明朝处于中国封建社会的晚期，此时的中外交往出现了空前繁荣的局面。明太祖朱元璋立国之后，以恢复华夏“正统”为己任，认为和平稳定的内外环境是明王朝得以存在和发展的重要保证，从而制定了睦邻友好的外交政策。
大国外交
明朝特别是永乐时期外交活动的光辉，几乎皆集中在郑和下西洋这一在全世界外交史和航海史上皆堪称为壮举的活动之上。仅此一项，则所谓汉唐盛世完全不能望大明之项背。作为航海家、外交家的郑和，历事三朝，在二十八年之中七次奉使出洋，出访了占城、爪哇等三十余个亚非国家，形成了中国古代历史上一个空前绝后的外交活动**。郑和的船队满载着大批精美而贵重的礼物，赠与各国的首脑和文武大臣以及贵族，向他们直接表达了明朝与各国发展睦邻友好关系的诚意，由此而开辟了和谐共处的外交氛围。
诸国之中，占城在今越南中部，原系秦汉郡县，汉衰，占城建国，同中国关系自古即十分密切。虽然与中国殊俗异方，但接受中华文化已然十分久远，其国内通用汉文字。《明史·占城传》记载洪武初年占城曾遣使至南京祝贺明朝定鼎。费信《星槎胜览·占城国》记自福建五虎门至占城只有十昼夜的航程，因此郑和七下西洋，均将占城作为出使活动的首站。
自占城向南航行七昼夜而达暹罗古国。洪武初，暹罗国王曾遣使出访大明，向洪武皇帝贡驯象等方物。永乐初，暹罗使船在赴琉球途中失去驾驭，漂至福建海岸。永乐皇帝命令所司为其修船，并补充给养，待顺风时送其出海，以礼待之。暹罗王遂遣使来谢，贡献方物。永乐帝赐赉有加，并颁赠量、衡之式，显示了对暹罗非同寻常的信任和亲近。
爪哇距占城二十昼夜航程。元末，该国使节贡方物曾至福建，而元朝已经覆亡。洪武皇帝遣使送其还国，并赠以《大统历》。《明史·爪哇传》记载，郑和第一次下西洋访问爪哇，恰逢该国东、西王构兵内战，西王部下误杀了经过东王属地的郑和部下一百七十人，西王为此遣使谢罪，永乐皇帝对此表示了谅解，进一步加强了两国之间的友好联系。爪哇的交易俱用中国铜钱，该国人最喜欢中国的青花瓷器以及花色绢帛、麝香等物，对中华文化的了解亦较深刻。弘治十二年(1499)以前，出访大明的爪哇使者不绝于途，两国关系最密切时，在十几年之中，其使者基本上每岁一至明朝。
上述三国以及占城的邻国真腊(在今柬埔寨境内)，皆为原本与中国有着比较密切往来的国家，郑和七下西洋，使中国进一步密切了同四国的友好关系。而一些曾经与中国有过邦交关系但久疏来往的国家譬如淳泥、彭亨等，在郑和多次和平出访的影响之下，彼此之间的邦交往来得到了恢复和加强。而更多的则是原来与明朝并无外交往来的国度，诸如锡兰山、古里、急兰丹、柯枝、琐里、加异勒、阿拨把丹、南巫里、甘把里、忽鲁谟斯、比剌、溜山、木骨都束、麻林、刺撒、祖法儿、竹步、榜葛剌等国，也先后同明朝建立了外交关系。其中一些邦交往来的故事至今令人感慨不已。
在今文莱一带的淳泥是一个经济文化比较落后的小国，就国力而言无法同大明相提并论，但是后者依然尽力与其保持友好的邦交往来。据《明史·淳泥传》记载，永乐三年(1405年)，淳泥国王麻那惹加那乃遣使到明朝入贡，永乐皇帝予以热情接待，并遣官封赠国王，赐予大批精美礼物。国王麻那惹加那乃十分感动，遂偕同王妃率弟妹子女及陪臣等共一百五十余人抵达大明访问。自福建港口上岸以后，麻那惹加那乃君臣一行受到了明朝各地官员的热情友好的接待。八月，麻那惹加那乃到达京师，他真诚地向永乐皇帝表达了淳泥愿与大明发展良好邦交的意愿，他说：皇帝陛下应天承运，统一了中国。我们与中国虽然相隔遥远，也感受到皇帝陛下对我们的善意。所以我要不惮风波险阻，带领我的家属陪臣，来到中华向您当面表示感谢。永乐皇帝慰劳再三，命将国王带来的礼物陈列在文华殿，并在奉天门摆下盛大的筵席为国王接风洗尘，王妃等由国公夫人等在内馆设宴款待。皇帝也回赠国王众多的礼品，包括冠带、仪仗、交椅、银器、伞扇、销金鞍马、金织文绮等等。
很不幸的是，十月，淳泥国王麻那惹加那乃由于风霜劳苦，一病不起，病逝在大明的京师。在国王生病期间，永乐皇帝多次问医问药，妥加慰问。国王病逝以后，永乐帝十分悲痛，辍朝三日，表示哀悼，派遣官员前往悼念致祭。自皇太子以下各亲王也纷纷遣祭。在皇帝的关怀之下，淳泥国王麻那惹加那乃被安葬在京师安德门外，铺设了神道，刻就了碑文，以示永远的纪念。永乐皇帝派遣心腹太监和官员乘海船一路护送麻那惹加那乃的儿子遐旺等一行返回淳泥。不久，在淳泥长宁镇国山上，立起一方从大明运去的石碑，永乐皇帝在碑文中再一次向淳泥人民表达了希望与淳泥永远结好的意愿。
在郑和下西洋、各国使团纷纷出访大明的外交潮流的推动之下，永乐十五年(1417年)，位于今菲律宾群岛的苏禄国也派出了多达三百四十余人的外交使团，北上出访明朝，抵达北京，为首者正是苏禄国东王巴都葛叭哈刺、西王麻哈剌叱葛剌麻丁、峒王妻叭都葛巴剌卜。他们向永乐皇帝进献了金缕表文以及珍珠、宝石、玳瑁等礼物。永乐帝举行隆重的典礼，正式册封了三王，颁赐印诰、袭衣、冠带以及鞍马、仪仗等诸器物，其随从人员等也各有冠带等赏赐。客人辞归，永乐帝赐予很多的礼物、钱财。苏禄客人一行乘舟沿大运河抵达山东德州时，东王病逝于馆驿。永乐帝闻报震悼不已，命令有关部门以礼厚葬，勒碑墓道。派遣使节南下德州，对东王长子都马含说：你的父亲愿意与中国结好，带领家属陪臣万里来京，孰料其染病去世，朕深为哀悼。你为东王嫡长子，朕封你为苏禄国东王，希望你能够继承你父亲的遗愿，永远与我大明结好。苏禄国王墓在今德州市北，陵园内松柏苍翠，墓碑题刻“故苏禄国恭定王墓”字样。而当年留居大明的苏禄国守墓人，包括东王的亲属，则逐渐融入了中华文化的圆融博大之中。他们的后裔，则成为中华民族的成员，成为德州北营地方的温、安两姓，现已传至第二十一代。
满剌加王国位于今马六甲。其建立本身，得到了明朝政府的大力支持。在其后巩固政权的历程中，明朝帮助其修建城池，加强国防建设，还多次警告暹罗不要侵犯满刺加。就是对这样的小国、弱国，作为强大明朝的君主，永乐皇帝也是热忱地以礼相待。在郑和的船队访问了满剌加之后，永乐九年(1411年)，满刺加国王率领妻子、陪臣共五百四十余人回访大明。使团抵达京师近郊，永乐即命太监和朝臣出城设宴慰劳。
入城之后，永乐皇帝亲自在奉天殿设宴，欢迎满剌加国王。赠与国王金绣龙衣、麒麟衣、金银器等，王妃等人也得到了礼物。国王圆满结束出访，即将回国之时，永乐帝又在奉天门设宴欢送，并赠与玉带、仪仗、鞍马、黄金、白金、钱和钞以及锦绮纱罗等礼物。永乐帝对国王说：国王漂洋渡海几万里到京师，一路平安，这是国王忠诚之心感动天地而使然。朕与王相见甚欢，本当留王在京多住几日，可是国人皆盼王归，不能辜负了他们的期望。现在正值冬天，顺风向南航行，正是好季节。希望国王在途中要强饮食，加意调养，以副朕眷念之意。
由永乐皇帝主导而由郑和具体实施的和平外交，也在比较短的时期内将中国文化传播到数十个亚非国家。中国悠久的医术、沐浴方式，以及柔软光鲜的丝织品，典雅而实用的瓷器等物质文化产品，在这些国家一时间引起轰动，在一定程度上推动了这些国家的文明进步和发展，并发生着持续长久的影响，如今我们还能看到在这些地区出土的大量的中国瓷器。这些精美的产品，有些是作为礼物赠送各国的首脑，有些则通过公平的贸易活动，同各国的土特产品进行了交换，从而在各国民间也普遍架设起友谊之桥。《瀛涯胜览》等文献对此有比较多的记载：暹罗上水镇有宝石“红马斯肯的石”出售，郑和船队出访暹罗，则派出小船前往交易。
古里国有两大头目负责与郑和船队进行贸易，议定价格往往需要较长时间，快则一月，慢则两三个月。除交通等因素影响以外，也是议价慎重、绝非恃强交易而使然。
柯枝国商人预先购置宝石、珍珠、香货，等候中国宝船以及其他国家商人前来购买。
祖法儿国以盛产香料名闻天下。明朝的宝船两次远航至此，祖法儿王皆派人通告国人将“乳香、血竭、芦荟、没药、安息香、苏合油、木鳖子之类”交换明朝的丝绸和瓷器。在天方国，明朝的使节买到了各色奇珍异宝以及麒麟、狮子、鸵鸡等商品。
陈诚出使西域
明朝永乐十一年(1413年)四月，永乐皇帝的车驾到达北京。三个月后，北京迎来了一个来自中亚帖木儿帝国的使团，他们受到了十分友好的接待。
来自中亚的使团结束了对大明的访问。永乐皇帝果断地决定以此为契机，进一步拓展大明和中亚各国友好往来的成果，组成了一个以太监李达为首的九人使团，以“行报施之礼”，即以同样友好的态度进行回访。同时，也像对待亚非沿海诸国的使臣一样，护送帖木儿帝国使团回国。这九人使团之中有一位“典书记”(负责应对往来文书)的陈诚。正是这位儒雅之士，总共五次冲风冒雪，跋涉在茫茫的瀚海之中，成为我国近古时期最伟大的外交家之一。
陈诚(1365-1457年)，号竹山，江西吉水人氏。其父陈同早年业儒，后往来南北各地，从事商业活动。陈诚与其父的人生道路则有很大不同，坚决走科举出仕之途。洪武二十七年(1394)中进士，旋即选除行人司行人。后历任翰林院检讨、吏部清吏司员外郎、广东布政司右参政等职。宣德三年(1428年)致仕。
陈诚是作为一个职业外交家而名噪海内外的。由于它具有与郑和完全不同的科举士人的政治身份，因此，在朝在野都有更多的同僚和戚友与他意气相投。洪武二十九年(1396年)，洪武皇帝筹划安定北部警报频传的边防，开始注意切断蒙古与西北各民族之间的联系。此前大将军蓝玉奉命西征，讨伐不臣的朵儿只巴。当此西北各族民众人心思定、亟欲恢复秩序之际，陈诚奉派到达新疆，不辱使命，参与重建了安定等卫所，使各军事要塞得以巩固，西北边防得以稳定。
洪武三十年(1397年)，安南侵夺大明的思明府，在奉使新疆中临危不乱处置有度的陈诚被派出使安南进行交涉。陈诚在经过对中越两国矛盾纠缠的历史进行仔细研究之后，义正词严地向安南国王陈日煜指出，自丘温一带以北之地，皆属于大明的思明府，而非安南，“此皆昭著简册，在人耳目，有不可掩”，史迹俱存，不容抵赖，忠告其勿怙终自祸。这是陈诚第一次奉使出国，在他留给我们的四通致安南王的书信中，我们初瞻了一个初出茅庐的年轻外交家卓尔不群的风采。
此番由永乐皇帝组织的大明使团，其为首者李达同郑和的身份相同，也是太监。这位老资格的外交家曾经多次奉使西域，广有声名。使团中尚有杨忠、李贵、李暹等太监。尽管永乐皇帝违反了洪武皇帝的训诫，大力启用宦官，为有明一代宦祸频繁交作开了先机，但在永乐一朝，宦官在外交舞台上确实非常活跃，并且留下了完全正面的形象。使团中另外几位成员则是在朝或在新疆任职的少数民族人氏：金哈蓝伯、帖木儿卜花、马哈木火者、哈三等。而陈诚作为使团中的学问淹博之士，被委任为执掌应对往来文书，自当再合适不过。正因为如此，当使团即将启程，奔赴遥远的西域的时候，陈诚的上司、同僚、朋友等纷纷撰文赋诗为他壮行，希望他能够不辱使命，向遥远的异域传宣朝廷的德教，并记述道里之远近、地理之形胜、制度之异同、物产之丰歉、风俗之好恶等等，以备国家修纂史书，以鉴政务。陈诚并没有辜负这些期望。永乐十三年(1415年)十月，在“绝漠穷荒至西天，前经后骑去经年”之后，完成出使万里还京的陈诚，向皇帝呈送了《西域行程记》和《西域番国志》两部无论在当时还是后世都是十分珍贵的历史文献。
《西域行程记》全文仅两千余字，乃是明朝使团的日程记录，始于永乐十二年正月十三日(1414年2月3日)，迄于当年的闰九月初一日(10月14日)止，凡二百五十余天。文中记录了自肃州卫(今甘肃酒泉)西行至哈烈(今阿富汗赫拉特)共万余里的艰苦行程。
陈诚返回国内仅半年多，在永乐十四年(1416年)六月，又接到了永乐皇帝出使帖木儿帝国的圣旨。《明太宗实录》记载，这一年的六月己卯，哈烈、撒马尔罕、失刺思、俺都淮等访华使节辞归，永乐帝赐予钞币，并命礼部谕令所过州郡均须设宴以示迎送。太监鲁安和陈诚等人则受命组成了新的使团，携带着永乐皇帝馈赠给沙哈鲁国王及其子兀鲁伯的丰厚礼物，偕同那些返国的外国使节一同西去。在完成使命之后，帖木儿帝国的使臣也随同陈诚一起到达了京师。陈诚以功升迁为广东布政司右参议。
第三次出使西域的启程时间是在永乐十六年(1418年)的十月二日，李达、陈诚等与沙哈鲁、兀鲁伯的回国使臣偕行，目的地仍然是哈烈。此前东西两大王朝的国书往来之中，永乐皇帝曾经声称大明与帖木儿帝国是君臣关系，并表明了自己作为宗主的身份，而沙哈鲁的回函则同样不客气地劝永乐皇帝皈依伊斯兰教。眼光远大的永乐帝显然认识到自己的鲁莽，在此次致哈烈的国书之中，称赞沙哈鲁是一位行使德政、爱护人民的开明君主。他向沙哈鲁表示，希望两国关系日臻亲睦，信使及商旅和平往来，两国人民永享安乐。
永乐皇帝能够平等待人，求大同而存小异，不就错综复杂的宗教信仰问题在东西万余里之间打笔墨官司，以大明和帖木儿帝国等中亚国家和平共存之大局为重，无疑符合元末战乱以来人心思定的大趋势，具有很高的政治智慧。而其善意的睦邻主旨和陈诚等杰出外交家频繁而富有诚意的具体的沟通活动，也理所当然地得到了沙哈鲁国王以及其他帝国贵族的积极回应。这位被西方史家赞誉为开明的并富于艺术气质的中亚君主很快精心组成了一个访华的新使团，其中不仅有国王的代表，也有国王长子兀鲁伯的使臣。而三子贝孙忽儿的代表火者·盖也速丁则对这次出使大明进行了全程的纪录。这部日记体裁的被后人名为《沙哈鲁遣使中国记》的著作，尽管在行程远近、山川形胜方面的记载有所缺陷，不及陈诚著作的详明，但是在城市生活、中国宫廷制度，特别是在永乐皇帝接见使团的细节记叙上，则是陈著所颇为不及的。陈诚虽然也提及了伊斯兰教的宗教建筑以及哈烈等地方的公共建筑和民居，但完全没有涉及沙哈鲁如何接见大明使团的活动，对使团本身的外交活动的记载却付阙如。本书的有关记叙，则不得不借助他所写的诗歌，以略窥其中的蛛丝马迹。
永乐皇帝所秉持的和平外交方针，在他主政期间获得了很大的成功，中外使团往来于西域古道之上，络绎不绝。约有二十个访华使团来自哈烈和撒马尔罕，三十二个使团来自中亚其他城镇。
中西陆路交通重新获得了繁荣，明朝与中亚各国在政治经济、宗教等方面彼此了解的深度，也得到了进一步加强。陈诚最后一次作为使节出访西域时，已经六十岁，时在永乐二十二年(1424年)四月。五月出京，行至甘肃的肃州卫时，传来了永乐帝去世的消息，并接到新君宣德皇帝“停止四夷差使”的命令，返回北京。政治势力的转换和明朝国力的开始下滑，使此后西域古道上使团往来的胜景渐成绝响。
万历援朝战争
万历十三年(1585年)，日本丰臣秀吉被天皇任命为“关白”(摄政)，次年又兼太政大臣，成为日本的实际统治者。丰臣秀吉掌权后，结束了日本延续百年之久的分裂局面。为了转移国内各种势力之间的矛盾，掠夺外国财富，丰臣秀吉发动了侵略朝鲜的战争。
万历二十年(1592年)四月，丰臣秀吉派小西行长等将领率军20万进攻朝鲜。与日本一直保持着友好往来的朝鲜毫无准备，日军轻取朝鲜重镇釜山。朝鲜陆军溃不成军，王京(今韩国首都首尔)、开城、平壤接连失陷，倭寇已经将战火燃烧至鸭绿江畔。朝鲜国王亡命奔至鸭绿江边的义州，向明朝求援的使臣在通往北京的道路上一批接着一批，急如星火。
明初，洪武皇帝封王颛为高丽国王，开展定期的朝贡贸易。李氏朝鲜建立以后，两国间的人员和贸易往采、文化交流都更为频繁。由于朝鲜受中华文化影响甚深，其典章文物制度与中华无异，明廷将其视为礼乐之邦，因而在与诸国的交往中，总是置朝鲜于优先的地位。即使是朝鲜自己的使臣也认为明朝待外国较严，对朝鲜则甚为亲厚。
中朝两国山水相连，唇齿相依，援朝即是保国。明廷很快派出游击史儒所部两千人入朝作战，锋芒直向平壤。因为不谙地利，且不擅长在霖雨不止的天气情况下作战，明军失利，史儒战死疆场。作为支援，副总兵祖承训统领的三千余明军在东跨鸭绿江之后与日军展开激战，全军殉国，祖承训仅以身免。
败报传入京师，抗倭不坚定的兵部尚书石星派了一个嘉兴无赖沈惟敬奔赴平壤日军大营，打探情况。日军首领小西行长一面在沈惟敬面前故意声言幸亏天朝(指明朝)按兵不动，日军不日即将撤回本国云云，一面向明朝提出狂妄要求：以大同江为界，平壤以西还归朝鲜，即欲霸平壤以南的大片朝鲜国土。如此妄诞的要求理所当然地为大明所坚决拒绝。万历皇帝遂下令以宋应昌为经略，将军李如松为东征提督，紧急征调兵马七万余人，并以副将李如柏统领左翼，张世爵指挥右翼，杨元统率中军。李如松极端厌恶沈惟敬的嘴脸，下令砍掉他的脑袋，参军李应试劝止之，而行将计就计之策。
十二月二十五日，李如松为主帅的明军誓师，东渡鸭绿江平倭。万历二十一年(1593年)正月，提督李如松令沈惟敬入平壤，同日寇约定，李提督将赍大明封典封赠日本。正月初六，明军进抵平壤，日寇俱着花衣夹道迎候，李如松分布将士入城。诸将逡巡，将人未入之际，狡诈的小西行长识破明军的意图，遂急令日军登陴固守。至夜，李如松命令明军三面围城，只缺东面。命游击吴惟忠领兵佯攻城北牡丹峰而阴取城西南；命祖承训所部换装朝鲜军服，潜伏城南。八日黎明，明军自东南方向开始进攻平壤城，日寇炮矢如雨，明军进攻不利。李如松命以敢死之士奋勇登城。在城南，祖承训所部换下朝鲜军服，突然显露大明铠甲。日寇因轻视朝军而未在城南布设重兵防守，见状急忙分兵据守。而李如松已经督率杨元部从小西门杀上城头，李如柏部亦从大西门杀入平壤城内。《明史·李如松传》云平壤战役十分惨烈，火器并发，烟焰蔽空。吴惟忠胸部中敌铅弹，犹然大呼督战。李如松坐骑被炮火击毙，易马再战，堕入城壕，狂呼跃上，麾师更进。明军拼死相争，前队已仆，后队继之，无不以一当百，日寇被斩杀及溺毙江水者达万余人，余者落荒而逃，平壤遂告光复。明军乘胜收复黄海、平安、京畿、江源四道，日寇被迫据守釜山。
平壤大捷，使明军将士顿生轻敌之意。《明史纪事本末·援朝鲜》记载，李如松率领“轻骑”向王京进军，在距离王京三十里之地的碧蹄馆陷入日寇重围。明军自李如松以下皆殊死拼杀，裨将李有升殉国。杨元援兵到达，冲破日寇合围，日寇遂溃走。史籍云是役“我精锐多丧失”。但是这个常见的记载很可能是不准确的。因为既然是“轻敌”，李如松所率明军的数量必然不多，而“轻骑”一词的使用恰好也证明了这一点。
况且杨元援兵的到来，使得日寇溃走，也打破了日寇欲消灭明军“轻骑”的设想。所以，明军的主力并没有因此受到很大损失。“我精锐多丧失”的说法，极有可能是出于京师内那些主和派的故意夸大，以借此向皇帝证明主战派行为之乖张误国。
万历二十五年(1597年)二月，日本丰臣秀吉野心不死，再度出兵大举进攻朝鲜。明朝万历皇帝以杨镐为经略，征发大军参战援朝。虽然明军将士奋力苦战，但万历皇帝所用非人，经略杨镐心胸狭隘，不乐见偏师立功；而当日寇虚张声势之际，又当先逃跑，致使明军遭受重大伤亡。万历皇帝龙颜震怒，下令罢免弃军丧师的杨镐，以天津巡抚万世德代理经略，务要展开反攻，歼灭倭寇。
《明史纪事本末·援朝鲜》说，在日寇再度入侵朝鲜一年以后，重新组织起来的明军在朝鲜向日寇发动攻势。一味主和的兵部尚书石星已经被皇帝下狱，新任兵部尚书邢玢部署都督陈磷率广东之兵，刘埏率四川之兵，邓子龙率浙直水军先后到达朝鲜前线。邢玢分兵四路，相机对日寇发动剿杀。当时日寇的巢穴主要有三：东路加藤清正盘踞蔚山，西路小西行长盘踞顺天城，中路石曼子固守泗洲。
战役开始以后，明军东、西两路的进攻还算顺利，但是在中路方面，明军遭遇到比较顽强的阻击。当战事进行到胶着状态之时，明军营内“火药发，烟涨天”，明军不得已而退守晋州。
此时日寇入侵朝鲜已有七年，其给养供应和兵力皆严重不足，兼之以战线长达一千余里，首尾不能相顾，日寇士气低落。而丰臣秀吉发动和坚持侵朝战争，在其国内也备受不义的指责。万历二十六年(1598年)，丰臣秀吉死去。消息传至朝鲜，日寇军心严重动摇。《明史纪事本末·援朝鲜》记十一月十七日夜，加藤清正率所部登船先逃，诸倭也随之“扬帆尽归”，欲夺路逃回国内。中朝两国军队全力追杀，在南海海面展开激战。年逾古稀的老将邓子龙在日寇舟师之中往来冲杀，所乘战船起火，老将军捐躯遇难。朝鲜名将李舜臣率领水师赴援，不幸中弹，战死海疆。明朝水军统帅陈璘亦身先士卒，麾师在海面上向日寇发起冲击，日寇无人敢撄其锋。是役击沉敌船六百(一说九百)艘，日寇主将之一德岛津义弘毙命，日寇水军几乎全军覆没，其陆军亦望风而逃，抗倭援朝战争遂获得了彻底的胜利。
传教士来华
西方传教士来华是明朝对外交往中的一件大事，也极大促进了明朝后期中西方文化交流。
嘉靖三十一年(1552年)八月，著名传教士沙勿略来到广州沿海的上川岛，计划找机会进入广东传教。这位已经在印度、日本等亚洲国家传教的耶稣会士，在中国遭到了明朝海禁政策的阻挡，最终病逝在上川岛。其后不久，葡萄牙人占据了澳门，传教士随后纷纷来到澳门，并将此作为来华传教的跳板。
意大利人利玛窦于万历年间来到中国，并最终在中国定居。利玛窦是天主教在中国传教的开拓者之一，也是第一位开始对中国文学和典籍进行研究的西方学者。利玛窦不仅有中文名字，而且还依照中国人的习惯，为自己取号西泰，又号清泰、西江。在当时中国，利玛窦受到士大夫们的普遍尊重，他们称呼利玛窦为“泰西儒士”。
利玛窦(1552-1610年)出生于意大利的马切拉塔城。1571年，利玛窦在罗马加入耶稣会。1577年，利玛窦受耶稣会总会派遣前往印度，明万历十年(1582年)又到了澳门。利玛窦具有惊人的语言天赋，他到中国后，努力学习汉语，了解中国的风土人情、国家制度和行政机构。一二年后，便已经能熟读中国经籍。
万历十一年(1583年)，两广总督同意利玛窦等人在肇庆建教堂和居住。万历十三年(1585年)，利玛窦建成了当时中国内地第一座天主教教堂。利玛窦在肇庆传教之始，虽然肇庆府的官员受知府王泮的影响，都争着和洋神甫交往，但当地的士绅和百姓还都与“洋和尚”有很大的隔阂。为了消除人们的敌对情绪，利玛窦穿起了中国式的长袍大褂，以孔门信徒的身份出现在知识界和官宦之中。由于他精通四书五经，尊重孔孟，注意调和天主教与儒家学说，于是博得了士大夫的信任和好感。同时，利玛窦还用西方科学技术和新奇的事物来吸引中国人，以博得民众的好感。他利用世界地图向人们解释全世界的地理情形，展览各种天文仪器，还刻印了《天主十诫》等有关天主教知识的书籍送给参观者，以宣传天主教教义。
后来，因为受到新任两广总督的驱逐，利玛窦离开肇庆，辗转韶州、南昌、南京等地继续传教。
万历二十九年十二月(1601年初)，利玛窦在一些地方官员的帮助下来到北京，向明神宗朱翊钧进献了自鸣钟、日晷、沙漏、玻璃器皿、银币、西洋琴、珍珠嵌十字架、天主像、圣母像、《万国图志》等贡物。利玛窦进京后，最初住在宫门附近，后来又住在钦天监，以便随时进宫修理自鸣钟和洋琴。后来因礼部干预，他又搬进了四夷馆，行动很受限制。礼部官员还几次上疏要求把他遣送出京，但神宗担心利玛窦离京后没有人修理自鸣钟，所以没有批复。后来，在利玛窦的请求下，神宗允许他定居北京。万历三十三年(1605年)，利玛窦在顺承门(今宣武门)附近买下一所大房子，修建礼拜堂。从此，天主教在北京站住了脚。
天主教对于当时的中国还是完全陌生的事物，人们开始都不大接受这种与传统不同的教义，传教工作的开展并不容易。利玛窦就以介绍西方的新发明、新成就作为诱导，因此在传教的同时也向中国人民传播了很多科学知识。
利玛窦在中国的20多年里，曾多次绘制和刻印《山海舆地图》、《坤舆万国全图》等五大洲地图。还在中国合作者的帮助下，完成了用中文写作的介绍西方宗教、伦理、天文、数学、测量、透视学的著作197种。他第一个向中国介绍了地圆学说、欧几里得几何学、笔算、西历、西洋琴等新鲜事物。利玛窦和中国科学家徐光启、李之藻共同开创了中国天文历算史上的新阶段。而利玛窦输入的西学，也启发了徐光启等人对西方科学知识的兴趣。从万历十九年(1591)开始，他花了四年时间，把“四书”译成拉丁文寄回意大利，成为第一个把孔子和儒家思想介绍给西方的人。
万历三十八年(1610年)，利玛窦病逝，神宗下旨以陪臣礼葬于北京阜城门外(今二里沟)一处由寺院改建的墓园里。
利玛窦去世后，意大利传教士龙华民接替了他的传教工作，但是龙华民不善于交往，对中国文化也不甚了解。此时，另外一些传教士，如汤若望、邓玉函、艾儒略等人，都坚持了利玛窦的传教思想，将传教与文化交流、科学知识交流结合起来，取得了很好的效果。据统计，万历十七年(1589年)，教徒大约有80人，万历十八年(1590年)利玛窦去世时是2500多人，而到了万历四十五年(1617年)，中国教徒已经达到13000人左右。
传教士在明朝社会经济和科学文化发展中都有着重要作用，今存的许多明代书籍、美术作品中，也常常可以看到身着中国传统服装的传教士的画像。