一、陕西省
民国元年秋，陕西军队共计120营，步队营每营400人，马队营每营200人。其中，28营驻东路潼关及同州、商州，24营驻西路凤乾、武，11营驻南路兴汉，19营驻北路延榆、绥，38营驻西安各属。嗣编成陕西陆军第1师（张云山）、第2师（张钫），另有4个独立旅。三年三月，陕西陆军第6旅改编为陕西第4混成旅；春，中央（北洋）陆军第7师（陆建章）入陕剿匪；六月，设陕南、陕北镇守使。八月，裁撤陕西陆军第1、第2师，所部裁编为陕西陆军第1、第2混成旅，由陕北、陕南镇守使兼管；九月，陕西陆军第4混成旅改为第3混成旅，同月，陆军第7师改编为中央陆军第15、第16混成旅，并增设陕西陆军步兵团。四年，中央陆军第16混成旅入川。六月，裁撤陕北镇守使。
民国五年一月，复设陕北镇守使，同时陕西陆军第3混成旅并入第2混成旅；二月，增设陕西陆军第4混成旅。五月，陕西陆军第2混成旅旅长组陕西护国军（陈树藩），辖2军，第1军辖5团，第2军辖4团，并宣布独立。旋逐走咸武将军陆建章。冬，陕西陆军整编为第1、第2混成旅，第1、第2混成团，骑兵第1、第2团，另有警备军7营。七年，陕西各地蜂起讨陈树藩，称陕西靖国军，河南之镇嵩军（刘镇华）入陕援陈；八月，陕西靖国军统一组织，设总司令部（总司令于右任），下辖第1路郭坚，第2路樊钟秀，第3路曹世英，第4路岳维峻、第5路高俊、第6路卢占魁，每路辖若干支队，全军约3万人。八年春，陕西军队有陕西陆军第1、第2、第3混成旅，步兵第3、第4、第5、第6旅，骑兵旅，第1混成团，骑兵第1、第2、第3、第4团，步卫队3营，马卫队3营、补充队3营，另有镇嵩军、奉军2旅4团，中央（北军）陆军第4、第15、第17混成旅，靖国军7个路。九年六月，中央陆军第15混成旅改为省军，编为陕西陆军第3、第4混成团。
民国十年夏，中央（北洋）陆军第7师（吴新田）、第20师（阎相文）、第16混成旅（冯玉祥）入陕，击走皖系之陕西督军陈树藩；旋将陕西陆军第3混成团改为第3混成旅，第4混成团改为第4混成旅；八月，中央陆军第16混成旅扩编为中央陆军第11师（冯玉祥）；陕西靖国军总指挥通电取消靖国军名义，设潼关镇守使。十月，将前陕西靖国军第4路改编为暂编陕西陆军第1师（胡景翼）；又编成暂编陕西第1混成旅、第2混成旅。十一年四月，编组援直陕军（冯玉祥），陆军第11师、第4混成旅、暂编陕西陆军第1师暨暂编陕西陆军第1、第1混成旅出关援直（直奉第一次战争）；五月，广州孙大总统令，编制西北讨贼军第1路（于右任），第2路（陈树藩），讨伐陕西北洋军。六月，裁撤潼关镇守使。同年，暂编陕西陆军第1师增编混成第1旅、混成第2旅。十二年八月，陕西陆军第3混成旅改为中央（北洋）军，为中央陆军第22混成旅；十二月，改镇嵩军第2师为陕西陆军第2师（张治公），镇嵩军第1师改为中央（北洋）陆军第35师。
民国十三年一月，以柴云升部编成镇嵩军第1师；三月，将驻豫之陕西军第1独立旅改为中央（北洋）军陆军第26混成旅；九月，第二次直奉战争，陕西暂编陆军第1师（胡景翼）、第2师（张治公）助直，编为援军第2路、第七路；十月，暂编陕西陆军第1师胡景翼参加冯玉祥叛吴，改称国民军第2军（胡景翼）；冬，国民军第2军南下入豫。同年，镇嵩军各路扩编为陕西第1、第2、第3、第4、第6、第7、第8混成旅。另将陕西地方武力编成陕西路陆军第3师（田玉洁），第4、第5混成旅。
民国十四年，镇嵩军于河南被国民军第2军击溃；夏，国民军第3军（孙岳）入陕，计暂编陆军第4师（何遂），暂编陆军第1、第2、第3混成旅，补充第1旅，旋将暂编陆军第1混成旅扩编为国民军第3军第4师（徐永昌），将陕北国民军杨虎城部编为第3师；此外，陕西地方武力编成国民第2军第3师（田玉洁）、第10师（李云龙），第2、第5、第7、第11、第12、第13、第14、第15、第16、第17混成旅，另有陕西骑兵旅、独立混成旅等，又陆军第7师（吴新田）仍驻汉中；冬，国民第3军各师旅离陕，仅第3师留陕。
民国十五年春，驻豫之国民军第2军于豫西溃败，讨贼联军陕甘军（刘镇华）入陕，驻陕之国民军第2军第10师（李云龙）、第12混成旅、国民军第3军第3师（杨虎城）坚守西安，国民军第2军第3师（田玉洁）守三原；五月，陕西将领决议，取消国民军第2军、第3军名义，所有各部队一律改编为陕西陆军，编成陕西陆军第1师（李云龙）、第2师（田玉洁）、第3师（杨虎城）、第4师（卫定一）；九月，冯玉祥之国民联军总司令于绥远五原誓师，派军援陕，十一月，解西安之围；嗣将陕军各部编入国民军联军，第一师编为国民军联军第8路（李云龙），陕北镇守使部编为第9路（井岳秀），陕军第3师编为第10路（杨虎城），陕军第2师编为第11路（田玉洁），陕军第4师编为第12路（卫定一），另编成陕西第1混成旅、第2混成旅。
民国十六年一月，编成驻陕总司令部警卫军第1旅、第2旅、第3旅；三月，将陕南护军使张耀枢所部改编为国民军联军第16路。四月，冯玉祥组国民革命军第二集团军，陕西部队多被冯军编并：第二方面军石敬亭，辖第1军井岳秀（驻榆林陕军），第2军田玉洁（驻泾阳陕军），第3军吴新田（驻南属北洋军），独立第1师吴耿庄（驻朝邑地方军），独立第2师甄寿山（驻两金屯地方军），独立第3师冯子明（驻蒲城地方军）。第10军杨虎城，辖3师，第2师孙蔚如，第54师冯钦哉，第55师姬汇伯。此外，第五方面军之第7军李云龙，第5军邓宝珊，亦皆属陕军。
北伐成功，民国十八年三月，编遣第21师杨虎城，暂编第18师井岳秀，暂编第2混成旅甄士仁。八月，冯军异动，杨虎城投降中央，改称新编第14师。西阻冯军，南击唐生智部。十九年三月，杨部扩编为第17路军，辖第17师（初杨虎城）孙蔚如、第42师冯钦哉、第56师马青苑。中原大战后，杨虎城任陕西省政府主席；乃掌握第17路军（后称第27路军）惟第58路改为陕西警备旅，由中央控制。
剿共期间，杨虎城任西安绥靖公署主任，第27路军扩编为二个军，第7军（即第27路）冯钦哉，第38军孙蔚如，另一陕军邓宝珊为新编第1军。
民国二十二年五月，邵力子接陕西省政府主席，同年建全省保安司令部，邵兼司令。民国二十四年夏，张学良率东北军移驻陕西，二十五年五月，陕西设7个行政督察专员公署，兼保安司令部，重新建立地方团队。十二月“西安事变”，旋和平解决，二十六年一月，中央军万耀、樊崧甫，毛炳文，曾万钟，胡宗南、关麟征等军师大量进驻陕西，陕军将领孙蔚如任陕西省政府主席。陕军分由孙蔚如、冯钦哉统领。
七七抗战，初设西安行营，蒋鼎文任主任。陕军参加抗战者：第17军高桂滋（原冯钦哉第17路军与第7军），第38军（初孙蔚如、后赵寿山），第96军李兴中（陕西部队新编成军），新编第1军邓宝珊。同时，孙蔚如第38军，一度升为第31军团，辖第38军孙蔚如（兼），第96军李兴中，冯钦哉第27路军升第14军团，辖第20路军；邓宝珊新编第1军升第21军团，辖新1军、挺进军（马占山，东北军）。
民国二十八年二月，孙蔚如升第四集团总司令，乃辖第38军、第96军。民国三十四年初，孙蔚如升第六战区司令长官，陕军全部交出而中央化。
抗战胜利后，祝绍周任陕西省政府主席，受西安绥署主任胡宗南节制。行政督察专员公署兼保安司令部增为10区，时有保安团10个，其驻地如后：
保1团，黄一中，南郑（第6区），官兵1555人；
保2团，姜大功，宝鸡（第9区），官兵1704人；
保3团，朱辅元，商县（第4区），官兵1165人；
保4团，廖若虚，淳化，官兵1471人；
保5团，张毅斌，大荔（第8区），官兵1490人；
保6团，张芸，桐邑（第1区），官兵1461人；
保7团，徐时澄，咸阳，官兵1518人；
保8团，左辅，安康（第5区），官兵1492人；
保9团，张志亚，横山，官兵1547人；
保10团，张惠风，淳化（第10区），官兵1442人。
两个指挥部：第三指挥区指挥部，指挥官曾振亚；陕北保安指挥部，指挥官胡景通。另一个保安独立大队，一个通信中队。长武保安后备大队，县保安后备第1、第2大队，洛川保安后备第1、第2、第3大队，同官保安后备大队，黄陵保安后备大队，宜君保安后备大队，宜川保安后备第1、第2大队，黄龙保安后备大队。
民国三十六年二月，奉令将10个保安团缩编为8个保安团（第1～8），3个保安独立大队，1个特务队，1个通信队，1个军官队。七月，为恢复陕西共区，准临时成立保安第11团、第12团、第13团、第14团，一年后即裁撤。
国共战争期间，胡宗南统率数十万大军在陕，未见战阵，向四川撤退中而溃败，可见其平常治军功力与将才。
二、甘肃省
民国元年，甘肃除设都督外，维持清制，有甘肃提督，宁夏将军，河州、肃州、宁夏、凉州、秦州、西宁等镇总兵。军队有振武军（陆洪涛），忠武军（周务学），昭武军（马福祥），壮凯军（张志行），建威军（吴炳鑫），骁锐军（崔正午），精锐军（马安良）等部。
民国二年二月，改河州镇总兵为陇东护军使（张志行，汉军），九月裁宁夏将军、宁夏镇宁使；设宁夏护军使（马福祥，回军）。同年裁甘肃提督。而保存肃州镇总兵（柴洪山，汉军），凉州镇总兵（陆洪涛，汉军），秦州镇总兵（马国仁，回军），西宁镇总兵（马骐，回军）。
民国三年，张广建率军入甘，三月任甘肃都督，六月改制甘肃将军。
民国三年春，马福祥昭武军有步兵2700余人，骑兵600余人，改编马步兵六营，骑兵一团，炮兵一营。夏骁锐军因剿白朗不利，统领崔正午革职，部队勒令解散。改陇东护军使陇东镇守使。四年九月，张广建令各县成立警备队。大县160名。十月，西宁镇总兵改设甘边宁海镇守使（马麒），同时张广建设新建军，分左右二军，每军分三路六营，官兵317名。五年甘肃省有新建军13营，巡防营27营，卫队2营，宪兵1营。新建左军统领吴攀桂率六营驻兰州东郊，新建右军统领吴桐仁七营驻临洮。七月，改各省将军为督军。同年裁肃州，凉州，秦州等镇总兵。
民国七年十月，设甘州护军使，阴平镇守使。八年二月，改甘州护军使为甘州镇守使。同时，新建左军亦增至七营，陇东巡防（陆洪涛）28营，甘边宁海巡防（马麒）13营，宁夏昭武（马福祥）16营，甘州巡防三营一哨，肃州巡防五营，秦州巡防五营一哨，河州巡防二营一哨，西军巡防八营，省垣巡防二营一哨，亲军五营二连，威武军一营。
民国九年三月裁阴平镇守使，设陇南、河州、肃州镇守使。十二月，陆洪涛护理甘肃督军，十年六月实授。十年七月改宁夏护军使为镇守使。十三年三月，陆洪涛改省防第2、第3路为甘肃陆军第1师，自兼师长，辖第1旅李长清，第2旅黄得贵。均驻兰州。十四年九月，李长清旅击溃黄得贵旅，并夺得师长陆洪涛印信，自任师长，陆走天津。十月冯玉祥的民国军第2师（刘郁芬）入甘。十一月刘郁芬诱杀李长清，改编李师为第1、第2混成旅（魏鸿发，郭学安），并建第3、第4混成旅。稍后编骑兵第七、第八、第九旅。冯军完全控制甘肃。
民国十五年四月，吴佩孚以13省讨贼联军总司令，檄甘肃地方军孔繁锦（陇南镇守使），张兆钾（陇东镇守使），宋有才（甘肃第3混成旅），黄得贵（原第2混成旅）等及冯玉祥，旋孔等作战失败，冯玉作军以第2师之一部与第2混成旅编为西北陆军第12师（蒋鸿遇），并开赴绥远。九月冯军又以第2师一旅扩为第13师（张维玺）。九月，冯玉祥在五原成立民国联军，刘郁芬国民联军驻甘总司令。宁夏镇守使所部改编为国民联军第22师（马鸿宾）。
民国十六年春，甘肃编成国民军联军暂编第1、第2混成旅。五月，国民军联军改称国民革命军第2集团军；驻甘总司令部旋改为第2集团军第7方面军总指挥部，辖2军：第11军佟麟阁（三师），第13军张维玺（三师）。七月，编成第2集团军第25师（戴靖宇）、第17师（赵席聘）；九月，编成第26师（马麒，回军）、第27师（马廷，回军），第2混成旅、骑兵第20旅。
民国十七年八月，初次编遣，第27师张维玺（原第13军），第30师佟麟阁（后吉鸿昌，原第11军）。四月马仲英（回军）聚众万人，在临夏起兵反冯，自称“黑户吸冯军”。八月，冯军孙连仲部入甘。十八年三月，继续编遣，暂编第17师马鸿逵（宁夏回军，随孙元良在山东），暂编第22师马鸿宾，（宁夏回军，每驻宁夏），暂编第23师马麒（青海回军，原甘边宁海—西宁镇守使），暂编第四混成旅马麟，（马麒弟，甘肃回军，原甘州镇守使），暂编第五混成旅裴建华（甘肃汉军，原河州镇守使）。十月冯玉祥任孙连仲为甘肃省政府主席。
民国十九年三月，孙连仲编马麟部为甘肃陆军暂编第1师，兼甘肃全省保安司令，进驻兰州。五月中原大战开始，冯军离甘东调，十一月阎冯失败。部分甘军编为新编第14师鲁大昌。
民国二十年八月，南京政府任马鸿宾代甘肃省政府主席，雷中田（原新编第8师师长），扣马鸿宾，自任全省保安司令。十一月第17师孙蔚如（陆军）入甘，率新13师陈璋同行。与雷中田部冲突。雷逃亡四川。二十一年二月，孙蔚如诱杀陈璋于兰州。将其部队缴械。四月，邵力子任省政府主席，六月邓宝珊任西安绥署驻甘行署主任。二十二年五月，朱绍良任省政府主席，十二月朱绍良任驻甘绥靖公署主任。邓宝珊任新1军军长。
民国二十四年十一月，于学忠任省政府主席，二十五年四月，全省分设7个（第1～7）行政督察专员公署兼保安司令部，抗战专保公署增至9个（第1～9）。同年十二月“西安事变”，旋和平解决，于学忠部队（东北军）他调，是年改编鲁大昌新编第14师为陆军第165师。
民国二十六年四月，朱绍良复任省政府主席。“七七事变”后，十月建第8战区，司令长官部设兰州，蒋中正兼司令长官，朱绍良副之，辖甘、青、宁、绥、新等5省军队。以绥东为双方作战地区。
民国二十七年八月，扩编鲁大昌第165师（原甘军）为新编第5军，九月改新编第2军（辖165师）。
抗战期间，甘肃新增部队—甘肃东路交通司令马锡五，骑兵团（袁四昌）。
抗战胜利，甘肃实有保安团7个，保安独立大队1个，后奉命改编为保安总队6个，其中步兵总队4个，骑兵总队2个，另保安独立大队1个。
三、青海省
青海省原为甘肃西宁道——西宁、乐都、大通、巴燕戎（化隆）、循化、贵德、泾源等7县，及青海（西藏）办事长官所属地区合并，于民国十七年八月建青海省。九月指定孙连仲（正在甘肃率军与马仲英、马廷、马廷贤等回军作战）为省政府主席。稍后孙率所部第31师入青。时青海驻有暂编第23师马麒（青海回军，马步芳之父），后改称第26师，暂编第4混成旅马麟（青海回军，麒弟）。
民国十八年十月，冯玉祥军异动，孙连仲掌甘青省政府主席。将甘肃两省冯军与省军编为国民军第8路军，孙连仲总指挥，辖第9军孙连仲（兼）—第19师高树勋，第20师安树德，第21师施积枢（以上皆冯军），青海第4旅马步芳；第13军赵席聘—第39师刘兆祥，第30师李兆锟，骑兵第11旅崔全合（以上皆冯军），甘肃第4混成旅雷中田。十一月冯军（宋哲元指挥）失败，未影响甘青军队。
民国十九年五月，中原大战，孙连仲率甘青军东移，指定马麒代省政府主席，十一月冯军战败，所部被收编。时马叛冯投降中央，杀冯部雷振邦旅200余人，二十年一月，马麒奉命接任青海省政府主席。八月，麒病逝，马麟代省政府主席，二十二年三月真除，马步芳任陆军新编第九师师长，掌青海南部警备司令。马麒任新编骑兵第1师师长。二十三年，马步芳部扩编为陆军新编第2军，辖第100师（马步芳兼）。二十五年四月，马步芳任青海省保安处长，建青海省地方团队。同年五月，马麟出国，步芳代青海省政府主席。
抗战时期，青海属第8战区，二十六年十月新编第2军改编第82军（马步芳），辖军100师（马步芳兼），骑兵旅（马朴，后马继援），补充旅（马全义），及新建骑兵第2师（马禄）；同年九月，建立骑兵第5军（马步青，步芳弟），辖骑兵第5师（马步青兼），补充旅（王业祥）。
抗战期间，第82军扩充骑兵第1旅（马朴）、警备旅（刘平福），独立骑兵旅（马步銮）；骑兵第5军扩编步兵旅（马呈祥），暂编骑兵第1师（钱起禄）。民国三十二年九月，建第4集团军，总司令马步芳，副马步青。
抗战胜后，青海原有2个保安骑兵总队，1个保安步兵独立大队，总兵力3325人。增编5个步兵保安团，其兵力驻地如下：
青海保安第1团，柴得胜，1619人，驻柴达木；
青海保安第2团，马成骏，1619人，驻都兰县；
青海保安第3团，杨修戎，1619人，驻同德县；
青海保安第4团，钱有良，1619人，驻祁连县；
青海保安第5团，赵焕然，1619人，驻共和县。
原青海陆军，第40集团军撤销，第82军马继援（步芳子），改为整编第82师马继援，辖步兵第100旅（谭成祥）；步兵第190旅（马全义），骑兵第8旅（马步銮），后增整骑兵第1师（马呈祥），辖：骑兵第6旅（韩荣福），骑兵第7旅（韩有文）。国共战争青海陆军扩编：第82军马继援，辖第100师谭呈祥，第190师马振武，第248师马全义；第128军卢忠良，辖第356师马赛琳，第357师马英才；第129军马步銮，辖骑兵第14旅马成贤，骑兵第8旅马步銮（兼），骑兵第10旅马敦厚。
民国三十八年初，马步芳代理西北军政长官，旋真除。青海马家回军坚决反共，所有部队全部损失在西北战场。马步芳来台，后任“中华民国”驻沙特阿拉伯“大使”。
四、新疆省
民国元年五月，杨增新继袁大化任新疆省都督，省军制度乃维持清制，有喀什噶尔提督（杨德胜兼），巴里坤总兵（杨廷弼），伊犁镇总兵（杨缵绪），阿克苏总兵（查春华）。军队有新疆陆军第35混成旅（柴松林，原清新军扩编），驻迪化古城。十月成立塔城陆军混成团。原清朝绿营（各标）、防营（勇营）练军等，改编五路巡防：中路步队7营、马队6营，驻省城；前路步队6营、马队7营，驻喀什噶尔；左路步队5营、马队6营，驻阿克苏；右路步队7营、马队8营，驻伊犁；后路步队3营、马队4营，驻巴里坤。共计51营。
民国元年，伊犁与新疆分治，伊犁镇总兵杨缵绪，编有陆军步兵师，辖步兵一旅，骑兵一旅，炮兵一团。民国二年夏伊犁与新疆谈和，但未统一，广福出任伊犁镇边使（伊犁镇总兵所改），将陆军步兵师改为伊犁混成旅。是年新疆省军共计102营。
民国三年，裁撤巴里坤、阿克苏两镇总兵。同年，第35混成旅（杨松林），辖步兵1团，骑兵2团，炮兵2营。四年，新疆有陆军29营，喀什陆军2营，巡防营46营，标军五标，保安警卫各队20营，伊犁一团三营。六年裁撤喀什噶尔提督。七年新疆省军有20221人。八年军队降到12500人。
民国九年，新疆实有军队：新疆暂编第1混成旅柴松林（迪化附近），新疆暂编第2混成旅杨得胜（迪化附近）。伊犁步兵2团，骑炮兵各1团，卫队5营；巡防共25营，巡防新军7营，警卫队2营，喀什噶尔防军10营，阿尔泰防军3营，塔尔巴哈台防军2营。
民国十三年，新式陆军：（一）第35混成旅（柴松林）步兵骑兵各1团，工兵一营，约300人。（二）喀什混成团（杨得胜）约1000人。旧式军队：（一）中路（吐鲁蕃）巡防，步兵3营，马队5营，约1000余人。（二）喀什巡防，马步10营，约1000余人。（三）左路（阿克苏）巡防，马步10营，约1000余人。（四）右路（塔城）巡防，约700人。其他新军巡防营改编4000余人。定边军1800余人，镇东军800人，镇边军步马37营5000人，阿山驻兵400人。连同其他各地方部队，总计新军4000人，旧军2万人。
民国十四年，重编新疆陆军：（一）陆军第1师柴松林（一旅二团）。（二）哈密陆军旅刘希曾（两团）。（三）喀什陆军路（三团），伊犁陆军旅（三团）。
其他地方部队：
（一）汉回、维族兵。迪化步骑1500人；喀什步骑1500人；阿山步骑1000人，镇西、羌、塔城、阜康、乌鲁木河各驻数百人。
（二）蒙古骑兵。焉耆2000余人，乌苏数百人，北塔山数百人。
（三）哈萨克骑兵。阿山驻有哈萨克骑兵6营，3营由爱林郡王指挥，另3营由哈萨克镇国公指挥。
（四）巡防营。塔城步骑各1营；精河、乌苏、呼图壁、达坂城、哈密、沁城、焉耆、蒲犁、于阗，各驻骑兵1营；库车驻骑兵2营；绥来、昌吉、吐鲁番，阿克苏、巴楚、英吉沙尔、莎车、和阗，各驻步兵1营；乌什驻步兵1营，骑兵1连；伽师、皮山，各驻骑兵1连。
民国十七年六月，杨增新通电易帜，拥护国民政府，自任省政府主席，兼新疆全省总司令。七月杨增新被军事厅长樊耀南所刺杀，参与预谋行刺的民政厅长金树仁将樊等缉捕，处以极刑，自任新疆省政府主席，兼全省总司令。十月，中央任命金树仁为新疆省政府主席。民国二十年六月，设新疆边防督办公署，金任督办。其军队实况：
迪化及附近区部队，由新疆省政府军务厅长金树信（树仁五弟）所控制指挥：（一）陆军旅长杜长溶（治国），辖兵10连，兵力约1300人（后在哈密作战，全军覆灭）。（二）盛世才所统东征部队，分第1、第2、第3路，任富全、张毓秀、杨正中分任指挥，兵力约4500人。（三）金树仁卫队二团，约1000余人。（四）东北救国军（东北义勇军）两旅，旅长郑润成、应□□，共约2000余人。（五）规化军（白俄），骑兵三团，约2000余人。（六）魏镇国部（兵力不详）。
各地驻兵：（一）哈密驻兵1师，师长刘希曾（兵力不详）。（二）阿克苏驻兵1师，师长朱瑞墀，辖熊发有旅，一师一旅兵力2000余人。（三）塔城驻兵1师，师长黎海如，兵力不详。（四）伊犁驻兵一师，师长张元培，兵力较强，约4000余人。（五）喀什（原喀什噶尔）驻兵1师，师长金树智（树仁四弟），因回乱自杀，马绍武（回将）继任。（六）吐鲁番驻兵1旅，旅长马福明。
新疆另一反金树仁部队，马仲英（回），马后接受中央政府委任陆军新编第36师师长，兵力3500人。
新疆省军，不论称师或称旅，但皆非正规陆军编制，多者是5000人，少者千余人，且相互争伐。
民国二十二年四月，新疆政变，金树仁逃，盛世才自任新疆边防督办，六月，迪化二次政变，盛世才杀省秘书长陶明越等数人。七月，盛马（仲英）战于迪化南山紫泥泉。马（中央委任为新疆第36师师长）约7000人，盛部分6路：第1路郑润成，步兵1400余人；第2路柴秀龄，官兵900人；第3路巴平古特，步兵1000人；第4路刘万奎，官兵500余人；第5路张毓秀，官兵750人；第6路哈玉良，官兵700余人。南山守军吉林自卫军刘振邦，官兵数百人，另炮兵、机关枪兵、奋勇队、装甲车队千余人。总计7000余人。
此战盛胜马败。马盘据东疆。
当时新疆其他部队分配：
（一）哈密讨逆军总司令白锡尔，兵力不详。
（二）吐鲁番、古城前防司令和加尼牙孜，兵力不详。
（三）驻迪化芨芨槽，骑兵第1师师长铁占魁，兵力不详。
（四）驻鄯善，骑兵第2师师长义思坎旦尔，兵力不详。
（五）驻焉耆骑兵第3师师长贾甫思，兵力不详。
（六）驻喀什骑兵（缠回）第4师师长铁木尔，兵力不详（八月被行政长官马绍武所杀，部队改编）。
（七）阿克苏行政长官徐益珊，兵力不详。
八月，中央特任盛世才为新疆边防督办，张培元为伊犁屯垦使兼新8师师长。九月，盛世才委马仲英为新疆东路警备司令。十月中央派张培元为新疆军务帮办。十一月，南疆缠回在喀什噶尔组“东土耳其斯坦共和国”，推和加尼牙孜为总统，主要力量为喀什警备司令麻木提的部队。十二月，盛派兵向伊犁进逼，张培元应战遭狙击杀，盛派西路警备司令刘斌代伊犁警备司令。
民国二十三年三月，盛对南疆缠回及马仲英等用兵，借苏联红军，以“阿尔泰归化军”（指挥赵尔泰）名义入新疆（实际上为苏联军两个旅，由库朱齐将军指挥，负责清除公路并肃清叛军），配合盛军先后占领达坂城、托克逊、吐鲁番、鄯善、焉耆。六月，盛军进入阿克苏。
盛世才统治新疆兵力，骑兵4个团，4个保安团，4个补充团，1个边防师，1个炮兵团，1个特务团，共计约2万人。以此力量控制新疆。并戡平反抗势力麻木提（喀什警备司令）、马虎山（留在和阗的马仲英残余部队——第36师）和加尼牙孜（所谓“东土耳其斯坦共和国”）等部。又将哈密的尧乐博士驱逐。
七七事变，新疆划入第8战区，新疆乃是盛世才控制。同时，苏联第8团驻哈密，哈密、乌苏、伊宁等地驻有苏联空军。防马步芳军队西进。
民国三十一年九月，盛世才通知苏联驻迪化总领事，要求撤退在新疆苏联人员。同月，中共在新疆的陈潭秋、毛泽民、林基路等被盛所捕杀。盛改为反苏反共路线。
民国三十二年四月，国军（中央军）一连运迪化，六月，徐汝诚旅（属191师）2个团——夏禹卿、马平林——车运入新疆。随后新编第45师谢义锋（以交通警察总队名义）率3个团（郏国迭、田子梅、胡文思）入新疆。十一月，哈密苏联红军撤走。
民国三十三年初，在酒泉建立第29集团军，总司令李铁军（胡宗南部队），辖第42军杨德亮——第191师陈希平，预备第7师李禹祥，新编第41师叶静亚；新编第2军李铁军（兼）——新45师谢义锋，新46师徐汝诚。骑5军马呈祥——骑兵第5师马成贤，暂编骑兵第1师韩有文。部队相继入新。徐汝诚师驻奇台、乌伦古河、木垒河、孚远县；谢义锋师驻哈密、伊吾、吐鲁番；李禹祥师驻迪化西老满城、焉耆、羌，统归第8战区副司令长官盛世才指挥。
同年八月，新疆军政机构改组，新疆边防督办公署裁撤，盛世才内调农林部长，吴忠信任新疆省新主席，未到任前由朱绍良兼代。
抗战胜利，新疆保安部队有：伊犁、喀什、哈密3个保安骑兵大队；阿克苏、塔城、和阗、焉耆、莎车5个保安骑兵中队。后以伊犁、塔城匪乱，两地保安部队均不存在，并于三十六年初，先后成立迪化、奇台两个保安骑兵大队，将和阗保安骑兵中队扩编为骑兵大队。另新疆全省保安司令部特务大队，通讯中队，共6个大队、4个中队。
民国四十五年三月，张治中兼新疆省政府主席。陶峙岳任新疆省警备总司令。辖第42军杨德亮，新2军（旋改第78军）叶成，骑5军马呈祥。十一月，朱希濂接任新疆省警备总司令，从陕甘两省补充新疆新兵1.5万人。
民国三十六年，新疆建10个行政督察专员公署兼保安司令部，保安部队扩建如后：
特务团（独立步兵团编制），战车队，驻迪化全省保安司令部。
第1区，迪化，驻骑兵保安第1团（按师属骑团编制）。
第2区，伊犁，驻骑兵保安第4团（与第1团同），骑兵保安大队。
第3区，喀什，驻骑兵保安大队。
第4区，阿克苏，驻骑兵保安中队。
第5区，塔城，驻骑兵保安中队。
第6区，焉耆，驻骑兵保安中队。
第7区，和阗，驻骑兵保安中队。
第8区，阿山，驻骑兵保安大队，蒙古保安队，金大保安队。
第9区，哈密，驻骑兵保安大队。
第10区，莎车，驻骑兵保安中队。
后再允许成立4个边卡大队。
同年六月，发生北塔山事件。七月鄯善、金胜口、库米尔等地反抗势力袭击国军。旋被国军平定。
民国四十七年八月，陶峙岳再任新疆省警备总司令，四十八年九月，陶投降中共。