一、受降与收复海疆
民国三十四年八月十四日，日本宣告无条件投降，中华民国军民历经八年的艰苦抗战，终于赢得最终的胜利。九月九日，中华战区受降典礼在南京举行，陆军总司令何应钦代表盟军中国战区最高统帅蒋委员长率同陆海空三军将领，接受日本派遣军总司令冈村宁次的投降，海军总司令陈绍宽代表海军参加。随后，海军总司令部即奉命办理接收日伪海军事宜；接受地区及项目包括日本驻华舰队及越南北纬十六度以北地区（香港除外）暨台湾澎湖列岛，日本舰队之舰船、兵器、器材、一切基地设备及基地守备队、陆战队暨一切附属设备等，以及京沪长江区域内之汪伪海军，并以海军总司令部参谋长曾以鼎负责统一办理。十三日，海军总司令部由重庆迁至上海，各地区接收日本海军工作正式展开，至三十四年十月下旬，接收工作全部完毕。共接收日本海军战俘39729人（不含在海南岛向中国陆军投降的日本海军人员），收缴舰艇船舶1200余艘，仓库和冷藏库202座，各种车辆2646辆，及扫雷、电信、卫生器材共78000余件，枪支、手榴弹、地雷等陆战武器25.6万余支（枚），鱼雷、水雷和深水炸弹等水中武器5200余枚。而在接收日本海军的同时，对汪伪海军也展开了接收，包括其各级机构及所辖舰艇、基地、学校等。
台湾自清光绪二十一年（1895）甲午战败后，被日本占领了50年，至抗战胜利，中国恢复了在台湾的主权。民国三十四年十月二十五日，中国战区台湾省受降典礼在台北举行，台湾正式回归祖国。海军总司令部设立台澎要港司令部，调派第二舰队司令李世甲为司令，并主持接收台澎地区日本海军工作。接收工作自十一月一日起至十二月十一日结束，共接收日本海军战俘19000余人，舰艇20余艘，都是100吨以下的小舰艇，另有震洋艇（自杀艇）250余艘，均已损坏。
此外，散布在南海上的南海诸岛自古即为中国领土，因位置不同分为东沙、西沙、中沙、南沙四个群岛，因日军占领海南岛后，相继侵占了西沙、南沙群岛，并将其改隶台湾高雄市管辖。日本投降后，海军首先接收了东沙群岛，是年十二月，台湾省气象局亦曾派员至西沙群岛进行接收。三十五年八月，国民政府行政院决定将南沙诸岛改隶广东省，命海军总司令部协助广东省政府接收，并由海军派兵舰进驻西沙、南沙群岛。十月，海军成立前进舰队，以林遵为进驻西、南沙群岛舰队指挥官，兼任前往进驻南沙工作，姚汝钰为副指挥官，兼任进驻西沙工作，分乘太平、永兴、中建、中业4舰前往，其中太平、中业2舰进驻南沙群岛的最大岛屿—长岛（后更名为太平岛），永兴、中建2舰进驻西沙群岛的最大岛屿—林岛（后更名为永兴岛）。接收工作于是年年底完成，进行接收时均举行接收仪式，并立碑纪念，派兵驻守。随后对东沙、西沙、中沙、南沙4个群岛及各个岛、礁、沙、滩的名称，重新命名。三十六年五月，海军总司令部奉令代管各群岛行政工作，分别在西沙和南沙群岛管理处，任命张君然为西沙群岛管理处主任、彭远生为南沙群岛管理处主任，同时在广州设黄埔巡防处，派姚汝钰为处长。进驻西沙、南沙群岛的舰队于六月初结束任务，留永兴舰在广州驻防，配合巡防处和西沙、南沙群岛的工作。三十七年三月，两管理处主任率领全部换防人员乘中海舰分赴永兴、太平两岛接任。
民国三十六年五月，甲午战争中为日本所掳获的清海军镇远、靖远两舰的锚链、弹丸、铁锚等物品分两批归还中国，一扫中国海军史上50余年的耻辱。
二、海军改制与政令统一
抗战胜利后，国民政府鉴于国家未来发展，亟宜依现代化国防体系之军事制度，重建现代之新海军，对海军的体制进行变革。先是于民国三十四年九月在军政部内设立海军处，由军政部长陈诚兼任处长、周宪章为副处长，下设办公室及人事、训练、军务、供应4组，掌理海军的行政、教育、训练、建造等事项。十二月，海军总司令部裁撤，其一切业务及所属舰艇机关学校厂坞等，由军政部海军处接收。海军处编制随之扩大，设办公室及军务、训练、修造、技术4司，总务、经理、海事、编纂、军医五处暨人事组。三十五年改组为海军署，由陈诚兼任署长、周宪章任副署长，下设军务、训练、技术、修造4司，总务、人事、海事、编纂4处，及机要室。并在上海成立舰队指挥部，由陈诚任指挥官，魏济民为参谋长，负责舰艇调遣。
民国三十五年六月，国民政府军事体制改组，撤销军事委员会，成立国防部，掌管军政、军令事项，以白崇禧为部长、陈诚为参谋总长，下设陆军、海军、空军及联合勤务4个总司令部。海军总司令初由陈诚兼任，九月，派桂永清为副总司令，代理总司令，三十七年八月升任总司令。
海军总司令部内设办公厅、第一、二、三、四、五署与总务、医务、军法、编纂、新闻5处。第一署掌理人事业务、第二署掌理情报海政、第三署掌理作战业务、第四署掌理舰政、第五署掌理财政经理。三十六年六月，总部改编，办公厅改为总司令办公室，由五署增为六署，并增设监察、副官两处。第一署辖四个科，分掌官佐士兵之任免、调遣、晋升、综核登记等业务；第二署辖3个处，分掌情报、海事与港务；第三署辖3个处，分掌通信、计划与作战；第四署辖4个处，分掌财政、特种补给、一般供应及预算；第五署辖3个处，分掌编组及教育训练；第六署初辖4处一组，旋将该署之电工处划出二个科与第三署划出之一科，并编为通信处，隶属于第三署，而为三处一组，分掌舰艇修缮、械弹筹补及厂坞整建与国防科学之研究。三十七年四月，重行调整编组，各署业务略作调整，成立统计室，第一署扩充为二处一科，第二、五、六署照旧，第三署改为二个处，掌理作战计划，第三署之通信处及第四署之预算、财务两处分别独立，新闻处改为政工处。三十八年八月，为因应情势发展，紧缩编制，除各署内部调整外，编纂处编并第五署，副官处、统计室均改为组，隶属总司令办公室，计设总司令办公室、第一、二、三、四、五、六署及政工、监察、军法、军医、总务五处。
海军总司令部为便利指挥，照经纬度平行线，或依特殊地理形势，将沿海划分区域设立基地，三十六年，海军总司令部分别以上海、青岛、左营、榆林为中心，设立第一、第二、第三、第四4个基地司令部，各下辖军务、港务、舰械、军需、总务五科及军法室，共6个单位。三十七年五月，各基地司令部改组为军区司令部，扩大编制，下辖第一、二、三、四、五组，副官、预算、财务、总务、政工、军法、监察7室，共12个单位。另在各基地司令部所辖区域以内依地理形势划分为若干分区，并于各区中选择战术要点之港湾设置海军巡防处。三十六年，先后就各基地司令部辖区及长江防区内，设立葫芦岛、大沽、定海、基隆、马公、厦门、黄埔、海口、南京、湖口、汉口等11个巡防处，分别担负属区沿海沿江各处的治安及支援舰艇活动的任务。
三、接收日舰与美、英赠舰及舰队重整
日本投降后，中国战区所接收日海军各型舰艇船舶1000余艘，但大多不堪使用。在主要舰艇中有军舰19艘（90～1100吨），仅有3艘可出海；驱逐舰7艘（每艘约100吨），6艘可用；鱼雷快艇6艘（15吨、25吨各3艘），均可用；小型潜艇3艘（50吨内），2艘可用；小炮艇200艘（8～25吨），大都不堪用；其他多系小艇帆船，且多损坏待修或不堪使用。至于日本本土的海军舰艇，战后盟国决定彻底解除日本陆海空军武装力量，对其海军，根据盟国协议，将日本残余军舰除拆卸、凿沉大型军舰及潜水艇外，剩余日舰在拆除武装后，以抽签方式配给中、美、英、苏四国，作为协助复员运输和巡视领海之用。经前后4次抽签，共处理131艘，中国得34艘、36000余吨，分四批接收：
第一批8艘，于三十六年七月三日抵达上海，其原名分别为“雪风”（2525吨，接收后命名丹阳）、“枫”（1580吨，衡阳）、“初梅”（1580吨，信阳）、“四阪”（1020吨，惠安）（以上为驱逐舰）；“海防十四号”（900吨）、“海防一九四号”（900吨，威海）、“海防六七号”（810吨，营口）、“海防二一五号”（810吨）（以上为护航驱逐舰）。
第二批8艘，于三十六年七月二十八日抵达上海，其原名分别为“鸢”（1580吨，华阳）、“杉”（1530吨，惠阳）、“对马”（1020吨，临安）（以上为驱逐舰）；“海防一一八号”（900吨）、“海防一九二号”（900吨，同安）、“海防一九八号”（900吨）、“海防八五号”（810吨，吉安）、“海防二〇五号”（810吨，新安）（以上为护航驱逐舰）。
第三批8艘，于三十六年八月二十八日抵青岛，其原名分别为“霄月”（3485吨，汾阳）（驱逐舰）、“隐歧”（1030吨，长白）、“屋代”（1020吨，雪峰）、“海防四〇号”（900吨，成安）、“海防一〇四号”（900吨，泰安）、“海防八一号”（810吨，黄安）、“海防一〇七号”（810吨，潮安）（以上为航海驱逐舰）；“轮十六号”（1800吨，武彝）（运输舰）。
第四批10艘，于三十六年十月一日抵青岛，其原名分别为“那米卡斯（Namikaze）”（1700吨）（驱逐舰）、“输一七二号”（1129吨，庐山）（输送舰）、“新那撒基（Shirasaki）”（950吨，武陵）（二等运输舰）、“塞舍（Siashu）”（795吨）、“古鲁食马（Kuroshima）”（430吨，永靖）（以上为布雷舰）；“四十九号”（440吨）、“九号”（309吨）（以上为驱逐舰）；“一四号”（325吨，扫201）、“一九号”（215吨，扫202）、“二二号”（215吨，扫203）（以上为辅助扫雷舰）。其中部分已破坏不堪军用，海军只留用28艘，并于三十七年五月命名后服役。
除了接收日舰外，中华民国海军在战后同时接受了美、英两国的赠舰。美国方面，首批赠舰系国民政府于民国三十三年初援用租借法案向美国要求借舰参战，经美方同意，国民政府遂指定军事委员会派员接收，于三十五年一月，接受护航驱逐舰2艘、扫雷舰4艘、驱潜舰2艘，共8艘，分别命名为太康、太平、永胜、永顺、永定、永宁、永泰、永兴。是年七月十六日，美国国会通过“第五一二号法案”，授权总统以出售、交换、租借、赠与或移让等方式，将美国海军多余的舰艇及浮坞给予中华民国政府。这项经过参、众两院通过的法案授权总统，给予中华民国的舰艇，总数不得超过271艘。1947年即民国三十六年十二月八日，中美两国代表在南京签订《中美海军协定》，完成了转让船舰的法律手续。是年，美国随着首批八艘赠舰的抵达中国，将伴送来华的修理母舰“吗咪Maumee”，一并留给中国，经重新命名为“峨嵋”。而在“五一二号法案”通过前后，一部分在远东服役的美国海军登陆舰艇，已以“中美联合”四个字为舰名之首，开始移交中华民国政府，由美国第七舰队及国民政府中央海军训练团在青岛会同办理。至三十七年底，接收的美国舰艇，计有战车登陆舰中海、中权、中鼎、中兴、中建、中业、中训、中基、中程、中练等10艘；中型登陆舰美珍、美乐、美颂、美益、美明、美盛等6艘；步兵登陆艇联珍、联璧、联光、联华、联胜、联利等6艘；坦克登陆艇合众、合群、合坚、合永、合城等5艘，共27艘。三十七年十二月，美国再移交4艘护航舰给中国，分别命名为太和、太仓、太湖、太昭。其余舰艇亦陆续转让，据统计先后接收了131艘舰艇，这些赠舰大多是已报废或快要报废、超龄、退役的舰船，但设备大都十分先进且尚堪使用，对提高中国海军的素质发挥了相当作用。
国民政府于民国三十三年向美国借舰参战的同时，亦向英国提出借舰的要求。经英国政府同意，中国海军先后于三十五年一月接收赠舰护航驱逐舰一艘，经重新命名为伏波号；三十六年接收海岸巡防快艇8艘；三十七年五月接收轻巡洋舰一艘，经重新命名为重庆号，租借护航驱逐舰一艘，经重新命名为灵甫号。统计共接收英国赠舰和炮艇11艘，但伏波号在加入中国海军服役后未久，不幸遭撞沉。
抗战胜利时，因海军舰艇在抗战期间大部分均已损失，所余者仅有10余艘，乃改编为第一、第二两个舰队，其编配情形如下：
第一舰队所属者有：江元、楚同、楚观、楚谦、威宁、义宁、定安、克安等8艘。
第二舰队所属者有：永绥、民权、美原、英德、英山、英豪、法库、湖隼等8艘。由于接收日舰及英、美两国赠舰，使海军实力有了相当大的进展，至民国三十七年，已有现役舰艇428艘，总吨位约为19万吨，编入战斗序列的有275艘，官兵总数约4万人。经整编为4个舰队：海防第一、第二舰队、江防舰队、运输舰队以及10个炮艇队。每一个舰队分为若干分队，平均配有三艘以上军舰。炮艇队主要担任各港湾、各浅水区和江道的巡逻，分隶于当地的海军最高行政机关。
海防第一舰队前身为海防舰队，于民国三十五年一月成立海防舰队部，以刘孝为舰队长。三十六年五月，改编为海防第一舰队司令部，辖太康、太平、永胜、永顺、永宁、永定、永泰、永翔、永靖、长治、逸仙、威宁、成安、固安、泰安等16艘。三十八年春扩编，辖舰增为28艘，有太和、太仓、太湖、太平、太康、太昭、永定、永宁、永胜、永顺、永嘉、永修、永明、永清、永昌、永寿、永川、永泰、永兴、宝应、洪泽、鄱阳、洞庭、宋平、甘棠、峨嵋、玉泉等。是年六月，修正编制，下辖属舰23艘。海防第一舰队历任司令为：李国堂、梁序昭、马纪壮、刘广凯。
海防第二舰队成立于民国三十六年四月，所属舰艇屡经调整，至三十八年底，计有太湖、太昭、信阳、永丰、永明、永仁、维源、泰安、成安、永翔、楚观、嘉陵、美益、美朋、美和、联胜、联华、九华、大华等19艘。海防第二舰队历任司令有刘孝、林遵、黎玉玺。
四、海军造船机构及后勤补给系统
抗战胜利后，海军造船机构陆续成立了江南、青岛、左营、榆林、马公、黄埔、大沽等造船所，及浦口、汉口、上海、湖口等地工厂。至民国三十八年，因国共战事逆转影响而相继撤销，在台湾成立第一（左营）、第二（马公）、第四（基隆）造船所，浙江定海成立海军第一工厂。另有海军修械所，隶属海军总司令部。各厂所整编情形如下：
海军第一造船所，原系日本海军在第二次大战时之左营修舰工程部，抗战胜利后，由中国海军接收，于三十五年七月复工，命名为海军左营机械修造厂，是年十二月，改称海军左营工厂，直隶海军总司令部。三十六年五月，扩大编制，改称海军左营造船所，并以马公造船厂为该所分厂。三十八年春，青岛、江南造船所先后撤退来台，所有该两所之机械设备，以及器材、物资与人员拨交该所，同时将部分接收日本赔偿机械，加以整理、修配、安装。是年七月，扩大组织，命名为海军第一造船所。
海军第二造船所，原系日本海军马公工作部，抗战胜利后，由中国海军接收，成立马公造船所。三十六年六月，与左营造船所合并，改编为左营造船所马公分厂。三十八年五月扩编，改称马公造船所；七月，以上海浦东分厂及大沽造船所之部分员工器材归并该所，改组为海军第二造船所。
海军第四造船所，系于民国三十八年八月，借用设于基隆之台湾省政府交通处所属台湾造船公司第一分厂部分厂地，并编江南、青岛两造船所撤退来台及第一分厂员工而成，九月一日局部开工，修理海军舰艇，同时核定编制，定名为海军第四造船所。十月，厦门造船所部分员工、器材拨编该所，编制员额扩增。
海军第一工厂，原系日本海军上海造船厂南京分厂，于三十四年九月由中国海军接收，三十五年六月改编成立海军浦口工厂。三十八年春，因中共军队迫近南京，该厂迁至浙江定海；五月，并入定海工厂；七月，改编为海军第一工厂。
海军修械所，前身为联勤总司令部军械保养团第二营，民国三十四年十一月成立于云南昆明。三十六年十二月，军械保养团团部撤销，该营直隶联勤总司令部。三十八年五月，该营拨隶海军总司令部，改番号为海军军械保养营；十二月，改编为海军修械所。
战后的海军后勤补给系统，系以各基地为主，建立补给总站，并于必要地区设置补给分站。民国三十六年三月，于上海、青岛分别成立第一、第二补给总站，四月于台湾左营成立第三总站，五月于南京成立第五总站，十二月于广州成立第四总站，另于定海、基隆、扬州、海口、厦门、马公、马尾、长山岛、宜昌、汉口等处设立分站，构成补给网。嗣因各总站各自分立，于物资调节供应，未能充分统筹运用，且自海军总司令部迁台后，第三补给总站因京沪、青岛等处物资之抢运集中，以及供应分配关系，事实上已成为一补给中心。为求统一海军供应事权，建立补给制度，以期确实配合舰艇作战，乃于三十八年七月，将第三补给总站扩编为海军供应总处，并直辖被服厂、油池所、运输大队、工程队、汽车修理所、煤机及5个甲级仓库。同时将各补给总、分站改组并为10个供应站，统归供应总处指挥。
此外，另有海道测量局于战后复员，负责海道测量工作。该局于局长、技术室主任下辖总务、测量、制图、推算、潮汐、海事等六课，并利用接收日伪机械创立印刷工厂，附设于制图课。三十五年九月，青天军舰拨归该局为测量舰，续拨崇宁、焦山、淮阴3炮艇改编为测量艇，并先后组成西沙测量队及第一测量队，旋将西沙测量队改编为测量艇，三十六年成立航测仪器检修组、海道测量训练班及青岛、大沽、基隆等验潮站，三十七年续设绿华山验潮站。三十七年冬，该局迁至澎湖之测天岛，所属航测仪器检修组、青天测量舰、第一、二舰测量队亦先后迁抵台湾。三十八年春，海道测量训练班结束；五月，崇宁测量艇因战事逆转，不及撤退，自沉于长江；淮阴测量艇改编为炮艇，青岛、大沽两验潮站先后失陷，绿华山验潮站亦于十月裁撤。
五、海军陆战队的兵力整建
抗战胜利后，部分海军陆战队兵力派往台湾和澎湖，负责两地区之接收防务，随后旋即改编为海军台澎专员公署各库队，至此旧有陆战队两旅兵力，乃告全部结束。其后为配合海军作战及各基地之警卫，决定重建海军陆战队。
民国三十六年九月，陆战大队在福建马尾成立，隶属海军总司令部，核定员额1200人，下辖步兵一、二、三中队及机枪、迫炮、勤务中队各一。三十七年八月，陆战大队扩编为陆战第一团，下辖步兵营及通信、炮兵、勤务连各一，总员额3500人，于三十八年一月编成，移驻舟山集训。原直隶海军总司令部，分驻上海、广州、南京、台湾、青岛、长山岛等海军基地的6个警卫营，亦逐次纳入编制。
三十七年十一月，陆战队第二团成立，以海军总司令部警卫营第三营之干部为基干，招募新兵编成，十二月移往长山岛集训；三十八年一月，陆战队第三团成立于上海，以海军警卫第一、二营干部为基础，招募新兵编成，五月开赴海南岛榆林港受训，八月移驻舟山群岛之长涂、泗礁集训，并担任该岛防务。
民国三十八年一月，海军陆战队司令部于上海成立，统辖陆战队各团，旋即裁编，并海军警卫第二、四两营及陆战队炮兵团（原陆军炮十三团）之一部，于是年三月改编为陆战队第一师，仍辖步兵三个团，另增设师直属部队。四月，陆战队第二师成立于上海，由海军警卫第一、三、五、六营，陆战队炮兵团之一部，江苏省保安团部分干部，青年军及江苏之流亡学生等编成。
三十八年冬，“政府”播迁台湾，陆战队各部亦先后抵台，经整编后，改师为旅，并成立陆战队司令部，统一指挥海军警卫及港口与外岛守备任务，以及从事两栖登陆作战训练，下辖第一、二两旅，每旅辖两团，另有直属连四、直属营二、两栖作战训练班一，总员额13776万员。其改编情形系以陆战队第一师师部及直属队，改编为陆战队司令部及其直属部队；以原第一师第一、二、三团并编为第一旅第一、二团，原第二团团部及直属部队改编为第一旅旅部及直属部队；以原第二师第五、六团，改编为第二旅第三、四团，原第二师师部及直属部队改编为第二旅旅部及直属部队；原陆战队第二师第四团拨出，改编为警卫团，直隶总部，于十二月编成。