鲁王政权和隆武政权起初都采取防御姿态。但对鲁王来说，形势更为严峻，因为从地理位置上说，鲁王政权处于抗清前线，给福建提供了屏障。
鲁王的兵力约二十万人，基本上沿钱塘江布防。在鲁王的将领中，有的赞成迅速攻打杭州，有的提出应首先加强绍兴的防御，意见不一。但对鲁王来说，却有他独特的私心。他和忠于他的大臣知道隆武朝廷得到了南方绝大部分明朝地方政权的承认，却希望能仗着地利攻克杭州，然后进取南京，先去拜谒孝陵（朱元璋的坟墓），这样他就能建立起超过隆武朝廷的威望。于是，为了保住浙东，进而恢复失地，鲁王政权先后两次进攻杭州。
唐王与鲁王之争（9）
1645年八月，方国安、王之仁进攻杭州，没有得手。
1645年十一月，鲁监国筑坛拜方国安为大将，节制诸军。十二月十九日，朱以海亲自到钱塘江边西兴犒军，每名士兵赏银二钱，“责限过江，攻取杭城”。二十四日，方国安、马士英、王之仁派总兵三员领兵二万多名过江，迫近杭州府城。清军分兵三路迎击，明军大败，被俘的副将有十一人，参将、游击、都司、守备四十八人。
本来这两次跨过钱塘江的进攻对杭州造成了威胁。但是由于鲁王军队之间配合很差，基本上在很短的时间内就被清军各个击破。
1645乙酉年十二月攻杭州战役是鲁监国政权的一件大事。这次渡江攻杭战役失败后，鲁监国政权的将领壮志顿消，基本上转为划江扼险的守势。
对于隆武政权，隆武帝朱聿键锐意恢复，颇有中兴之主的气概，但他处境困迫，难以施展抱负，因为郑芝龙的跋扈比弘光时的江北四镇和左良玉都有过之而无不及。隆武帝为了提高朝廷的威望，特别注意网罗人才，以礼敦聘各地名声较高的官员入朝任职，延请入阁的大学士名额超过了明代任何时期。但郑芝龙却凭借实力根本不把这些文官看在眼里。朝廷建立不久，就发生了朝班事件。
郑芝龙自以为帝由己立，朝见时自然应当排于文武诸臣的前面，首席大学士黄道周却以祖制勋臣从来没有位居班首的先例为理由，坚持不让。在隆武帝亲自干预下，黄道周赢得了表面上的胜利。接着在一次朝见群臣的时候，郑芝龙、郑鸿逵当着皇帝的面挥扇去暑，户部尚书何楷上疏劾奏他俩“无人臣礼”。隆武帝嘉奖何楷敢于直言，立即给他加了左佥都御史的官衔。郑氏兄弟怀恨在心，处处加以刁难，何楷被迫请求致仕回籍，隆武帝在郑氏兄弟的威逼下，不得不违心地同意他暂时回乡养病。
但郑芝龙仍不肯罢休，派人在半路上化装成盗匪，截杀何楷。何楷见“盗匪”拿着白晃晃的刀子跳了出来，知道一定是郑氏指使，镇静如常，站出来说道：“知君所欲得者，吾头耳，毋及他人。”并主动将脖子伸出去，等着被“盗匪”砍。伸颈命取之。“盗匪”反倒愕然不知所措，半天才说：“好一个都院，且取若耳可矣。”于是只割了何楷的耳朵，回到福州向郑芝龙报告说已经杀了何楷。隆武帝听说何楷被盗匪所杀，哭了好几天。当时有人作对子讽刺说：“都院无耳方得活；皇帝有口只是啼。”
郑芝龙的跋扈由此可见一斑。黄道周的死对隆武帝是一个很大的打击，之后隆武帝已经明白除非离开福建，摆脱郑芝龙兄弟的控制，否则不可能有任何作为。于是，他决意亲征，目的是第一步把行在移到江西赣州。按照理想的情况，如果江西用兵得手，可以西连湖南何腾蛟部，东接福建郑芝龙部，南靠广东。从这样的战略部署来看，江西的地位就格外突出。
但十分可惜的是，隆武帝调不动郑芝龙的军队由福建入江西，他寄于厚望湖广长沙的何腾蛟一样私心自用，并没有派精兵强将从湖南入江西迎驾。满清方面的洪承畴却已经看出了隆武帝的部署，抽调了大量兵力赴江西，先后攻陷吉安、赣州、南安等府，江西战局为此逆转。
1646年（清顺治三年，明隆武二年）二月，清军再次南下，经苏州进抵杭州，预备先取浙东。
恰好这一年浙江久旱不雨，钱塘江水流缓慢，泥沙淤积。清军到达江边时，见有人在江中洗澡，水深不过马腹，于是分兵两路，涉水过江。渡江后两路会合，，大举进攻。方国安等部署的钱塘江防线顿时瓦解，各部明军损兵折将，纷纷逃窜。鲁监国在水师提督张名振等护卫下离开绍兴，经台州乘船逃往海上。
绍兴陷落后，鲁监国所封的绝大部分文武官员纷纷投降。兴国公王之仁见大势已去，率领部分兵员乘船数百艘，携带大批辎重由蛟门航海到舟山，打算同隆武帝所封的肃虏伯黄斌卿会师共举。
王之仁是直隶保定人，明朝崇祯朝大太监王之心的弟弟，后来累官定海总兵。
但黄斌卿据守着舟山群岛，有割据自雄之意，以前对隆武帝都一直不大尊重，更不要说鲁监国的人了。史书上说黄斌卿这个人“怯于大敌，而勇于害其同类”。他对王之仁不仅无恤怜之义，反而乘人之危落井下石，打算派兵攻杀，掳掠其财物，收编其军队。黄斌卿先是假装答应了王之仁，得到了大批辎重，随即在出海的时候发炮攻打王之仁的船队。
王之仁不及防备，兵船损失惨重。他对黄斌卿的背信弃义痛恨不已，下令将自己家属乘坐的船凿沉，家眷共有九十三人，全部溺海而死。王之仁随即将鲁监国颁发的敕印也投进大海，自己留下一条大船，竖立旗帜，鼓吹张盖，直驶吴淞江口。当地清兵以为他是前来投降的明朝高官，送王之仁到松江府，吴淞总兵李成栋不敢怠慢，立即将王之仁转送南京。于是，戏剧性的一幕上演了。
洪承畴亲自接见王之仁。王之仁突然间态度全然变了，慷慨陈词，说自己是“前朝大帅，国亡当死，恐葬于鲸鲵，身死不明，后世青史无所征信，故来投见，欲死于明处耳！”洪承畴这才恍然大悟，这个人根本就不是来投降的，而是来舍身取义的。
洪承畴开初还希望王之仁回心转意，以礼相待，婉言劝他剃发投降。王之仁断然拒绝，大骂洪承畴“反面事仇，先帝赠若官，立庙祠若、祭若，荫若子；若背义亡恩，操戈入室，平夷我陵寝，焚毁我宗庙，若通天之罪，过李陵、卫律远矣”。洪承畴无地自容，恼羞成怒，下令将他以乱刀砍死，葬在雨花台僧舍中。
清军进占浙东府县后，唯有督师大学士朱大典据守金华，誓死不降。清军统帅博洛亲自统率满、汉军从绍兴前往金华，把该城四面包围。由于明军在朱大典指挥下凭城顽抗，博洛不得不从杭州调来红衣大炮，浙闽总督也奉命带兵参加攻城。清军以绝对优势的兵力猛攻了二十天，金华才被攻破。朱大典带领家属和亲信将校来到火药局，用自己绳索捆在火药桶上，然后点燃了引线，轰地一声，壮烈成仁。有人评价说：“盖浙东死事之烈，未有如大典者。”但这位朱大典却是明末官场上著名的贪官。
唐王与鲁王之争（10）
朱大典，字未孩，浙江金华人，万历丙辰进士。史书上说朱大典“饶有才，而性奇贪，多行暴虐”。他督师凤阳的时候，“括取财贿，四府僚属，囊橐皆尽，人拟其富且敌国”。朱大典的贪婪由此可见一斑，然而当民族危难之时他却能破家纾难。
张岱在淮扬的时候，亲眼看见朱大典贪横，“真如乳虎苍鹰”；然而张岱又亲眼看见朱大典“婴城守婺，破家从忠，继之以死”，实在是叹息他的为人。
清军进入金华后，借口“民不顺命，因屠之”，又炮制了一场惨绝人寰的“扬州十日”。
顺便提一句，黄宗羲最早在鲁监国政权中担任过兵部主事，已经在鲁监国政权处境艰难时离开，转入清方统治区，并且遵制剃头，开始以明朝“遗民”的身份自居。而浙东兵败后，为黄宗羲甚至天下人所不耻的马士英这次没有像在杭州那样抢着投降，而是逃入了四明山，削发为僧；后来被清军搜捕，被俘后不屈殉难。马士英曾经两次参加渡钱塘江会攻杭州之役。历史人物的复杂性由此可见一斑。
延平的隆武朝廷听到清军渡过钱塘江的消息后不久，郑芝龙借口对付海盗袭击，离开了延平。此时郑芝龙已经决定投降满清，秘密下令仙霞关守将放弃天险，自动撤退，这就给清将李成栋和佟养甲的率兵进攻让开了道路。佟养甲是辽东“旧臣”，他的职责就是严密监视李成栋。
鲁监国政权濒于瓦解后，隆武朝廷面临真正的危险，他们尽一切努力挽救局势。
画桃花扇的杨文骢所守仙霞关告急后，隆武帝决定去江西赣州。赣州的守卫此刻具有关键意义，因为以赣州为中心的江西南部是连接福建、湖南的要区，又是广东的屏障。
如此危难紧急关头，酷嗜读书的隆武帝并没有意识到噩运已经临头，仍然“载书十车以行”，边走边读，边读边走，根本没有轻装前进。不久，一行人得知清军迫近，隆武君臣大惊狂奔。此时的“御驾亲征”变成了“御驾亲逃”的意思，一边是隆武帝臣下的众叛亲离，离心离德；一边是清军将领的驭兵有方，指挥若定，此间情形，让人慨叹。
隆武帝到达汀州的时候，随行的五百多名士卒。1646年八月二十八日凌晨，有大队身穿明军军服的人急叩汀州城门，声言护驾。守门士兵不知是计，城门一开，原来都是清将李成栋派出化装的清军。隆武帝闻乱惊起，持刀刚入府堂，为清军乱箭射杀，同时遇难的还有其皇后曾氏和不满月的皇子。
当清军不战而进入福州时，这座城市几乎空了，城中百姓纷纷逃窜，留下的人则立即开始剃发留辫。郑芝龙已经同清军谈判在先，但事到临头，心中开始没谱，于是他派人摧毁了福州的火药库，自己带人退往家乡安平镇。不过，一个月后，郑芝龙不顾他的儿子郑成功和部下许多将领的反对，在福州正式向清军统帅贝勒博洛投降，博洛答应他任福建和广东总督。
不久后，郑芝龙就在“朝见新皇帝”的借口下被清军派重兵送往北京。1648年（顺治五年），清廷食言自肥，仅授予他一等精奇尼哈番的空头官衔，拨入旗下，实际上遭到软禁。
郑芝龙的儿子郑成功则与父亲分道扬镳，与叔叔郑鸿逵一起率部退往金门。而在郑芝龙自投罗网以后，清军立即背信弃义地攻入安平镇，大肆抢劫**掠，郑成功的母亲田川氏也被奸污，愤而自缢。郑成功闻讯后，痛不欲生，更坚定了武装抗清的信念。清兵饱掠而归后，郑成功回到安平，料理了母亲的丧事，用黄金铸造了一尊田川氏的坐像，饰以珠宝，朝夕上供，从此开始了他独挡一面的长期抗清斗争。
这个时候，二十二岁的郑成功的力量并不大，但在同清方反复较量的过程中，他成功地将东南沿海地区的抗清势力汇合成一支劲旅，郑成功也逐步在历史的大舞台上崭露头角。