后，就迫不及待地将势力向外辐射，派遣麾下将领们四处出征。他划分了数个大的战区，以重臣为战区司令，其他家臣担当“与力”也就是辅佐官，妄图横扫从西南九州直到东北奥、羽的整个日本国。
羽柴秀吉担任司令的战区是在京都的西面，织田信长派他进攻日本西部最大的诸侯毛利家族。为了坐镇前线，亲自指挥战斗，而不必要回回长途跋涉，羽柴秀吉在打下播磨国也就是今天的兵库县以后，就把自己的主城由长滨搬到了播磨的姬路城——大谷吉继和石田三成等青年侍卫当然也跟随在他身边，这是1577年之事，吉继十九岁。
在此前后，吉继的名字频繁出现在羽柴家各种军事文书中，只不过一般写作大谷平马（或者大谷兵马）和纪之介。大谷吉继之名要到1585年以后，据说是得到了羽柴秀吉赐以“吉”字才改的——主公把自己名字里的一个字赏赐给家臣使用，在当时乃是无上的殊荣，同时也表示主公对这名家臣的看重。
那么，大谷吉继究竟建立了一些什么功勋，才会被羽柴秀吉所看重的呢？
在羽柴军和毛利军以及依附毛利家的诸多小势力恶战之时，大谷吉继先是担任马迴众，继而升任检地奉行和兵站奉行，在每个岗位上都出色地完成了主公所交待的任务。
所谓马迴众，就是大将的亲信卫队，一般都选拔忠心耿耿并且武艺出众者担任。和大谷吉继经历相似的石田三成没有当过马迴众，因为他擅长文事，却不大会打仗，而吉继既然能够担任此职，可见定是能骑快马，能舞大刀的豪勇之士了，并且羽柴秀吉对这个年轻人的军事才能也有一定的认同。
至于“奉行”就是事务官的意思，一般为文吏，而检地奉行、兵站奉行又与一般的事务官不同，其职责非常重要。先说检地，所谓检地乃是在占领地区重新丈量、计算和分封土地，确定百姓所必须上缴的年贡，确定豪族所必须负担的兵役，一句话，那是从诸侯林立的战乱时代走向统一和平过程中所无可避免的重要民政措施。羽柴秀吉麾下能臣如云，勇将若雨，而以马迴众转为检地奉行，身兼文武两道之长的却并不算多，大谷吉继是其中的佼佼者。
再说兵站奉行，那就更重要了，说白了也就是军队的后勤部长，负责粮草、物资的调集、安置和运送。日本国本就不大，战国时代诸侯林立，每个割据势力的领土就更是狭小，这种小小的格局进而影响到整个日本民族的战争观，从古代一直到二战，日本人从来轻视兵站，也就是轻视物资的调集和运送。就以战国时代而论，很少有长期远征的情况出现，一般情况下士兵们带上几个月的口粮随同出征，走一路抢一路，粮食吃光自然退兵，要兵站有什么用呀？
只有羽柴秀吉与众不同，他习惯于依靠长期包围来不战而屈人之兵，换句话说，用时间和物资的加倍消耗来减少士卒的伤亡，进而谋取更大的胜利。所以羽柴军是很注重兵站的，大谷吉继作为兵站奉行，可以说羽柴军对毛利军战斗的节节取胜，他在其中建立了卓越功勋。
随着时光流逝，羽柴秀吉连战皆胜，已经打算请织田信长派发援军，然后对毛利军展开总攻击了。根据双方来往书信分析，羽柴秀吉预计只要织田信长亲临前线，使得士气高涨，不用半年就可将毛利家族彻底扫平。如此功勋，等到织田信长统一整个日本，羽柴秀吉怎么也能捞到两、三个国甚至更多的封地吧，而作为他一手提拔起来的重臣大谷吉继，或许也有当诸侯的资格了。
然而，时代的演变，使得大谷吉继的人生第二次遭遇意想不到的大转折。
天正十年（1582年），大谷吉继二十四岁，当年的六月二日，爆发了“本能寺之变”，织田信长被其部将明智光秀所杀。
其实织田政权内部的种种矛盾由来已久，只是织田信长日益骄横，所以视而不见罢了。且说织田信长在控制京都周边地区以后，曾在此地分封了数名重臣，包括长滨的羽柴秀吉、坂本的明智光秀、长光寺的柴田胜家等等。后来领土扩大，重臣们为了战争的需要纷纷迁往远方，羽柴秀吉前往姬路，柴田胜家迁往北庄，距离京都都超过100公里，而明智光秀的新主城龟山却距离京都不到30公里……
明智光秀凭藉他卓越的才能，在织田军平定京都周边地区的时候立下了最大的功勋，也正因为如此，他和天皇朝廷的关系很好，在京都附近的影响力也非常大。织田信长应该是看到了这一点，就打算没收明智光秀在京都附近的领地，把他分封到西方去，以免造成尾大不掉的局面。
害怕自己在京都附近的势力被一举铲平，同时在新的封地上又站不住脚，再加上君臣之间别的种种矛盾，加上明智光秀本人的野心，他终于铤而走险，趁着织田信长路过并停留在京都郊外本能寺的机会，突然发动袭击。织田信长众寡不敌，自焚而死，织田家的天下就这样瞬间崩垮了。
这个时候，羽柴秀吉正在做些什么呢？原来他正和同盟的宇喜多军一起围攻备中（今冈山县西部）高松城。镇守高松城的乃是毛利方名将清水宗治，他一方面加固城防，严密防备，一方面向毛利家督辉元派出信使，请求增援。
毛利辉元闻报，急忙亲统大军杀来备中，可是没等开到高松城下，先看到大水阻路，面前一片泽国。此乃羽柴秀吉之计也，他征调民工掘开附近河流，引水淹没了高松城，一方面打击守军士气，另方面也阻挡住了毛利氏的援军。
毛利辉元一看情况不妙，高松已成湖中孤岛，自己近在咫尺却无法救援，落城只是时间问题而已。于是他派使者乘坐小舟前去羽柴军中，表示愿意合谈，希望秀吉网开一面，饶过守城将兵，作为交换条件，毛利势力将彻底撤出备中国。
羽柴秀吉得意洋洋地回答说：“不行！把守城将兵都放走了，我将无法向主公报功请赏，起码也得让守将清水宗治自杀，把首级交给我才行。”毛利方当然无法答应这种要求，于是谈判就旷日持久，悬而不决，高松城越来越危险了。
其实秀吉内心打着另外一把如意算盘，他秘密写信去通知织田信长：“我已将毛利军主力牵制在了高松城下，主公您即刻率军前来增援，一战将其歼灭，则西线战事可望在年内结束。”可惜织田信长虽然口头上答应了秀吉所请，秀吉却左等援军不来，右等援军不到。
原来当时京都附近发了洪水，导致信长无法立刻赶来增援。等到洪水退去，信长立刻派明智光秀等将整备兵马，陆续增援备中，他自己则前往京都，打算先觐见天皇，然后就率领本部兵马亲临前线指挥。
就在这种情况下，爆发了“本能寺之变”，明智光秀没有增援备中，反而兼程南下，逼死了织田信长。随即光秀就向四方诸侯发去密信，要他们趁机猛攻织田家各外征兵团，比如北陆的柴田胜家部、关东的泷川一益部等等，其中当然也包括备中的羽柴秀吉部。
传说无巧不巧的，明智光秀派去联络毛利军的使者，因为大水阻路，被秀吉部下给截获了。秀吉闻报，不动声色，立刻加大威吓力度，对毛利使者说：“快让清水宗治自杀，我即刻退兵，否则高松城一旦被破，死的就不止宗治一人了！”
毛利辉元无奈之下，只得命令清水宗治切腹自杀。这里羽柴秀吉刚得到宗治的首级，立刻连夜退兵，数百里长途奔袭京都地区。明智光秀根本想不到羽柴军回师如此之快，仓促应战，结果就在山崎合战中被彻底击败，身死家灭。
随即羽柴秀吉又在讨论战后领地分配的清州会议中，用阴谋手段挫败竞争对手柴田胜家，获得了织田家中的主导权。就这样，织田信长的时代结束了，丰臣秀吉（羽柴秀吉的改名）的时代正式开始了。作为丰臣政权重要一员的大谷吉继，就此迎来了自己最风光的年代。
大坂町“千人斩”
1583年，丰臣、柴田两军在琵琶湖以北的贱之岳展开总决战，柴田胜家败北，不久后自杀，织田氏的旧日领土九成就都归了丰臣秀吉。此次决战中，据说有七名秀吉亲信的年轻武士建立殊勋，从此就被称为“贱之岳七本枪”。“贱之岳七本枪”的说法有很多种，其中一种就包括大谷吉继，不过吉继当时仍然身任检地奉行和兵站奉行两职，大概是不会亲自挥枪厮杀在第一线的吧。
不过即便不是“贱之岳七本枪”之一，吉继在此战中功劳很大也是不争的事实。据说秀吉曾在战后夸奖他说：“这孩子可以指挥百万大军！”那一年吉继才二十五岁而已。两年后，秀吉为吉继向朝廷请到了刑部少辅的官职，他就此被尊称为大谷刑部了。
当初织田信长所以能够横扫日本中部，很大程度上是靠着他的新经济政策，对于有粮就有兵马的旧法则，他又加上一条：有钱就有粮，有粮就有兵马。信长是很重视商业流通，很重视以钱生钱的，在这方面，秀吉的经济头脑恐怕比信长更为优秀。因此在彻底掌控了日本中部以后，他就派内政高才石田三成担任堺奉行，让大谷吉继当三成的与力。
堺是当时日本最大的商业港，也是自治都市，然而名虽自治，实际上总得依靠附近势力较大的武士政权，向其提供钱粮和物资，才能存活下去。织田信长很重视对堺的掌控，丰臣秀吉继承了这一政策，他一下子拿出自己麾下最受器重、也最有民政才干的石田三成、大谷吉继两名奉行去管理堺，一方面可以看出他对堺的重视，同时也可看出他对上述二人的器重吧。
不过从两人的序列来看，可以得出秀吉对石田三成在民政方面的才能更为青眼有加的结论。三成后来成为丰臣政权在民政方面的第一把手，吉继长时间担任其辅佐，与三成负责相同的工作，两人间深厚的友谊就这样逐渐结下了。
然而三成有一点不如吉继，那就是不以军事才能见长。比如说，1590年丰臣秀吉亲率二十三万大军讨伐关东地区的割据势力北条氏，一支偏师包围了忍城。三成作为军监前往忍城视察，回来以后禀报秀吉说：“我看彼城地势，与高松城非常相似，也可以掘壕筑坝，以水淹之。”秀吉同意了三成的计划，并且派他主管水攻事宜。然而三成指挥民工才刚筑坝拦住附近河流之水，还没等灌向忍城，突然天降大雨，河水暴涨，反过来冲毁堤坝，把丰臣军的阵地给淹没了。结果秀吉虽然最终灭亡了北条氏，但忍城竟然是北条氏最后一座被攻克的城池。
由此可见，石田三成即便在军事方面并非一窍不通，他也并没有建立过什么武勋，这也是等到“关原合战”的时候，三成竭力要拉重病在身的大谷吉继出来相助的重要缘由。
与石田三成不同，大谷吉继虽然长年担任奉行或者军监的职务，他却是实际打过仗的，并且竟然连秀吉都夸他“可以指挥百万大军”。且说灭亡了北条氏以后，秀吉派原越后（今新泻县）大名上杉景胜等人进兵日本东北地区，当时天下大势已定，基本是兵不血刃，东北诸侯就陆续投降。于是秀吉派遣吉继前往东北，配合上杉景胜进行检地工作。
检地必然会触犯到地方豪族的利益，他们虽然在大军压境时被迫投降，一看检地人员到来，立刻就又跳起脚来，纷纷扯旗造反。但在上杉景胜和大谷吉继的武力征讨下，很快就将这些叛乱给镇压了，只是检地工作还没有完，吉继就因为病重而被迫回家静养。
大谷吉继究竟得了什么病呢？很可怜的，早在征讨北条氏的五年前，也即他就任兵部少辅的同一年，年轻的吉继就染上了癞病，也就是一种严重的皮肤病。在一本叫做《宇野主水日记》的历史文献中记载着，天正十四年（1585年）二月，大坂町中流传着一个消息，搞得人心惶惶，据说大谷纪之介因为患有恶疮，将要暗中斩杀千人，以千人之血来治病。
大坂城是丰臣秀吉的统治中心，城外的居民区、商业区就被称为大坂町，而大谷纪之介就是大谷吉继。这段“千人斩”的谣言，大概是嫉妒和敌视吉继的人所故意传出来的吧。事实上，当时丰臣政权中已经派系林立，各自攻讦了，其中尾张人和近江人的矛盾最深，秀吉亲手提拔的尾张人大多当了一线武将，而近江人则多为石田三成、大谷吉继之类的奉行，武将和文官互相看着不顺眼，也是情理中事吧。
尤其是四方次第平定，靠着战场厮杀博取功名的武将们逐渐失去了用武之地，负责内政、外交的奉行们在丰臣政权中的地位稳步上升，这也使得前者对后者看着眼红，甚至恨之入骨。正巧就在这个时候，吉继染上了癞病，这种病在当时也被称为“天刑”，也就是说，此乃上天降下的惩罚也。时人都会想到，如果大谷吉继是个正人君子，应该不会患上这种病吧，既然上天想要惩罚他，他必然是个奸恶之徒，那么“千人斩”之事也是宁可信其有，不可信其无了。
当然，丰臣秀吉不会被这种谣言所左右，身处战国乱世，他毕生见过无数恶人，又有哪个与吉继一般遭受到“天刑”的？于是，秀吉以十金悬赏捕捉所谓的“千人斩”，同时为吉继求得了刑部少辅的官职，并关照他要好生静养，勿因谣言而忧心。
然而丰臣政权正当统一日本的紧要关头，百废俱兴，作为秀吉亲信的吉继根本就不可能得到长时间安养的机会。此后不久他就被任命为堺奉行石田三成的与力，又跟从丰臣秀吉征讨日本东南的九州岛。1589年九月，秀吉封给他越前国（今福井县东部）敦贺城附近年贡五万七千石的领地——大谷吉继就此成为城主、大名了。
受封敦贺以后，大谷吉继又从征北条氏，然后会同上杉景胜在东北地区检地。在此期间，他的癞病越发严重，被迫回归敦贺休养。吉继是1591年三月离开东北地区的，可是当年六月就被迫再次拖着病体领兵出征，平定东北地区的“九户之乱”。
如此受到重用，在奉行职务上任劳任怨，而又多次建立了平定叛乱的武勋，照理说大谷吉继将是丰臣政权的核心成员了吧。丰臣秀吉后来建立了一套完整的政治体系，以德川家康、前田利家、毛利辉元等五位大诸侯组成“御奉行众”，评议政事，以石田三成、前田玄以、增田长盛等五位奉行组成“御年寄众”，负责实际政务工作，也就是俗谓的“五大老、五奉行”制度。本来吉继是很有资格成为“五奉行”之一的，但他的癞病总也不好，经常要回家休养，因此未能入选。
不过这样一来，吉继倒是得以暂时跳出丰臣家中的派系斗争，处于一种与世无争的超然地位。他的癞病越来越重，一开始要以白布包裹身上长疮之处，到后来干脆连脸都紧紧包上了，只露出一双眼睛在外面。这种样子，也实在无法见人，因此他和其他官员、诸侯之间的往来也都很少。
只有两个人与众不同，和吉继一直维持着相当亲密的友谊，那就是石田三成和真田昌幸。
有一则传说，丰臣秀吉曾经召集多名臣子，举行了盛大的茶会。日本茶道本是在战国中后期开始大范围流行开来的，很多战国武将，包括织田信长、丰臣秀吉全都雅爱茶道，也使得这一文化活动在全体武士阶层中普及开来。茶会有多种形式，一般情况下是一主一客或一主二客，主人点茶，客人啜饮，以体会优雅恬静的氛围。也有一种大茶会，主人点茶时有多名助手相助，而饮茶的也不止两、三人，多达数十人，非常热闹。
日式点茶，规矩繁多，操作繁琐，如果主人一一为十数甚至数十位来客点茶，就算不累死，也得浪费大量时间，从早晨一直搞到深夜。所以在多人饮茶的情况下，主人一般只点一两碗茶，客人们一人一口，在同一个茶碗中轮流啜饮。
这次丰臣秀吉为诸将举办大茶会，点了一碗茶就向下分发。据说当时大谷吉继也受邀来到，他因为患有癞病，涕泪横流，因此在饮茶时不慎把一滴鼻涕滴到茶碗中去了。排在其后的武士们看着恶心，在接到茶碗后就装模作样地比划一下，连嘴唇都不肯沾。只有石田三成浑如不见，接过茶碗来大口饮尽，丝毫也没有嫌弃吉继的意思。这使大谷吉继非常感激这位老朋友，两人约为莫逆之交。
传说的真实性值得商榷，以大谷吉继一贯公正而谨慎的性格，既然有病在身，自己就会万分留意，不会让鼻涕滴到茶碗中去的，甚至为怕引起别人的反感，假装饮茶而实际碗不沾唇的，其实应该是他自己才对。不过虽说白布包裹了面孔，在座武士想到在白布下面是一张生满癞疮，甚至传说连五官都快要烂尽了的面孔，胃口大失，接茶也不肯真喝，倒也是情理中事吧。相反，石田三成的性格忠诚到了有点迂腐，公正到了有点顽固，平和到了有点死板，他是不会装腔作势，而肯定会真的喝茶，才从而使大谷吉继心生感激的吧。
另一个与大谷吉继交情很深的是小诸侯真田昌幸，此人被丰臣秀吉称为“表里比兴者”，也就是说他表里不一，惯会耍花腔。对于昌幸来说，这也是没有办法的事情，他家族的势力很小，为了家人的安康，肯定要四处巴结，拉关系，找靠山。当时昌幸认准的两个大靠山，一是丰臣秀吉，二是“五大老”的首席德川家康。当然，这两座山都太高大了，他很难依靠得上，于是就采用联姻的策略，让长子幸信（幸之）娶了家康爱将本多忠胜之女为妻，而让次子幸繁（幸村）娶了大谷吉继的女儿为妻。
昌幸的眼光是很毒辣的，由此也可看出，他认为吉继乃是丰臣秀吉麾下数一数二的爱将，与之联姻，将能攀附上秀吉这棵大树吧。
作为儿女亲家，吉继和昌幸的关系很要好，同时他对自己的女婿真田幸繁，也就是后来被称为“日本一本兵”的真田幸村也非常看重，认为这小伙子有胆有识，异日必成大器。相对的，幸村也非常尊敬虽然重病在身，却性格方正、才能卓绝的老丈人吉继。
后来“关原合战”的时候，这四个人——大谷吉继、石田三成、真田昌幸、真田幸村，全都加入了西军阵营，这并非临时起意的偶然之事。
大乱的前奏
在继续讲述名将大谷吉继的生涯前，先要说说他最大的敌人德川家康。家康本是三河国（今爱知县）西部的小诸侯，后来和织田信长结盟，势力日益扩张。等到信长在本能寺死去，家康认定只有自己才能继承信长的事业，却不料半路杀出来一个丰臣秀吉，把眼看就要到手的果子给摘走了。于是家康就和秀吉兵戎相见，打了好几仗，胜负难分。
丰臣秀吉才刚继承织田信长的事业，根基不稳，不想在和德川家康的争斗上耗费太长时间和太多精力，于是耍尽手段，又是抬天皇出来施压，又是嫁妹妹过去拉拢，终于逼得家康向自己俯首称臣。称臣可是称臣，秀吉也不敢对家康随便呼来喝去，并且最终给了他“五大老”首席的位置，默认他是自己之下的全日本第二人。