清初为缓和阶级矛盾，实行奖励垦荒、减免捐税的政策，内地和边疆的社会经济都有所发展。至十八世纪中叶，封建经济发展到一个新的高峰，史称“康乾盛世”。于是中央集权专制体制更加严密，国力强大，秩序稳定，清朝的国家机器逐渐完善起来，建立起强化皇权的统治机制。
中央行政机构
入关之前，皇太极已仿照明制，设内三院和六部。顺治元年(1644年)五月，摄政王多尔衮携幼主进京登极，各方面基本上是照搬明朝的制度。中央机构是三院八衙门。三院就是内国史院、内秘书院、内弘文院，八衙门指吏、户、礼、兵、刑、工六部和都察院、理藩院。其中，理藩院主要负责管理边疆少数民族地区事务，这在中国政治制度史上亦属首创。清朝的最高行政机构直接对皇帝负责，由皇帝直接指挥，中央行政机构无权向地方直接发布政令，只能奏请皇帝颁发诏谕，皇帝直接掌握着最高行政权。
顺治十五年将内三院改为内阁。又经康熙、雍正、乾隆三朝，内阁官员建制基本固定。内阁设官有大学士、学士、侍读学士、侍读、典籍、中书、中书舍人等。大学士都冠以殿阁之名，如中和殿大学士、保和殿大学士、文华殿大学士等，常设满、汉各二人，正一品。内阁大学士权力很大，相当于宰相，被称为“宰辅”，有进呈奏章和代拟批旨之权，即“票拟”。
吏、户、礼、兵、刑、工六部，分掌国家的官吏、财政、教育、军事、司法、建筑等事务。六部最高长官是尚书，从一品；副职为侍郎，正二品，均满、汉各一人。因为清朝不设宰相，六部直接接受皇帝的控制，直接对皇帝负责。
吏部班列六部之首，是主管全国文职官员任命考核的机构。主要负责制定中央及地方各衙门文职官员的编制，铨选官员，依照有关规制铨叙品秩勋阶，稽考功绩过失，议定黜陟赏罚，办理调动等事务。下设文选、考功、稽勋、验封四个清吏司。文选清吏司，负责文职官员的品级之升降、补调及平均铨法。考功清吏司，负责文职官员的考核工作。稽勋清吏司，负责文职官员守制，丧养兼稽京官廪禄等事务。验封清吏司，负责文职官员的荫叙、封赠、袭职、优恤等事务。
1-1清朝前期中央机构
户部是掌管全国疆土、田地、户籍、税赋、俸饷、财务的机构。天下钱粮，统归户部，国家各种开支，俱由户部支配。清朝疆土分为二十七个省区，各省户数和人数每年报部一次。全国各种名份的田地顷亩丈量之数都要报部注册，各种赋税也要定期报部缴纳，经费要按定制报销。户部所掌政务分别由下设的十四个清吏司和井田科、八旗俸饷处、现审处、饭银处、捐纳房、内仓等具体部门分别管理。清朝户部沿袭明朝定制，以地区划分清吏司，这十四个清吏司是江南(江苏、安徽)、江西、浙江，福建(兼直隶)、湖广(湖北、湖南)、山东(兼管奉天、吉林、黑龙江)，山西、河南、陕西(兼甘肃、新疆)、四川、广东、广西、云南、贵州。他们各掌其所划分省区的民赋，并兼管一些全国性的事务。
礼部是管理国家典礼及学校、科举等事务的机构。典礼分为吉、嘉、军、宾、凶五礼。吉礼指祭天地、神祗、太庙、陵寝、历代帝王、先圣先贤、忠列名臣等；嘉礼指登极、传位、亲政、婚嫁、庆寿、册封、颁诏、筵宴等庆典；军礼指“大阅”、亲征、命将、纳降、凯旋等；宾礼指朝贡、敕封，宗室外藩王公相见等；凶礼指帝后、妃嫔、皇子、亲王等丧葬礼仪。
除掌管五礼外，礼部还负责奏办预选乡试、会试、殿试考官及预定录取名额等事务，下设仪制、祠祭、主客、精膳四个清吏司，还有铸印司、会同四译馆等。仪制清吏司，负责嘉礼、军礼和学校科举事务；祠祭清吏司，负责吉礼、凶礼；主客清吏司，负责宾礼和接待属国藩使等；精膳清吏司，负责典礼宴飨及祭祀供品等。铸印局负责铸造皇帝的宝印和内外臣司的所有书印。会同四译馆负责接待外国和藩属国贡使，翻译外国或国内少数民族的文字。
兵部是管理全国军事及武职官考核任免的机构。下设武选、职方、车驾、武库四个清吏司。武选清吏司，负责武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠，并掌管军队营制和管理土司；职方清吏司，负责武职官员的叙功、核过、黜陟、赏罚、抚恤，以及军旅之简阅、考察等，并掌管关禁与海禁；车驾清吏司，负责全国的马政及邮传事务。武库清吏司，掌管全国的兵籍及军器，还负责武科举有关事务。此外，兵部还设有会同馆和捷报处，前者管理京师驿传事务；后者负责收受各省递送的奏折，以及发送军机处寄发的谕旨或御批奏折。
刑部是掌管全国法律、刑罚的司法机构。除负责授理全国刑事案件和主管刑罚、监狱外，与大理寺、都察院组成三法司，共同负责审核全国的死刑案件及重大要案的判决（有关详细内容见清朝的司法制度)，负责审定各种法律。刑部下设十七分省清吏司，还有督捕清吏司(负责督捕旗人逃亡诸事)、秋审处(负责核察办理秋审和朝审之案）、减等处(负责汇核与办理各省及现审案件的恩赦事务)、脏罚库(负责收管现审案内脏款脏物)、赎罪处(负责纳银赎罪事务)、提牢厅(管理狱卒，稽查南北所监狱收禁的各省犯人)、律例馆(纂修法律条例，稽核律例)等机构。十七分省清吏司是直隶、奉天、江苏、安徽、江西、福建、浙江，湖广(湖南、湖北)、河南，山东、山西、陕西、四川、广东、广西、云南、贵州。各司分掌其分省刑名案件，有的司兼管一些其他事务。各省刑名案件的题咨到刑部后，各司复核原审，具稿呈堂，以定准驳。由于刑部之权的运用极为重要和关键，所以，刑部用人是最谨慎的。
工部是管理全国各种工程事务的机构。凡土木、水利、制作等工程的筹划、施工、管理、经费都由工部负责。下设营缮、虞衡、都水、屯田四个清吏司，以及节慎库(负责工程经费的收支)、料估所(负责各项工程所用工料的预算与核算)。营缮清吏司负责各项营缮工程，包括盛京和各省的祠庙、宫殿、衙署、城垣、仓库、营房等工程的估修和核销，并负责征收“工关”木税和苇税。虞衡清吏司负责制造和收发各种官用器物，核销各地军火、军装等物品开支，还掌管全国度量衡。都水清吏司负责河道、沟渠、水利、道路、桥梁等修防工程及造船事务。屯田清吏司主要掌管陵寝工程，其名称系沿明制而职掌不同，因此，名实不符。
都察院掌监察，负责整肃纲纪，纠劾百官、控制言论，充当皇帝的耳目。因它也参与处理重大刑事案件，故与刑部、大理寺合称“三法司”。
理藩院原名为蒙古衙门，崇德三年改为理藩院，主要掌管内外蒙古及青海、新疆、西藏等地区少数民族事务。主要管理有关政令、朝贡、封爵、刑罚等，还掌管部分外交事务。关于外交事务，与礼部的分工是东南海路来的礼部负责，西北方陆路来的由理藩院负责，与俄国外事往来和交涉归理藩院办理。下设旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑六个清吏司。理藩院的设置，说明了清朝对边疆地区少数民族事务的重视，而且有利于加强和巩固多民族国家的统一。
八衙门之外，中央机构还有一些单位或部门。大理寺，掌平反刑狱，可参与九卿议大政事。通政使司，掌各省题本，校阅后送内阁，并参与九卿议大政事。翰林院，储备人才之所，设官有掌院学士、侍读学士、侍讲学士、修撰、编修、检讨、庶吉士等。掌院学士掌修国史笔翰之事，并备顾问。侍读学士以下掌撰文章。国子监，最高的教育机关。钦天监，观察天象，制定历法的机构。宗人府，掌皇族政令及皇族家谱修撰的机构。内务府，管理皇家事务的总机构。詹事府，专为皇帝或皇子服务的机构。太常寺，管理坛庙祭祀的机构。光禄寺，掌典礼祭祀宴席供应之政令。太仆寺，掌牧马之政令。鸿胪寺，掌朝会宾客“赞相礼仪”的机构。太医院，研究和供应医药的机构。
上述中央机构，大都是沿用明朝的设置。清朝的中枢机构除了这些常规的部门外，还有颇具本朝特色的机构，那就是它从关外带来的“议政王大臣会议”、康熙年间设立的“南书房”、雍正时期设立的“军机处”。
议政王大臣会议
议政王大臣会议，是议政王和议政大臣集议诸事的一种议政形式，在清朝前期相当长的时间里，是在皇帝统帅下议处军国大政的最高权力机关。“议政王大臣”之名正式出现于崇德元年（1636年）以后，但满族上层贵族与议国政的制度，却早在清太祖努尔哈赤建立后金汗国之初即已形成。当时满族处于奴隶制向封建制转变之际，尚存有浓厚的奴隶主贵族军事民主的习俗。后金的军国大事，都由诸贝勒等人共议裁决。诸贝勒大都是努尔哈赤的子侄等宗室贵族。明万历四十三年（1615年）努尔哈赤创建八旗制度之后，又置议政大臣五人，理事大臣十人，与诸贝勒每五日朝集一次，协议国政。天命六年（1621年）二月，努尔哈赤命四大和硕贝勒按月分值，国中一切机务，俱令值月贝勒掌握。天命七年三月，努尔哈赤又谕令八旗旗主贝勒共议国政。至天聪年间（1627-1636年），除宗室贵族中被封为贝勒者充当议政的成员外，八旗固山额莫（见都统）也兼充议政。至此，在天命及天聪年间，这种由宗室贵族及八旗中的五大臣、固山额真等组成的议政制度，虽无议政王大臣会议之名，实际上是议政王大臣会议制度的早期形态。
崇德元年，皇太极正式称帝，改国号为清。将原来的旗主贝勒全部封王，并令除八旗固山额真继续兼议政大臣外，每旗另设议政大臣三员，在清代历史上正式出现了“议政大臣”的职名。此后，清王朝宗室贵族中的王与八旗固山额真、议政大臣共同议政的形式，即称为“议政王大臣会议”。因参与议政的宗室贵族除亲王、郡王以外，还有贝勒等人，故又称“议政王、贝勒、大臣会议”。会议的成员虽由上层贵族及八旗大臣所组成，但不是所有上层贵族、大臣都可以出席。“议政”是一种正式的职衔，代表着一定的权力和地位，必须经过皇帝的任命。同样，在必要时，皇帝也可以撤销某一贵族及大臣的“议政”资格。
1-2清朝的议政大臣
清王朝统一全国后，议政王大臣会议的成员有较多的增加，贵族中除亲王、郡王、贝勒参加者政外，贝子及公一级也有参加议政的。议政大臣除满洲八旗的固山额真和大臣外，蒙古八旗（见八旗制度）的固山额真及六部满、蒙尚书也列为议政大臣。其他如皇帝的侍从官员--内大臣、侍卫，以及王、贝勒府中的长史、旗下闲散等，也有被列为议政者。汉军八旗的大臣如范文程、宁完我等人也曾一度参与议政。当时在内廷还专设“议政处”，作为议政王大臣的办公处所。当时议政王大臣会议的职掌主要有两个：一是军务，凡有军事行动，必须先经过议政王大臣会议议定后才能实施；二是审理满洲王公大臣刑案。进入北京后，议政王大臣会议的职权有所扩大。
多尔衮在摄政时期，充分利用议政王大臣会议来打击反对派，惩治与己不和的王公大臣。顺治亲政后，议政王大臣会议进入新的阶段，成员增加了，议题广泛，权限很大。所议处的内容主要包括：审断重大案件；议处宗室王公、满洲大臣爵位的承袭晋封；商议军务，讨论对策，给败将以处治；复议死囚情罪；讨论和修改法令；议处蒙古、藏等少数民族问题；惩治渎职大臣；议定典章制度，改革完善行政制度、皇族内部重要事务。这期间，议政王大臣会议对扩大、巩固清皇朝的统治，维护满族贵族的利益，加强皇帝的权力，起了很大的作用。顺治后期，议政的宗室王公显著减少。康熙年间，议政王大臣会议除一般事务外，主要议处用兵、民族关系、边界和重大案件四方面的问题。由于南书房的设立和康熙对入值书房大臣的倚重，议政王大臣会议的地位和影响，受到相当的限制和削弱。
雍正初年，雍正帝利用议政王大臣会议来惩治反对派和威胁皇权的大臣。军机处设立后，议政王大臣会议的职能受到更大的削弱，一般不让议政王大臣经理政务。乾隆前期，议政王大臣会议只进行一些象征性的活动，逐渐名存实亡，“议政大臣”成为虚衔。乾隆五十六年，乾隆下谕正式废除。议政王大臣会议终于在存在一百五十多年后寿终正寝。由议政王大臣会议的产生、发展、废除的过程可知，它是带有清朝自身特色的一个机构，它的成员都是满洲贵族，其地位在内阁、六部之上，汉人不得参与其活动。
设立南书房
南书房是康熙皇帝为了加强皇权所设置的一个机构。议政王大臣会议与皇权多少还是有矛盾的。因为参加议政王大臣会议的满洲王公贵族，地位很高，拥有一定的权力，皇帝有时不得不尊重他们的意见，尽管不完全赞同。为了扩大皇权，康熙十六年(1677年)十月，康熙在皇宫乾清门右阶下设置了南书房，从翰林中挑选才学和品德兼优的“词臣”到南书房上班，他们被称作“南书房行走”。他们的职责除陪伴皇帝填词赋诗、写字作画外，还根据皇帝的旨意起草诏令，“撰述谕旨”，取代了内阁与大学士的部分职权。
由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”。南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。康熙帝亲政以后，朝廷的权力一则受议政王大臣会议的限制，国家大事需经过议政王大臣会议，而这些满洲王公贵族地位较高，有时与皇帝意见发生矛盾，皇帝也不得不收回成命；二则内阁在名义上仍是国家最高政务机构，控制着外朝的权力，康熙帝为了把国家大权严密地控制在自己手中，决定以南书房为核心，逐步形成权力中心。
1-3南书房
雍正朝自军机处建立后，军机大事均归军机处办理，南书房官员不再参与机务，其地位有所下降。但由于入值者常能觐见皇帝，因此仍具有一定地位。南书房亦被长期保留，直至光绪二十四年（1898年）撤销。因接近皇帝，对于皇帝的决策，特别是大臣的升黜有一定影响力。所以，入值者位虽不显但却备受敬重。雍正朝成立军机处后，撰拟谕旨为军机大臣等专职，南书房虽仍为翰林入值之所，但已不参与政务。在当时，人们都把南书房看作是重要之地，更以能被选拔到这里工作为荣。中国第一历史档案馆藏有《南书房记注》，是迄今发现的为数极少的南书房档案。
南书房的建立，是康熙将外朝权力转向内廷的一次成功尝试，为雍正建立军机处积累了经验。
成立军机处
军机处始建于雍正朝中期，是为集中军政大权，便于处理西北军务设立的，但是军机处的出现并非偶然。纵观历史，它实际是中国封建专制制度不断发展的结果，是清初满族统治者由贵族分权向中央集权不断演变的产物。由于军机处的建立，加强了雍正的统治，因而为迅速稳定社会秩序，恢复经济繁荣，奠定了良好的基础。
清朝初年，沿袭满洲贵族议事的旧制，设议政王大臣会议，决定军国大事。康熙初年，四大臣辅政，满洲、蒙古都统俱为议政大臣，六部满人尚书也参与会议，议政王大臣会议较前扩大。康熙帝亲政后，为了加强君主专制，在宫内设置南书房，这个机要班子的设立，实际上削弱了议政王大臣会议和内阁的权限，许多重大政务不再交付议政王大臣会议讨论，许多重要的谕旨也不再交付内阁草拟。雍正帝登基后，为了进一步把权力集中在皇帝手中，在宫内设立了军机处。军机处取代了内阁、驾空了议政处，是由皇帝直接控制的首要枢廷，是辅助皇帝行使强权的有力工具，为政令的通畅顺利执行提供了有力的保障。
关于军机处的成立时间，史料上众说纷纭，但它始于西北用兵之际是可以肯定的，确切时间当在雍正七年（1729年）对准噶尔策妄阿拉布坦用兵之时，由于议政王大臣都是世袭的贵族，没有实际经验，早已不熟悉军国大事；又由于内阁在太和门外，离街市近，人员多，往返递奏本章容易泄漏机密。所以，雍正帝下令把内阁中三四品以上人品端正、才思敏捷的大学士，由太和门外的内阁，调到隆宗门外(后又迁入隆宗门内靠北、乾清门外靠西的地方)来亲承旨意，拟发谕旨。雍正七年（1729年）二月，雍正帝公开向朝臣宣布对西北用兵。六月，为办理军需，特派怡亲王允祥、张廷玉、蒋廷锡主持其事，并为此发布上谕：“两路军机，朕筹算者久矣。其军需一应事宜，交与怡亲王、大学士张廷玉、蒋廷锡密为办理，开始正式建立军机房。雍正八年（1730年），改名”办理军机事务处“，也即军机处。
1-4清朝军机处
军机处的地点，最初设在乾清门外，后来迁往门内，离雍正帝寝宫养心殿很近。据载，军机处初创时只有几间简陋的木板房，乾隆初才改建为瓦房，但比起旁边那些高大的殿阁，仍显得很矮小，内部设置也很简单。由于当初军机处设置简陋，在很长一段时间里，没有人认为它是一个正式衙门。
由于北京比较炎热，康熙和雍正都喜欢到郊区去住。康熙帝长住畅春园，而雍正帝则长住圆明园。皇帝既然在这里，那么他的心腹军机大臣自然得影随，海淀军机处就这样诞生了。
军机处的官职并不多，仅设军机大臣、军机章京两种职官。军机大臣开始称”办理军机大臣“，后来又改为”军机处大臣上行走“、”军机大臣上学习行走“，简称”军机大臣“，俗称”大军机“，雅称”枢臣“。军机大臣是由皇帝从内阁大学士、尚书、侍郎等官员中特旨挑选，或由军机章京升任，也可由满洲皇室亲王选任，其名额没有定数，人数的多少由皇帝一人决定。
从《清史稿·军机大臣年表》看，军机大臣最初设了三人，即怡亲王允祥、大学士张廷玉、蒋廷锡，后来逐渐增加，最多时达十一人。他们之间没有隶属关系，各自办理皇帝交办的机要事务，分别对皇帝一人负责。军机大臣能文能武，出将入相，既能熟悉部院事务，了解地方情况，又能指挥作战，具有军事经验。如鄂尔泰出身进士，先后任佐领、广西巡抚、云贵广西三省总督，雍正十年（1732年）任保和殿大学士、兵部尚书，进为军机大臣。
军机章京(满语，意为”官“)是军机大臣的下属，俗称”小军机“，与”大军机“相对。军机章京也没有定员，由内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处等衙署中的中下级官员选任，负责公文收发及满、汉、蒙古多种文字的翻译等日常事务。
军机处的官员没有编制，简放任免都在原单位，人数也视需要而定。军机处要员能否入选，关键是看他们与皇帝的私人关系好坏。当时雍正帝最器重、最信任的军机大臣除了与之关系密切的怡亲王允祥外，还有大学士张廷玉、鄂尔泰、銮仪使纳亲等，皇帝巡幸、谒陵、驻园时这些人无不跟随其后。可见，雍正帝几乎把军机处看成了自己的一件随身物件，走到哪里便带到哪里，说明军机处在雍正帝心里是十分重要的。
军机处创建之初，既没有正式衙门，也没有印信。雍正十年（1732年）春天，雍正帝命大学士等议定军机处印信，大学士等拟议印文为”办理军机印信“，经雍正帝批准，交礼部铸造银印。该印由内奏处保管，印匙则由领班军机大臣随身携带。另外还打制了镌有”军机处“三字的金牌，由值日章京佩带。须用军机处印信时，由值日章京凭金牌到内奏处领取印信，随后，凭金牌向领班军机大臣索取印匙，并在数人的监督下，才打开印匣取出印信。印信用完后，金牌要交给值班章京，印匙归还领班军机大臣，印信则要重新归还内奏处。这一规章制度显得有些繁琐，但它的确是一套严密的管理模式。为了达到保密的目的，雍正帝着实下了一番工夫。
清朝的中枢机构，除了议政王大臣会议全是满洲人，军机处、内阁、六部等都是满汉复职。但满族官员处于掌握实权的核心地位，而且满族贵族还监视汉族官员。通过这样的统治机制和人事安排，康、雍、乾三代皇帝实现了”乾纲独揽“。
地方行政组织
清初的地方行政组织也沿袭了明朝，实行分级而治的制度。《大清会典》记载：“总督、巡抚分其治于布政司，按察司，于分守、分巡道。司道分其治于府，于直隶州。府分其治于厅、州、县；直隶厅、直隶州复分其治于县。而治其吏、户、礼、兵、刑、工之事。佐贰而下皆任其弹压。”这就是说，地方的最高行政当局是总督和巡抚，其次是布政司和按察司以及分守、分巡道，再下面是府、直隶厅和直隶州，基层政权是散厅、散州和县。
总督为省级的最高长官，全称为总督某某省等处地方提督军务、粮饷，或兼巡抚事。清朝一共建立了二十三个省，其中内地十八省为沿袭旧制或以旧制为基础，其余在边境并为清末所置。这些省是：直隶、奉天、吉林、黑龙江、江苏、安徽、山西、山东、河南、陕西、甘肃、浙江、江西、湖北、湖南、四川、福建、台湾、新疆、广东、广西、云南、贵州。其中奉天、吉林、黑龙江、新疆、台湾为后设。总督之下设巡抚，其全称为巡抚某省等处地方提督军务兼理粮饷，或节制各镇，职权很广泛。有的加侍郎衔，为正二品，否则为从二品。巡抚基本上是管一省，也侧重于军事，但比总督管民政更多，为总管一省军事、行政、监察及教育在内的高级长官。清朝所设巡抚共二十一人，其中由总督兼的有奉天、直隶等八人，单独设的有江苏、安徽等十三人。山东、山西等五省巡抚皆兼提督衔，贵州巡抚兼节制兵马衔。
府是省之下的一级地方行政机构。知府为一府长官，从四品，掌总领属县，宣布条教，兴利除害，决讼检好。三年一考属吏，具其优劣上报。一切要政皆需通过督、抚允准才能实施。清朝以知府“为承上接下要职”，故严谕督、抚对其考核。同知正五品，通判正六品，协助知府，分掌粮盐督捕，江防海防，河工水利，清军理事，抚绥民众诸职。属官有经历、知事、照磨、司狱等。
在府之外，同时还有直隶厅、州和一般厅、州。凡统治地方人多并直隶于布政使司的为直隶厅、州，地位与府大致相同。厅设官同知正五品，通判正六品，州设官知州正五品，州同从六品，州判从七品。清朝在全国设有直隶厅四十一个，直隶州七十三个。其外的厅、州，称为散厅、州，地位略同于县。到清末，全国已设散厅七十八个，散州一百四十五个。散厅、州设官与直隶厅、州相同，而品级差一等。散厅、州属府管辖，个别的隶于将军或道员。
县是地方基层政权机构。清末全国设1358个县。每县设官为知县一人，正七品，县丞正八品一人，主簿正九品，无定员。知县掌一县治理，主要是决讼断辟，劝农赈贫，劝农赈贫，讨猾除奸，兴养立教。县丞、主簿分掌粮马、征税、户籍、缉捕诸职。典史掌稽检狱囚。
此外，清代还有相当于省一级的特别行政区，分别在东三省、蒙古、新疆、青海和西藏等地，设专门的辖区，采取和内地不同的行政管理办法。在蒙古地区实行盟、旗制度。旗，是中央政权领导下的基本行政单位。在维族地区，设总理回务札萨克郡王一人，治理该部政务，又设协理图撒拉克齐二人以佐之。清朝在新疆还派驻了伊犁将军，掌天山南北最高军政大权，下设参赞大臣一人辅之。在西藏，达赖（驻拉萨）和班禅（驻扎什伦布）掌政令，行教化，同为政教僧俗领袖，但他们“并受成于驻藏大臣”。清朝迁都北京后，在旧都盛京设内大臣一人，副都统二人。在云南、贵州、广西、四川等西南各省的一些少数民族区，清初仍沿袭明代土司制度，有宣慰、宣抚、招讨、安抚、长官诸司，亦有土府、土州、土县的设置。雍正后，清政府陆续将土官改设流官，进一步加强了对西南少数民族地区的直接统治。