抗战枪声打响之后，戴笠已经知道大规模的抗战将不可避免，立即匆匆赶回南京进行战时布置。他首先指示特务处各外勤区、站、组要迅速布置潜伏组织，以应付抗战初期部分国土沦陷后的对日情报工作。特别是华北和东南沿海地区的各大城市尤应及早抓紧落实。他规定特务处的工作要立即转入战时体制，精简机关，充实一线人员，提高办事效能，以适应战时需要。
为了让手下特务安心工作，他还宣布了一条特殊的命令，即抗战期间，大小特务一律严禁结婚，违者重罚并处以 5年以上 10年以下有期徒刑。为了表现自己抗战的决心和以身作则的精神，他把母亲和夫人、孩子送回江山县保安村老家。但是另一方面，这也是害怕家庭拖累了自己的工作和找女人的方便。考虑到家人的安全，戴笠同时发电报给在甘肃景泰县担任县长的弟弟戴春林，叫他不必做县长，回家照料母亲。另外给他在忠义救国军里挂了一个少将的头衔领薪水，贴补家用。
后来在 1943年，因为日军的轰炸使戴家老宅变成一片废墟，所以戴笠亲自审定设计图纸，在老家重新建造戴宅。新建的戴府外表看是一座粉墙黛瓦、木结构的普通民宅。走进去却是一座前二层后三屋的建筑，最下层设有一个小暗室。屋里有一明一暗两条楼梯，暗梯藏在壁柜、佛龛、布幔之后，呈螺旋状，仅容一人侧身而过，可以直通地下室，不易察觉。屋里机关重重，可藏暗器，设伏兵，也便于逃命。楼上房间窗多、门多，间间相通，好似九连环。戴笠顾虑重重，害怕有人暗杀，连住在自己老家也不能睡个囫囵觉。
戴笠关于严禁结婚的命令一下，军统系统中的许多对情侣开始着急了。毕竟他们都是人，也有七情六欲，如果全系统都不能结婚算了，可是明明大特务们就在三妻四妾，花天酒地，却不让下属结婚，这让他们看在眼里，更是心痒难耐。
在南京的军统局里有一对小情侣，男方姓杨，在人事处办事处做一个小科员。女方姓方，只是一个很普通的后勤人员，平时只是做一些打扫卫生的工作。两个人的职位都不高，但是年纪都有点大，原本准备年底结婚，可是这个命令一下，原本的计划被全部打乱，两人只得每日相对着，干看着，不敢表达，也不敢越雷池一步。
终于两人再也忍耐不住，一次他们偷偷地在家中见面了。因为太久没有表达心中的感情，所以他们一见就抱在一起，好好地亲热了一番。可是过后，方女士却落下眼泪，担忧地说：“我们老是这样偷偷摸摸地下去可该怎么办啊？万一被人告发了，我们接下去的生活就完了。”
小杨虽然也很担心，但是男子汉大丈夫，他还是装出一副不在乎的模样说：“你怕什么，我想戴老板下这样的命令也只是做给别人看的，对内部人员应该不会那么严格。要不然的话，毛人凤和向影心结婚，怎么老板还主动给他们送礼道贺？”
小方想了想，还是很担忧地皱着眉说：“可是老板的脾气你也知道，一直就是偏袒大特务，专门拿我们这些小的开刀。你还记得他杀贵阳邮电检查所检查员杨月亭的事吧？那个女特务在检查邮件时，因为偷了 40元汇票款被人检举。虽然当时她怀孕已经 8个月，谁都想应该等她生完孩子再执行处罚，或者就因为她是做妈妈的关系，干脆减刑或者免于处罚。可是戴老板坚决不答应，还是叫人用箩筐把这个大腹便便走不动的部下抬出去枪决了。那可是一尸两命啊。”
小杨也有点慌，但还是故意拍着小方的肩膀说：“你知道吗？兰州特训班副主任王孔安，抛弃有病的大老婆霍淑英，而与该班电讯系一个漂亮的女学生结婚，戴老板不但不法办，竟然还亲自劝阻霍淑英干涉王孔安的婚事。而东南训练班副主任金树云与他班里的女生结婚，被别人检举出来，他也置之不理。可见，对于结婚方面的事情，老板并不会像其他事那样管得那么严格。再说他自己也有那么多女人，有什么资格管我们？”
小方依然不能平静下来，她说：“你说他不管大特务，可是他明明也是六亲不认的人。你记不记得他有一个六期的同学叫王伯刚，还是他的好朋友，由他介绍，派在李默庵所办的南岳游击干部训练班当教官。就因为偷了该班的经费，查出后也被他枪决了。甚至一个司机马伏尧，替他开车去东南视察时，看到他带几卡车私货，因沿途无人敢检查，便也私自带了几十斤带鱼干，被他发觉，马上在衡阳枪决。像这类因为几十、几百元的贪污偷盗案件被他杀掉的特务不知有多少。我每次想到就毛骨悚然。我想，我们以后还是不要再见面了吧。”
小杨抢一步上前握住小方的手说：“这怎么可以？我们都已经在一起这么久了，哪里是说分就能分得开的？除非你亲口跟我说你不爱我了。你希望这样吗？”
小方默默地摇摇头，擦了擦淌下的眼泪，叹口气说：“这事情瞒也瞒不住，要不我们主动跟戴老板坦白，求他成全我们吧？”
两人于是商量了一夜，到了第二天上班时间，一起走到戴笠办公室，两人一起跪下，坦白了两人的过错，还恳求道：“戴老板求求你网开一面，让我们结婚吧。我们保证不耽误工作，以后一定会为军统工作做牛做马，为戴老板和领袖付出一切。”
戴笠冷冷地扫了他们一眼，没有说什么。几分钟后，其他办公室里的人就看见一群卫兵跑进戴笠的办公室，绑起一对年轻男女推了出去，押上开往息烽监狱的车子。
从这开始，几年间军统内被检举关进监狱的年轻男女达到五六十对之多。不但是禁止结婚这一条，在其他方面管理也是十分严格。至于在工作上犯了一点半点错误的部下，有的人本来罪不至死，但他为了树立威信，就是随便滥杀。像是军统重庆电讯总台报务员何文光，因为收到沦陷地区发回的一份电报中有几个错字，没有及时与对方校正，便被以贻误戎机的罪名执行枪决，这使得许多报务员都惶恐不安。
还有的时候，他为了推卸自己的责任，就把过错推给部下，因而被他枪决与囚禁的特务就更多。有一次兵工署警卫稽查处所辖的一个兵工厂的稽查员，获得一份情报，说兵工署一个负责人有共产党嫌疑，他毫不调查研究便向蒋介石报告，而将这个人扣押起来。结果找不到证据，兵工署长俞大维当然不答应，要蒋介石追究责任。戴笠便把这个稽查员枪决之后去向俞大维道歉，俞听了也吓了一跳，他自己也感到办得太严，反而心生内疚，一再说原来只希望处分一下这个稽查员，没有想到竟遭到枪决。
而戴笠凭着一时喜怒，动辄殴打部下的事，更是经常发生。有一天他打电话到重庆总台找总台长倪耐冰，想查询一个电报，正遇到一个刚去总台工作的报务员接了电话，因听不出他的口音，他气得大骂，对方也回了几句嘴。他马上坐汽车亲自赶去，找出这个接电话的人，当着许多人面前亲自动手痛打了这个人一顿，才气冲冲地离开。有一次他在进早餐，因勤务兵在他差遣时走得稍慢了一点，他便端起一碗滚烫的稀饭连碗一起照着这个勤务兵劈头打过去，结果这个勤务兵因被烫伤医了半年才好。
碍于戴笠这样的**威，军统许多想结婚而又不敢的小特务，对这些不平等的待遇都在背地埋怨，大发牢骚。当时局本部有一座可容 80人的大厕所的隔板上，便常常出现许多牢骚怪话。因为戴笠从来不去那里“方便”，也没有人敢把这件事告诉他，所以这就成了他们唯一一种能够表达心情的方式。